期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
共找到6,683篇文章
< 1 2 … 250 >
每页显示 20 50 100
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
鸡Fnip1基因克隆、组织表达及生物信息学分析
1
作者 黄正洋 孔令琳 +4 位作者 王钱保 李春苗 吴兆林 黄华云 赵振华 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第1期119-125,共7页
为了明确鸡卵泡素相互作用蛋白1基因(Fnip1)特征及其表达规律,本研究选择苏禽3号黄羽肉鸡为试验材料,运用分子克隆技术扩增了鸡Fnip1基因CDS区序列全长,对其序列特性进行了生物信息学分析,构建了系统进化树;利用RT-qPCR方法检测了Fnip1... 为了明确鸡卵泡素相互作用蛋白1基因(Fnip1)特征及其表达规律,本研究选择苏禽3号黄羽肉鸡为试验材料,运用分子克隆技术扩增了鸡Fnip1基因CDS区序列全长,对其序列特性进行了生物信息学分析,构建了系统进化树;利用RT-qPCR方法检测了Fnip1基因在鸡不同组织中的表达。结果获得鸡Fnip1基因CDS区,序列开放阅读框为3474 bp,位于第13号染色体16191415 bp至16251731 bp之间,编码1157个氨基酸。生物信息学分析结果显示,Fnip1基因有20个外显子,FNIP1蛋白含有FNIP_N、FNIP_M和FNIP_C等3个结构域;进化树显示,鸡先与鸟类聚为一类,再与哺乳动物聚为一支,在禽类上序列保守。FNIP1蛋白为亲水性蛋白,相对分子量为128310,理论等电点为5.25。蛋白质二级结构由α-螺旋(34.40%)、β-折叠(4.06%)、延伸链(13.74%)、无规则卷曲(47.80%)组成。表达分析结果显示,Fnip1基因在鸡的胸肌和腿肌中表达量显著高于其他组织。综上所述,本研究获得了鸡Fnip1基因CDS区序列全长,发现其在鸡肌肉组织中有较高表达。本研究结果可为进一步研究Fnip1基因在鸡肌肉生长发育中的分子机制研究奠定数据支撑。 展开更多
关键词 鸡 Fnip1 基因克隆 表达分析 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
大肠杆菌FliC蛋白D0/D1结构域与Pal蛋白融合蛋白的生物信息学分析及原核表达
2
作者 陈洪 车业贵 +6 位作者 陈长春 丁小丽 邱树磊 陆辉 王永娟 温洪伟 周子祥 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第10期4894-4903,共10页
【目的】构建并表达大肠杆菌FliC蛋白D0/D1结构域与Pal蛋白的融合蛋白,为开发新型禽致病性大肠杆菌(avian pathogenic Escherichia coli,APEC)疫苗提供研究基础。【方法】分析GenBank数据库中大肠杆菌O1血清型菌株的FliC及Pal蛋白氨基... 【目的】构建并表达大肠杆菌FliC蛋白D0/D1结构域与Pal蛋白的融合蛋白,为开发新型禽致病性大肠杆菌(avian pathogenic Escherichia coli,APEC)疫苗提供研究基础。【方法】分析GenBank数据库中大肠杆菌O1血清型菌株的FliC及Pal蛋白氨基酸序列特征,选择FliC蛋白的D0/D1结构域(N-端5-140位氨基酸和C-端499-583位氨基酸)及Pal蛋白主要结构(21-173位氨基酸)构建“三明治型”融合蛋白。对融合蛋白进行理化性质、二级结构、三级结构、抗原性、致敏性及线性和不连续表位预测。通过分子对接和免疫模拟分别评估融合蛋白与免疫受体的结合能力及免疫效果。合成融合蛋白碱基序列并使用pET-28a(+)进行载体构建,采用大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞进行融合蛋白表达,利用镍-琼脂糖凝胶6FF纯化融合蛋白并进行复性,通过Western blotting验证融合蛋白的反应原性。【结果】融合蛋白分子质量为42.72 ku,是亲水蛋白;α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲分别占48.79%、14.25%、6.76%和30.19%,其中α-螺旋主要处于FliC蛋白D0/D1结构域;三级结构拉氏图显示,优势区域中含有的残基数占96.9%。该融合蛋白具有良好的抗原性,无致敏性,含有8个线性表位和5个不连续表位。该融合蛋白与Toll样受体2、4、5均能进行分子对接,且免疫模拟结果显示,该蛋白能引起良好的体液免疫和细胞免疫。经PCR鉴定和测序确定嵌合基因FliCN-Pal-FliCC阳性单克隆并转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,成功表达纯化出融合蛋白FliCN-Pal-FliCC。融合蛋白能与大肠杆菌O1血清型阳性小鼠的血清发生反应。【结论】本研究成功构建并表达了以APEC O1血清型的FliC和Pal蛋白为基础的“三明治”型融合蛋白FliCN-Pal-FliCC,为研发APEC疫苗候选抗原提供研究基础。 展开更多
关键词 大肠杆菌 FliC蛋白 结构域 Pal蛋白 融合蛋白 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
