基于环境DNA宏条形码技术的黄河三角洲典型潮沟单元秋季无脊椎动物多样性及共现网络分析

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作者 符清露 董志远 +5 位作者 李宝泉 陈莉 孙德斌 倪艳梅 唐永政 陈琳琳 《海洋学报》 CSCD 北大核心 2024年第11期75-90,共16页

潮沟系统作为滨海湿地中活跃的地貌单元,不同级别潮沟水文环境变化显著,进而导致生物群落的空间分布出现差异。本研究选取黄河三角洲典型潮沟单元,利用环境DNA宏条形码(environmental DNA metabarcoding,eDNA)技术检测不同级别潮沟无脊... 潮沟系统作为滨海湿地中活跃的地貌单元,不同级别潮沟水文环境变化显著,进而导致生物群落的空间分布出现差异。本研究选取黄河三角洲典型潮沟单元,利用环境DNA宏条形码(environmental DNA metabarcoding,eDNA)技术检测不同级别潮沟无脊椎动物多样性,采用生物共现网络分析和冗余分析(RDA)分别揭示典型潮沟无脊椎动物关键种与驱动因素。结果表明:该潮沟单元共检测到无脊椎动物127个分类操作单元(Operational Taxonomic Units,OTUs),隶属于9门24纲53目103科87属90种。无脊椎动物门水平和属水平分别以节肢动物门(43.9%)和围沙蚕属(Perinereis)(25.2%)为优势类群。群落综合多样性指标(Comprehensive diversity index,CD)分析显示,三级潮沟综合多样性最高,一级潮沟无脊椎动物综合多样性最低。生物共现网络分析显示,线围沙蚕(Perinereis linea)和双枝薮枝螅(Obelia dichotoma)为关键种,对维持该潮沟无脊椎动物群落结构稳定起关键作用。RDA显示,水体的硅酸盐含量、温度和沉积物的粉砂、黏土占比是影响该潮沟无脊椎动物群落特征的主要环境因子。相关性网络分析显示,关键种受硅酸盐含量、黏土和水体氮元素含量的显著影响(P <0.05)。研究结果有助于了解黄河三角洲典型潮沟无脊椎动物群落结构,揭示典型潮沟无脊椎动物关键种,并为无脊椎动物多样性监测与保护提供数据支持与理论参考。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 共现网络 生物多样性 无脊椎动物 黄河三角洲

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基于环境DNA宏条形码技术的赣江下游(南昌段)鱼类多样性 被引量：9

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作者 周春花 王蓉蓉 +3 位作者 王生 郭婷 欧阳珊 吴小平 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1423-1432,I0023-I0030,共18页

随着人类活动对自然生态系统的负面影响不断加剧,无创性生物多样性评估变得越来越重要。本研究旨在利用环境DNA宏条形码技术研究赣江下游南昌段鱼类多样性,并从不同季节(春、夏、秋、冬)、不同水层(上层、中层和下层)和不同取样位置(近... 随着人类活动对自然生态系统的负面影响不断加剧,无创性生物多样性评估变得越来越重要。本研究旨在利用环境DNA宏条形码技术研究赣江下游南昌段鱼类多样性,并从不同季节(春、夏、秋、冬)、不同水层(上层、中层和下层)和不同取样位置(近岸和离岸)比较鱼类环境DNA信息的物种组成和多样性。结果表明:利用环境DNA宏条形码技术在赣江下游南昌段检测到鱼类114种,其中83种为历史记录种。不同季节的鱼类环境DNA信息的多样性和组成显示出极显著差异。上层水检测到的鱼类物种数分别显著多于中层水和下层水,且中层水和下层水检测到的鱼类在上层水中绝大多数都被检测到。上层水、中层水和下层水的鱼类环境DNA信息的多样性和组成不具有显著性差异。近岸检测到鱼类物种数多于离岸的,鱼类多样性指数无显著性差异,但群落结构具有显著性差异。RDA分析表明,赣江下游鱼类环境DNA受温度和pH的影响较大。本研究能够为基于环境DNA宏条形码的赣江鱼类资源的调查提供基线数据,并对后续赣江鱼类资源环境DNA宏条形码监测实施不同目的的采样策略提供依据;可为使用环境DNA宏条形码技术研究流水系统鱼类多样性提供技术参考,为环境DNA宏条形码技术应用的标准化流程提供依据。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码技术 赣江鱼类 多样性 群落结构 取样策略

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基于环境DNA宏条形码技术的北京地区鱼类多样性调查和外来鱼种入侵风险评估 被引量：9

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作者 刘波 王浩 +3 位作者 秦斌 范仲儒 熊薇 陈义永 《生物安全学报》 CSCD 北大核心 2021年第3期220-229,共10页

