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稀溶液中线形DNA分子链结构及扩散的布朗动力学模拟
1
作者
张勇
田田
肖忠党
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2011年第6期1219-1224,共6页
通过构建全参数化的珠-弹簧分子链模型,并运用一种高效稳定的半隐式预测-校验积分算法求解描述稀溶液中DNA分子链结构演化的随机动力学方程组,系统研究了体积排斥作用、有限伸长弹性作用和涨落流体动力学作用对分子链的回旋半径、质心...
通过构建全参数化的珠-弹簧分子链模型,并运用一种高效稳定的半隐式预测-校验积分算法求解描述稀溶液中DNA分子链结构演化的随机动力学方程组,系统研究了体积排斥作用、有限伸长弹性作用和涨落流体动力学作用对分子链的回旋半径、质心扩散系数以及相应标度指数的影响.模拟结果能够验证良溶剂中分子链Zimm模型的标度规律,并揭示出3种非线性作用对稀溶液中分子链静态结构属性和动力学属性不同的影响程度和变化趋势.分子链柔性对稀溶液中DNA结构、扩散系数以及标度指数影响都很小.溶剂品质的提高可显著增大分子链的回旋半径,减小其扩散系数,并且使两者随链长的标度指数显著增加.流体动力学作用不改变分子链的结构,但显著影响其扩散系数.随着流体作用的增强,分子链的质心扩散系数增大,随链长变化的标度指数减小.
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关键词
线形DNA分子链
珠-弹簧模型
非线性作用
布朗动力学模拟
回旋半径
扩散系数
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职称材料
题名
稀溶液中线形DNA分子链结构及扩散的布朗动力学模拟
1
作者
张勇
田田
肖忠党
机构
东南大学生命科学与医学工程学院
东南大学生物电子学国家重点实验室
东南大学物理系
出处
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2011年第6期1219-1224,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(20875014
30901285)
文摘
通过构建全参数化的珠-弹簧分子链模型,并运用一种高效稳定的半隐式预测-校验积分算法求解描述稀溶液中DNA分子链结构演化的随机动力学方程组,系统研究了体积排斥作用、有限伸长弹性作用和涨落流体动力学作用对分子链的回旋半径、质心扩散系数以及相应标度指数的影响.模拟结果能够验证良溶剂中分子链Zimm模型的标度规律,并揭示出3种非线性作用对稀溶液中分子链静态结构属性和动力学属性不同的影响程度和变化趋势.分子链柔性对稀溶液中DNA结构、扩散系数以及标度指数影响都很小.溶剂品质的提高可显著增大分子链的回旋半径,减小其扩散系数,并且使两者随链长的标度指数显著增加.流体动力学作用不改变分子链的结构,但显著影响其扩散系数.随着流体作用的增强,分子链的质心扩散系数增大,随链长变化的标度指数减小.
关键词
线形DNA分子链
珠-弹簧模型
非线性作用
布朗动力学模拟
回旋半径
扩散系数
Keywords
linear DNA molecule chain
bead
-
spring model
nonlinear interactions
BDS（Brownian dynamics simulation）
radius of gyration
diffusion coefficient
分类号
Q615 [生物学—生物物理学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
稀溶液中线形DNA分子链结构及扩散的布朗动力学模拟
张勇
田田
肖忠党
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2011
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