基于生物信息学筛选小鹅瘟差异表达基因及潜在治疗中药预测
3
作者 王劭 孙雪岩 +6 位作者 张烨淳 袁孝武 徐见光 邝启红 陈少莺 陈仕龙 俞道进 《福建农业学报》 北大核心 2025年第3期253-261,共9页
【目的】通过生物信息学方法筛选小鹅瘟(gosling plague, GP)相关数据集的致病核心基因及主要信号通路,预测潜在治疗靶点和有效干预中药。【方法】通过收集GeneCards数据库中GP相关靶点并经Uniprot数据库标准化,提取基因表达综合数据库(... 【目的】通过生物信息学方法筛选小鹅瘟(gosling plague, GP)相关数据集的致病核心基因及主要信号通路,预测潜在治疗靶点和有效干预中药。【方法】通过收集GeneCards数据库中GP相关靶点并经Uniprot数据库标准化,提取基因表达综合数据库(gene expression omnibus, GEO)肠道炎症数据集(GSE14841)和营养不良数据集(GSE43698),合并使用R语言Limmar包筛选GP的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论(GeneOntology,GO)分析以及京都基因与基因组百科全书(Kyoto EncyclopediaofGenesandGenomes,KEGG)富集分析,通过STRING数据库构建蛋白互作网络(protein-protein interaction network, PPI),Cytoscape软件及其插件筛选子网络核心基因。将核心基因与Coremine Medical数据库相互映射,筛选能够治疗GP的潜在中药。【结果】共筛选得到58个DEGs。富集分析结果显示,DEGs主要参与宿主细胞膜受体识别病毒蛋白、细胞质水解酶与转移酶活性等生物过程,定位于肌动蛋白细胞骨架(actin cytoskeleton,AC),环鸟苷酸-腺苷酸合成酶和干扰素基因刺激因子(cytosolic DNA-Sensing and the STING, cGAS-STING)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MARK)与Toll样受体(toll-like receptor, TLR)信号通路。通过PPI鉴定出Degree值前10名关键基因:干扰素诱导螺旋酶C结构域3(interferon induced with helicase C domain 3,IFIH3)、干扰素诱导螺旋酶C结构域1(interferon induced with helicase C domain 1, IFIH1)、线粒体抗病毒信号蛋白(mitochondrial antiviral signaling protein, MAVS)、C-C趋化因子配体5(C-C motif chemokine ligand 5, CCL5)、Toll样受体4(toll-like receptor 4, TLR4)、核因子κB(nuclear factor-kappa B, NF-κB)、Ras相关C3毒素底物2(ras-related C3botulinumtoxinsubstrate2,RAC2)、 Toll样受体9(toll-likereceptor9,TLR9)、早期生长应答基因1(earlygrowth response1,EGR1)、 Erb-B2受体酪氨酸激酶3(erb-B2receptortyrosinekinase3,ERBB3)。TLR4、 TLR9、 NF-κB、ERBB3为筛选到的GP感染性炎症4个核心基因。预测出治疗GP的潜在中药50种,中药类别主要包括清热解毒药、补虚药、解表药、收敛止泻药等4类。【结论】本研究应用生物信息学方法明确了与GP相关的4个核心基因以及50种潜在靶向中药,为防治GP的天然药物研发提供了新思路与理论依据。 展开更多
关键词 小鹅瘟 鹅细小病毒 中药预测 虚拟筛选 生物信息学
在线阅读 下载PDF
上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒流行株HN基因遗传进化和生物信息学分析
4
作者 刘健 周锦萍 +8 位作者 徐卫兵 白艺兰 杨显超 桂亚萍 夏琦琦 徐锋 沈莉萍 刘佩红 王建 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5371-5380,共10页
【目的】了解上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒(PPMV-1)流行株HN基因遗传进化情况,探讨PPMV-1免疫失败的原因,为研发PPMV-1新型疫苗和抗病毒药物提供技术支持。【方法】采集临床送检疑似PPMV-1感染鸽样品(脑、气管、肺脏、肝脏、胰腺和脾脏),应用... 【目的】了解上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒(PPMV-1)流行株HN基因遗传进化情况,探讨PPMV-1免疫失败的原因,为研发PPMV-1新型疫苗和抗病毒药物提供技术支持。【方法】采集临床送检疑似PPMV-1感染鸽样品(脑、气管、肺脏、肝脏、胰腺和脾脏),应用RT-PCR方法进行PPMV-1鉴定,阳性样品进行HN基因测序和遗传进化分析,并通过生物信息学在线软件对HN蛋白结构功能进行分析。