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基于预训练语言模型和提示学习的生物医学关系抽取
1
作者
马蓉蓉
朱小飞
陈旭
《重庆理工大学学报(自然科学)》
北大核心
2025年第7期149-156,共8页
生物医学关系抽取是电子健康记录挖掘和生物医学知识库构建的一个重要任务。由于生物医学领域关系抽取具有大量的专业术语和复杂的语言结构,导致生物医学关系抽取数据集注释往往不完整或覆盖率较低。提出一种基于预训练语言模型和提示...
生物医学关系抽取是电子健康记录挖掘和生物医学知识库构建的一个重要任务。由于生物医学领域关系抽取具有大量的专业术语和复杂的语言结构,导致生物医学关系抽取数据集注释往往不完整或覆盖率较低。提出一种基于预训练语言模型和提示学习的生物医学关系抽取模型。该模型在大规模生物医学数据集预训练的模型基础上进行关系抽取,提出一种利用大语言模型自动构建提示模板的方法,有效利用关系类信息并充分指导模型捕获关键类特征。此外,提出一种利用大语言模型增强训练数据的方法,确保了增强数据的相关性和多样性,有效缓解训练数据不足的问题。在3个BioRE基准数据集BC5CDR、DDI和DrugProt上进行实验,实验结果表明该模型能够有效提升生物医学关系抽取的性能。
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关键词
预训练语言模型
提示学习
大语言模型
生物医学关系抽取
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职称材料
融合依存信息Attention机制的药物关系抽取研究
被引量：
1
2
作者
李丽双
钱爽
+2 位作者
周安桥
刘阳
郭元凯
《中文信息学报》
CSCD
北大核心
2019年第2期89-96,共8页
药物关系(Drug-Drug Interaction,DDI)抽取是生物医学关系抽取领域的重要分支,现有方法主要强调实体、位置等信息对关系抽取的影响。相关研究表明,依存信息对于关系抽取具有重要作用,如何合理利用依存信息是关系抽取研究中需要解决的问...
药物关系(Drug-Drug Interaction,DDI)抽取是生物医学关系抽取领域的重要分支,现有方法主要强调实体、位置等信息对关系抽取的影响。相关研究表明,依存信息对于关系抽取具有重要作用,如何合理利用依存信息是关系抽取研究中需要解决的问题。该文提出一种融合依存信息Attention机制的药物关系抽取模型,衡量最短依存路径与句子的相关性,捕捉对实体间关系有用的信息。首先使用双向GRU(BiGRU)网络分别学习原句子和最短依存路径(Shortest Dependency Path,SDP)的语义信息和上下文信息,然后通过Attention机制将SDP信息与原句子信息融合,最后利用融合依存信息之后的句子表示进行分类预测。在DDIExtraction2013语料上进行了实验评估,模型F值为73.72%。
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关键词
生物医学关系抽取
药物
关系
抽取
依存信息
ATTENTION
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职称材料
基于双向GRU和CNN的药物相互作用关系抽取
被引量：
3
3
作者
龚乐君
刘晓林
+1 位作者
高志宏
李华康
《陕西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期108-113,共6页
不同药物由于药效动力学和药代动力学的差异可能会产生不可预知的副作用,甚至威胁患者的生命安全。在信息技术飞速发展及指数级生物医学文献增加的背景下,从文本中提取药物相互作用成为可能,为此本文提出一种基于双向门控循环单元(GRU)...
