核果类果树中microRNAs的生物信息学预测及验证 被引量：6

1

作者 罗晓燕 侍婷 +1 位作者 蔡斌 高志红 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第2期75-81,共7页

microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用。基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs。从核果类果树的107982条ESTs和48273条GSSs... microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用。基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs。从核果类果树的107982条ESTs和48273条GSSs中搜寻到了11条miRNAs前体序列,编码11条成熟体序列,并预测到19个靶基因,分别编码与生长发育、新陈代谢和转录调节等相关的蛋白。利用miRbase数据库进一步分析表明:11条miRNAs属于8个microRNA家族,分别来自桃和梅,其大小为20～23bp,其中6条为21bp,而且ppe-miR162a和ppe-miR164f保守性最高。采用poly(A)RT-PCR方法随机对预测的ppe-miR156h,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a进行组织表达验证,发现ppe-miR156h在果梅花芽中表达,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a在桃叶片中表达。 展开更多

关键词 MICRORNA 生物信息学预测 李属 核果类果树 表达序列标签 基因组勘测序列

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芸苔属(Brassica)植物中MicroRNA的生物信息学预测与分析 被引量：10

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作者 项安玲 黄思齐 杨志敏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期244-256,共13页

MicroRNA(miRNA)是一类调控基因转录后表达的非编码的小分子RNA.它在生物的发育、细胞增殖、凋亡以及胁迫响应等生物过程中发挥着重要的调控作用.目前,分离和鉴定miRNA的方法主要包括实验方法(遗传筛选、直接克隆)和生物信息学方法.MiRN... MicroRNA(miRNA)是一类调控基因转录后表达的非编码的小分子RNA.它在生物的发育、细胞增殖、凋亡以及胁迫响应等生物过程中发挥着重要的调控作用.目前,分离和鉴定miRNA的方法主要包括实验方法(遗传筛选、直接克隆)和生物信息学方法.MiRNA存在表达丰度低,表达组织特异性,以及受特殊诱导等问题,用传统的实验法常难发现和鉴定miRNA.通过生物信息学方法在已有的各种基因库中寻找未知miRNA,大大提高了人们发现miRNA及其靶基因的效率.芸苔属(Brassica)的成员包括油菜、芜青、甘蓝等,是世界各国主要油料和食用作物.目前,油菜的miRNA的分离和鉴定工作已有文献报道,而其它的尚属空白.本文将拟南芥、水稻等植物已知的miRNA分别与芜青、甘蓝、野芥菜、黑芥菜、埃塞俄比亚芥的GSS和EST数据库进行比对搜索,采用一系列标准进行筛选,最后分别在芜青和甘蓝中预测到67个和95个miRNA.再把这些预测得到的miRNA分别与芜青和甘蓝的mRNA数据库进行比对搜索,分别找到120个和111个靶基因,除去未知功能及功能不详的,各有62个和48个靶基因.分析结果表明,上述大多数靶基因编码的产物为转录因子及重要代谢酶类,涉及植物的生长发育调控、信号转导及胁迫响应等方面. 展开更多

关键词 MICRORNA 生物信息学预测 芜青 甘蓝

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HIV-1 CRF01_AE毒株gp41蛋白生物信息学预测 被引量：2

3

作者 邵继平 谢学立 +2 位作者 刘莹 郭燕子 符健 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期234-238,共5页