【结果】送检鸽鉴定为PPMV-1阳性,其HN基因全长为2002 bp,编码区全长1716 bp,编码571个氨基酸,与PPMV-1国内分离株Pi/SH/CH/0617/2013核苷酸相似性最高,为99.8%,与新城疫(NDV)疫苗株La Sota和Mukteswar核苷酸相似性分别只有83.6%和85.5%。遗传进化分析显示,流行株属于NDV ClassⅡ群Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,与NDV国内分离株Pi/SH/CH/0617/2013和pigeon/Ningxia/2068/2016同处一个分支,与La Sota和Mukteswar处于不同分支。HN蛋白为亲水性蛋白,分子质量约为62.71 ku,理论等电点(pI)为7.88,半衰期为30 h,不稳定系数为30.44,脂肪系数为85.48;该蛋白主要分布在线粒体和细胞质中,无信号肽,含有1个跨膜结构、5个潜在的N-糖基化位点、105个O-糖基化位点、13个半胱氨酸残基和75个磷酸化位点。HN蛋白二级结构、三级结构预测以无规则卷曲占比最高,其次为β-折叠和α-螺旋;B细胞抗原表位预测显示,HN蛋白含有10个抗原表位(氨基酸长度≥7)。【结论】上海地区PPMV-1流行株属于NDV强毒株的ClassⅡ群Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,其HN蛋白具有较好的抗原表位,可作为PPMV-1疫苗研制和抗病毒治疗的靶蛋白。本研究结果为PPMV-1 HN基因遗传进化、蛋白表达、新型疫苗研发和抗病毒药物的筛选等提供理论依据。 展开更多
关键词 鸽Ⅰ型副黏病毒(PPMV-1) HN基因 遗传进化分析 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
生物信息学和分子对接分析HuNoVs非结构蛋白NS3
5
作者 王道 肖亚梅 刘丹 《微生物学杂志》 北大核心 2025年第1期85-95,共11页
为了深入探究人类诺如病毒(Human noroviruses,HuNoVs)的NS3非结构蛋白的结构特征和小分子药物,运用多种生物信息学方法ProtParam、ProtScale、SignalP 5.0、TMHMM 2.0、NCBI Conserved Domains、SOPMA、SWISS-MODEL、YinOYang 1.2、Net... 为了深入探究人类诺如病毒(Human noroviruses,HuNoVs)的NS3非结构蛋白的结构特征和小分子药物,运用多种生物信息学方法ProtParam、ProtScale、SignalP 5.0、TMHMM 2.0、NCBI Conserved Domains、SOPMA、SWISS-MODEL、YinOYang 1.2、NetPhos 3.1、ABCpred、SYFPEITHI、Prankweb和Discovery Studio等预测NS3蛋白的同源性、理化性质、翻译后修饰位点、二级/三级结构、B/T细胞抗原表位、活性口袋位点及抑制化合物。HuNoVs的NS3蛋白是由363个氨基酸组成的稳定亲水性蛋白,相对分子量为39748.79 Da,理论等电点为6.37;NS3蛋白与其他病毒解旋酶序列相似性为32.52%,无信号肽和跨膜结构,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,具有2个功能结构域,38个O-糖基化位点和21个磷酸化位点,7个B-细胞抗原表位和19个T-细胞抗原表位;还存在6个活性口袋位置和5个潜在的小分子抑制化合物。本文为阐明人类诺如病毒非结构蛋白NS3的结构和在病毒性肠胃炎中的作用机制提供了理论依据,也为研发和筛选新疫苗和药物奠定了基础。 展开更多
关键词 人类诺如病毒 非结构蛋白NS3 生物信息学 分子对接
在线阅读 下载PDF
山新杨谷胱甘肽转移酶基因的生物信息学与表达模式分析
6
作者 黄颖 遇文婧 +1 位作者 刘雪峰 刁桂萍 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期248-256,共9页
【目的】分析山新杨谷胱甘肽转移酶(GST)基因的表达模式,为深入研究木本植物GST基因的功能提供基础。【方法】克隆山新杨GST基因并进行生物信息学分析,通过荧光定量PCR技术分析GST基因在植物激素及非生物胁迫下的表达模式。【结果】克隆... 【目的】分析山新杨谷胱甘肽转移酶(GST)基因的表达模式,为深入研究木本植物GST基因的功能提供基础。【方法】克隆山新杨GST基因并进行生物信息学分析,通过荧光定量PCR技术分析GST基因在植物激素及非生物胁迫下的表达模式。【结果】克隆了3个PdbGST基因家族成员,分别命名为PdbGST1、PdbGST2和PdbGST3,cDNA全长分别为678、660和690 bp,编码氨基酸分别为225、219和229个,形成的蛋白质均为稳定亲水酸性蛋白,且均定位于细胞质。同时,这3个蛋白质均具有谷胱甘肽转移酶的典型结构,且其启动子区域具有能够响应生物或非生物胁迫以及植物激素的元件。此外,这3个基因的表达不同程度地受外源植物激素或非生物胁迫诱导。【结论】3个PdbGST基因均能够不同程度地响应非生物胁迫或外源植物激素的诱导,可能参与到杨树对逆境胁迫的响应过程中。 展开更多
关键词 谷胱甘肽转移酶 生物信息学分析 基因表达模式 山新杨