【目的】调查北京地区鱼类多样性和群落分布及评估外来鱼种的入侵风险。【方法】选取北京地区水库、湖泊和河流3种水体类型共33个采样点,于2020年6月10—17日开展水生态监测,利用环境DNA宏条形码技术对各样点的鱼类多样性和群落结构进... 【目的】调查北京地区鱼类多样性和群落分布及评估外来鱼种的入侵风险。【方法】选取北京地区水库、湖泊和河流3种水体类型共33个采样点,于2020年6月10—17日开展水生态监测,利用环境DNA宏条形码技术对各样点的鱼类多样性和群落结构进行监测和分析,对目前北京地区水生态系统中本地鱼种和外来鱼种进行分类汇总,并评估典型外来入侵鱼种的入侵风险。【结果】本次调查共检测到52种淡水鱼类,隶属于7目22科43属。首先,物种多样性和群落结构(主坐标PCOA分析和相似性ANOSIM分析)结果表明,水库、湖泊和河流3种水体类型的所有鱼类物种多样性和群落结构没有显著差异,不同水体类型中鱼类物种存在同质化现象。优势度分析结果显示,3种水体类型的优势种绝大部分是交叠的,不同水体类型特有的优势种较少。山区自然水体样点的鱼类物种多样性和生物量高于城区各样点,表明人类活动和城市化进程等可能对北京市河流鱼类多样性和群落空间分布产生影响。其次,通过与历史记载比较,北京地区的本地鱼类多样性呈下降趋势。本次检测到39种北京地区的本地原生鱼种,远远低于历史记载(83种)。此外,本次调查发现北京地区外来鱼种的比例大大增加,共检测到13种外来鱼种。其中,尼罗罗非鱼、大口黑鲈、蟾胡鲶、加蓬胡鲶、饰妆铠弓鱼和坦噶尼喀口孵非鲫6种属于外来入侵鱼种。最后,借助FISK V2指标体系对外来入侵鱼类入侵风险进行评估,结果表明,上述6种外来入侵鱼种在北京地区均具有高入侵风险,可对当地物种多样性产生严重影响,需密切关注其种群动态。【结论】本研究利用环境DNA宏条形码技术对北京地区的鱼类多样性开展调查,有助于了解现阶段北京地区鱼类资源的本底数据,同时为原生鱼类的保护和外来入侵鱼类的监管提供科学指导。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码技术 物种多样性 群落结构 本地鱼种 外来入侵鱼种 入侵风险

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基于环境DNA宏条形码技术的辽东湾典型围海养殖池塘内水母多样性研究 被引量：1

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作者 李玉龙 鲍相渤 +5 位作者 李轶平 周遵春 付杰 高祥刚 陈百灵 李云峰 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第13期5303-5313,共11页

研究使用环境DNA宏条形码技术(eDNA metabarcoding)检测辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,探索适用于水母种类物种鉴定和监测的新方法。利用环境DNA宏条形码技术,分别基于18S rDNA和COI宏条形码检测了辽东湾东北部河口区... 研究使用环境DNA宏条形码技术(eDNA metabarcoding)检测辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,探索适用于水母种类物种鉴定和监测的新方法。利用环境DNA宏条形码技术,分别基于18S rDNA和COI宏条形码检测了辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,通过水样采集、过滤、eDNA提取、遗传标记扩增、测序与生物信息分析的环境DNA宏条形码标准化分析流程,从围海养殖池塘7个采样点中获得可检测的采样点数据。结果显示,基于18S rDNA宏条形码检测出8种水母种类,其中钵水母纲大型水母2种、水螅水母总纲小型水母6种;基于COI宏条形码技术共检测出19种水母种类,其中钵水母纲大型水母5种、水螅水母总纲小型水母14种;两种DNA条形码标记都显示养殖种类海蜇(Rhopilema esculentum)为优势种。研究结果表明,环境DNA宏条形码技术作为一种新兴的生物多样性监测手段可用于快速检测水母种类多样性,在水母类物种鉴定、监测及早期预警中有较大的应用潜能。 展开更多

关键词 水母 环境dna宏条形码 18S rdna 细胞色素C氧化酶亚基I(COI) 物种检测 早期监测与预警

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基于环境DNA宏条形码技术的秦淮河生物多样性研究 被引量：40

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作者 王晨 陶孟 +4 位作者 李爱民 施鹏 杨江华 王志浩 张效伟 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期611-624,共14页

