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玉米ZmAAP基因生物信息分析及其亚细胞定位
1
作者 王宇 张铭 +3 位作者 牛晓娜 葛均筑 赵飞 吴疆 《天津农学院学报》 2025年第1期1-6,共6页
氨基酸透性酶(Amino acid permeases,AAPs)在植物转运氨基酸过程中发挥重要的调节作用,为进一步探究玉米AAP基因(ZmAPP)相关生物学功能,本研究以玉米‘B73’为材料,克隆AAP基因(ZmAPP)对其序列进行生物信息学分析,构建绿色荧光蛋白EGFP... 氨基酸透性酶(Amino acid permeases,AAPs)在植物转运氨基酸过程中发挥重要的调节作用,为进一步探究玉米AAP基因(ZmAPP)相关生物学功能,本研究以玉米‘B73’为材料,克隆AAP基因(ZmAPP)对其序列进行生物信息学分析,构建绿色荧光蛋白EGFP表达载体pCAMBIA1300-ZmAAP-EGFP,通过农杆菌介导法转化洋葱表皮,使用荧光显微镜观察基因表达情况。结果表明,玉米AAP基因c DNA序列全长为1 407 bp,编码468个氨基酸,理论等电点(pI)为8.72,不稳定系数为36.93(<40),总平均亲水性为0.487,属于碱性稳定疏水蛋白。系统进化分析表明,ZmAAP与大麦AAP基因在氨基酸水平序列亲缘关系最近。亚细胞定位结果表明,ZmAAP定位在细胞膜。本研究为后续深入研究玉米AAP基因功能以及氨基酸转运机制提供了一定的研究基础。 展开更多
关键词 玉米 ZmAAP基因 生物信息分析 亚细胞定位
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基于超高效液相色谱-线性离子阱-静电场轨道阱高分辨质谱和生物信息分析的丁氏三阳透解汤成分鉴定及物质基础研究 被引量：2
2
作者 刘玲玲 张宇婧 +5 位作者 郭旭冉 郑海涛 张勇 豆子莹 丁樱 闫永彬 《世界中医药》 北大核心 2024年第20期3053-3060,3066,共9页
目的:采用超高效液相色谱-线性离子阱-静电场轨道阱高分辨质谱(UPLC-Q-Orbitrap/MS/MS)对丁氏三阳透解汤干浸膏及含药血清的活性成分进行鉴定,探寻丁氏三阳透解汤药效物质基础。方法:通过UPLC-Q-Orbitrap/MS/MS技术对丁氏三阳透解汤干... 目的:采用超高效液相色谱-线性离子阱-静电场轨道阱高分辨质谱(UPLC-Q-Orbitrap/MS/MS)对丁氏三阳透解汤干浸膏及含药血清的活性成分进行鉴定,探寻丁氏三阳透解汤药效物质基础。方法:通过UPLC-Q-Orbitrap/MS/MS技术对丁氏三阳透解汤干浸膏、含药血清、空白血清进行主要成分鉴定,运用Xcalibur软件进行数据采集和分析,利用成分裂解数据库对质谱峰进行指认,确定丁氏三阳透解汤活性成分,用生物信息分析活性成分的药理作用。结果:共鉴定出丁氏三阳透解汤有效活性成分18种,包括木犀草素、4′-O-甲氧基葛根素、芦荟大黄素-8-O-葡萄糖苷、柚皮素、大黄素-8-O-β-D-葡萄糖苷、没食子酸、黄芩苷、山柰酚等。生物信息分析结果显示丁氏三阳透解汤主要活性成分可作用于炎症性疾病、消化系统疾病、心血管系统疾病等;丁氏三阳透解汤主要通过氧化磷酸化、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)炎症信号通路、类固醇激素生物合成和脂肪酸代谢等通路发挥作用。结论:成功鉴定了18种丁氏三阳透解汤的有效活性成分,丁氏三阳透解汤具有“多成分-多靶点-多途径”的药理作用。 展开更多
关键词 丁氏三阳透解汤 超高效液相色谱-线性离子阱-静电场轨道阱高分辨质谱 生物信息分析 成分鉴定 物质基础 活性成分 药理作用 成分裂解
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马铃薯响应低氮肥胁迫AP2转录因子的生物信息分析 被引量：1
3
作者 张珍华 蒋素华 +2 位作者 武思 梁芳 牛苏燕 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第4期55-62,共8页
