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生物大数据中的聚类方法分析 被引量:5
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作者 路东方 许俊富 +1 位作者 项超娟 谢江 《上海大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期45-57,共13页
随着人类基因组计划的实施和完成,生物实验技术快速发展,生物数据呈现爆发式增长并不断积累,生命科学迎来了大数据时代.在后基因组时代,单一的统计模式逐渐被智能化与综合分析相结合的方式所取代,聚类分析便是核心的数据挖掘方式.描述... 随着人类基因组计划的实施和完成,生物实验技术快速发展,生物数据呈现爆发式增长并不断积累,生命科学迎来了大数据时代.在后基因组时代,单一的统计模式逐渐被智能化与综合分析相结合的方式所取代,聚类分析便是核心的数据挖掘方式.描述了生物信息学领域中的大数据现状,总结基因表达谱分析和生物网络分析中常用的聚类方法,并对小鼠胚胎成纤维细胞的时间序列数据进行实验对比.实验结果表明,不同的聚类方法生成了不同的实验结果,面临高噪声的生物大数据,选择或结合合适的聚类方法进行综合分析将有助于获得更可靠的分析结果. 展开更多
关键词 生物大数据 数据分析 聚类方法
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生物大数据监测:未来教育质量测评新趋势 被引量:4
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作者 卢锦运 龚春燕 +4 位作者 禹东川 钟冬梅 薄小丽 吴传燕 毛远航 《中小学管理》 北大核心 2018年第5期14-16,共3页
基于生物大数据的教育学研究,可以为全面深入地认识学生学习机制、掌握学习规律、促进能力发展,以及探索更有效的教学和评价方法提供实证基础。通过建立实验室或让学生使用穿戴式设备直接获取其脑电、心电、皮肤电等数据,并建立数据挖... 基于生物大数据的教育学研究,可以为全面深入地认识学生学习机制、掌握学习规律、促进能力发展,以及探索更有效的教学和评价方法提供实证基础。通过建立实验室或让学生使用穿戴式设备直接获取其脑电、心电、皮肤电等数据,并建立数据挖掘分析方法,建立评估模型,研究行为数据评估与生物数据的相关性,促进了教育质量监测评估的新发展。 展开更多
关键词 神经教育学 脑科学 教育质量监测评价 生物大数据 功能性磁共振成像(fMRI) 脑磁图(MEG) 皮肤电
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肿瘤生物信息学数据库 被引量:8
3
作者 杨健 蔡浩洋 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期89-101,共13页
恶性肿瘤已经成为严重危害人类健康的主要疾病之一。近年来,高通量检测技术迅速发展,成为肿瘤研究的重要手段之一,使得与肿瘤相关的组学数据迅速积累。这些数据对于研究肿瘤的发生发展机制具有重要意义。对海量生物学数据的管理和挖掘... 恶性肿瘤已经成为严重危害人类健康的主要疾病之一。近年来,高通量检测技术迅速发展,成为肿瘤研究的重要手段之一,使得与肿瘤相关的组学数据迅速积累。这些数据对于研究肿瘤的发生发展机制具有重要意义。对海量生物学数据的管理和挖掘已经成为癌症研究的基础与重要方向。主要介绍人类肿瘤研究中经常用到的生物信息学数据库,包括综合性数据库、基因组、转录组、蛋白组、表观遗传组数据库等。在总结国内外肿瘤数据库发展现状的基础上,讨论了目前数据库开发存在的问题,旨为现有的研究提供帮助。 展开更多
关键词 生物信息学 数据 生物大数据 肿瘤 组学数据
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FAIR准则与生物医学数据标准应用服务 被引量:11
4
作者 杨啸林 杨晟 +3 位作者 潘虹洁 王哲 王志刚 何勇群 《中国医学伦理学》 2020年第2期153-159,共7页