秦淮河是南京的母亲河,其生物多样性受城市化进程影响面临严重威胁,而物种资源调研是生物多样性保护的基础。环境DNA宏条形码技术较形态学监测是一种简单高效、灵敏度高的新型监测技术。为探究秦淮河浮游生物、底栖动物及鱼类的生物多样... 秦淮河是南京的母亲河,其生物多样性受城市化进程影响面临严重威胁,而物种资源调研是生物多样性保护的基础。环境DNA宏条形码技术较形态学监测是一种简单高效、灵敏度高的新型监测技术。为探究秦淮河浮游生物、底栖动物及鱼类的生物多样性,于2019年7月,采用环境DNA宏条形码技术对其进行了探究,并分析了秦淮河上下游间的差异及环境因子对其群落结构的影响。结果表明:秦淮河共监测到浮游动物13属22种407个操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs),浮游植物85属60种4445个OTUs,底栖动物16属17种212个OTUs,鱼类53属44种1663个OTUs。其中浮游动物以游泳轮虫目(Ploima)和双甲目(Diplostraca)为主,共占浮游动物63.37%,浮游植物以隐藻门(Cryptomonas)和褐藻门(Ochrophyta)为主,共占浮游植物88.11%,底栖动物中节肢动物门(Arthropoda)占比最高,达91.67%,鱼类中鲤形目(Cypriniformes)占比最高,达69.99%。与秦淮河历史形态学监测数据相比,环境DNA宏条形码技术在物种丰度鉴定方面显著高于传统形态学鉴定的物种丰度。通过主坐标分析和PERMANOVA检验,发现秦淮河下游、上游南支和上游北支间有极显著差异(P<0.001)。其中浮游动物、浮游植物和底栖动物受分组影响更大,分组对鱼类的影响相对较小。下游α多样性较上游更为贫乏,上游南支(南京)α多样性较上游北支(句容)更丰富。浮游生物和底栖动物均表现出了明显的随距离增加而衰减的趋势。冗余分析表明,较低营养级的生物对环境因子的变化更为敏感,浮游生物和底栖动物的主要影响因子为总氮、总有机碳、总磷、氨氮、化学需氧量和溶解氧。鱼类的影响因子为溶解氧、总有机碳、总氮、总磷和化学需氧量。研究通过对秦淮河生物多样性的调研,可为秦淮河的生物多样性保护提供理论参考。 展开更多

关键词 秦淮河 环境dna宏条形码 生物多样性 环境因子

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环境DNA宏条形码技术在蓝藻群落监测中的应用 被引量：10

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作者 李小闯 霍守亮 +4 位作者 张含笑 金小伟 李文攀 张军毅 张靖天 《环境科学研究》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第2期372-381,共10页

全球气候变化下的蓝藻水华大规模暴发成为重要的环境问题,对蓝藻准确、高效和实时的监测是蓝藻水华防控的关键.近年来,环境DNA(environmental DNA,eDNA)宏条形码技术开始应用于蓝藻群落监测,弥补了显微镜镜检法物种鉴定难和受主观经验... 全球气候变化下的蓝藻水华大规模暴发成为重要的环境问题,对蓝藻准确、高效和实时的监测是蓝藻水华防控的关键.近年来,环境DNA(environmental DNA,eDNA)宏条形码技术开始应用于蓝藻群落监测,弥补了显微镜镜检法物种鉴定难和受主观经验影响大的缺点.eDNA宏条形码为快速和大规模蓝藻群落监测提供了可能,其应用尚处于初步探索阶段,数据处理方法尚不成熟,因此有必要从引物选择、序列聚类、注释方法和绝对定量4个层面系统综述eDNA宏条形码技术在蓝藻群落监测中的研究进展,以推进eDNA宏条形码在蓝藻群落监测中的应用.引物选择应针对目标蓝藻类群,16S rRNA基因数据库涵盖蓝藻物种范围广,是最常用的eDNA宏条形码,但16S-23S rRNA基因间隔区域(internal transcribed spacer,ITS)和功能基因在属内物种间具有较好的区分效果,为eDNA宏条形码在蓝藻物种水平注释提供可能.序列聚类一般通过设定物种间分类阈值进行OTUs聚类,但可能丢失序列相似度高于分类阈值的不同物种;序列差异低至单核苷酸变异方法的应用进一步区分了隐蔽的物种和生态型,产生的序列具有生物学意义,可以实现跨数据集间的比较分析.在注释方法上,基于数据库参考序列距离相似度的注释方法,注释结果的分辨率和准确度不高;基于系统进化位置的注释方法,提升了注释结果的准确度,反映了物种间的进化关系.加入外源DNA的内标法,以及基于细胞体积和基因拷贝数目关系的细胞体积校正系数法为eDNA宏条形码物种丰度的绝对定量提供了可能. 展开更多

关键词 蓝藻 环境dna 宏条形码 监测 方法优化

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人工模拟条件下环境DNA宏条形码技术的定量分析初探 被引量：5

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作者 牟铭 李昂 +2 位作者 赵新宁 柳淑芳 庄志猛 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2021年第5期24-30,共7页

近年来,环境DNA宏条形码技术(eDNA metabarcoding)在水生生态系统生物多样性评估等相关领域中得到广泛应用,因其具有快速测算群落中物种丰度的潜能,eDNA宏条形码技术成为资源保护和管理中颇具应用前景的调查工具。虽然大量证据表明eDNA... 近年来,环境DNA宏条形码技术(eDNA metabarcoding)在水生生态系统生物多样性评估等相关领域中得到广泛应用,因其具有快速测算群落中物种丰度的潜能,eDNA宏条形码技术成为资源保护和管理中颇具应用前景的调查工具。虽然大量证据表明eDNA高通量测序获得的reads数与自然环境中生物相对数量具有相关性,但一直不能得到明确的量化关系结果。eDNA的富集、扩增过程中的偏倚等诸多不确定因素,制约了该技术在生物资源调查领域的推广应用。假定水体中的eDNA全部回收,且PCR扩增时不存在引物偏倚性,这种理想状态下的水体中eDNA组成与其高通量测序reads数是否存在线性关系?为此,本研究在实验室可控条件下,选择2个同属近缘的凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)和墨吉对虾(Penaeus merguiensis),对其DNA样品进行不同比例混合,模拟从自然水体中富集到的eDNA复合样品,既保证了样品的回收率,又降低了引物偏倚的干扰。以此为模板,探究eDNA宏条形码技术检测种群相对数量的准确性。结果显示,当2个物种DNA模板浓度比例为1∶1时,高通量测序结果注释得到的2个物种reads数比值为13/24(墨吉对虾/凡纳滨对虾),可见,即使是同属近缘种间依然存在轻微的引物偏倚现象,引物偏移率为1.5%。同时,根据7个实验组获得的高通量测序结果注释得到的2个物种reads数比值与对应模板中2个物种DNA浓度比值之间的线性回归分析表明,水体中eDNA组成与其高通量测序reads数间呈明显线性关系,即y=0.0716x+0.7043(r^(2)=0.9824)。综上所述,本研究为验证eDNA宏条形码技术监测水生生物资源量的可行性提供了直接证据,也为后续DNA宏条形码技术的定量研究提供了思路。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 PCR引物偏好 高通量测序 线性函数关系 生物学调查