为研究马铃薯(Solanum tuberosum)AP2亚组类转录因子家族对低氮肥胁迫的响应特征,以马铃薯品种Russet Burbank为材料,分别种植于氮肥供应充足和不足条件下处理10 d后,收取不同处理下的叶片和根构建转录组测序文库,基于转录组测序结果筛... 为研究马铃薯(Solanum tuberosum)AP2亚组类转录因子家族对低氮肥胁迫的响应特征,以马铃薯品种Russet Burbank为材料,分别种植于氮肥供应充足和不足条件下处理10 d后,收取不同处理下的叶片和根构建转录组测序文库,基于转录组测序结果筛选出AP2转录因子并对其进行生物信息分析和对低氮肥胁迫的响应分析。结果表明,18个马铃薯AP2转录因子不均匀地分布在11条染色体上,且都含有不同数目的保守基序结构,亲缘关系分析发现有15个马铃薯AP2家族蛋白与拟南芥的AP2蛋白聚集在了一起。基于马铃薯转录组数据,发现根中12个基因在低氮肥胁迫处理后被抑制性表达,其中3个基因显著降低;在叶片中9个基因被抑制表达,2个基因达到了显著性差异。此外,还发现AP2转录因子在马铃薯不同组织中的表达水平有很大差异,其中14个AP2转录因子在根和叶片中的表达量呈显著性差异。根据亲缘关系和功能分析,推测PGSC0003DMG400027502、PGSC0003DMG400012181和PGSC0003DMG400013587可作为候选的响应氮肥胁迫的关键转录因子,该研究为下一步研究马铃薯AP2响应低氮肥胁迫的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 马铃薯 低氮肥胁迫 AP2转录因子 生物信息学分析 响应
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γ-PGA降解酶系基因pgdS和ggt的克隆及生物信息分析 被引量：3
4
作者 王风青 梁金钟 +2 位作者 付大伟 王薇 肖玮 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2016年第16期190-194,共5页
以实验菌株枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis 115基因组为模板,通过PCR技术成功克隆到γ-聚谷氨酸降解酶系基因pgd S和ggt,并进行测序,利用Ex PASy-Prot Param tool、Server 3.0 Signal P、TMHMM Server和Tmpred、PSORTB、Predict Protein... 以实验菌株枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis 115基因组为模板,通过PCR技术成功克隆到γ-聚谷氨酸降解酶系基因pgd S和ggt,并进行测序,利用Ex PASy-Prot Param tool、Server 3.0 Signal P、TMHMM Server和Tmpred、PSORTB、Predict Protein、Swiss-Model Workspace软件,分别对蛋白质的理化性质、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、二级结构、三维结构建模进行了分析和预测。结果表明:pgd S和ggt基因分别含1242个和1764个核苷酸,分别编码414个和588个氨基酸。Pgd S和GGT均为稳定型亲水性蛋白,都存在信号肽,其亚细胞分别定位于胞壁和胞外。GGT在N端存在一个强跨膜区。二级结构分析显示,Pgd S和GGT两种蛋白都以L(环)为主,分别占53.27%和52.47%。通过对γ-PGA降解酶系蛋白结构的分析,为日后有效控制γ-PGA合成及相关研究提供参考和理论依据。 展开更多
关键词 Bacillus SUBTILIS 115 Γ-PGA PGD S基因 GGT基因 生物信息分析
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鸭源H5N1亚型高致病性禽流感病毒的分离鉴定及其HA和NA基因的生物信息分析 被引量：2
5
作者 孙恩成 刘春国 +2 位作者 侯喜林 刘明 朴范泽 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2009年第2期62-67,共6页
分离到1株H5N1亚型高致病性禽流感病毒,经序列测定发现HA蛋白裂解位点上插入多个连续的碱性氨基酸(-PQREIRRKKR*G-),从分子上证实是一株高致病性禽流感病毒。核酸序列比较分析结果表明,分离的流感病毒HA基因与A/duck/VietNam/Ncvd1/2002... 分离到1株H5N1亚型高致病性禽流感病毒,经序列测定发现HA蛋白裂解位点上插入多个连续的碱性氨基酸(-PQREIRRKKR*G-),从分子上证实是一株高致病性禽流感病毒。核酸序列比较分析结果表明,分离的流感病毒HA基因与A/duck/VietNam/Ncvd1/2002(H5N1)同源率最高,达到98.8%;NA基因与A/duck/VietNam/Ncvd1/2002(H5N1)和A/chicken/Jiangsu/cz1/2002(H5N1)同源率最高,达到98.7%。氨基酸水平上,HA与A/duck/Viet Nam/Ncvd1/2002(H5N1)同源率最高,可达99.3%;NA与A/chicken/Jiangsu/cz1/2002(H5N1)同源率最高,达98.7%。HA与NA基因的潜在糖基化位点与作者所选参比毒株一致。通过遗传进化树分析结果表明,A/duck/VietNam/Ncvd1/2002(H5N1)可能是该毒株的来源株。 展开更多