在线阅读 下载PDF
基于生物信息学技术探讨保和丸对食滞胃肠型急性肠炎的药效物质基础及保护机制
7
作者 杜杰 韩思明 +3 位作者 韩宝娟 吴琳 张清璇 王忠 《辽宁中医杂志》 北大核心 2025年第11期29-32,I0002,I0003,共6页
目的基于生物信息学技术探讨保和丸对食滞胃肠型急性肠炎的药效物质基础及保护机制。方法选取132例在2021年11月—2024年11月于该院就诊的食滞胃肠型急性肠炎患者,将其分为对照组、观察组,各66例。对照组给予常规治疗;观察组给予保和丸... 目的基于生物信息学技术探讨保和丸对食滞胃肠型急性肠炎的药效物质基础及保护机制。方法选取132例在2021年11月—2024年11月于该院就诊的食滞胃肠型急性肠炎患者,将其分为对照组、观察组,各66例。对照组给予常规治疗;观察组给予保和丸。保和丸活性成分及靶点筛选;通过Genecards、OMIM、DisGeNET、Drugbank数据库,获取食滞胃肠型急性肠炎相关靶点,将从不同数据库获得的靶点进行汇总,去除重复靶点,得到食滞胃肠型急性肠炎的疾病靶点集合;将保和丸活性成分的作用靶点与食滞胃肠型急性肠炎相关靶点导入Venny 2.1软件,进行交集分析,得到保和丸治疗食滞胃肠型急性肠炎的潜在作用靶点;将交集靶点导入STRING数据库,构建PPI网络;将交集靶点导入DAVID数据库,进行KEGG通路富集分析。结果相比于对照组总有效率68.18%(45/66),观察组总有效率89.39%(59/66)(P<0.05)。删重后共得到保和丸对应靶点278个。合并全部成分去重后得到75种活性成分,包括连翘脂素、槲皮素、川陈皮素、山柰酚、橙皮苷、叶酸、莱菔素、淀粉酶等活性成分。保和丸作用靶点278个,食滞胃肠型急性肠炎潜在靶点1549个。将保和丸成分靶点与变应性鼻炎取交集后,得到121个共同靶点。对节点拓扑参数进行分析,其中槲皮素、川陈皮素、橙皮苷、莱菔素、淀粉酶值均≥20,可能是保和丸治疗食滞胃肠型急性肠炎的主要活性成分。将共同的121个交集靶点进行PPI网络构建。采用Cytoscape软件获得了20个关键性靶点,其中涵盖AKT1、IL-6、TNF、MAPK1、JUN、TP53、EGFR、STAT3、VEGFA、FOS等10个核心靶点。进行KEGG富集分析,共获得158条结果。结论初步鉴定了保和丸防治食滞胃肠型急性肠炎的潜在药效成分并预测其作用靶点,为该方药效物质基础及作用机制的深入研究提供价值。 展开更多
关键词 生物信息学技术 保和丸 食滞胃肠型急性肠炎 药效物质基础 保护机制
在线阅读 下载PDF
牛骨胶原蛋白肽对于血管紧张素转化酶和二肽基肽酶-Ⅳ抑制活性的生物信息学预测及验证
8
作者 李永富 陈珺雯 +2 位作者 周玲 黄金荣 史锋 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第15期166-173,共8页
为进一步挖掘牛骨胶原蛋白肽的功能,该研究采用生物信息学方法对其血管紧张素转化酶(angiotensin-converting enzyme,ACE)和二肽基肽酶-Ⅳ(dipeptidyl peptidase-Ⅳ,DPP-Ⅳ)的抑制活性进行高效分析预测。通过生物信息学筛选出60条新的... 为进一步挖掘牛骨胶原蛋白肽的功能,该研究采用生物信息学方法对其血管紧张素转化酶(angiotensin-converting enzyme,ACE)和二肽基肽酶-Ⅳ(dipeptidyl peptidase-Ⅳ,DPP-Ⅳ)的抑制活性进行高效分析预测。通过生物信息学筛选出60条新的具有潜在生物活性的肽,并预测出对ACE和DPP-Ⅳ具有潜在抑制活性;分子对接可视化结果显示,肽可以与酶的活性位点通过氢键和疏水相互作用产生结合,从而发挥抑制作用。体外实验表明,牛骨胶原蛋白肽对ACE、DPP-Ⅳ的半抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC_(50))分别为3.48 mg/mL和19.94 mg/mL,其对于ACE具有较强的抑制活性,符合生物信息学的活性预测结果。该研究通过生物信息学方法预测并验证了牛骨胶原蛋白肽具有良好的ACE和DPP-Ⅳ抑制活性,这为应用生物信息学预测牛骨胶原蛋白肽的功能提供了科学指导。 展开更多
关键词 牛骨胶原蛋白肽 血管紧张素转化酶 二肽基肽酶-Ⅳ 生物信息学 分子对接 验证
在线阅读 下载PDF
柱花草胶孢炭疽菌转录因子CgHapX的克隆及生物信息学分析
9
作者 陆英 张巍懿 +4 位作者 贺春萍 梁艳琼 黄兴 易克贤 吴伟怀 《热带农业工程》 2025年第2期1-7,共7页
柱花草(Stylosanthes spp.)是全球热带地区栽培面积最大、应用最广泛的优良豆科牧草。由胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)引起的柱花草炭疽病(Stylo anthracnose)是柱花草的一种毁灭性病害。炭疽菌转录因子CgHapX是铁稳态调... 柱花草(Stylosanthes spp.)是全球热带地区栽培面积最大、应用最广泛的优良豆科牧草。由胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)引起的柱花草炭疽病(Stylo anthracnose)是柱花草的一种毁灭性病害。