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基于环境DNA宏条形码的三峡水库变动回水区鱼类多样性研究 被引量：1

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作者 杨威 舒政博 +3 位作者 张先炳 王丽 杨胜发 李文杰 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第2期122-133,共12页

应用环境DNA宏条形码(eDNA metabarcoding)检测三峡水库变动回水区鱼类多样性,为区域鱼类多样性监测和保护提供新方法。2021年8月在三峡水库变动回水区5个典型江段共26个采样区域进行水样采集,应用e DNA宏条形码标准化分析流程共检测分... 应用环境DNA宏条形码(eDNA metabarcoding)检测三峡水库变动回水区鱼类多样性,为区域鱼类多样性监测和保护提供新方法。2021年8月在三峡水库变动回水区5个典型江段共26个采样区域进行水样采集,应用e DNA宏条形码标准化分析流程共检测分析出鱼类68种,隶属于8目18科56属,包括国家一级重点保护鱼类1种,国家二级重点保护鱼类3种,长江上游特有鱼类15种,重庆市重点保护鱼类3种,外来鱼类1种,鲤(Cyprinus carpio)、草鱼(Ctenopharyngodon idella)、鲇(Silurus asotus)、鳙(Aristichthys nobilis)、波氏吻虾虎鱼(Rhinogobius cliffordpopei)等为优势种且具有较高的操作分类单元(OTU)序列数。5个典型江段的鱼类组成存在差异,且在平绥坝—丝瓜碛等重点淤积的江段检测出较高的鱼类丰度,库区新形成的边滩生境可能是鱼类重要的育幼场。研究结果表明eDNA宏条形码可用于快速检测三峡水库变动回水区鱼类多样性及其空间分布,可作为关键技术组建无损伤性的鱼类资源监测体系。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 鱼类多样性 变动回水区 三峡水库

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基于eDNA宏条形码技术的巢湖夏季鱼类群落结构及多样性

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作者 刘成凤 严云志 +4 位作者 韩胜盼 张家赫 谢平 陈隽 夏午来 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第4期229-237,共9页

应用eDNA宏条形码技术探究鱼类群落结构与环境因子的关系,为水生生物监测以及生态保护提供新的技术手段。2022年8月在巢湖湖区设置了15个采样点进行水样采集,利用eDNA宏条形码技术探究巢湖夏季鱼类群落结构,分析生物多样性,并采用冗余分... 应用eDNA宏条形码技术探究鱼类群落结构与环境因子的关系,为水生生物监测以及生态保护提供新的技术手段。2022年8月在巢湖湖区设置了15个采样点进行水样采集,利用eDNA宏条形码技术探究巢湖夏季鱼类群落结构,分析生物多样性,并采用冗余分析(RDA)探讨其与环境因子的关系。结果共检测到鱼类48种,隶属于7目13科39属,以鲤形目鱼类为主(35种),约占检测鱼类总数的72.92%;鳙(Aristichthys nobilis)和刀鲚(Coilia na-sus)等为优势种;检测到了2种近十年文献报道中传统调查方法没有采集到的物种,分别为赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)和唇䱻(Hemibarbus labeo)。15个采样点的Shannon-Wiener、Simpson、Pielou均匀度指数的平均值分别为1.710±0.375、0.696±0.140、0.504±0.112,3个湖区鱼类的3种多样性指数分布趋势基本相同,差异均不显著。主坐标分析(PCoA)和置换多元方差分析(PERMANOVA)检验结果表明,巢湖不同湖区鱼类群落结构差异不显著(R^(2)=0.13,P=0.53)。冗余分析(RDA)显示,氨氮、水温和溶解氧对巢湖鱼类群落结构变化具有显著影响(P<0.05)。研究表明eDNA宏条形码技术在巢湖鱼类资源监测中具有可行性,在长江流域禁捕环境下可作为一种新的技术手段对鱼类资源进行监测和保护,为今后长江流域开展鱼类资源调查提供新思路。 展开更多