关键词 禽流感病毒 血凝素基因 神经氨酸酶基因 生物信息分析
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无形体分泌蛋白Ats-1与宿主细胞互作蛋白筛选及其生物信息分析
6
作者 王勇 郑炜 +4 位作者 马忠臣 唐燕 张辉 张丽娟 陈创夫 《石河子大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2020年第2期179-185,共7页
目的筛选与无形体Ats-1互作的THP-1宿主细胞蛋白,为揭示病原体侵袭宿主的致病机理提供科学数据。方法利用分子克隆法构建p GBKT7-ats-1诱饵质粒并转化酵母Y2HGold,验证诱饵质粒是否有自激活、毒性现象;制备THP-1细胞c DNA并连接到p GADT... 目的筛选与无形体Ats-1互作的THP-1宿主细胞蛋白,为揭示病原体侵袭宿主的致病机理提供科学数据。方法利用分子克隆法构建p GBKT7-ats-1诱饵质粒并转化酵母Y2HGold,验证诱饵质粒是否有自激活、毒性现象;制备THP-1细胞c DNA并连接到p GADT7-Rec上,转化酵母Y187并鉴定c DNA文库质量;酵母双杂交筛选与Ats-1互作的宿主细胞靶蛋白,通过GO、String生物信息分析细胞靶蛋白可能的生物学过程。结果成功构建诱饵质粒;cDNA文库容量4×10~6克隆,插入片段100~3 000 bp,且无污染,达到建库质控要求;酵母双杂交结果显示,与Ats-1蛋白互作的宿主细胞靶蛋白7个,分别是真核延伸因子1复合体α1亚基(EEF1A1)、TIMP金属蛋白酶抑制子1(TIMP1)、锌指蛋白36,C3H样2 (ZFP36L2)、半乳糖凝集素1(LGALS1)、前胸腺素α(PTMA)、WBSCR22、吸引素(ATRN)。生物信息分析显示,与Ats-1互作的宿主靶蛋白主要参与细胞分化增殖、细胞凋亡、自噬、炎症等生物学过程。结论病原诱饵蛋白与宿主细胞靶蛋白互作是一种细胞-细胞间发生信号联系的分子水平生物学过程,可能影响病原粘附、侵袭及胞内生存,最终导致疾病发生及临床症状出现。 展开更多
关键词 无形体 Ats-1蛋白 酵母双杂交 宿主靶蛋白 生物信息分析
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不同物种TYR基因外显子1序列的生物信息分析 被引量：1
7
作者 张浩 王娟 《中兽医学杂志》 2014年第7期53-54,共2页
本研究使用生物信息学的方法比较分析了牛、水牛、藏羚羊、绵羊、山羊、骆驼、骆马、野猪、马等9个物种酪氨酸酶基因(TYR基因)外显子1序列的遗传变异,对其核苷酸序列、氨基酸序列进行了分析,结果在9个物种共计24条序列中发现了180个多... 本研究使用生物信息学的方法比较分析了牛、水牛、藏羚羊、绵羊、山羊、骆驼、骆马、野猪、马等9个物种酪氨酸酶基因(TYR基因)外显子1序列的遗传变异,对其核苷酸序列、氨基酸序列进行了分析,结果在9个物种共计24条序列中发现了180个多态位点,其中单一突变位点80个,简约信息位点100个,总的突变位点为202个,在挑选的9个物种间无长度多态性;共发现了14种单倍型,并未发现物种间共享某一单倍型的情况;外显子1在种间存在较丰富的基因多样性;绵羊和山羊、牛和水牛以及骆驼和骆马两个物种之间的距离较其它物种,亲缘关系最近,而马与其它物种的距离最远。 展开更多
关键词 酪氨酸酶基因 TYR 外显子1 生物信息分析
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文蛤转录组中微卫星位点生物信息分析 被引量：7
8
作者 田镇 陈爱华 +5 位作者 吴杨平 陈素华 张雨 曹奕 张志东 李秋洁 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2021年第2期160-167,共8页
采用生物信息学方法分析了文蛤(Meretrix meretrix)转录组中微卫星序列(简单重复序列,simple sequence repeat)的分布规律。结果表明:在文蛤转录组SSR中,单碱基重复序列的数量最多,有3001个;其次为三碱基和四碱基重复序列,分别为2254和2... 采用生物信息学方法分析了文蛤(Meretrix meretrix)转录组中微卫星序列(简单重复序列,simple sequence repeat)的分布规律。结果表明:在文蛤转录组SSR中,单碱基重复序列的数量最多,有3001个;其次为三碱基和四碱基重复序列,分别为2254和2200个;二碱基重复序列1052个;五碱基重复序列332个;六碱基重复序列最少,仅13个。文蛤转录组SSR共包含26种重复基元,其中优势基元为单碱基重复A/T有2809个,其次为三碱基重复AAC/TTG有907个,四碱基和二碱基重复中的AAAC/TTTG和AT/TA分别有588和561个,说明文蛤转录组微卫星位点的分布对A/T具有偏好性。文蛤完整SSR的平均长度为18.34 bp,长度分布在12~20 bp,约占41%。研究结果将为研究文蛤SSR标记开发、群体遗传多样性、遗传连锁图谱、种质资源鉴定和分子遗传育种等后续研究提供基础数据。 展开更多