炭疽菌转录因子CgHapX是铁稳态调控系统的关键因子,参与调控铁稳态途径相关基因的表达,与病原菌生长和致病力相关,目前有关柱花草胶孢炭疽菌CgHapX转录因子参与铁稳态调控系统相关研究尚未开展。本研究使用PCR克隆技术获得柱花草胶孢炭疽菌CgHapX基因cDNA全长序列,并通过生物信息学方法对序列进行结构和功能预测。结果表明:柱花草胶孢炭疽菌CgHapX基因包含一个1512 bp的开放阅读框架,编码504个氨基酸,其中脯氨酸含量最高,占比为11.70%;系统进化树显示,CgHapX蛋白与草莓炭疽病菌(C.aenigma,C.siamense)bZIP蛋白的亲缘关系为98.74%;该蛋白含典型bZIP结构域,二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,分别占27.98%、71.43%,无跨膜结构,为亲水性蛋白。本研究为深入研究柱花草胶孢炭疽菌CgHapX基因分子生物学功能奠定理论基础,为靶标农药的生产及高效防控体系的建立提供理论依据。 展开更多
关键词 柱花草 CgHapX 基因克隆 生物信息学
在线阅读 下载PDF
大麻类纤维素合酶基因家族生物信息学分析
10
作者 郭蓉 吕品 +7 位作者 张庆滢 张园 陈璇 许艳萍 郭孟璧 字雪靖 杨若菡 杨明 《贵州农业科学》 2025年第1期1-9,共9页
【目的】探明大麻类纤维素合酶(Cellulose synthase-like,Csl)基因家族成员的结构和功能,为调控大麻生长发育提供参考。【方法】通过生物信息学方法对大麻Csl家族成员的理化性质、系统进化、基因结构和保守基序及启动子顺式作用元件等... 【目的】探明大麻类纤维素合酶(Cellulose synthase-like,Csl)基因家族成员的结构和功能,为调控大麻生长发育提供参考。【方法】通过生物信息学方法对大麻Csl家族成员的理化性质、系统进化、基因结构和保守基序及启动子顺式作用元件等进行分析。【结果】从大麻中共鉴定得到24个Csl家族成员,除7号染色体外其余9条染色体上均有成员分布,各成员外显子数目为3~9个。系统进化树分析显示,24个家族成员被分为CslA、CslB、CslC、CslD、CslE、CslG共6个亚族,其中CslC和CslD成员最多,均有6个。保守基序分析发现,Motif2和Motif3在6个亚族蛋白中均有分布,而Motif6、Motif8和Motif9仅在CslA和CslC亚族蛋白中分布,Motif1、Motif4、Motif7和Motif10仅在CslB、CslD、CslE和CslG亚族蛋白中分布。CsCsls基因启动子区域包含光响应、激素诱导元件、逆境响应元件和MYB结合位点。经公共转录组数据分析发现,除CsCslB2在叶中特异表达外,大部分成员在根和茎中表达水平明显高于叶片。不同亚族成员在茎秆不同组织和不同部位及下胚轴不同发育时期的表达量也存在一定差异。【结论】推测Csl家族基因除介导大麻纤维中半纤维素合成外,还参与大麻生长发育和逆境响应等其他生物学进程。 展开更多
关键词 大麻 半纤维素 类纤维素合酶 基因家族 生物信息学 逆境响应
在线阅读 下载PDF
水稻龙粳31和稻花香2号简化基因组测序与生物信息学分析
11
作者 李洪亮 程杜娟 +5 位作者 孙玉友 魏才强 曲金玲 解忠 宋泽 时新瑞 《黑龙江农业科学》 2025年第6期1-8,共8页
为分析黑龙江省第三积温带和第一积温带寒地粳稻重要种质资源龙粳31和稻花香2号的基因型,促进寒地粳稻育种研究,以龙粳31和稻花香2号为试验材料,对其简化基因组进行了测序及生物信息学分析。结果表明,共获得17410个变异位点,其中15123个... 为分析黑龙江省第三积温带和第一积温带寒地粳稻重要种质资源龙粳31和稻花香2号的基因型,促进寒地粳稻育种研究,以龙粳31和稻花香2号为试验材料,对其简化基因组进行了测序及生物信息学分析。结果表明,共获得17410个变异位点,其中15123个SNP变异,2287个InDel变异。在SNP变异中,有10944个是转换类型(A/G和C/T),有4179个是颠换类型(A/C、A/T、C/G和G/T),转换颠换比(Ts/Tv)为2.62。在两个水稻品种中,SNP和InDel变异数量分布最多的为水稻8号和10号染色体,其次为水稻3号、4号、6号、11号和12号染色体,且在SNP变异数量分布较多的染色体上其InDel数量也相对较多。同时对基因、内含子、外显子、各类突变和非编码片段等注释结果进行了分类,在两个品种间获得了较为详细的参考序列对应等位基因和非参考序列等位基因信息,以及SNP和InDel的变异注释等。 展开更多
关键词 水稻 简化基因组 测序 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
野桑蚕全长转录组测序及生物信息学分析
12
作者 孟刚 王瑞娴 +5 位作者 楚渠 彭云武 杨金宏 陈安利 张笙源 凌君 《湖北农业科学》 2025年第6期197-206,共10页