2016年,科学数据管理的指导原则——FAIR准则被提出,即科学数据应具有可查询(Findable)、可获取(Accessible)、可互操作(Interoperable)并且可重利用(Reusable)等性质。自从该准则提出以来,受到国际广泛认可。通过FAIR准则的实施,将提... 2016年,科学数据管理的指导原则——FAIR准则被提出,即科学数据应具有可查询(Findable)、可获取(Accessible)、可互操作(Interoperable)并且可重利用(Reusable)等性质。自从该准则提出以来,受到国际广泛认可。通过FAIR准则的实施,将提升机器自动化发现和使用数据的能力,并提升其重利用的可能。在数据建设过程中,需要有完善的数据标准系统、数据标准实施工具与资源以及数据质量评价准则作为实现FAIR准则的支撑。 展开更多
关键词 生物医学大数据 可查询 可获取 可互操作 可重利用 数据
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生物医学大数据专业课程设置现状与思考 被引量:3
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作者 柯巧 陆梦依 +2 位作者 陈峰 赵杨 尤东方 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2023年第6期946-949,共4页
目的了解我国现阶段高等院校及其附属医院生物医学大数据专业课程设置,为加强相关人才培养提供支持。方法本研究采用在线问卷调查的方式,邀请我国各高校及其附属医院为调查对象,调查内容包括所在学校或附属医院基本信息、总体生物医学... 目的了解我国现阶段高等院校及其附属医院生物医学大数据专业课程设置,为加强相关人才培养提供支持。方法本研究采用在线问卷调查的方式,邀请我国各高校及其附属医院为调查对象,调查内容包括所在学校或附属医院基本信息、总体生物医学大数据相关课程、已开设课程和未来课程计划。结果我们对22所高校进行分析,发现目前课程设置存在不够完整,不能完全契合产业发展对生物医学大数据人才的新的能力要求等不足。结论生物医学大数据是一个相对较新的领域,其课程建设工作还需不断地发展与完善。我国高等院校正加快生物医学大数据相关课程的建设,但在课程体系、教学教材、教学平台等方面差异较大且存在不足。我国生物医学大数据课程的设置应在满足社会现实需求和保持课程内容相对稳定的基础上,形成独具特色的课程体系和教学内容,以促进生物医学大数据的人才培养。 展开更多
关键词 生物医学大数据 课程体系 人才培养
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生物医学大数据共享中的“信任”与“配享信任” 被引量:2
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作者 陈泓邑 《医学与哲学》 北大核心 2021年第2期23-27,共5页
当代大数据驱动的生物医学研究,需要在采集、汇聚并共享利用研究参与者(患者)的大量敏感数据的基础上进行。这些数据可以来自不同机构、地区,甚至不同国家。信任缺失问题阻碍着数据共享和利用。在规范层面,维持或重建信任必须做到配享信... 当代大数据驱动的生物医学研究,需要在采集、汇聚并共享利用研究参与者(患者)的大量敏感数据的基础上进行。这些数据可以来自不同机构、地区,甚至不同国家。信任缺失问题阻碍着数据共享和利用。在规范层面,维持或重建信任必须做到配享信任,尽管配享信任不一定蕴含着获得信任。传统人际间信任蕴含一定程度的不透明,但配享信任蕴含透明、可审计等要素,实现配享信任首先要求承认不信任的合理性,进而通过实现透明、可审计等不要求传统信任的方式,辩证地重建信任。区块链技术以其“去信任”特征而能够帮助建立极高程度的配享信任,从而重建信任。 展开更多
关键词 生物医学大数据区块链 隐私 配享信任 宽泛同意
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“同意治理”模式化解生物样本数据库研究中的理解难题:何以可能? 被引量:1
7
作者 陈泓邑 庞聪 《中国医学伦理学》 2021年第5期533-540,共8页