关键词 文蛤 转录组 微卫星特征 生物信息分析
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T10脊髓节段损伤后神经源性膀胱中逼尿肌蛋白组学的生物信息分析 被引量：2
9
作者 唐丽亚 瞿启睿 +7 位作者 刘琼 张雨辰 吴霞 胡碧浓 龙轶映 许明 张泓 艾坤 《中国康复医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期865-871,共7页
目的:利用生物信息分析筛查骶上脊髓损伤后神经源性膀胱中逼尿肌的差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)和关键信号通路。方法:采用Hassan Shaker脊髓横断法制作骶上脊髓损伤模型,利用TMT定量标记技术检测逼尿肌中表... 目的:利用生物信息分析筛查骶上脊髓损伤后神经源性膀胱中逼尿肌的差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)和关键信号通路。方法:采用Hassan Shaker脊髓横断法制作骶上脊髓损伤模型,利用TMT定量标记技术检测逼尿肌中表达的蛋白质,将差异倍数(fold change,FC)>1.2或<1/1.2,P<0.05,独立肽段(unique peptide)≥2的蛋白质定义为DEPs,使用Metascape对DEPs进行KEGG通路富集分析。利用STRING及Cytoscape软件构建PPI网络,使用Cyto Hubba插件结合蛋白质的degree值筛选前10位的DEPs。结果:模型组较空白组大鼠漏尿点压力、膀胱最大容量和逼尿肌收缩频率明显升高(P<0.01);HE染色显示模型组逼尿肌移行上皮增厚,肌纤维排列层次欠清晰。在逼尿肌中总共筛选出了244个DEPs,其中上调128个,下调116个;KEGG中显著富集了磷酸戊糖途径、肌动蛋白细胞骨架调节和多巴胺能突触等15条信号通路;通过Cyto Hubba筛选出前10位的DEPs:6-磷酸葡萄糖脱氢酶(glucose dehydrogenase 6-phosphate,G6pd)、突触素(synaptophysin,Syp)、微管相关蛋白(microtubule-associated protein,Mapt)等。结论:糖代谢、细胞骨架信号系统、多巴胺能突触等方面可成为骶上脊髓损伤后逼尿肌无抑制性收缩的潜在干预靶点。 展开更多
关键词 骶上脊髓损伤 神经源性膀胱 蛋白组学 生物信息分析 差异表达蛋白 逼尿肌
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SMARCA4突变的非小细胞肺癌患者临床特征及相关生物信息分析 被引量：4
10
作者 陈雪松 陈玲 何梦钰 《南京医科大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2023年第11期1520-1526,共7页
目的:探讨非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)SMARCA4突变患者临床特征及预后,并应用生物信息学方法探究其临床意义。方法:回顾性分析35例SMARCA4基因突变NSCLC患者临床资料,根据伴随基因突变类型分组,采用Kaplan-Meier法... 目的:探讨非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)SMARCA4突变患者临床特征及预后,并应用生物信息学方法探究其临床意义。方法:回顾性分析35例SMARCA4基因突变NSCLC患者临床资料,根据伴随基因突变类型分组,采用Kaplan-Meier法行生存分析。应用TIMER数据库、GEPIA数据库分析SMARCA4基因在NSCLC及正常肺组织中的表达差异。cBioPortal数据库分析SMARCA4基因突变情况及与预后的相关性。STRING数据库构建SMARCA4相互作用蛋白网络。结果:SMARCA4突变NSCLC患者以老年男性为主,主要病理类型为腺癌;主要伴随突变基因有EGFR(14例)、TP53(11例)、KRAS(4例)、ERBB2(4例)等。生存分析发现伴随EGFR突变患者预后较野生型好,而伴随KRAS突变患者预后较野生型差。生物信息学分析发现8%的NSCLC患者携带SMARCA4基因突变,突变类型包括错义突变、剪接突变、删除突变等;含SMARCA4突变的肺腺癌患者预后较野生型差。结论:SMARCA4突变影响NSCLC患者预后,且伴随基因种类对患者预后产生不同影响,这为肺癌的精准化治疗提供更多依据。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 SMARCA4 预后 生物信息分析
