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星星草脂氧合酶基因家族鉴定及生物信息学分析
1
作者
冯慧婷
李跃跃
+1 位作者
齐家兴
李莹
《现代农业科技》
2024年第3期157-161,共5页
星星草具有较强的耐盐碱特性,是改良土壤盐碱化的优良牧草。脂氧合酶(lipoxygenase,LOXs)广泛存在于动植物中,催化多不饱和脂肪酸的双加氧反应,最终生成各种氧脂素,从而在植物生长发育、响应逆境胁迫中发挥重要的生物学功能。目前,星星...
星星草具有较强的耐盐碱特性,是改良土壤盐碱化的优良牧草。脂氧合酶(lipoxygenase,LOXs)广泛存在于动植物中,催化多不饱和脂肪酸的双加氧反应,最终生成各种氧脂素,从而在植物生长发育、响应逆境胁迫中发挥重要的生物学功能。目前,星星草中的LOXs家族基因仍未见报道。本研究利用生物信息学方法对PutLOXs基因家族成员进行鉴定,并对其理化性质、亚细胞定位和系统进化进行了分析。结果表明,星星草基因组中共有8个LOX基因,它们均具有lipoxygenase homology 2(简称LH2)和lipoxygenase结构域,均不包含跨膜结构域,预测定位于细胞质或叶绿体。系统发生分析表明PutLOXs蛋白分为9-LOX和13-LOX两个亚家族,并且与水稻和玉米这类单子叶植物的LOXs蛋白系统发生关系更近。本研究将为后期深入分析星星草耐盐碱分子机制提供理论依据。
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关键词
脂
氧
合
酶
基因
家族
星星草
生物信息学分析
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职称材料
脂氧合酶基因家族成员在薄皮甜瓜挥发性香气物质合成中的作用
被引量:
1
2
作者
汤雨凡
齐红岩(编译)
+2 位作者
张冲
曹嵩晓
王孝
《中国瓜菜》
CAS
北大核心
2019年第8期229-230,共2页
目的与意义:薄皮甜瓜可以作为研究果实成熟特性尤其是香气特性的模式植物.甜瓜成熟果实中挥发性香气物质主要为醛类、醇类和大量的酯类物质,这些香气物质的组成和含量与甜瓜品种密切相关.香气浓郁的甜瓜通常含有大量直链和支链酯类,其...
目的与意义:薄皮甜瓜可以作为研究果实成熟特性尤其是香气特性的模式植物.甜瓜成熟果实中挥发性香气物质主要为醛类、醇类和大量的酯类物质,这些香气物质的组成和含量与甜瓜品种密切相关.香气浓郁的甜瓜通常含有大量直链和支链酯类,其中直链酯类是薄皮甜瓜的主要香气物质.植物中直链酯类主要通过脂肪酸途径进行,脂氧合酶(LOX)是脂肪酸途径中第一个关键酶.由于LOX为多基因编码,其基因家族成员参与不同的生理进程,LOX在酯类物质合成过程中的作用还不明确.因此有必要通过不同香气类型甜瓜的香气成分分析和果肉圆片孵育试验,检测LOX酶活性和香气物质成分,并根据己确定甜瓜的LOX基因家族成员序列进行基因的表达差异分析,来研究哪些LOX基因家族成员参与了薄皮甜瓜香气物质的合成过程.为明确LOX在薄皮甜瓜直链酯类合成中的作用以及哪些基因参与直链酯类合成奠定基础.
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关键词
挥发性香气物质
薄皮甜瓜
基因
家族
脂
氧
合
酶
物质
合
成
酯类物质
香气成分分析
成熟果实
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职称材料
猕猴桃6个LOX基因家族成员实时定量PCR引物特异性的检测与应用
被引量:
5
3
作者
张波
徐昌杰
陈昆松
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第3期262-267,共6页
从基因家族成员的视角开展基因表达研究是阐明基因功能的重要组成内容,实时定量PCR(QPCR)技术是分析基因表达的有效手段.以猕猴桃脂氧合酶(LOX)基因家族6个成员为对象,分析了引物特异性的检测方法.该方法整合了熔点曲线分析、琼脂糖电...
从基因家族成员的视角开展基因表达研究是阐明基因功能的重要组成内容,实时定量PCR(QPCR)技术是分析基因表达的有效手段.以猕猴桃脂氧合酶(LOX)基因家族6个成员为对象,分析了引物特异性的检测方法.该方法整合了熔点曲线分析、琼脂糖电泳、交叉PCR扩增和PCR产物测序等分析手段,有效消除其它成员的交叉扩增干扰,为利用QPCR检测基因家族成员表达提供了特异、准确与可行的途径.