关键词 edna宏条形码技术 鱼类多样性 群落结构 环境因子 巢湖

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基于DNA宏条形码技术的河道斑鳠食性初步分析

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作者 蒙庆米 杨立 +3 位作者 马兰 姚俊杰 莫显义 陈继位 《水产科学》 北大核心 2025年第3期394-402,共9页

为了探究河道斑鳠的食性,以贵州省罗甸县斑鳠保种场河道中的斑鳠为对象,提取其胃含物及水环境样品DNA,选用18S rDNA V4区作为分子标记进行扩增,通过DNA宏条形码技术分析其食物组成及摄食选择性。结果显示:在斑鳠胃含物中共鉴定出14个门... 为了探究河道斑鳠的食性,以贵州省罗甸县斑鳠保种场河道中的斑鳠为对象,提取其胃含物及水环境样品DNA,选用18S rDNA V4区作为分子标记进行扩增,通过DNA宏条形码技术分析其食物组成及摄食选择性。结果显示:在斑鳠胃含物中共鉴定出14个门,分别为节肢动物门、脊索动物门、轮虫动物门、绿藻门、硅藻门、纤毛虫门、丝足虫门、链型植物门、Imbricatea、扁形动物门、线虫动物门、腹毛动物门、环节动物门、Haptista。从门水平来看,斑鳠胃含物中节肢动物门相对丰度最高,其次是脊索动物门;从属水平来看,脊索动物门的鲃属相对丰度最高,其次是轮虫动物门的臂尾轮虫属和节肢动物门的中镖水蚤属。斑鳠对脊索动物门有最高的主动摄食选择性;对丝足虫门、轮虫动物门、硅藻门具有较高的摄食偏好;对纤毛虫门、节肢动物门和绿藻门则表现出随机摄食。试验结果表明,斑鳠是底栖肉食性鱼类,其主要食物来源于脊索动物门、节肢动物门,从属的角度来看,主要食物是脊索动物门硬骨鱼纲鲃属和节肢动物门甲壳纲中镖水蚤属、沼虾属。节肢动物门是斑鳠易得的食物,而脊索动物门是斑鳠喜好的食物。因此,斑鳠食性选择受到两方面的影响,即受该水域环境食物易得性和喜好性的影响。 展开更多

关键词 dna宏条形码技术 斑鳠 食性

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3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物对三亚水环境样品的物种检出效果比较

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作者 郭瑶杰 万武波 +2 位作者 王海山 叶乐 陈治 《南方水产科学》 北大核心 2025年第1期66-76,共11页

环境DNA (Environmental DNA, eDNA)宏条形码技术是一种高效率、高灵敏度且无侵入性的物种调查工具。目前基于eDNA宏条形码技术调查鱼类多样性的研究众多,但是该技术发展尚不完善,对不同引物的实际使用效果缺乏共识。为降低测序成本、... 环境DNA (Environmental DNA, eDNA)宏条形码技术是一种高效率、高灵敏度且无侵入性的物种调查工具。目前基于eDNA宏条形码技术调查鱼类多样性的研究众多,但是该技术发展尚不完善,对不同引物的实际使用效果缺乏共识。为降低测序成本、筛选出实际使用效果最优的通用引物,选取三亚市鱼市场和亚特兰蒂斯水族馆共8个站位的水样,比较了3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物(MiFish-U、AcMDB07、Ac12S)在检测鱼类多样性方面的差异。结果表明:1) 3组引物在质控后总序列数、鱼类序列数、总可操作分类单元(Operational taxonomic units, OTUs)数、鱼类OTUs数和鱼类序列占比方面均存在极显著性差异(p<0.01),MiFish-U的扩增成功率和对鱼类物种的靶向性最高;2) MiFish-U检出的物种数最多(140种),AcMDB07和Ac12S则分别检出128和97种;3) Ac12S和AcMDB07的参考数据库尚不完善,两者分别有72.76%和42.11%的OTUs无法注释到种水平;4) Ac12S检出的特有鱼类很少(仅4种),暗示在实际使用过程中更容易被另外2组引物替代,而MiFish-U的可替代性最低;5) 3组引物反映鱼类丰度的总趋势相似,但对具体物种却存在一定差异。结果表明,综合OTUs注释等多种因素,特别是现有参考数据条件下,MiFish-U的物种检出效果优于AcMDB07和Ac12S。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 鱼类多样性 通用引物 MiFish-U 海南

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渔业生物环境DNA宏条形码数据库研究进展

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作者 杨艳 蓝一 +1 位作者 刘佳敏 王茜 《湖北农业科学》 2025年第1期174-180,共7页

利用宏条形码技术可以对环境中的DNA物种信息进行识别,从而实现生物群落分类监测和生物多样性的快速评估。该方法被广泛应用于渔业生物研究领域,借助大量的DNA条形码数据材料,数据库可以将其按照一定的标准保存整理,整合多种数据库形成... 利用宏条形码技术可以对环境中的DNA物种信息进行识别,从而实现生物群落分类监测和生物多样性的快速评估。该方法被广泛应用于渔业生物研究领域,借助大量的DNA条形码数据材料,数据库可以将其按照一定的标准保存整理,整合多种数据库形成共享平台,实现数据的共享和交换。渔业生物环境DNA宏条形码数据库的构建可以为渔业生物的研究和开发提供基础数据资料和科学依据。综述了鱼类、浮游植物、底栖动物的环境DNA宏条形码数据库研究进展,并对该方法应用于渔业生物研究领域的前景进行了展望。 展开更多