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土杂猪SOCS2基因的克隆、生物信息分析及热应激条件下的表达
11
作者 马铭龙 巨向红 +4 位作者 雍艳红 贾汝敏 赵云涛 王萍 廖明 《广东海洋大学学报》 CAS 2015年第3期114-121,共8页
热应激诱发的免疫抑制是诸多传染性疫病暴发的重要诱因,细胞因子信号传导抑制因子2(SOCS-2)参与炎性反应及癌变等多种病理过程,可能与热应激猪的炎性因子紊乱和免疫抑制有关。克隆土杂猪(长白猪×本地土猪)SOCS2基因c DNA序列,分析... 热应激诱发的免疫抑制是诸多传染性疫病暴发的重要诱因,细胞因子信号传导抑制因子2(SOCS-2)参与炎性反应及癌变等多种病理过程,可能与热应激猪的炎性因子紊乱和免疫抑制有关。克隆土杂猪(长白猪×本地土猪)SOCS2基因c DNA序列,分析其结构特征,研究其在热应激不同时段肠系膜淋巴结、脾脏、胸腺和小肠黏膜等免疫器官中的表达变化。结果表明,SOCS2基因开放阅读框(ORF)长597 bp,编码一由198个氨基酸组成的前体蛋白。该蛋白分子质量22.25 ku,等电点(p I)8.53,与Gen Bank中登录的普通猪、牛、人和小鼠SOCS2序列同源性分别为99.9%、97.5%、96.0%和94.4%,具有1个中央SH2域(Scr-homology 2)、1个长度可变的N端结构域和1个位于C端包含40个氨基酸残基的保守序列(SOCS盒)。荧光定量PCR结果表明,热应激条件下SOCS2表达量发生明显改变,且呈组织和时间依赖性,在猪脾脏和肠系膜淋巴结中的表达量下调,与对照组差异有统计学意义(P<0.01),而小肠中SOCS2 m RNA的表达量上调,热应激6 d时达到峰值,6、9 d时与对照组差异有统计学意义(P<0.01)。SOCS2有明显的热应激响应,参与猪的热应激致病过程,是潜在的热应激防控干预靶点。 展开更多
关键词 猪 基因 SOCS2 生物信息学分析 荧光定量PCR 热应激
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谷子SnRK2家族基因的生物信息分析 被引量：5
12
作者 许冰霞 尹美强 +5 位作者 李娜 温银元 赵娟 原向阳 宋喜娥 董淑琦 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 2017年第9期616-621,共6页
[目的]植物SnRK2是一类蔗糖非酵解型蛋白激酶,在信号转导和非生物胁迫及生长发育中具有非常重要的作用。[方法]本文利用生物信息学的方法从谷子基因组中分析鉴定出10个SnRK2基因,并对这些基因的染色体分布、理化性质、内含子-外显子结... [目的]植物SnRK2是一类蔗糖非酵解型蛋白激酶,在信号转导和非生物胁迫及生长发育中具有非常重要的作用。[方法]本文利用生物信息学的方法从谷子基因组中分析鉴定出10个SnRK2基因,并对这些基因的染色体分布、理化性质、内含子-外显子结构、系统进化和顺式调控元件进行了分析。[结果]谷子的SnRK2基因分布在基因组中不同的染色体上,外显子数目大多为9个。这些基因被分为3个亚组,且与拟南芥和水稻的分类一致。而且,这些基因的上游启动子序列含有多个不同的激素和非生物逆境应答顺式元件,这说明它们在逆境应答和激素信号转导中具有一定的功能。[结论]本文为进一步研究谷子SnRK2基因在非生物胁迫和激素应答中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 谷子 SnRK2 生物信息学分析
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基于生物信息分析筛选甲状腺乳头状癌致病风险基因 被引量：1
13
作者 张芝 任医群 +3 位作者 牛彦强 杨大雄 任建伟 周祖邦 《兰州大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期847-852,共6页
