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QTL作图中零假设检验统计量分布特征及LOD临界值估计方法
被引量：
10
1
作者
孙子淇
李慧慧
+1 位作者
张鲁燕
王建康
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期1-11,共11页
研究QTL作图中零假设检验统计量分布特征,可以帮助我们选取合适的LOD临界值,以控制全基因组显著性概率水平下犯第一类错误的概率。本文利用模拟方法,研究了QTL作图中单个扫描位点的似然比检验(LRT)统计量在零假设下的分布特征、影响最大...
研究QTL作图中零假设检验统计量分布特征,可以帮助我们选取合适的LOD临界值,以控制全基因组显著性概率水平下犯第一类错误的概率。本文利用模拟方法,研究了QTL作图中单个扫描位点的似然比检验(LRT)统计量在零假设下的分布特征、影响最大LOD统计量累积分布的因素以及不同群体在不同标记密度下有效独立检验次数与染色体长度的关系。结果表明,在定位加显性效应QTL的一维扫描和定位上位性互作QTL的二维扫描中,单个扫描位置上的LRT统计量均服从卡方分布,其自由度等于检测QTL遗传参数的个数;染色体个数、群体大小和表型测量误差方差对零假设下检验统计量的分布没有影响,即不影响LOD临界值的选取,而群体类型、标记密度和染色体长度有明显影响,BC1、RIL和F2三种类型的群体中,BC1群体的临界值最小,F2群体的临界值最大,标记越密染色体越长,对应的LOD临界值越大;QTL一维扫描中有效独立检验次数与染色体长度呈正比,二维扫描中有效独立检验次数与染色体长度呈二次幂关系。借助Bonferroni矫正,给出了全基因组显著性水平与单个扫描位点显著性水平间的关系,因此,研究者可根据作图群体的群体类型、标记密度和基因组长度,很方便地确定特定全局显著性概率水平下的LOD临界值。
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关键词
QTL作图
似然比
检验
LOD统计量
零假设
显著性水平
独立检验次数
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职称材料
题名
QTL作图中零假设检验统计量分布特征及LOD临界值估计方法
被引量：
10
1
作者
孙子淇
李慧慧
张鲁燕
王建康
机构
中国农业科学院作物科学研究所
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期1-11,共11页
基金
国家自然科学基金项目(31000540)资助
文摘
研究QTL作图中零假设检验统计量分布特征,可以帮助我们选取合适的LOD临界值,以控制全基因组显著性概率水平下犯第一类错误的概率。本文利用模拟方法,研究了QTL作图中单个扫描位点的似然比检验(LRT)统计量在零假设下的分布特征、影响最大LOD统计量累积分布的因素以及不同群体在不同标记密度下有效独立检验次数与染色体长度的关系。结果表明,在定位加显性效应QTL的一维扫描和定位上位性互作QTL的二维扫描中,单个扫描位置上的LRT统计量均服从卡方分布,其自由度等于检测QTL遗传参数的个数;染色体个数、群体大小和表型测量误差方差对零假设下检验统计量的分布没有影响,即不影响LOD临界值的选取,而群体类型、标记密度和染色体长度有明显影响,BC1、RIL和F2三种类型的群体中,BC1群体的临界值最小,F2群体的临界值最大,标记越密染色体越长,对应的LOD临界值越大;QTL一维扫描中有效独立检验次数与染色体长度呈正比,二维扫描中有效独立检验次数与染色体长度呈二次幂关系。借助Bonferroni矫正,给出了全基因组显著性水平与单个扫描位点显著性水平间的关系,因此,研究者可根据作图群体的群体类型、标记密度和基因组长度,很方便地确定特定全局显著性概率水平下的LOD临界值。
关键词
QTL作图
似然比
检验
LOD统计量
零假设
显著性水平
独立检验次数
Keywords
QTL mapping
Likelihood ratio test
LOD score
Null hypothesis
Significance level
Number of independent tests
分类号
S330 [农业科学—作物遗传育种]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
QTL作图中零假设检验统计量分布特征及LOD临界值估计方法
孙子淇
李慧慧
张鲁燕
王建康
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
10
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