关键词 渔业生物 环境dna宏条形码 数据库 研究进展

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基于环境DNA宏条形码的青岚湖自然保护区鱼类组成及分布特征 被引量：1

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作者 史艳萍 屈婵娟 +10 位作者 许旺 周春花 梁璐 王宇翔 任文伟 戴年华 徐晓娟 黎栩霞 计勇 吴小平 金斌松 《中国环境监测》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期235-246,共12页

为探究在不同引物、不同参考数据库下环境DNA技术检测结果的差异,于2021年4月,采用环境DNA宏条形码技术分析了青岚湖鱼类多样性。选取16S rRNA及Cytb 2种引物,NCBI及本地数据库2种数据库,分别进行比对注释。结果表明:在青岚湖29个采样点... 为探究在不同引物、不同参考数据库下环境DNA技术检测结果的差异,于2021年4月,采用环境DNA宏条形码技术分析了青岚湖鱼类多样性。选取16S rRNA及Cytb 2种引物,NCBI及本地数据库2种数据库,分别进行比对注释。结果表明:在青岚湖29个采样点中,共检测到7目15科43属64种鱼类,其中在16S-NCBI情形下获得4目9科19属20种鱼类,在16S-本地数据库情形下获得6目13科27属38种鱼类,在Cytb-NCBI情形下获得4目6科16属19种鱼类,在Cytb-本地数据库情形下获得2目5科15属20种鱼类。在青岚湖29个采样点中,鱼类更多地分布于湖面宽阔的中间地带(如S31附近),且南部较北部更少,鱼种的分布呈现一定的空间相似性。就研究区域而言,选择16S rRNA引物及本地数据库可以获得更全面的鱼类物种。通过与青岚湖鱼类历史数据比对发现,环境DNA技术在研究区域具有较强的适用性,如能选择适当的引物和本地数据库,可以更全面地反映研究区域的物种组成情况。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 鄱阳湖 鱼类多样性 引物 参考数据库

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基于水体及胃含物DNA宏条形码技术的斑鳠幼鱼食性分析 被引量：2

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作者 蒙庆米 马兰 +3 位作者 陈继位 莫显义 姚俊杰 杨立 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期149-158,共10页

为摸清斑鳠(Mystus guttatus)幼鱼的食性和生物学特征,为其资源保护和种群恢复提供科学依据,采用DNA宏条形码技术分析了贵州省罗甸县斑鳠保种场河道中的斑鳠幼鱼胃含物及水体的物种特征。结果显示:1)在斑鳠幼鱼胃含物中共鉴定出109种生... 为摸清斑鳠(Mystus guttatus)幼鱼的食性和生物学特征,为其资源保护和种群恢复提供科学依据,采用DNA宏条形码技术分析了贵州省罗甸县斑鳠保种场河道中的斑鳠幼鱼胃含物及水体的物种特征。结果显示:1)在斑鳠幼鱼胃含物中共鉴定出109种生物,分属于15个门,12大类。从门水平看,节肢动物门相对丰度最高,其次是轮虫动物门、绿藻门、脊索动物门。从属水平看,中镖水蚤属(Sinodiaptomus)相对丰度最高,其次是臂尾轮虫属(Brachionus)、鲃属(Barbus)和Paralamyctes。2)在斑鳠幼鱼生存的河道中,共获得193个物种,分属于18个门。从门水平来看,节肢动物门相对丰度最高,其次是绿藻门。从属水平来看,中镖水蚤属的相对丰度最高,其次是衣藻属(Chlamydomonas),占比较高的还有臂尾轮虫属、筒壳虫属(Tintinnidium)和单壳缝藻属(Monoraphidium)。节肢动物门、轮虫动物门和绿藻门在斑鳠幼鱼胃含物中和水体中都是相对丰度较高的类群。在水体中,脊索动物门相对丰度较低(第15位),而在胃含物中列第4位。研究揭示了斑鳠幼鱼食性选择受水域环境食物的易得性及其喜好性两方面的影响。从能量收支效益的角度来看,斑鳠幼鱼在摄食过程中遵循以最小的能量投入获取最大收益的原则,利于幼鱼存活与生长。 展开更多

关键词 斑鳠 幼鱼 胃含物 食性 dna宏条形码技术

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基于环境DNA宏条形码的汉江上游黄金峡段鱼类多样性研究 被引量：1

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作者 丁洋 李艳艳 +3 位作者 赵进勇 彭文启 张晶 任锦豪 《北京大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期157-164,共8页