生物医学研究参与者给出有效知情同意的条件之一是其理解同意书中披露的信息。但在实践中,研究人员一直面临参与者理解程度低这一难题。生物样本库与健康数据库(生物样本数据库)采用的各种同意模式也都面临该难题。在知情同意中不断告... 生物医学研究参与者给出有效知情同意的条件之一是其理解同意书中披露的信息。但在实践中,研究人员一直面临参与者理解程度低这一难题。生物样本库与健康数据库(生物样本数据库)采用的各种同意模式也都面临该难题。在知情同意中不断告知具体研究目的和技术路线等信息,并不能增进参与者的理解,也不足以保障其权益。由于治理安排信息,包括伦理监管手段、隐私保护方案等,相较于科研目的与技术路线等信息,与参与者的权益、价值等关联更大,且显然更简单易懂,于是提出在同意书中披露治理安排的“同意治理”模式,要求为生物样本数据库建立可靠的治理,参与者在知情同意过程中理解治理安排,自主选择是否同意。西方的经验研究显示非常多的参与者愿意同意,尽管其理解程度仍然相对较低。从规范层面论证一旦可靠的治理安排被建立,即使参与者没有在初次同意时完全理解治理安排,也能够充分保障参与者的权益,使研究成为合乎伦理的,因而没有必要强求每一位参与者都在初次同意时,完全理解同意书中披露的内容。 展开更多
关键词 生物医学大数据 知情同意 “同意治理”模式 可靠治理
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基于转录组学数据的抗真菌药物预测方法研究 被引量:2
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作者 杨浩艺 陈微 +2 位作者 姚泽欢 谭郁松 李非 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2023年第2期246-251,共6页
在生物医学高通量数据迅速积累的背景下,突破传统药物研发技术体系,从生物医药信息的丰富数据特征出发,建立抗真菌药物的快速发现方法逐渐成为可能。从高通量组学数据出发,计算发现药物之间的相似药效关系,并应用于抗真菌新药发现。基于... 在生物医学高通量数据迅速积累的背景下,突破传统药物研发技术体系,从生物医药信息的丰富数据特征出发,建立抗真菌药物的快速发现方法逐渐成为可能。从高通量组学数据出发,计算发现药物之间的相似药效关系,并应用于抗真菌新药发现。基于CMAP和LINCS数据平台,获取化合物作用下的细胞转录组数据作为生物细胞对药物效应的特征表征,采用GSEA和WTCS算法度量其特征表征之间的相似程度,通过对待筛选药物和已知抗真菌药物的相似度综合排序实现对潜在抗真菌药物的预测筛选。通过大规模计算发现,普尼拉明、伊利替康等药物有望用于抗真菌用途,部分预测结果已得到相关实验研究的支持。本研究有效利用细胞反应表征的高通量组学数据,将生物大数据应用于快速药物理性设计,为抗真菌药物重定位的理性设计提供重要的计算方法,启发并加速现有抗真菌药物发现过程。 展开更多
关键词 药物重定位 生物大数据 抗真菌药物
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生物标志物智能识别关键技术:环状RNA与疾病关联预测研究综述
9
作者 胡学钢 李扬 +2 位作者 王磊 李培培 尤著宏 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2023年第4期369-387,共19页
生物标志物识别是实现“精准医疗”的一大基础,其对复杂疾病诊断、判断疾病分期及评价新药或新疗法在目标人群中的安全性和有效性具有重要作用。作为生物标志物智能识别关键技术,环状RNA与疾病关联预测是深入评测和衡量被试个体生物学... 生物标志物识别是实现“精准医疗”的一大基础,其对复杂疾病诊断、判断疾病分期及评价新药或新疗法在目标人群中的安全性和有效性具有重要作用。作为生物标志物智能识别关键技术,环状RNA与疾病关联预测是深入评测和衡量被试个体生物学过程、病理学过程及干预病理学反应的关键,是践行“精准医疗”的有效手段和途径之一。文中对基于生物大数据挖掘的环状RNA-疾病关联预测计算模型进行了全面梳理和展望。具体地,首先从环状RNA的研究背景、理化特性、功能等方面探讨了环状RNA与疾病之间的关系;然后调研了环状RNA和疾病公共数据库资源;接着从智能计算的角度梳理了环状RNA-疾病关联预测的4类计算方法,并分析了其优势与不足;最后讨论了环状RNA-疾病关联预测问题目前面临的挑战和未来可能的研究方向。 展开更多
关键词 精准医疗 生物大数据 环状RNA 环状RNA-疾病关联 计算模型
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抗微生物肽机器学习预测算法综述 被引量:5