采用二代测序(Illumina RNA-Seq)校正三代测序(PacBio ISO-Seq)的方法对野桑蚕(Bombyx mandarina)进行全长转录组测序,探究野桑蚕蛹不同滞育期的基因表达特征,深入探索基因组功能信息。通过测序和组装共获得93616个全长转录本,其序列长... 采用二代测序(Illumina RNA-Seq)校正三代测序(PacBio ISO-Seq)的方法对野桑蚕(Bombyx mandarina)进行全长转录组测序,探究野桑蚕蛹不同滞育期的基因表达特征,深入探索基因组功能信息。通过测序和组装共获得93616个全长转录本,其序列长度为327~33273 bp,平均长度为2631 bp,N50为3204 bp。通过整合COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss Prot、eggNOG和NR功能数据库的注释结果,共获得82796个功能注释基因。利用全长转录本数据,共鉴定出17189个lncRNA、87921个SSR分子标记及49432个开放阅读框(ORF);ORF编码蛋白的长度为0~1522 aa,平均长度为305 aa。通过对野桑蚕蛹不同滞育期的基因表达情况进行分析,共获得差异表达基因5780个,其中2269个差异表达基因获得GO注释,1590个差异表达基因获得KEGG注释。 展开更多
关键词 野桑蚕(Bombyx mandarina) 全长转录组 测序 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
基于网络药理学和生物信息学探讨仙鹤草抗胃癌、肝癌和食管癌的共同分子机制
13
作者 余水红 查洁 刘慧娟 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第5期646-651,共6页
目的:探讨仙鹤草抗胃癌、肝癌和食管癌的共同分子机制。方法:通过TCMSP和Uniprot数据库获取仙鹤草的有效成分及其作用靶基因,利用GeneCards、OMIM和TTD数据库获取胃癌、肝癌和食管癌的相关基因,两者取交集确定共同靶基因,通过UALCAN数... 目的:探讨仙鹤草抗胃癌、肝癌和食管癌的共同分子机制。方法:通过TCMSP和Uniprot数据库获取仙鹤草的有效成分及其作用靶基因,利用GeneCards、OMIM和TTD数据库获取胃癌、肝癌和食管癌的相关基因,两者取交集确定共同靶基因,通过UALCAN数据库分析共同靶基因的转录水平,筛选关键靶基因,对关键靶基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。采用PubChem、RCSB数据库及AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接,初步验证仙鹤草活性成分与P53信号通路上游基因的对接亲和力。通过细胞实验验证仙鹤草对胃癌HCG27细胞增殖、周期分布、凋亡及P53、MDM2、CDKN2A和CHEK2蛋白表达的影响。结果:共筛选出鞣酸、山柰酚、儿茶酸、木樨草素、檞皮素5个活性成分和46个关键靶基因,主要富集于P53信号通路、胰腺癌、乙型肝炎、细胞衰老等,5个活性成分与P53信号通路蛋白P53、MDM2、CDKN2A、CHEK2均具有强烈结合活性(结合能均<-25.1 kJ/mol)。细胞实验结果表明,随着仙鹤草剂量的增加,G0/G1期细胞比例上升,而S期细胞比例下降,细胞凋亡率升高(P<0.05)。低剂量(50 ng/L)仙鹤草作用48 h后,HCG27细胞中P53、CDKN2A和CHEK2蛋白表达均升高(P<0.05);高剂量(100 ng/L)条件下,P53、MDM2和CDKN2A蛋白的表达下降,而CHEK2蛋白的表达持续升高(P<0.05)。结论:P53信号通路可能是仙鹤草抗胃癌、肝癌和食管癌的共同分子机制。 展开更多
关键词 仙鹤草 胃癌 肝癌 食管癌 网络药理学 生物信息学
在线阅读 下载PDF
谷子SiNF-YA亚家族基因的生物信息学分析与抗旱基因挖掘
14
作者 王春芳 张霈涵 +3 位作者 史慎奎 杨佳怡 王玉芳 祁东梅 《河北大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期82-90,共9页
为探究谷子(Setaria italica)SiNF-YA亚家族基因的功能,首先,利用多个在线网站对谷子10个SiNF-YA亚家族基因进行了相关的生物信息学分析;其次,利用Ubuntu系统和RStudio软件对谷子SiNF-YA基因进行单倍型分析;最后,通过对转录组数据的分析... 为探究谷子(Setaria italica)SiNF-YA亚家族基因的功能,首先,利用多个在线网站对谷子10个SiNF-YA亚家族基因进行了相关的生物信息学分析;其次,利用Ubuntu系统和RStudio软件对谷子SiNF-YA基因进行单倍型分析;最后,通过对转录组数据的分析,探究谷子SiNF-YA5亚家族基因在干旱敏感品种、耐旱品种各组织中的表达量差异.结果表明,谷子SiNF-YA亚家族基因分布在4条染色体上,主要定位于细胞核和胞外分泌中,其启动子区含有与非生物胁迫响应相关的顺式作用元件.同时该基因亚家族成员与抗旱性具有很强的相关性,并且谷子SiNF-YA5亚家族基因在PEG处理前后,叶片和根部的表达量具有显著性差异.本研究为谷子抗旱品种的育种提供理论支持. 展开更多
关键词 谷子 SiNF-YA亚家族基因 抗旱 生物信息学分析 单倍型分析
在线阅读 下载PDF
基于“认知—实训—动手”三层次的生物信息学课程教学改革实践
15
作者 沈丹宇 叶文武 董莎萌 《安徽农学通报》 2025年第14期118-121,共4页
