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利用生物信息学技术探索人卵巢癌细胞株A2780对顺铂耐药基因的研究
1
作者
张丽
董冰莹
+1 位作者
袁小丽
陈小斌
《实用妇产科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期465-469,共5页
目的:利用生物信息学技术探索人卵巢癌细胞株A2780对顺铂耐药基因的可能机制,为临床化疗提供有效的依据。方法:①通过GEO在线GEO2R工具从两组数据库(GSE15372和GSE33482)中,分别比较对顺铂耐药的A2780与对顺铂敏感的A2780中的基因表达差...
目的:利用生物信息学技术探索人卵巢癌细胞株A2780对顺铂耐药基因的可能机制,为临床化疗提供有效的依据。方法:①通过GEO在线GEO2R工具从两组数据库(GSE15372和GSE33482)中,分别比较对顺铂耐药的A2780与对顺铂敏感的A2780中的基因表达差异,并筛选出高表达基因和低表达基因;使用维恩图确定两组数据库中耐药的高表达共同差异基因和低表达的共同差异基因。②利用GO分析和KEGG通路富集分析耐药基因的生物学功能。③利用蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络及Cytoscape软件筛选出A2780对顺铂耐药核心靶基因。④利用Kaplan-Meier Plotter工具对Hub基因进行总生存期分析。结果:①两组数据集的高表达共同耐药基因共37个,低表达共同耐药基因共2个。②GO分析结果显示:生物学过程(BP)分析结果表明,耐药基因主要参与着细胞间信号传导、趋化作用等;细胞组成(CC)分析表明,耐药基因主要位于细胞外区域、细胞间隙、细胞表面;分子功能(MF)分析表明,耐药基因参与着趋化因子相结合等作用。KEGG通路富集分析显示,耐药基因主要在细胞因子与细胞因子受体相互作用的信号通路、趋化因子信号通路上发挥作用。③PPI网络及Hub基因筛选结果显示:CCR5、POSTN、LOX、DACT1、RTN1、CCR1、CXCL6、PITX2、SNCA、AREG是核心耐药基因。④Hub基因中POSTN、LOX、DACT1、RTN1、PITX2的高表达与卵巢癌的不良预后有关(P<0.05)。结论:人卵巢癌细胞株A2780中顺铂耐药基因的异常表达,在卵巢癌化疗耐药中发挥着重要的作用,需要进一步的体外实验研究来证实其在临床化疗耐药中的作用。
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关键词
卵巢癌
细胞株A2780
顺铂
耐药基因
生物学信息技术
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题名
利用生物信息学技术探索人卵巢癌细胞株A2780对顺铂耐药基因的研究
1
作者
张丽
董冰莹
袁小丽
陈小斌
机构
西安交通大学医学部附属三二○一医院妇科
浙江大学医学院附属妇产科医院妇科
出处
《实用妇产科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期465-469,共5页
文摘
目的:利用生物信息学技术探索人卵巢癌细胞株A2780对顺铂耐药基因的可能机制,为临床化疗提供有效的依据。方法:①通过GEO在线GEO2R工具从两组数据库(GSE15372和GSE33482)中,分别比较对顺铂耐药的A2780与对顺铂敏感的A2780中的基因表达差异,并筛选出高表达基因和低表达基因;使用维恩图确定两组数据库中耐药的高表达共同差异基因和低表达的共同差异基因。②利用GO分析和KEGG通路富集分析耐药基因的生物学功能。③利用蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络及Cytoscape软件筛选出A2780对顺铂耐药核心靶基因。④利用Kaplan-Meier Plotter工具对Hub基因进行总生存期分析。结果:①两组数据集的高表达共同耐药基因共37个,低表达共同耐药基因共2个。②GO分析结果显示:生物学过程(BP)分析结果表明,耐药基因主要参与着细胞间信号传导、趋化作用等;细胞组成(CC)分析表明,耐药基因主要位于细胞外区域、细胞间隙、细胞表面;分子功能(MF)分析表明,耐药基因参与着趋化因子相结合等作用。KEGG通路富集分析显示,耐药基因主要在细胞因子与细胞因子受体相互作用的信号通路、趋化因子信号通路上发挥作用。③PPI网络及Hub基因筛选结果显示:CCR5、POSTN、LOX、DACT1、RTN1、CCR1、CXCL6、PITX2、SNCA、AREG是核心耐药基因。④Hub基因中POSTN、LOX、DACT1、RTN1、PITX2的高表达与卵巢癌的不良预后有关(P<0.05)。结论:人卵巢癌细胞株A2780中顺铂耐药基因的异常表达,在卵巢癌化疗耐药中发挥着重要的作用,需要进一步的体外实验研究来证实其在临床化疗耐药中的作用。
关键词
卵巢癌
细胞株A2780
顺铂
耐药基因
生物学信息技术
Keywords
Ovarian cancer
Cell line A2780
Cisplatin
Resistance gene
Bioinformatics technology
分类号
R737.31 [医药卫生—肿瘤]
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1
利用生物信息学技术探索人卵巢癌细胞株A2780对顺铂耐药基因的研究
张丽
董冰莹
袁小丽
陈小斌
《实用妇产科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023
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