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豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关lncRNA与mRNA加权基因共表达网络分析
1
作者
高进
刘金叶
+2 位作者
陈傅晓
王永波
符书源
《渔业科学进展》
北大核心
2025年第1期46-58,共13页
为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制,该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序,获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据,采用加权基因...
为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制,该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序,获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建生长差异分化相关lncRNA和mRNA的共表达网络。通过特异性基因模块中差异表达基因的GO和KEGG富集对模块生物学功能进行分析,运用Cytoscape软件构建基因互作网络,挖掘豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关的关键候选基因。结果显示,基因差异表达分析共筛选到6252个差异表达mRNA和367个差异表达lncRNA;共表达网络分析获得MEmagenta、MEgreenyellow和MEblack共3个生长差异分化特异性基因模块;GO和KEGG富集分析显示,特异性模块中差异表达基因显著富集于肌肉蛋白形成、横纹肌组织发育调控、主轴组织形成等生物学过程,参与了蛋白酶体、肌动蛋白细胞骨架调控及肌醇磷酸代谢等与生长差异分化相关的代谢通路;筛选3个特异性模块中权重和连通度高的lncRNA和mRNA构建基因互作网络,得到包括psmd6、nmt1、als2、brcc3、kank1、ada12、at131和hdac3等在内的生长差异分化关键基因和MSTRG.15660、MSTRG.8694、MSTRG.1896等20个lncRNA,为进一步解析豹纹鳃棘鲈生长差异分化的分子机制提供了新思路。
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关键词
豹纹鳃棘鲈
生长差异分化
WGCNA
共表达网络
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题名
豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关lncRNA与mRNA加权基因共表达网络分析
1
作者
高进
刘金叶
陈傅晓
王永波
符书源
机构
海南省海洋与渔业科学院
海南热带海洋学院崖州湾创新研究院
海南省热带海水养殖工程技术研究中心
出处
《渔业科学进展》
北大核心
2025年第1期46-58,共13页
基金
海南省科技计划三亚崖州湾科技城联合项目(320LH030)资助。
文摘
为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制,该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序,获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建生长差异分化相关lncRNA和mRNA的共表达网络。通过特异性基因模块中差异表达基因的GO和KEGG富集对模块生物学功能进行分析,运用Cytoscape软件构建基因互作网络,挖掘豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关的关键候选基因。结果显示,基因差异表达分析共筛选到6252个差异表达mRNA和367个差异表达lncRNA;共表达网络分析获得MEmagenta、MEgreenyellow和MEblack共3个生长差异分化特异性基因模块;GO和KEGG富集分析显示,特异性模块中差异表达基因显著富集于肌肉蛋白形成、横纹肌组织发育调控、主轴组织形成等生物学过程,参与了蛋白酶体、肌动蛋白细胞骨架调控及肌醇磷酸代谢等与生长差异分化相关的代谢通路;筛选3个特异性模块中权重和连通度高的lncRNA和mRNA构建基因互作网络,得到包括psmd6、nmt1、als2、brcc3、kank1、ada12、at131和hdac3等在内的生长差异分化关键基因和MSTRG.15660、MSTRG.8694、MSTRG.1896等20个lncRNA,为进一步解析豹纹鳃棘鲈生长差异分化的分子机制提供了新思路。
关键词
豹纹鳃棘鲈
生长差异分化
WGCNA
共表达网络
Keywords
Plectropomus leopardus
Growth differentiation
WGCNA
Co-expression network
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关lncRNA与mRNA加权基因共表达网络分析
高进
刘金叶
陈傅晓
王永波
符书源
《渔业科学进展》
北大核心
2025
0
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