从基因表达总数据库中下载4组甲状腺乳头状癌基因芯片数据集,利用GEO2R软件筛选出164个差异性表达基因(DEGs),通过Metascape和STRING软件对DEGs进行生物学功能分析和蛋白质互作网络图构建.富集分析显示DEGs与癌症中的细胞外基质-受体、... 从基因表达总数据库中下载4组甲状腺乳头状癌基因芯片数据集,利用GEO2R软件筛选出164个差异性表达基因(DEGs),通过Metascape和STRING软件对DEGs进行生物学功能分析和蛋白质互作网络图构建.富集分析显示DEGs与癌症中的细胞外基质-受体、蛋白质的消化吸收以及MAPK信号传导途径等有密切关系.利用Cytoscape软件筛选出13个关键基因,采用GEPIA、UALCAN等数据库对关键基因进行双重验证及生存分析后,发现COMP和APOE影响总体生产率,TIMP1、LGALS3、KAT19、APOE可能与甲状腺肿瘤细胞的淋巴结转移相关,提示这些基因可能成为预后分子生物标志物和潜在的靶向基因治疗目标. 展开更多
关键词 甲状腺乳头状癌 生物信息学分析 关键基因 生物标志物
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鸭YAP1基因编码区的克隆、生物信息分析及其组织表达特性 被引量：1
14
作者 邱佳闵 刘贺贺 王继文 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2015年第1期71-77,88,共8页
【目的】旨在克隆鸭YAP1基因,预测其蛋白结构、功能及其组织表达特性。【方法】以北京肉鸭为材料,采用RT-PCR技术克隆鸭YAP1基因CDS区,利用多种生物信息学分析软件预测其结构与功能,并应用荧光定量PCR检测其组织表达特性。【结果】结果... 【目的】旨在克隆鸭YAP1基因,预测其蛋白结构、功能及其组织表达特性。【方法】以北京肉鸭为材料,采用RT-PCR技术克隆鸭YAP1基因CDS区,利用多种生物信息学分析软件预测其结构与功能,并应用荧光定量PCR检测其组织表达特性。【结果】结果表明:鸭YAP1基因CDS全长1 248bp,编码415个氨基酸,氨基酸水平上与鸡相似性最高,达99.7%;氨基酸序列分析发现鸭YAP1蛋白相对分子量为45 417.5Da,主要定位在细胞核,属水溶性蛋白,不属于分泌蛋白;预测鸭YAP1氨基酸含有磷酸化、糖基化位点各30个;含两个WW结构域,且不同物种间结构域较保守;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构呈弯曲状螺旋结构;荧光定量结果显示,YAP1在胰脏中表达量最高,肌肉组织中最低。【结论】鸭YAP1基因非常保守,结构、功能与哺乳动物具较高一致性。 展开更多
关键词 鸭 YAP1基因 生物信息学分析 荧光定量PCR
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大豆疫霉细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶的生物信息分析 被引量：1
15
作者 张蕾 艾嘉 +4 位作者 韩毅强 王彦杰 晏磊 高亚梅 王伟东 《江苏农业科学》 2018年第4期33-37,共5页
细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶(cyclin-dependent kinases,CDK)是调控细胞周期蛋白、维持细胞周期有序进行的关键蛋白。利用生物信息学方法在大豆疫霉基因组内共发现11个CDK家族蛋白,其中大豆疫霉ps Cdc2与勃利霉素抑制作用靶标的酵母Cdc2... 细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶(cyclin-dependent kinases,CDK)是调控细胞周期蛋白、维持细胞周期有序进行的关键蛋白。利用生物信息学方法在大豆疫霉基因组内共发现11个CDK家族蛋白,其中大豆疫霉ps Cdc2与勃利霉素抑制作用靶标的酵母Cdc28高度同源,位于进化树的同一分支,且两者蛋白的保守结构域高度相似。大豆疫霉的ps Cdc2为表达基因,其蛋白分子量为35 478 u,等电点为8.56的稳定存在的蛋白,无信号肽,为α/β型蛋白。与酵母Cdc28基因存在相互作用的10个蛋白在大豆疫霉基因组内全部找到其同源蛋白,说明大豆疫霉内可能存在类似的蛋白相互作用网络。 展开更多
关键词 细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶 酵母Cdc28基因 大豆疫霉psCdc2 生物信息学分析
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山羊痘病毒晚转录因子VLTF-1的原核表达及生物信息分析 被引量：1