目的:对HIV-1 gp41蛋白的膜外区和跨膜区进行预测,并分析该蛋白的结构和功能。方法:从NCBI GenBank数据库获取gp41基因及其蛋白编码序列,利用ExPASy ProtParam tool、ProtScale、SignalP 4.0 Server、TMHMM Server v.2.0、SWISSMODEL、P... 目的:对HIV-1 gp41蛋白的膜外区和跨膜区进行预测,并分析该蛋白的结构和功能。方法:从NCBI GenBank数据库获取gp41基因及其蛋白编码序列,利用ExPASy ProtParam tool、ProtScale、SignalP 4.0 Server、TMHMM Server v.2.0、SWISSMODEL、PredictProtein等工具对gp41蛋白的生物学特性进行预测。结果:HIV-1 gp41基因ORF长度为666 bp,编码222个氨基酸,蛋白分子式为C1164H1815N317O325S6,等电点(isoelectric point,pI)=8.60,属于稳定、疏水性蛋白。该蛋白具有跨膜区,信号肽切割位点位于第20和21位氨基酸处。其二级结构由无规则卷曲、β折叠和α螺旋组成,属于全螺旋型蛋白。而且该蛋白具有N-端信号肽,能引导蛋白分泌到胞外。此外gp41蛋白具有4个蛋白质-蛋白质和1个蛋白质-核酸结合位点,这些位点能调控gp41蛋白的多种生物学功能。结论:对gp41蛋白的结构和功能进行了预测,为深入研究其参与疾病发生发展的分子机制奠定了基础。 展开更多

关键词 HIV-1 包膜糖蛋白gp41 CRF01_AE毒株 生物信息学预测

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成骨不全环状RNA生物信息学分析 被引量：5

4

作者 马翔 鲁艳芹 +6 位作者 王延宙 刘军龙 苏学利 张遥 左清利 任秀智 韩金祥 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期431-436,共6页

目的对成骨不全血清中差异表达的miR-21、miR-26a、miR-29a、miR-29b、miR-30e、miR-34c、miR-133a、miR-145、miR-210、miR-489与miR-1297等共11种miRNAs进行circRNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circRNAs及靶基因间的相互作用。方... 目的对成骨不全血清中差异表达的miR-21、miR-26a、miR-29a、miR-29b、miR-30e、miR-34c、miR-133a、miR-145、miR-210、miR-489与miR-1297等共11种miRNAs进行circRNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circRNAs及靶基因间的相互作用。方法采用starbase软件对11种差异性表达miRNAs相关circRNAs进行预测,将得到的miRNA-circRNA进行频数分布分析并通过cytoscape软件进行网络分析寻找核心分子。采用miRWALK软件对11种差异性表达miRNAs相关靶基因进行预测,将得到的miRWALK-靶基因进行频数分布分析并通过cytoscape,DAVID软件进行网络分析寻找核心分子。结果 Starbase软件对11种不同miRNAs所预测的靶circRNAs的总数量为222个,非重叠circRNAs为141个。其中MIB1_hsa_circ_000886,MIB1_hsa_circ_002013,CPNE1_hsa_circ_000657,CYP4F3_hsa_circ_001395,KIAA1586_hsa_circ_001439与其中4种miRNA相互作用。另有14个circRNAs与3种miRNA相互作用。miRWALK软件对11种不同miRNAs所预测的靶基因中CNOT6、ELF2、NAV3等基因在不同数量级数据库中与相应不同种miRNAs作用密切。通过对11种miRNA相应circRNA以及靶基因生物学预测分析得到YES1基因与miR-133a、miR-145以及FAT1_hsa_circ_000713与LMNB2_hsa_circ_001499之间存在相互作用。PPP2CA与miR-29a、miR-29b、miR-133a以及KIAA1586_hsa_circ_001439之间存在相互作用。NTN4和SRGAP1与miR-26a、miR-145以及RFC1_hsa_circ_001649之间存在相互作用。结论本研究对成骨不全血清中差异表达的11种miRNAs及其相互作用的circRNAs、靶基因与相关信号通路进行了网络分析与预测,为进一步分析之间相互作用奠定了基础。 展开更多

关键词 成骨不全 MIRNA circRNA 靶基因 信号通路 生物信息学预测

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绵羊BTG1基因的半定量RT-PCR及生物信息学分析 被引量：2

5

作者 张菊 杜立新 +1 位作者 李宏滨 魏彩虹 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期911-917,共7页