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关键词
猕猴桃脂氧合酶基因家族成员
引物
特异性
实时定量PCR
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职称材料
高粱LOX基因家族全基因组鉴定及表达模式分析
被引量:
5
4
作者
刘梦
魏玉磊
+3 位作者
丁冬
赵训超
罗伟毅
徐晶宇
《河南农业科学》
北大核心
2020年第11期37-44,共8页
利用生物信息学技术鉴定高粱脂氧合酶(LOX)家族基因,并对其进化关系、基因结构、保守基序、不同组织及低温胁迫下的表达模式等进行分析,以此为高粱LOX基因的功能研究奠定基础。结果表明,共鉴定出11条高粱LOX家族基因,根据其染色体位置...
利用生物信息学技术鉴定高粱脂氧合酶(LOX)家族基因,并对其进化关系、基因结构、保守基序、不同组织及低温胁迫下的表达模式等进行分析,以此为高粱LOX基因的功能研究奠定基础。结果表明,共鉴定出11条高粱LOX家族基因,根据其染色体位置命名为SbLOX1—SbLOX11,该家族基因可分为2个亚族(9-LOX、13-LOX)且同一亚族基因结构基本相似。表达分析发现,不同基因家族成员在不同组织部位的表达模式各不相同,SbLOX10和SbLOX9基因在各个组织部位中表达量均较低,SbLOX2—SbLOX5、SbLOX8在各个组织部位中表达量均较高。对低温(4℃)处理下高粱LOX基因转录组数据进行分析发现,耐冷型高粱9-LOX亚族中的SbLOX1、SbLOX3、SbLOX5和13-LOX亚族中的SbLOX4、SbLOX9在大多时间点均呈上调表达,且在冷敏感材料中表达量也较高,推测LOX基因在低温胁迫响应中具有重要作用。
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关键词
高粱
脂
氧
合
酶
基因
家族
基因
结构
进化关系
表达模式
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职称材料
题名
星星草脂氧合酶基因家族鉴定及生物信息学分析
1
作者
冯慧婷
李跃跃
齐家兴
李莹
机构
东北林业大学生命科学学院/东北盐碱植被恢复与重建教育部重点实验室
出处
《现代农业科技》
2024年第3期157-161,共5页
文摘
星星草具有较强的耐盐碱特性,是改良土壤盐碱化的优良牧草。脂氧合酶(lipoxygenase,LOXs)广泛存在于动植物中,催化多不饱和脂肪酸的双加氧反应,最终生成各种氧脂素,从而在植物生长发育、响应逆境胁迫中发挥重要的生物学功能。目前,星星草中的LOXs家族基因仍未见报道。本研究利用生物信息学方法对PutLOXs基因家族成员进行鉴定,并对其理化性质、亚细胞定位和系统进化进行了分析。结果表明,星星草基因组中共有8个LOX基因,它们均具有lipoxygenase homology 2(简称LH2)和lipoxygenase结构域,均不包含跨膜结构域,预测定位于细胞质或叶绿体。系统发生分析表明PutLOXs蛋白分为9-LOX和13-LOX两个亚家族,并且与水稻和玉米这类单子叶植物的LOXs蛋白系统发生关系更近。本研究将为后期深入分析星星草耐盐碱分子机制提供理论依据。
关键词
脂
氧
合
酶
基因
家族
星星草
生物信息学分析
Keywords
lipoxygenase(LOXs)
gene family
Puccinellia tenuiflora
bioinformatics analysis
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
脂氧合酶基因家族成员在薄皮甜瓜挥发性香气物质合成中的作用
被引量:
1
2
作者
汤雨凡
齐红岩(编译)
张冲
曹嵩晓
王孝
机构
沈阳农业大学
设施园艺省部共建教育部重点实验室·沈阳农业大学园艺学院
出处
《中国瓜菜》
CAS
北大核心
2019年第8期229-230,共2页
基金
国家自然科学基金(31272154)
文摘
目的与意义:薄皮甜瓜可以作为研究果实成熟特性尤其是香气特性的模式植物.甜瓜成熟果实中挥发性香气物质主要为醛类、醇类和大量的酯类物质,这些香气物质的组成和含量与甜瓜品种密切相关.香气浓郁的甜瓜通常含有大量直链和支链酯类,其中直链酯类是薄皮甜瓜的主要香气物质.植物中直链酯类主要通过脂肪酸途径进行,脂氧合酶(LOX)是脂肪酸途径中第一个关键酶.由于LOX为多基因编码,其基因家族成员参与不同的生理进程,LOX在酯类物质合成过程中的作用还不明确.因此有必要通过不同香气类型甜瓜的香气成分分析和果肉圆片孵育试验,检测LOX酶活性和香气物质成分,并根据己确定甜瓜的LOX基因家族成员序列进行基因的表达差异分析,来研究哪些LOX基因家族成员参与了薄皮甜瓜香气物质的合成过程.为明确LOX在薄皮甜瓜直链酯类合成中的作用以及哪些基因参与直链酯类合成奠定基础.