不同药物由于药效动力学和药代动力学的差异可能会产生不可预知的副作用,甚至威胁患者的生命安全。在信息技术飞速发展及指数级生物医学文献增加的背景下,从文本中提取药物相互作用成为可能,为此本文提出一种基于双向门控循环单元(GRU)和卷积神经网络(CNN)相融合的双层药物关系抽取模型,使用DDIExtraction2013作为数据集进行多组实验评估,实验结果获得最高75%的综合测评率;与其他方法相比较,基于双向GRU和CNN的双层模型可以有效地抽取文本中的药物相互作用关系。
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关键词
药物相互作用
生物医学关系抽取
药物
关系
抽取
门控循环单元
卷积神经网络
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职称材料
题名
基于预训练语言模型和提示学习的生物医学关系抽取
1
作者
马蓉蓉
朱小飞
陈旭
机构
重庆理工大学计算机科学与工程学院
重庆理工大学会计学院
出处
《重庆理工大学学报(自然科学)》
北大核心
2025年第7期149-156,共8页
基金
重庆市教育委员会科学技术研究计划重大项目(KJZD-M202201102)
国家自然科学基金项目(62472059)
重庆英才计划项目(CSTC2024YCJH-BGZXM0022)。
文摘
生物医学关系抽取是电子健康记录挖掘和生物医学知识库构建的一个重要任务。由于生物医学领域关系抽取具有大量的专业术语和复杂的语言结构,导致生物医学关系抽取数据集注释往往不完整或覆盖率较低。提出一种基于预训练语言模型和提示学习的生物医学关系抽取模型。该模型在大规模生物医学数据集预训练的模型基础上进行关系抽取,提出一种利用大语言模型自动构建提示模板的方法,有效利用关系类信息并充分指导模型捕获关键类特征。此外,提出一种利用大语言模型增强训练数据的方法,确保了增强数据的相关性和多样性,有效缓解训练数据不足的问题。在3个BioRE基准数据集BC5CDR、DDI和DrugProt上进行实验,实验结果表明该模型能够有效提升生物医学关系抽取的性能。
关键词
预训练语言模型
提示学习
大语言模型
生物医学关系抽取
Keywords
pre-trained language models
prompt learning
large language models
biomedical relation extraction
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
融合依存信息Attention机制的药物关系抽取研究
被引量：
1
2
作者
李丽双
钱爽
周安桥
刘阳
郭元凯
机构
大连理工大学计算机科学与技术学院
出处
《中文信息学报》
CSCD
北大核心
2019年第2期89-96,共8页
基金
国家自然科学基金(61672126)
文摘
药物关系(Drug-Drug Interaction,DDI)抽取是生物医学关系抽取领域的重要分支,现有方法主要强调实体、位置等信息对关系抽取的影响。相关研究表明,依存信息对于关系抽取具有重要作用,如何合理利用依存信息是关系抽取研究中需要解决的问题。该文提出一种融合依存信息Attention机制的药物关系抽取模型,衡量最短依存路径与句子的相关性,捕捉对实体间关系有用的信息。首先使用双向GRU(BiGRU)网络分别学习原句子和最短依存路径(Shortest Dependency Path,SDP)的语义信息和上下文信息,然后通过Attention机制将SDP信息与原句子信息融合,最后利用融合依存信息之后的句子表示进行分类预测。在DDIExtraction2013语料上进行了实验评估,模型F值为73.72%。
关键词
生物医学关系抽取
药物
关系
抽取
依存信息
ATTENTION
Keywords
biomedical relation extraction
Drug-Drug interaction extraction
dependency information
Attention
分类号
TP391.1 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
R318 [医药卫生—生物医学工程]
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职称材料
题名
基于双向GRU和CNN的药物相互作用关系抽取
被引量：
3
3
作者
龚乐君
刘晓林
高志宏
李华康
机构
南京邮电大学计算机学院、软件学院、网络空间安全学院
江苏大数据安全与智能处理重点实验室
浙江省智慧医疗工程技术研究中心
自然资源部城市国土资源监测与仿真重点实验室
苏州派维斯信息科技有限公司
出处
《陕西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期108-113,共6页
基金
浙江省智慧医疗工程技术研究中心资助项目(2016E10011)
苏州市姑苏科技创业天使计划项目(CYTS2018233)
南京邮电大学引进人才科研启动基金(NY217136)。
文摘
不同药物由于药效动力学和药代动力学的差异可能会产生不可预知的副作用,甚至威胁患者的生命安全。在信息技术飞速发展及指数级生物医学文献增加的背景下,从文本中提取药物相互作用成为可能,为此本文提出一种基于双向门控循环单元(GRU)和卷积神经网络(CNN)相融合的双层药物关系抽取模型,使用DDIExtraction2013作为数据集进行多组实验评估,实验结果获得最高75%的综合测评率;与其他方法相比较,基于双向GRU和CNN的双层模型可以有效地抽取文本中的药物相互作用关系。
关键词
药物相互作用
生物医学关系抽取
药物
关系
抽取
门控循环单元
卷积神经网络
Keywords
drug-drug interaction(DDI)
biomedical relationship extraction
drug relationship extraction
GRU
CNN
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于预训练语言模型和提示学习的生物医学关系抽取
马蓉蓉
朱小飞
陈旭
《重庆理工大学学报(自然科学)》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
融合依存信息Attention机制的药物关系抽取研究
李丽双
钱爽
周安桥
刘阳
郭元凯
《中文信息学报》
CSCD
北大核心
2019
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
基于双向GRU和CNN的药物相互作用关系抽取
龚乐君
刘晓林
高志宏
李华康
《陕西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020
3
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