根据对虾桃拉综合征病毒(TSV)结构蛋白基因保守序列,利用Primer Explorer 4.0软件设计了4条引物,建立桃拉综合征病毒环介导逆转录等温扩增快速(RT-LAMP)检测方法,对反应温度和反应时间等参数进行了优化;同时将建立的RT-LAMP检测方法与RT...根据对虾桃拉综合征病毒(TSV)结构蛋白基因保守序列,利用Primer Explorer 4.0软件设计了4条引物,建立桃拉综合征病毒环介导逆转录等温扩增快速(RT-LAMP)检测方法,对反应温度和反应时间等参数进行了优化;同时将建立的RT-LAMP检测方法与RT-PCR进行比较分析,RT-LAMP的检测灵敏度比RT-PCR高10倍。结果表明,RT-LAMP最适反应在60℃恒温条件60 min内完成,凝胶电泳呈现梯型条带;反应体系中添加SYBR Green I荧光染料后,绿色的阳性结果明显区别于橙色阴性结果;RT-LAMP对感染TSV的对虾检测呈阳性,而对对虾其他常见病原检测均为阴性,具有高的特异性。展开更多
【目的】应用环介导等温核酸扩增技术(loop-mediated isothermalamplification,LAMP)建立基于颜色判定的简单、快速、灵敏并具有通用性的烟草疫霉(Phytophthora parasitica var. nicotianae)检测方法,为该病害的风险预判和防治提供依据...【目的】应用环介导等温核酸扩增技术(loop-mediated isothermalamplification,LAMP)建立基于颜色判定的简单、快速、灵敏并具有通用性的烟草疫霉(Phytophthora parasitica var. nicotianae)检测方法,为该病害的风险预判和防治提供依据。【方法】以PUF蛋白编码基因PpPuf4为靶序列,设计并筛选得到一组烟草疫霉菌特异性LAMP引物,建立了一种快速有效的LAMP检测体系。通过实验对该检测方法的特异性、灵敏度、通用性进行了评估,并对其实际应用效果进行了验证。【结果】在62℃恒温条件下进行扩增反应,反应结束后加入荧光染料SUPERGreenI作为显色剂,特异性检测结果显示,只有烟草疫霉菌株的LAMP反应液为阳性(黄绿色),另外14株其他烟草常见真菌病原菌反应液为阴性。灵敏度试验结果显示,最低能检测到烟草疫霉的DNA浓度为1 pg/μL。通用性结果显示18株不同地区来源的烟草疫霉菌均可被检出。人工接种发病组织和田间黑胫病烟株的检测结果均呈阳性,与组织分离法对烟草疫霉的检测结果相一致。【结论】该检测方法的建立,可用于田间烟草黑胫病的快速、简单、有效地检测,有利于烟草黑胫病的及时发现和防控。展开更多
文摘根据对虾桃拉综合征病毒(TSV)结构蛋白基因保守序列,利用Primer Explorer 4.0软件设计了4条引物,建立桃拉综合征病毒环介导逆转录等温扩增快速(RT-LAMP)检测方法,对反应温度和反应时间等参数进行了优化;同时将建立的RT-LAMP检测方法与RT-PCR进行比较分析,RT-LAMP的检测灵敏度比RT-PCR高10倍。结果表明,RT-LAMP最适反应在60℃恒温条件60 min内完成,凝胶电泳呈现梯型条带;反应体系中添加SYBR Green I荧光染料后,绿色的阳性结果明显区别于橙色阴性结果;RT-LAMP对感染TSV的对虾检测呈阳性,而对对虾其他常见病原检测均为阴性,具有高的特异性。