关键词
挥发性香气物质
薄皮甜瓜
基因
家族
脂
氧
合
酶
物质
合
成
酯类物质
香气成分分析
成熟果实
分类号
S652 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
猕猴桃6个LOX基因家族成员实时定量PCR引物特异性的检测与应用
被引量:
5
3
作者
张波
徐昌杰
陈昆松
机构
浙江大学果实分子生理与生物技术实验室
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第3期262-267,共6页
基金
国家自然科学基金(No.30571284)
高等学校博士学科点专项科研基金(No.20040335022)
高等学校学科创新引智计划(No.B06014)资助~~
文摘
从基因家族成员的视角开展基因表达研究是阐明基因功能的重要组成内容,实时定量PCR(QPCR)技术是分析基因表达的有效手段.以猕猴桃脂氧合酶(LOX)基因家族6个成员为对象,分析了引物特异性的检测方法.该方法整合了熔点曲线分析、琼脂糖电泳、交叉PCR扩增和PCR产物测序等分析手段,有效消除其它成员的交叉扩增干扰,为利用QPCR检测基因家族成员表达提供了特异、准确与可行的途径.
关键词
猕猴桃脂氧合酶基因家族成员
引物
特异性
实时定量PCR
Keywords
kiwifruit lipoxygenase (LOX) gene family members
primer
specificity
real-time quantitativePCR
分类号
S663.4 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
高粱LOX基因家族全基因组鉴定及表达模式分析
被引量:
5
4
作者
刘梦
魏玉磊
丁冬
赵训超
罗伟毅
徐晶宇
机构
黑龙江八一农垦大学农学院/黑龙江省现代农业栽培技术与作物种质改良重点实验室/黑龙江省秸秆资源化利用工程技术研究中心
出处
《河南农业科学》
北大核心
2020年第11期37-44,共8页
基金
国家重点研发计划项目(2016YFD0101002)
黑龙江八一农垦大学研究生创新科研项目(YJSCX2018-Y104)。
文摘
利用生物信息学技术鉴定高粱脂氧合酶(LOX)家族基因,并对其进化关系、基因结构、保守基序、不同组织及低温胁迫下的表达模式等进行分析,以此为高粱LOX基因的功能研究奠定基础。结果表明,共鉴定出11条高粱LOX家族基因,根据其染色体位置命名为SbLOX1—SbLOX11,该家族基因可分为2个亚族(9-LOX、13-LOX)且同一亚族基因结构基本相似。表达分析发现,不同基因家族成员在不同组织部位的表达模式各不相同,SbLOX10和SbLOX9基因在各个组织部位中表达量均较低,SbLOX2—SbLOX5、SbLOX8在各个组织部位中表达量均较高。对低温(4℃)处理下高粱LOX基因转录组数据进行分析发现,耐冷型高粱9-LOX亚族中的SbLOX1、SbLOX3、SbLOX5和13-LOX亚族中的SbLOX4、SbLOX9在大多时间点均呈上调表达,且在冷敏感材料中表达量也较高,推测LOX基因在低温胁迫响应中具有重要作用。
关键词
高粱
脂
氧
合
酶
基因
家族
基因
结构
进化关系
表达模式
Keywords
Sorghum bicolor
Lipoxygenase(LOX)gene family
Gene structure
Evolutionary relationship
Expression pattern
分类号
S514 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
星星草脂氧合酶基因家族鉴定及生物信息学分析
冯慧婷
李跃跃
齐家兴
李莹
《现代农业科技》
2024
0
在线阅读
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职称材料
2
脂氧合酶基因家族成员在薄皮甜瓜挥发性香气物质合成中的作用
汤雨凡
齐红岩(编译)
张冲
曹嵩晓
王孝
《中国瓜菜》
CAS
北大核心
2019
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
猕猴桃6个LOX基因家族成员实时定量PCR引物特异性的检测与应用
张波
徐昌杰
陈昆松
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
高粱LOX基因家族全基因组鉴定及表达模式分析
刘梦
魏玉磊
丁冬
赵训超
罗伟毅
徐晶宇
《河南农业科学》
北大核心
2020
5
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职称材料
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