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作者 张成 王玉婷 +4 位作者 杨勇飞 柳璇 吴锦艳 尚佑军 李有文 《现代畜牧兽医》 2022年第3期20-25,共6页
试验旨在研究山羊痘病毒晚转录因子VLTF-1的特性。研究以山羊痘病毒SS基因组株为模板,采用PCR方法扩增晚转录因子VLTF-1基因,采用基因克隆常规方法与pET-42b表达载体相连接构建原核表达载体,经菌液PCR、双酶切和测序鉴定,阳性克隆转化... 试验旨在研究山羊痘病毒晚转录因子VLTF-1的特性。研究以山羊痘病毒SS基因组株为模板,采用PCR方法扩增晚转录因子VLTF-1基因,采用基因克隆常规方法与pET-42b表达载体相连接构建原核表达载体,经菌液PCR、双酶切和测序鉴定,阳性克隆转化大肠杆菌BL21,以0.1 mmol/L IPTG诱导蛋白表达,SDS-PAGE电泳和Western Blot检测表达情况;同时对VLTF-1基因及其蛋白特性进行生物信息学分析。结果显示,PCR扩增的目的基因全长783 bp,与参考株Pellor同源性为100%,推测其编码261个氨基酸。遗传进化树分析表明,羊痘病毒属的3个种各分成一个分支,目的基因与山羊痘毒株位于同一分支。测序结果显示,目的基因表达载体构建正确,SDS-PAGE检测表达了27 kDa的蛋白,Western Blot鉴定表明目的蛋白得到表达。生物信息学分析结果显示,SS株的VLTF-1基因与山羊痘病毒聚于一支,该蛋白是一个跨膜亲水蛋白,具有26个磷酸化位点,二级结构是其结构连接5个α-螺旋。研究表明,试验成功克隆晚转录因子VLTF-1基因,并诱导表达蛋白,预测该蛋白的生物学信息。 展开更多
关键词 山羊痘病毒 晚转录因子VLTF-1基因 原核表达 生物信息学分析
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基于生物信息分析学及网络药理学的独活寄生汤治疗肾阴虚型骨质疏松的机制研究 被引量：6
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作者 肖剑伟 蔡旭 +4 位作者 黄新民 郭粉莲 陈新鹏 洪易炜 叶志中 《海南医学院学报》 CAS 2020年第15期1185-1190,共6页
目的:通过生物信息学分析及网络药理学来研究独活寄生汤治疗骨质疏松的活性成分、作用靶点及作用机制。方法:通过NCBI GEO数据库获取GSE56116的基因表达谱,采用R软件进行差异分析,通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索独活、防风、细... 目的:通过生物信息学分析及网络药理学来研究独活寄生汤治疗骨质疏松的活性成分、作用靶点及作用机制。方法:通过NCBI GEO数据库获取GSE56116的基因表达谱,采用R软件进行差异分析,通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索独活、防风、细辛、桑寄生化学成分、作用靶点基因,与分析GSE56116所得的差异基因取交集并进行GO富集分析和KEGG通路分析,研究独活寄生汤的作用机制。结果:共筛选出独活寄生汤治疗盛阴虚型骨质疏松活性成分33个,差异基因9个。GO功能富集分析主要集中在细胞内信号转导的调控、钙介导的信号传导、类固醇激素介导等。KEGG分析显示主要富集于P53信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等。结论:通过生物信息学及网络药理学分析,独活寄生汤可能通过作用于AR、IGFBP3、FOS靶基因发挥治疗作用。 展开更多
关键词 骨质疏松 生物信息学分析 网络药理学 独活寄生汤 R软件
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鸡Fnip1基因克隆、组织表达及生物信息学分析
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作者 黄正洋 孔令琳 +4 位作者 王钱保 李春苗 吴兆林 黄华云 赵振华 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第1期119-125,共7页