B细胞易位基因1(BTG1基因)是BTG/TOB基因家族的成员之一,在动物细胞的增殖和分化中起重要的作用.利用牛BTG1基因的mRNA序列与绵羊的EST数据库进行Blast检索,并通过序列拼接和逆转录RT-PCR方法首次获得绵羊BTG1基因的部分cDNA序列(GenBan... B细胞易位基因1(BTG1基因)是BTG/TOB基因家族的成员之一,在动物细胞的增殖和分化中起重要的作用.利用牛BTG1基因的mRNA序列与绵羊的EST数据库进行Blast检索,并通过序列拼接和逆转录RT-PCR方法首次获得绵羊BTG1基因的部分cDNA序列(GenBank登录号FJ444829),其片段长度为1 358 bp,包括完整的开放阅读框516 bp,编码171个氨基酸.半定量PCR研究结果表明:BTG1基因在小尾寒羊和陶赛特羊的10种组织中均表达,并具有一致的表达趋势.同源分析结果表明,绵羊BTG1蛋白的氨基酸序列中存在BTG/TOB的保守结构域,并且该蛋白在不同物种间具有很高的保守性.通过生物信息学预测BTG1蛋白功能,发现绵羊BTG1蛋白存在1个跨膜结构域、8个磷酸化位点和1个特异性蛋白激酶磷酸化位点.蛋白质结构同源建模分析表明,绵羊BTG1蛋白具有BTG/TOB蛋白家族的典型空间结构. 展开更多

关键词 B细胞易位基因1(BTG1基因) CDNA克隆 半定量RT-PCR 生物信息学预测

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miR-430基因簇的生物信息学分析

6

作者 李小慧 王凯 +1 位作者 吴建盛 汤丽华 《南京邮电大学学报（自然科学版）》 北大核心 2014年第2期122-126,132,共6页

很多microRNA(miRNA)基因在基因组上紧密排列形成miRNA基因簇,mir-430是目前已发现的最大miRNA基因簇,但其起源和进化方面却是未知的。为了揭示mir-430基因簇的起源及其在相关物种的进化关系,文中基于miRNA序列同源保守的特点,采用BLAS... 很多microRNA(miRNA)基因在基因组上紧密排列形成miRNA基因簇,mir-430是目前已发现的最大miRNA基因簇,但其起源和进化方面却是未知的。为了揭示mir-430基因簇的起源及其在相关物种的进化关系,文中基于miRNA序列同源保守的特点,采用BLAST程序在NCBI基因数据库中搜索mir-430序列,在14个物种中共搜索到35个mir-430基因序列,这14个物种都为硬骨鱼类。多序列对比发现mir-430基因簇成熟序列的第2到第8位碱基以及第16到第22位碱基为保守序列。进化分析表明七鳃鳗的pma-mir-430基因可能是此基因家族最早出现的基因形式,并且pma-mir-430e可能是其他物种mir-430基因的祖先基因。祖先基因经过个别碱基的缺失及突变、串联重复和大片段重复等方式形成了mir-430基因簇。该研究通过分析不同物种中mir-430基因簇的特征,揭示mir-430基因簇的分子进化规律,为其调控网络和功能研究提供理论基础。 展开更多

关键词 mir-430 基因簇 生物信息学预测 分子进化 miR-430

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稻瘟病菌类LxAR家族基因的预测及表达分析 被引量：2

7

作者 韩艺娟 钟振晖 +2 位作者 吴剑英 鲁国东 王宗华 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期979-986,共8页

