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题名百脉根PIN基因家族的鉴定与分析
被引量：3
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作者
吕赟
丘日光
杨仕梅
吴佳海
宋莉
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机构
贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室/贵州省农业生物工程重点实验室
贵州省草业研究所
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出处
《河南农业科学》
北大核心
2019年第8期39-48,共10页
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基金
国家自然科学基金项目(31660685)
贵州省科技计划项目([2017]1044,[2017]5788,[2016]4024)
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文摘
生长素输出载体蛋白PIN-formed(PIN)是一类调控植物生长素极性运输的重要载体元件,与植物生长发育密切相关。利用生物信息学方法对百脉根(Lotuscorniculatus)PIN基因家族成员(LjPIN)进行筛选、鉴定,并对其结构特征、系统进化、编码蛋白质性质、顺式作用元件组成和表达特性等进行研究,为其功能鉴定及利用奠定基础。结果表明,百脉根基因组中含有27个LjPIN成员,主要分布在1-5号染色体上;27个LjPIN基因含8个可变剪切位点,编码35个蛋白质;除了LjPIN4、LjPIN13、LjPIN23基因外,其他LjPIN基因均含有内含子,内含子数和外显子数均为1~10个;LjPIN与拟南芥AtPIN、大豆GmPIN在进化关系上较接近,与水稻OsPIN较远;LjPIN蛋白大多为碱性的两性稳定蛋白质,一般含有5种保守基序,基序数量2~9个;LjPIN基因除了含有顺式作用基本元件CAAT-box和TATA-box外,还含有光响应、激素响应及生长发育相关的调控元件;11个LjPIN基因在根、茎、叶、花和不同形成时期种子中呈时空差异表达。
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关键词
百脉根
生长素输出载体蛋白
PIN基因家族
生物信息学分析
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Keywords
Lotus corniculatus
Auxin efflux carrier protein
PIN gene family
Bioinformatics analysis
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分类号
S567
[农业科学—中草药栽培]
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