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用于生物分子网络比对的自适应匈牙利贪心混合算法的并行化
被引量:
2
1
作者
马进
谢江
+2 位作者
戴东波
谭军
张武
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2013年第12期3321-3325,共5页
生物分子网络比对是生物信息学中一个重要领域,是研究生物现象和生命机理的有效手段,而自适应匈牙利贪心混合算法(AHGA)是其中一个有效的生物分子网络比对算法。但是生物分子网络数据的规模都比较大,而且由于其拥有生物背景,生物分子网...
生物分子网络比对是生物信息学中一个重要领域,是研究生物现象和生命机理的有效手段,而自适应匈牙利贪心混合算法(AHGA)是其中一个有效的生物分子网络比对算法。但是生物分子网络数据的规模都比较大,而且由于其拥有生物背景,生物分子网络数据具有一些特殊性。为了能够在可以接受的时间范围内获得大规模生物分子网络的比对结果,使用MPI和统一计算架构(CUDA)对自适应混合算法进行了并行化,在比对中充分考虑生物分子网络的生物学意义,对两种方式进行了对比分析,以寻找更合适生物分子网络的比对方法。
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关键词
生物分子网络比对
自适应
混合算法
并行化
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职称材料
题名
用于生物分子网络比对的自适应匈牙利贪心混合算法的并行化
被引量:
2
1
作者
马进
谢江
戴东波
谭军
张武
机构
上海大学计算机工程与科学学院
上海大学高性能计算中心
出处
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2013年第12期3321-3325,共5页
基金
上海市科委重点资助项目(11510500300)
教育部博士点基金资助项目(20113108120022)
文摘
生物分子网络比对是生物信息学中一个重要领域,是研究生物现象和生命机理的有效手段,而自适应匈牙利贪心混合算法(AHGA)是其中一个有效的生物分子网络比对算法。但是生物分子网络数据的规模都比较大,而且由于其拥有生物背景,生物分子网络数据具有一些特殊性。为了能够在可以接受的时间范围内获得大规模生物分子网络的比对结果,使用MPI和统一计算架构(CUDA)对自适应混合算法进行了并行化,在比对中充分考虑生物分子网络的生物学意义,对两种方式进行了对比分析,以寻找更合适生物分子网络的比对方法。
关键词
生物分子网络比对
自适应
混合算法
并行化
Keywords
biomolecular networks alignment
adaptive
hybrid algorithm
parallelism
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
TP311 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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作者
出处
发文年
被引量
操作
1
用于生物分子网络比对的自适应匈牙利贪心混合算法的并行化
马进
谢江
戴东波
谭军
张武
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2013
2
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参考文献
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