在侵染水稻过程中,稻瘟病菌分泌一系列效应因子来抑制寄主免疫系统。无毒效应因子AVR Pii和AvrPiz-t的氨基酸序列含有类LxAR基序,基于此,本研究利用生物信息学技术,从稻瘟病菌基因组中筛选获得了99个含有类LxAR基序的假定效应因子(MoLL... 在侵染水稻过程中,稻瘟病菌分泌一系列效应因子来抑制寄主免疫系统。无毒效应因子AVR Pii和AvrPiz-t的氨基酸序列含有类LxAR基序,基于此,本研究利用生物信息学技术,从稻瘟病菌基因组中筛选获得了99个含有类LxAR基序的假定效应因子(MoLLEs)。该家族蛋白都为小分子蛋白(70~300 aa),富含半胱氨酸氨基,绝大多数为未知功能的蛋白。24个蛋白含已知的功能域,可能涉及了多种生命过程,其中有9个蛋白编码植物细胞壁降解酶。通过表达模式分析发现,MoLLEs家族基因成员的表达受到饥饿胁迫、附着胞生长发育以及侵染水稻等过程的诱导,此外一部分基因受到附着胞发育关键基因PMK1调控。基因表达交叉分析表明,部分基因同时在附着胞发育和致病过程中上调表达。在与水稻的相互作用中,MoLLEs在稻瘟病菌侵染不同阶段均有上调表达,并且部分基因受亲和或非亲和反应特异性诱导。 展开更多

关键词 稻瘟病菌 LxAR效应分子 生物信息学预测 附着胞 侵染 RNA-SEQ

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StFBL25基因的克隆及转基因马铃薯获得

8

作者 特日格乐 白凯黎 +3 位作者 赵利强 郭江波 辛翠花 简磊 《中国马铃薯》 2024年第5期385-393,共9页

马铃薯(Solanum tuberosum L.)F-Box蛋白功能研究尚不完善,尤其是低温响应机制缺乏系统性分析。目前研究主要聚焦于F-Box蛋白的互作网络,其具体功能尚缺乏系统研究,尤其在马铃薯中研究较少。实验室前期通过甲基化扩增敏感多态性技术获... 马铃薯(Solanum tuberosum L.)F-Box蛋白功能研究尚不完善,尤其是低温响应机制缺乏系统性分析。目前研究主要聚焦于F-Box蛋白的互作网络,其具体功能尚缺乏系统研究,尤其在马铃薯中研究较少。实验室前期通过甲基化扩增敏感多态性技术获得了马铃薯低温响应基因StFBL25,鉴定为一类F-Box蛋白编码基因。通过生物信息学分析StFBL25蛋白结构与功能,构建StFBL25基因亚细胞定位载体,观察StFBL25蛋白的亚细胞定位情况。构建StFBL25基因的过表达和干扰表达载体,用于马铃薯的遗传转化。StFBL25基因全长1455 bp,编码484个氨基酸,预测含61个潜在磷酸化位点,蛋白结构预测显示,其主要由α-螺旋、无规则卷曲和延伸链组成。亚细胞定位显示StFBL25定位于细胞核。成功获得StFBL25基因过表达与干扰表达的转基因马铃薯植株,qRT-PCR结果显示,过表达株系3-10中StFBL25表达量较野生型上调213倍,干扰表达株系5-6中StFBL25基因的表达量为野生型的0.097倍。研究结果可为马铃薯抗低温基因的筛选和功能研究提供理论基础。 展开更多

关键词 StFBL25蛋白 生物信息学预测 亚细胞定位 马铃薯

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甘蔗钙依赖蛋白激酶基因克隆与序列分析 被引量：3

9

作者 曹辉庆 蒋胜理 +7 位作者 黄诚梅 邓智年 吴凯朝 徐林 陆珍 陈丽君 李秋凤 魏源文 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期574-580,共7页

