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面向OpenCL架构的大规模生物序列比对被引量：2: 1; 作者陈钢韦刚 +2 位作者李国波裴颂文吴百锋《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2012年第2期392-398,共7页; 为提高生物序列比对算法的性能和效率,提出一种异构处理平台下可移植的大规模生物序列比对算法及其优化方法.通过改变原有Smith-Waterman算法的计算流程和数据依赖关系,增加序列比对的并行性;通过改变存储器布局后使用向量数据类型,提... 展开更多; 关键词 OPENCL GPU 生物序列比对 SMITH-WATERMAN算法; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于遗传算法的一种生物序列比对方法被引量：1: 2; 作者敖友云迟洪钦《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2006年第19期3647-3648,3651,共3页; 生物序列比对是对DNA(或RNA,蛋白质)序列,寻找和确定它们的相似部分或稳定区域。二重序列比对问题可采用动态规划方法求得其最优解;多重序列比对问题是一个NP完全的组合优化问题,有待进一步探索与研究。通过合理的编码表示,采用相应的... 展开更多; 关键词生物序列比对多重序列比对遗传算法生物信息学组合优化; 在线阅读下载PDF 职称材料

一种基于蚁群算法的生物序列并行比对方法: 3; 作者李娟汤德佑傅娟《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2017年第9期1610-1616,共7页; 生物序列比对是生物信息领域的重要课题,比对结果的合理性和正确性关系到基于比对结果研究的正确性。在保证正确性的前提下利用并行计算充分挖掘计算潜力对提高比对效率有重要意义。针对双序列的全局比对问题,提出了基于蚁群算法的双序... 展开更多; 关键词生物序列比对并行算法蚁群算法 OPENMP; 在线阅读下载PDF 职称材料

最优搜索机制下寻找最优插入-删除种子: 4; 作者陈科朱清新杨曦《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第2期292-295,共4页; 空位种子极大地提高了生物分子序列比对的灵敏度,但不适合大量存在插入和删除字符的序列。在空位种子的基础上,提出了带插入-删除的生物序列比对种子,进一步提高了生物序列比对的效率。实验表明,采用最优搜索算法可以有效地在给定约束... 展开更多; 关键词插入-删除种子生物分子序列比对最优系统空位种子; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名面向OpenCL架构的大规模生物序列比对被引量：2: 1; 作者陈钢韦刚李国波裴颂文吴百锋; 机构复旦大学计算机科学技术学院上海理工大学计算机科学工程系; 出处《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2012年第2期392-398,共7页; 基金上海市重点学科建设基金项目(B114)资助 AMD大学合作计划基金项目资助; 文摘为提高生物序列比对算法的性能和效率,提出一种异构处理平台下可移植的大规模生物序列比对算法及其优化方法.通过改变原有Smith-Waterman算法的计算流程和数据依赖关系,增加序列比对的并行性;通过改变存储器布局后使用向量数据类型,提高全局存储器的带宽利用率;通过增加偏移量改变存储器模块的映射方式,避免模块访问冲突,提高局部存储器的使用效率.实验结果表明,优化后的生物序列比对性能提升了近100倍.; 关键词 OPENCL GPU 生物序列比对 SMITH-WATERMAN算法; Keywords OpenCL GPU biological sequence alignment smith-waterman algorithm; 分类号 TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于遗传算法的一种生物序列比对方法被引量：1: 2; 作者敖友云迟洪钦; 机构上海师范大学数理信息学院; 出处《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2006年第19期3647-3648,3651,共3页; 文摘生物序列比对是对DNA(或RNA,蛋白质)序列,寻找和确定它们的相似部分或稳定区域。二重序列比对问题可采用动态规划方法求得其最优解;多重序列比对问题是一个NP完全的组合优化问题,有待进一步探索与研究。通过合理的编码表示,采用相应的遗传算子,设计了一种求生物序列比对的遗传算法。并对几组DNA序列进行了测试。; 关键词生物序列比对多重序列比对遗传算法生物信息学组合优化; Keywords biological sequence alignment multiple sequence alignment genetic algorithm bioinformatics combinatorial optimization; 分类号 TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名一种基于蚁群算法的生物序列并行比对方法: 3; 作者李娟汤德佑傅娟; 机构华南理工大学软件学院湖南工业大学绿色包装与生物纳米技术应用湖南省重点实验室华南理工大学医学院; 出处《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2017年第9期1610-1616,共7页; 基金国家自然科学基金(61201100) 广州市科技计划(201508010029); 文摘生物序列比对是生物信息领域的重要课题,比对结果的合理性和正确性关系到基于比对结果研究的正确性。在保证正确性的前提下利用并行计算充分挖掘计算潜力对提高比对效率有重要意义。针对双序列的全局比对问题,提出了基于蚁群算法的双序列比对并行化方案。对耗时最多的搜索比对路径和信息素更新两个步骤给出了基于共享内存模型的并行化方法。"天河二号"上OpenMP实验结果表明,8线程并行情况下,加速比可达5.03,且序列越长性能越高。; 关键词生物序列比对并行算法蚁群算法 OPENMP; Keywords biological sequence alignment parallel algorithm ant colony algorithm OpenMP; 分类号 TP311.1 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名最优搜索机制下寻找最优插入-删除种子: 4; 作者陈科朱清新杨曦; 机构电子科技大学计算机科学与工程学院成都华西中学; 出处《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第2期292-295,共4页; 基金国家自然科学基金(60671033); 文摘空位种子极大地提高了生物分子序列比对的灵敏度,但不适合大量存在插入和删除字符的序列。在空位种子的基础上,提出了带插入-删除的生物序列比对种子,进一步提高了生物序列比对的效率。实验表明,采用最优搜索算法可以有效地在给定约束条件下寻找到最优的插入-删除种子,并且插入-删除种子比同长度的最优空位种子具有更高的生物序列比对敏感度。; 关键词插入-删除种子生物分子序列比对最优系统空位种子; Keywords indel seed molecular alignment optimal systems spased seed; 分类号 TP301 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料