2020年,采用环境DNA宏条形码对汉江上游黄金峡鱼类多样性进行研究,并对比历史调查数据,构建汉江上游黄金峡段鱼类名录。从9个采样点中共检测出20种鱼类,占名录的45.45%;鲤鱼(Cyprinus_car-pio)、鲫鱼(Carassius_auratus)、圆吻鲴(Distoe... 2020年,采用环境DNA宏条形码对汉江上游黄金峡鱼类多样性进行研究,并对比历史调查数据,构建汉江上游黄金峡段鱼类名录。从9个采样点中共检测出20种鱼类,占名录的45.45%;鲤鱼(Cyprinus_car-pio)、鲫鱼(Carassius_auratus)、圆吻鲴(Distoechodon_tumirostris)和银鮈(Squalidus_argentatus)为优势种;黄金峡上、下游Shannon指数存在显著性差异(P<0.01,n=9),上游鱼类Shannon指数明显大于下游,黄金峡水利枢纽是造成鱼类多样性空间差异的主要原因。环境DNA检测出的鱼类组成与过去传统方法监测的结果相近。环境DNA宏条形码技术是一种新兴的生物监测手段,可以辅助传统鱼类监测方法,快速检测汉江上游鱼类多样性及其空间分布。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 鱼类多样性 汉江上游黄金峡段

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浮游藻类环境DNA宏条形码监测引物的比较与验证 被引量：1

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作者 母亚雯 杨江华 +2 位作者 张丽娟 张咏 张效伟 《中国环境监测》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期167-176,共10页

环境DNA(eDNA)宏条形码技术通量高、重复性好,在未来生态环境监测中有巨大的应用潜力。目前,浮游藻类环境DNA监测仍处在发展阶段,尚缺乏统一的浮游藻类扩增引物。利用同一个野外环境样本,比较8对通用引物在浮游藻类环境DNA监测中的差异... 环境DNA(eDNA)宏条形码技术通量高、重复性好,在未来生态环境监测中有巨大的应用潜力。目前,浮游藻类环境DNA监测仍处在发展阶段,尚缺乏统一的浮游藻类扩增引物。利用同一个野外环境样本,比较8对通用引物在浮游藻类环境DNA监测中的差异,为初步建立规范化的浮游藻类环境DNA监测方法提供支撑。结果表明,不同引物对浮游藻类扩增存在明显偏好性,靶向扩增16S rDNA的引物主要检出硅藻,其次是隐藻和绿藻;靶向扩增18S rDNA的1391、AD3和ANF 3对引物具有较高的浮游藻类扩增效率和物种辨识度,分别检出67、62、63个浮游藻属,其检出的浮游藻类的相对丰度排序均为硅藻>绿藻>隐藻>金藻>甲藻,可以作为通用引物用于浮游藻类环境DNA宏条形码监测。 展开更多

关键词 浮游藻类 环境dna宏条形码 通用引物 淡水生物多样性 生物监测

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基于环境DNA宏条形码的辽东半岛重要河口鱼类多样性特征 被引量：1

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作者 崔晓玉 张云雷 +3 位作者 张金勇 孙艺 王媛 李宏俊 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期578-588,共11页

为了从分子技术水平探讨渤海与北黄海重要河口鱼类构成及多样性分布情况,利用环境DNA宏条形码技术对渤海与北黄海的12个重要河口进行了鱼类群落多样性研究。结果表明:渤海海域共检测出鱼类74种,隶属于2纲19目41科57属,其中,鲈形目(45%)... 为了从分子技术水平探讨渤海与北黄海重要河口鱼类构成及多样性分布情况,利用环境DNA宏条形码技术对渤海与北黄海的12个重要河口进行了鱼类群落多样性研究。结果表明:渤海海域共检测出鱼类74种,隶属于2纲19目41科57属,其中,鲈形目(45%)占比最大,北黄海共检测出鱼类76种,隶属于2纲19目42科59属,其中鲈形目(42%)占比最大;渤海与北黄海鱼类多样性指数变化趋势相似,但渤海的多样性指数低于北黄海,表明北黄海具有较丰富的鱼类多样性;基于Bray-Curtis距离的NMDS分析和ANOSIM检验显示,渤海与北黄海鱼类群落组间差异大于组内差异(P=0.001);相比于传统鱼类多样性调查方法,环境DNA宏条形码调查在灵敏性、非破坏性和成本效益方面具有显著优势,适用于鱼类多样性调查。研究表明,北黄海相较于渤海具有更高的鱼类多样性;环境DNA宏条形码技术适用于鱼类多样性调查,可对渔业资源调查结果进行补充,在鱼类多样性调查中具备大范围业务化应用前景。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 渤海 北黄海 鱼类多样性 辽东半岛河口

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长江中下游环境DNA宏条形码生物多样性检测技术初步研究 被引量：30

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作者 徐念 熊美华 +2 位作者 邵科 阙延福 李键庸 《环境科学研究》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1187-1196,共10页