为培养具有创新意识和实践动手能力的应用型人才,本文对植物保护专业生物信息学课程引入“认知—实训—动手”三层次教学模式的应用基础进行分析,并进行教学改革实践。应用基础包括3个层次,在认知层次,学生主要学习基础理论知识,培养学... 为培养具有创新意识和实践动手能力的应用型人才,本文对植物保护专业生物信息学课程引入“认知—实训—动手”三层次教学模式的应用基础进行分析,并进行教学改革实践。应用基础包括3个层次,在认知层次,学生主要学习基础理论知识,培养学习兴趣;在实训层次,通过案例分析、模拟数据操作等方式,培养实践能力;在动手层次,通过创新实验、科研项目等,培养解决问题的能力。教学改革实践方面,认知层次融合专业理论知识,构建跨学科知识体系,创新教学方法;实训层次强化实践技能,设计具有植保特色的实训项目,完善实训设施和师资队伍;动手层次推动跨学科创新实践,促进科研项目与实习相结合,组织参加跨学科竞赛活动。此外,采用多元化评价方式,强调结果性评价,引入学生自评和互评,建立综合评价档案。实践结果表明,该教学改革产生了良好的效果,90%的学生熟练掌握了该课程常用工具的实践操作技能,如序列比对、进化树构建和生物数据库的使用等;累计16个学生团队凭借课程学习成果申报并获批校级大学生创新训练项目。本文为培养更多高素质、信息化的智慧植保人才提供参考。 展开更多
关键词 植物保护 生物信息学 跨学科融合 病虫害鉴定
在线阅读 下载PDF
家蚕分子伴侣HSP40/DnaJ-1蛋白的生物信息学分析
16
作者 高瑞娜 《北方蚕业》 2025年第2期17-23,共7页
分子伴侣在病毒感染中具有免疫保护作用。为研究家蚕分子伴侣HSP40/DnaJ-1的功能,对HSP40/DnaJ-1的理化性质、亲水/疏水性、磷酸化/糖基化位点、二级结构、三级结构、跨膜结构、互作蛋白及同源性等进行了分析和预测。结果表明,家蚕HSP40... 分子伴侣在病毒感染中具有免疫保护作用。为研究家蚕分子伴侣HSP40/DnaJ-1的功能,对HSP40/DnaJ-1的理化性质、亲水/疏水性、磷酸化/糖基化位点、二级结构、三级结构、跨膜结构、互作蛋白及同源性等进行了分析和预测。结果表明,家蚕HSP40/DnaJ-1基因共编码408个氨基酸,29个磷酸化位点、1个N-糖基化位点和8个O-糖基化位点,是不稳定的亲水蛋白,含信号肽,不含跨膜结构。α-螺旋和无规则卷曲是二级结构的主要存在形式,与之互作的蛋白主要以不同家族的分子伴侣为主。同源进化分析发现,家蚕的HSP40/DnaJ-1蛋白与鳞翅目昆虫草地贪夜蛾、斜纹夜蛾、小蜡螟和大蜡螟的亲缘关系较近。本研究为鳞翅目害虫防控策略的制定提供参考依据,并为家蚕抗病毒免疫机制研究提供新的线索。 展开更多
关键词 家蚕 分子伴侣 HSP40/DnaJ-1蛋白 生物信息学
在线阅读 下载PDF
以成果为导向的生物信息学课程改革与实践 被引量：1
17
作者 赵帆 宋永波 +3 位作者 王淼 赵勇山 汪琳 张景海 《生物学杂志》 北大核心 2025年第2期121-126,共6页
针对高校生物信息学课程的教学现状及核心问题,基于成果导向教育的理念,从理论学习、技术实践应用、跨学科应用等3个层次,分别以学习能力、实践能力和工程思维为核心目标,提出递进式的改革策略以及与之呼应的实施方法及评价方式,以期能... 针对高校生物信息学课程的教学现状及核心问题,基于成果导向教育的理念,从理论学习、技术实践应用、跨学科应用等3个层次,分别以学习能力、实践能力和工程思维为核心目标,提出递进式的改革策略以及与之呼应的实施方法及评价方式,以期能够有效实现培养学生理论性运用、灵活掌握及系统化使用生物信息学技术的能力。所提出的改革措施,旨在强化不同专业背景、产业需求的复合型人才的培养和输出,有助于缩短高校人才培养与生物医药行业相关岗位要求之间的差距,具有重要的现实意义。 展开更多
关键词 生物信息学 成果导向教育 课程建设 人才培养 改革措施
在线阅读 下载PDF
夏栎抗性基因MBF1家族生物信息学分析及逆境响应研究 被引量：2
18
作者 王寒葶 张秋月 +5 位作者 叶艺 吴涵 吴泓毅 陈小红 杨汉波 惠文凯 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第1期193-204,共12页
【目的】探究夏栎抗性基因QrMBF1家族基因特征和逆境调控机制,为培育优质的夏栎种质资源提供理论基础及数据支持。【方法】结合已公布的夏栎基因组数据库,采用生物信息学研究方法对夏栎MBF1家族成员进行核酸和蛋白序列分析;采用荧光定量... 【目的】探究夏栎抗性基因QrMBF1家族基因特征和逆境调控机制,为培育优质的夏栎种质资源提供理论基础及数据支持。【方法】结合已公布的夏栎基因组数据库,采用生物信息学研究方法对夏栎MBF1家族成员进行核酸和蛋白序列分析;采用荧光定量PCR技术解析夏栎QrMBF1s在7种不同组织中的表达模式及其对逆境的响应情况。【结果】夏栎共有2个MBF1家族成员,分别为429 bp位于8号染色体的QrMBF1b和432 bp位于2号染色体的QrMBF1c,且均为亲水性的稳定蛋白;QrMBF1家族成员的启动子序列均富含响应光照、低氧和干旱等非生物胁迫的顺式作用元件;QrMBF1b主要在根部高表达,而QrMBF1c在成熟茎、成熟叶和顶芽中表达量相对较高;夏栎QrMBF1s能够响应外源高温和水淹处理,其中QrMBF1c在逆境处理后3 h即可快速响应并显著上调。【结论】夏栎QrMBF1家族可能参与了植物的逆境调控过程,尤其是对水淹和高温条件的响应过程。本研究所获结果,对于进一步揭示QrMBF1s抗逆性的调控机制,推动夏栎抗性育种工作具有重要意义。 展开更多
关键词 夏栎 MBF1 植物抗逆 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