为了明确鸡卵泡素相互作用蛋白1基因(Fnip1)特征及其表达规律,本研究选择苏禽3号黄羽肉鸡为试验材料,运用分子克隆技术扩增了鸡Fnip1基因CDS区序列全长,对其序列特性进行了生物信息学分析,构建了系统进化树;利用RT-qPCR方法检测了Fnip1... 为了明确鸡卵泡素相互作用蛋白1基因(Fnip1)特征及其表达规律,本研究选择苏禽3号黄羽肉鸡为试验材料,运用分子克隆技术扩增了鸡Fnip1基因CDS区序列全长,对其序列特性进行了生物信息学分析,构建了系统进化树;利用RT-qPCR方法检测了Fnip1基因在鸡不同组织中的表达。结果获得鸡Fnip1基因CDS区,序列开放阅读框为3474 bp,位于第13号染色体16191415 bp至16251731 bp之间,编码1157个氨基酸。生物信息学分析结果显示,Fnip1基因有20个外显子,FNIP1蛋白含有FNIP_N、FNIP_M和FNIP_C等3个结构域;进化树显示,鸡先与鸟类聚为一类,再与哺乳动物聚为一支,在禽类上序列保守。FNIP1蛋白为亲水性蛋白,相对分子量为128310,理论等电点为5.25。蛋白质二级结构由α-螺旋(34.40%)、β-折叠(4.06%)、延伸链(13.74%)、无规则卷曲(47.80%)组成。表达分析结果显示,Fnip1基因在鸡的胸肌和腿肌中表达量显著高于其他组织。综上所述,本研究获得了鸡Fnip1基因CDS区序列全长,发现其在鸡肌肉组织中有较高表达。本研究结果可为进一步研究Fnip1基因在鸡肌肉生长发育中的分子机制研究奠定数据支撑。 展开更多
关键词 鸡 Fnip1 基因克隆 表达分析 生物信息学分析
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小麦耐盐相关NAC转录因子的生物信息与表达分析
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作者 王伟伟 罗政辉 +6 位作者 邹景伟 张玉杰 钮力亚 王志 王奉芝 赵振杰 于亮 《麦类作物学报》 北大核心 2025年第3期287-299,共13页
NAC转录因子对植物抗逆境胁迫具有重要作用。为了解小麦耐盐相关NAC转录因子的生物学信息,对耐盐品种沧麦6005和盐敏感品种科农9204进行转录组测序,筛选耐盐相关NAC转录因子,并对其进行生物信息学分析;对供试材料进行盐胁迫处理,提取根... NAC转录因子对植物抗逆境胁迫具有重要作用。为了解小麦耐盐相关NAC转录因子的生物学信息,对耐盐品种沧麦6005和盐敏感品种科农9204进行转录组测序,筛选耐盐相关NAC转录因子,并对其进行生物信息学分析;对供试材料进行盐胁迫处理,提取根部分生组织RNA,反转录为cDNA,对重点候选基因进行qRT-PCR分析。结果表明,共筛选出28个耐盐相关NAC转录因子,其中10个的等电点呈碱性,其余等电点呈酸性,且均为亲水性蛋白;亚细胞定位主要定位在细胞核;蛋白质二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主。经共线性分析,小麦和水稻的NAC转录因子含有多对共线性关系,表明小麦与水稻亲缘关系较近。NAC转录因子启动子区域含有多种与激素响应和逆境胁迫诱导相关顺式作用元件,其中TaNAC24含有顺式调控元件结合位点最多,共有51个。盐胁迫处理后,9个重要基因中,4个基因表达量显著上调,5个基因表达量显著下调,与转录组测序结果一致,这些基因可能介导了小麦的抗盐性。 展开更多
关键词 小麦 盐胁迫 NAC 转录因子 生物信息学分析
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山新杨谷胱甘肽转移酶基因的生物信息学与表达模式分析
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作者 黄颖 遇文婧 +1 位作者 刘雪峰 刁桂萍 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期248-256,共9页
【目的】分析山新杨谷胱甘肽转移酶(GST)基因的表达模式,为深入研究木本植物GST基因的功能提供基础。【方法】克隆山新杨GST基因并进行生物信息学分析,通过荧光定量PCR技术分析GST基因在植物激素及非生物胁迫下的表达模式。【结果】克隆... 【目的】分析山新杨谷胱甘肽转移酶(GST)基因的表达模式,为深入研究木本植物GST基因的功能提供基础。【方法】克隆山新杨GST基因并进行生物信息学分析,通过荧光定量PCR技术分析GST基因在植物激素及非生物胁迫下的表达模式。【结果】克隆了3个PdbGST基因家族成员,分别命名为PdbGST1、PdbGST2和PdbGST3,cDNA全长分别为678、660和690 bp,编码氨基酸分别为225、219和229个,形成的蛋白质均为稳定亲水酸性蛋白,且均定位于细胞质。同时,这3个蛋白质均具有谷胱甘肽转移酶的典型结构,且其启动子区域具有能够响应生物或非生物胁迫以及植物激素的元件。此外,这3个基因的表达不同程度地受外源植物激素或非生物胁迫诱导。【结论】3个PdbGST基因均能够不同程度地响应非生物胁迫或外源植物激素的诱导,可能参与到杨树对逆境胁迫的响应过程中。 展开更多
关键词 谷胱甘肽转移酶 生物信息学分析 基因表达模式 山新杨
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