【目的】克隆甘蔗钙依赖蛋白激酶基因(ScCDPK1),为其功能解析和育种利用打下基础。【方法】根据甘蔗cDNA文库中的CDPK基因序列信息设计引物,利用RT-PCR克隆ScCDPK1基因,并采用在线生物信息学分析软件对其推导蛋白的理化性质、跨膜结构... 【目的】克隆甘蔗钙依赖蛋白激酶基因(ScCDPK1),为其功能解析和育种利用打下基础。【方法】根据甘蔗cDNA文库中的CDPK基因序列信息设计引物,利用RT-PCR克隆ScCDPK1基因,并采用在线生物信息学分析软件对其推导蛋白的理化性质、跨膜结构、信号肽及保守结构域等进行预测分析。【结果】克隆获得的ScCDPK1基因完整编码区大小1650 bp,编码549个氨基酸,相对分子量61.971 kD,等电点(pI)6.78,不稳定指数35.63。同源性和遗传进化树分析结果显示,ScCDPK1基因与小麦TaCPK7基因亲缘关系最近,同源性达88%;ScCDPK1蛋白与其他已知CDPK蛋白一致,具有CDPKs家族特有的4个保守区域(可变区、蛋白激酶区、自抑制区和钙离子结合区),其二级结构主要由α螺旋(42.80%)和无规则卷曲(32.97%)构成;蛋白功能分类预测结果显示,ScCDPK1蛋白是一种阳离子通道蛋白,可能参与植物胁迫应答、信号转导和翻译调控等生物反应。【结论】ScCDPK1基因编码的蛋白与其他已知CDPK蛋白一致,具有CDPKs家族特有的4个保守区域,是一种阳离子通道蛋白。 展开更多

关键词 甘蔗 钙依赖蛋白激酶基因(CDPK) 克隆 序列分析 生物信息学预测

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血浆microRNA在接触职业性噪声男性工人中的表达

10

作者 丁璐 刘静 +5 位作者 潘丽萍 刘庆东 丁恩民 赵秋妮 王博深 朱宝立 《南京医科大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期90-93,共4页

目的:探讨男性工人血浆mi RNA在非接噪组、接噪组和高频听损组之间的差异表达。方法 :30例男性工人分为非接噪组、接噪组和高频听损组,对其mi RNA的差异表达进行芯片初筛,再用q RT-PCR验证6个mi RNA是否存在差异表达,然后借助GO富集分析... 目的:探讨男性工人血浆mi RNA在非接噪组、接噪组和高频听损组之间的差异表达。方法 :30例男性工人分为非接噪组、接噪组和高频听损组,对其mi RNA的差异表达进行芯片初筛,再用q RT-PCR验证6个mi RNA是否存在差异表达,然后借助GO富集分析和KEGG信号通路分析预测mi RNA推定靶基因可能参与调控的生物学过程和功能。结果:与非接噪组比,接噪组血浆let-7d(P=0.002)、mi R-16(P<0.001)、mi R-24(P<0.001)、mi R-185(P<0.001)和mi R-451a(P=0.011)表达均显著下调;与接噪组相比,高频听损组血浆mi R-16(P<0.001)表达显著上调,且与芯片结果一致。结论:let-7d、mi R-16、mi R-24、mi R-185和mi R-451a可能参与调控机体对噪声刺激的反应过程,并且mi R-16有前景成为噪声导致高频听力损伤的生物标志。 展开更多

关键词 血浆 MICRORNA 噪声 差异表达 生物标志 生物信息学预测

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禽类转录因子与DNA互作的研究方法

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作者 孙婴宁 王维禹 +3 位作者 贾炳豪 盛和宇 于志丹 王宁 《中国家禽》 北大核心 2017年第21期51-55,共5页

在禽类生长发育中,基因的适时适量表达起到至关重要的作用。研究转录因子与DNA的互作,对认识禽类生长发育过程具有重要意义。文章总结了禽类常用的转录因子与DNA互作研究方法,其中:生物信息学预测结合位点有助于针对性的开展后续研究;... 在禽类生长发育中,基因的适时适量表达起到至关重要的作用。研究转录因子与DNA的互作,对认识禽类生长发育过程具有重要意义。文章总结了禽类常用的转录因子与DNA互作研究方法,其中:生物信息学预测结合位点有助于针对性的开展后续研究;电泳迁移率变动分析(Electrophoretic mobility shift assay,EMSA)和染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)能够分别从体外和体内验证转录因子与DNA结合;双荧光素酶报告基因可以鉴定对转录活性的影响。综合运用上述方法可有效开展转录因子-DNA互作研究,有助于揭示禽类生长发育调控机制。 展开更多

关键词 转录因子 DNA 生物信息学预测 电泳迁移率变动分析 染色质免疫共沉淀

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