类风湿性关节炎中氧化应激与免疫浸润的生物信息学分析 被引量：2
19
作者 高志 吴傲 +1 位作者 胡仲翔 孙培养 《南方医科大学学报》 北大核心 2025年第4期862-870,共9页
目的探索类风湿关节炎中氧化应激和免疫浸润的作用。方法从GEO数据库中获取类风湿关节炎数据集GSE55235(10例类风湿关节炎样本和10例健康对照样本)和GSE55457(13例类风湿关节炎样本和10例健康对照样本),将两个数据集作为实验数据集进行... 目的探索类风湿关节炎中氧化应激和免疫浸润的作用。方法从GEO数据库中获取类风湿关节炎数据集GSE55235(10例类风湿关节炎样本和10例健康对照样本)和GSE55457(13例类风湿关节炎样本和10例健康对照样本),将两个数据集作为实验数据集进行合并,使用R语言获取类风湿关节炎样本和正常关节样本的差异表达基因,并与氧化应激相关基因取交集得到差异表达氧化应激基因。对差异表达氧化应激基因进行KEGG和GO富集分析,利用GSEA方法评估与类风湿关节炎相关的通路和生物过程。使用STRING在线平台和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,使用Cytoscape软件中的Degree算法计算出前10名关键基因。从GEO数据库中获取到数据集GSE1919作为验证数据集,对计算出的前十名关键基因进行验证及ROC曲线分析,得到核心基因。利用CIBERSORT来评估免疫细胞的浸润情况,使用qRT-PCR验证得到的结果的准确性。结果得到了89个差异表达氧化应激基因;富集分析结果显示,差异表达氧化应激基因的主要聚焦点包括氧化应激、化学应激的反应、对活性氧的反应和脂多糖反应等生物学过程;得到了5个核心基因(STAT1、MMP9、MYC、CCL5、JUN),5个核心基因的ROC曲线下面积都大于0.7,其对类风湿关节炎的预测具有良好的敏感性和特异性;核心基因与免疫细胞密切相关,且大多与T细胞相关;qRT-PCR结果显示,5个核心基因在类风湿关节炎样本和正常关节样本中的表达存在显著差异(P<0.05)。结论类风湿关节炎中存在氧化应激与免疫反应过程,且免疫反应参与激活氧化应激,核心基因及可作为诊断类风湿关节炎的新型标志物。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 氧化应激 免疫浸润 生物标志物 生物信息学
在线阅读 下载PDF
基于生物信息学筛选肝脏缺血-再灌注损伤泛凋亡关键基因 被引量：2
20
作者 朱丽容 郭乾 +7 位作者 杨洁 张秋雯 何贵柠 虞燕青 文宁 董建辉 李海滨 孙煦勇 《器官移植》 北大核心 2025年第1期106-113,共8页
目的探讨泛凋亡与肝脏缺血-再灌注损伤(HIRI)之间的关系,筛选HIRI的泛凋亡关键基因。方法通过基因表达综合数据库和GeneCards数据库获得泛凋亡相关差异表达基因(PDG)。通过基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)以及基因集富集... 目的探讨泛凋亡与肝脏缺血-再灌注损伤(HIRI)之间的关系,筛选HIRI的泛凋亡关键基因。方法通过基因表达综合数据库和GeneCards数据库获得泛凋亡相关差异表达基因(PDG)。通过基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)以及基因集富集分析(GSEA)探索PDG相关的生物学途径。构建蛋白质相互作用网络。筛选关键基因,评估关键基因的诊断价值,并在HIRI小鼠中进行验证。基于转录样本中不同细胞类型相对丰度算法进行免疫细胞浸润分析。结果经筛选共获得16个PDG。GO结果显示,PDG与细胞代谢密切相关;KEGG结果显示,PDG主要富集在细胞凋亡等细胞死亡途径以及肿瘤坏死因子信号通路等免疫相关信号通路;GSEA结果显示,关键基因主要富集在丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等免疫相关信号通路。筛选出DFFB和TNFSF102个关键基因,其在诊断HIRI方面准确度高,曲线下面积分别为0.964、1.000。免疫浸润分析结果显示,对照组静息自然杀伤细胞、M2型巨噬细胞等浸润较多,HIRI组M0型巨噬细胞、中性粒细胞、初始细胞等浸润较多。实时荧光定量聚合酶链反应结果显示,与Sham组比较,HIRI组小鼠肝组织DFFB信使RNA相对表达量增加,TNFSF10信使RNA相对表达量降低。Cibersort分析结果显示,初始B细胞浸润丰度与DFFB表达呈正相关(r=0.70,P=0.035),M2型巨噬细胞浸润丰度与TNFSF10表达呈正相关(r=0.68,P=0.045)。结论泛凋亡相关基因DFFB和TNFSF10可能是HIRI潜在的生物标志物和治疗靶点。 展开更多
关键词 肝移植 缺血-再灌注损伤 泛凋亡 生物信息学 免疫微环境 治疗靶点 DFFB TNFSF10
在线阅读 下载PDF
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
上一页 1 2 … 250 下一页 到第 页
关于我们 | 版权声明 | 联系我们 | 帮助中心| 意见反馈
主办单位：上海市教育委员会
技术支持：重庆维普资讯有限公司
渝公网安备 50019002500403号
使用帮助 返回顶部