长江生物多样性在人为影响下面临严重威胁,物种监测是生物多样性保护的基础,为完善长江水生态监测体系,实现高效无损伤的物种监测,在长江中下游干流3个江段(新滩、安庆和芜湖)采集水样,建立长江水样环境DNA宏条形码物种检测体系并评估... 长江生物多样性在人为影响下面临严重威胁,物种监测是生物多样性保护的基础,为完善长江水生态监测体系,实现高效无损伤的物种监测,在长江中下游干流3个江段(新滩、安庆和芜湖)采集水样,建立长江水样环境DNA宏条形码物种检测体系并评估其有效性.结果表明:①长江中下游环境DNA宏条形码检测到32个物种,包括20种鱼类、1种水生哺乳动物(长江江豚)和11种陆生动物,其中鱼类物种包括鲤形目、鲇形目、鲈形目和鲱形目,其种数占鱼类总种数的比例分别为60%、25%、10%和5%.②长江中下游渔获物中资源量居首位的鲤形目在环境DNA调查中序列数最多,占鱼类总序列的96. 2%,其次为鲱形目(占比为3. 5%),鲇形目和鲈形目占比较低,分别为0. 2%和0. 1%,4个类目序列相对丰度与渔获物种资源量组成差异较大.③环境DNA调查次数约占传统渔获物调查次数的几十至几百分之一,采样时间不足努力量最少的渔获物调查的1%,检测到的鱼类种数为传统调查总数的31%~49%.④安庆采样点位于长江中下游长江江豚密度最高的江段,其环境DNA检出率和序列相对丰度在3个采样点中均最高.研究显示:长江水样环境DNA包含水陆复合生态系统的生物多样性信息,利用水样环境DNA宏条形码可检测不同类群的水生和陆生物种;对于鱼类物种检测,环境DNA宏条形码比传统调查方法效率更高,可对传统调查结果进行补充;环境DNA宏条形码生物多样性检测主要受分子标记体系和核酸序列数据库限制,获取全面的物种多样性和资源量信息需要对检测分析方法进行进一步完善. 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 生物多样性 长江中下游 鱼类种类组成 长江江豚

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环境DNA技术在两栖动物监测中的研究与应用进展 被引量：2

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作者 张靖雯 毛致伟 +2 位作者 杨江华 金小伟 张效伟 《湖泊科学》 北大核心 2025年第4期1162-1174,共13页

两栖动物是全球受威胁最严重的脊椎动物类群,其种群衰退主要源于栖息地丧失、气候变化、环境污染、入侵物种及病菌感染等多重压力。为提升两栖动物多样性保护成效,建立高效精准的监测技术以科学评估其生存现状和动态变化至关重要。传统... 两栖动物是全球受威胁最严重的脊椎动物类群,其种群衰退主要源于栖息地丧失、气候变化、环境污染、入侵物种及病菌感染等多重压力。为提升两栖动物多样性保护成效,建立高效精准的监测技术以科学评估其生存现状和动态变化至关重要。传统形态学和声学监测方法虽然应用广泛,但存在监测成本高、鉴定难度大、难以发现隐蔽稀有物种等局限。环境DNA(eDNA)技术以其高效、快速、无创的优势,为两栖动物多样性监测提供了新的解决方案。本文简要介绍了eDNA生物监测的两种主要方法,综述了eDNA技术在两栖动物“靶向”(入侵物种、珍稀/濒危物种)监测、生物多样性调查、物种丰度估测以及致病菌监测方面的应用进展,重点探讨了样品采集与eDNA捕获、引物选择与PCR扩增、生物信息学分析、假阴性与假阳性的控制等关键技术环节对监测准确性的影响,并提出了优化建议。此外,本文对未来的研究方向与应用前景进行了展望,以期为两栖动物多样性监测、保护与管理提供参考。 展开更多

关键词 两栖动物 环境dna 生物监测 宏条形码 生物多样性

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用DNA宏条形码技术分析鹄沼枝额虫的食性

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作者 陈江 吴俣学 +2 位作者 王艳艳 姚俊杰 何浩宇 《水产学杂志》 CAS 北大核心 2023年第5期27-31,41,共6页

为了认识野生鹄沼枝额虫(Branchinella kugenumaensis)的食性生物学特性,采样DNA宏条形码技术分析了贵州省都匀市甲登村池塘中鹄沼枝额虫的食性。结果显示:从肠道中共鉴定出151个物种,分属于10个门类,即节肢动物门(Arthropoda)、刺胞动... 为了认识野生鹄沼枝额虫(Branchinella kugenumaensis)的食性生物学特性,采样DNA宏条形码技术分析了贵州省都匀市甲登村池塘中鹄沼枝额虫的食性。结果显示:从肠道中共鉴定出151个物种,分属于10个门类,即节肢动物门(Arthropoda)、刺胞动物门(Cnidaria)、脊索动物门(Chordata)、线虫动物门(Nematoda)、软体动物门(Mollusca)、半索动物门(Hemichordata)、环节动物门(Annelida)、扁形动物门(Platyhelminthes)、被子植物门(Angiospermae)和绿藻门(Chlorophyta)。节肢动物门共83种,占食物种类总数的70%,是食物中最丰富的类群;其次是脊索动物门,有27种,占11%;绿藻门占据食物的比例最低,仅为0.3%。结果表明,鹄沼枝额虫主动滤食水体中的有机颗粒,对有机颗粒的滤食无选择性;有机颗粒主要来源于大型溞、蚤状溞、水螅、顶切叶蚁和跳镰猛蚁。 展开更多

关键词 dna宏条形码技术 鹄沼枝额虫 食性

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