旨在了解近年来我国猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的分子流行病学特征和遗传变异情况。本研究选取GenBank数据库中168个国内(收录于2017—2023年)和9个国外PCV3基因组序列,利用生物信息学软件对其进行系统发育树构建...旨在了解近年来我国猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的分子流行病学特征和遗传变异情况。本研究选取GenBank数据库中168个国内(收录于2017—2023年)和9个国外PCV3基因组序列,利用生物信息学软件对其进行系统发育树构建、核苷酸同源性比对、氨基酸序列比对、抗原表位预测以及基因重组等分析,以期阐明PCV3在我国的传播及遗传进化规律。结果显示,我国PCV3的基因型可被划分为两个亚型,即PCV3a和PCV3b,且PCV3a和PCV3b均可进一步划分为不同的基因簇:PCV3a-1~PCV3a-3和PCV3b-1~PCV3b-5,其中PCV3a-1和PCV3b-2数量最多,占比最高;177个PCV3的全基因组序列相似性在98.3%~100%之间,其ORF2基因编码的氨基酸序列存在3个主要的点突变区,无碱基缺失和插入等情况。此外,基因重组分析表明,这些PCV3全基因组序列之间仅存在1个可能的重组事件,说明目前我国PCV3流行的基因型处于一个相对稳定的阶段。综上,本研究通过严格标准界定寻找到一种未来很可能被广泛认可的基因分型方法,且基于这种基因分型方法再对2017—2023年我国PCV3的遗传变异情况进行分析时所得到的结果较为可靠,这一结果不仅为未来PCV3的遗传变异分析研究提供了统一框架,更为进一步揭示PCV3的分子流行病学特征、遗传多样性和疫苗设计及防控策略的制定提供了基础资料。展开更多
旨在了解北京地区猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的流行现状、分子生物学特征和遗传变异规律,为PCV3的防控提供参考依据。采集北京地区规模化养殖场73份临床表现为繁殖障碍和呼吸系统疾病的组织样品,对其中的PCV3进行...旨在了解北京地区猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的流行现状、分子生物学特征和遗传变异规律,为PCV3的防控提供参考依据。采集北京地区规模化养殖场73份临床表现为繁殖障碍和呼吸系统疾病的组织样品,对其中的PCV3进行检测和测序。根据PCV3全基因组序列设计3对特异性引物,从患PDNS的断奶仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列片段,克隆到pMD19-T载体中,经测序、拼接获得PCV3全长cDNA序列,利用DNAStar和DNAMAN生物软件对全基因组进行遗传变异分析。结果:北京地区PCV3感染率为30.1%(22/73),PCV3全基因组长2 000bp,GenBank序列登录号为MG546667,将该病毒命名为PCV3/CN/BJ-YH2016。其基因组有3个开放阅读框(ORF),其中两个ORF编码的蛋白与圆环病毒的复制相关蛋白(replication-associated protein,Rep)和衣壳蛋白(capsid protein,Cap)同源。PCV3/CN/BJ-YH2016与NCBI上30株PCV3基因组序列相似性为98.6%~99.3%,Rep蛋白氨基酸序列与美国毒株PCV3-US/MO2015(KX778720)的相似性最高(为100%),与中国毒株PCV3/CN/Guangdong-SG1/2016(MF589105)相似性最低(为95%),有16个氨基酸变异,全部集中在5-23位氨基酸。Cap蛋白氨基酸序列与美国毒株2164(KX458235)的相似性为100%,与其他毒株均有1~4个氨基酸发生变异,其中与PCV3-US/MO2015毒株相比变异位点分别位于24、26、56、100aa。以上试验结果表明,成功从患断奶仔猪多系统衰竭综合征仔猪体内克隆了PCV3全基因,并完成了序列分析,这些数据将为研究这种新型病毒——PCV3的遗传变异和流行病学特征提供分子生物学依据。展开更多
猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)是2016年由美国首次报道引起母猪繁殖障碍的一种新型猪圆环病毒,该病毒的致病性尚不完全清楚。为研究PCV3对断奶仔猪的致病性,本研究用PK-15细胞自临床病料分离到1株PCV3毒株,命名为PCV3/...猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)是2016年由美国首次报道引起母猪繁殖障碍的一种新型猪圆环病毒,该病毒的致病性尚不完全清楚。为研究PCV3对断奶仔猪的致病性,本研究用PK-15细胞自临床病料分离到1株PCV3毒株,命名为PCV3/CH/HB/XY/2018,全基因组测序分析表明,该毒株属于PCV3a-IM基因亚型。分别用PCV3阳性病料初始匀浆液和第8代细胞培养物采用滴鼻和肌肉注射2种方式感染28日龄断奶仔猪,每组试验猪5头,并设置空白对照组。通过观察和分析试验猪的临床表现、体温、增重、病毒血症、各组织的病毒载量和病理变化等方面评价仔猪感染试验结果。结果显示:PCV3阳性病料初始匀浆液和细胞培养物在感染断奶仔猪后均会引起仔猪出现体温上升、消瘦、皮炎和生长缓慢等现象;病毒血症时间超过14 d,但21 d消失,病毒的组织分布结果表明,PCV3主要感染扁桃体、淋巴结等免疫器官,在脾、肺和扁桃体等组织中的病毒载量最高;感染猪可出现间质性肺炎、淋巴小结增生和嗜酸性粒细胞增多等病理变化。本研究表明PCV3/CH/HB/XY/2018毒株对断奶仔猪有致病性,为PCV3的致病机制研究奠定了基础。展开更多
文摘旨在了解近年来我国猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的分子流行病学特征和遗传变异情况。本研究选取GenBank数据库中168个国内(收录于2017—2023年)和9个国外PCV3基因组序列,利用生物信息学软件对其进行系统发育树构建、核苷酸同源性比对、氨基酸序列比对、抗原表位预测以及基因重组等分析,以期阐明PCV3在我国的传播及遗传进化规律。结果显示,我国PCV3的基因型可被划分为两个亚型,即PCV3a和PCV3b,且PCV3a和PCV3b均可进一步划分为不同的基因簇:PCV3a-1~PCV3a-3和PCV3b-1~PCV3b-5,其中PCV3a-1和PCV3b-2数量最多,占比最高;177个PCV3的全基因组序列相似性在98.3%~100%之间,其ORF2基因编码的氨基酸序列存在3个主要的点突变区,无碱基缺失和插入等情况。此外,基因重组分析表明,这些PCV3全基因组序列之间仅存在1个可能的重组事件,说明目前我国PCV3流行的基因型处于一个相对稳定的阶段。综上,本研究通过严格标准界定寻找到一种未来很可能被广泛认可的基因分型方法,且基于这种基因分型方法再对2017—2023年我国PCV3的遗传变异情况进行分析时所得到的结果较为可靠,这一结果不仅为未来PCV3的遗传变异分析研究提供了统一框架,更为进一步揭示PCV3的分子流行病学特征、遗传多样性和疫苗设计及防控策略的制定提供了基础资料。