10
作者 刘明友 刘红美 +2 位作者 张招方 朱映雪 黄健 《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第6期830-840,共11页
传统抗微生物肽识别分析主要通过实验手段进行,效率低,耗费较多人力物力。最新的抗微生物肽识别方法是将计算机技术和生物信息学相结合,通过机器学习方法进行大数据挖掘分析,从大量的多肽序列数据里面预测抗微生物肽,从而加快抗微生物... 传统抗微生物肽识别分析主要通过实验手段进行,效率低,耗费较多人力物力。最新的抗微生物肽识别方法是将计算机技术和生物信息学相结合,通过机器学习方法进行大数据挖掘分析,从大量的多肽序列数据里面预测抗微生物肽,从而加快抗微生物肽的识别。收集并分类整理了近10年来计算机辅助抗微生物肽识别的研究文献,从中梳理出抗微生物肽的主要数据资源、抗微生物肽识别的特征工程、抗微生物肽的机器学习预测算法和抗微生物肽的回归分析方法。同时,进一步对机器学习算法的模型性能评估方法进行综述,总结其中存在的不足并展望了未来的发展方向。 展开更多
关键词 抗微生物 生物信息学 生物医学大数据 机器学习
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大数据时代的临床医学研究--机遇和挑战 被引量:21
11
作者 沈洪兵 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期303-305,共3页
临床医学研究是医学发展的核心驱动力。在大数据背景下,国家高度重视、重点支持,通过顶层设计为我国临床医学研究提供制度保障和资源支撑。多组学与信息技术的飞速发展,为我国临床医学研究提供了宝贵的资源,助力临床医学研究内容的持续... 临床医学研究是医学发展的核心驱动力。在大数据背景下,国家高度重视、重点支持,通过顶层设计为我国临床医学研究提供制度保障和资源支撑。多组学与信息技术的飞速发展,为我国临床医学研究提供了宝贵的资源,助力临床医学研究内容的持续创新,催化临床诊疗模式的不断变革,我国临床医学研究正面临新的机遇。然而,目前我国生物医学大数据还存在存储碎片化、数据交汇机制缺乏等问题,亟需建立政府主导的数据共享机制,寻求通力合作的研究模式。在新的时代背景下,依托大数据的真实世界研究将逐渐成为临床干预的重要证据来源,我们要加强临床数据资源和生物样本资源的积累,创新研究方法,打破传统思维模式,迎接新的机遇与挑战。 展开更多
关键词 生物医学大数据 临床医学研究 资源积累 数据共享
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互操作性本体:智能精准医学的基础 被引量:2
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作者 何勇群 谢江安 +10 位作者 万灵 杨啸林 朱彦 周伟 李元放 陆伟胜 吴健民 刘开永 王海河 刘清平 余红 《中国医学伦理学》 2021年第3期265-279,共15页
近年来,互联网与物联网等技术的快速发展为探寻精准医学与人工智能之间的关联应用提供了战略机遇。然而,如何组织、集成和共享复杂异构的生物医学数据业已成为阻碍该领域发展的严重技术挑战。本体因其能够提供知识与元数据层面的语义基... 近年来,互联网与物联网等技术的快速发展为探寻精准医学与人工智能之间的关联应用提供了战略机遇。然而,如何组织、集成和共享复杂异构的生物医学数据业已成为阻碍该领域发展的严重技术挑战。本体因其能够提供知识与元数据层面的语义基础而推动了生物医学人工智能的发展,而基于互操作性的本体对异构知识与数据的整合和分析发挥着关键性的作用。将人工智能与精准医疗的有机集合称之为智能精准医疗,并提出一个“河马假设”,用以阐明互操作性本体与智能精准医疗之间的正相关关系及如何发挥协同增效作用;同时,提出和展示了使用可扩展本体开发的原理和工具来实现本体的互操作性,进而支持智能精准医疗的应用与发展。此外,还对国内外互操作性本体的研究现状、本体中国的成立与发展以及医学伦理在智能精准医疗中的重要性等进行了综述和深入探讨。 展开更多
关键词 本体 互操作性本体 生物医学大数据 精准医学 人工智能 本体中国
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