烟草牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶类似基因的克隆及其功能研究 被引量：3

1

作者 魏攀 夏玉珍 +8 位作者 史艳梅 陈霞 许亚龙 刘萍萍 王燃 魏春阳 杨军 林福呈 李锋 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第4期130-136,共7页

利用同源克隆法从普通烟草(Nicotiana tabacum)红花大金元的c DNA中克隆到一个新基因Nt GGPPSL(Geranylgeranyl pyrophosphate synthase-like),其编码区全长为813 bp。Blast结果显示该基因与林烟草(Nicotiana sylvestris)、绒毛状烟草(N... 利用同源克隆法从普通烟草(Nicotiana tabacum)红花大金元的c DNA中克隆到一个新基因Nt GGPPSL(Geranylgeranyl pyrophosphate synthase-like),其编码区全长为813 bp。Blast结果显示该基因与林烟草(Nicotiana sylvestris)、绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis)和番茄(Solanum lycopersicum)的GGPPS小亚基基因的相似度分别达到了99%、91%和82%,但其编码的蛋白质序列缺失了GGPPS小亚基的关键功能域"DDXXXXD",这表明Nt GGPPSL基因的功能可能与GGPPS小亚基基因不同。为了深入研究Nt GGPPSL基因的功能,通过实时荧光定量PCR(Real-time PCR)分析Nt GGPPSL基因在普通烟草不同时期和器官中的表达差异。利用TRV病毒诱导的基因沉默(VIGS)体系抑制本氏烟草(Nicotiana benthamiana)中Nt GGPPSL基因的表达,在成功沉默该基因之后,检测烟草中质体色素(新黄质、紫黄质、叶黄素、叶绿素a/b、β-胡萝卜素)含量的变化。结果显示,Nt GGPPSL基因在茎和根中的表达量明显高于其他器官。与对照组相比,在Nt GGPPSL基因沉默后,烟草叶片发生明显的褪绿现象,质体色素含量显著降低,表明该基因参与了叶绿素的合成,这为VIGS体系提供了一个可参考的指示基因,也为烟草的遗传改良和基因功能研究提供了理论依据。 展开更多

关键词 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶 荧光定量PCR 病毒诱导的基因沉默 普通烟草

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高产脂思茅松牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因的克隆及表达 被引量：2

2

作者 王毅 原晓龙 +1 位作者 陈伟 李江 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2018年第6期711-716,共6页

以高产脂思茅松为材料,基于转录组数据分析,采用RT-PCR方法获得思茅松牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPS)基因的c DNA序列,Gen Bank登录号为KM382173.1.序列分析显示,思茅松GGPS基因c DNA全长1 152 bp,编码383个氨基酸,属于GGPS家族.... 以高产脂思茅松为材料,基于转录组数据分析,采用RT-PCR方法获得思茅松牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPS)基因的c DNA序列,Gen Bank登录号为KM382173.1.序列分析显示,思茅松GGPS基因c DNA全长1 152 bp,编码383个氨基酸,属于GGPS家族.序列比对分析显示,思茅松GGPS拥有GGPS家族特有的两个功能保守结构域FARM(DDLPSMDND)、SARM(DDILD),其与马尾松GGPS的同源性为78.07%.系统进化树分析显示,思茅松GGPS与马尾松GGPS的亲缘关系最近.荧光定量PCR分析表明,在思茅松的树皮中,GGPS基因的表达明显受到割脂物理伤害的诱导,在高产脂思茅松个体幼枝中的表达量远远高于在低产脂思茅松个体的表达量. 展开更多

关键词 高产脂 思茅松 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPS) 荧光定量PCR 基因功能

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基于转录组信息的艾纳香牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因(BbGGPS)的克隆及序列分析 被引量：2

3

作者 夏奇峰 赵致 +2 位作者 刘红昌 官玲亮 庞玉新 《山地农业生物学报》 2016年第4期23-29,共7页

采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of c DNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera L·DC)的叶片中克隆到二萜化合物合成的关键酶牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(Bb GGPS)基因。结果显示:Bb GGPS基因的c DNA全长1475 bp,包含... 采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of c DNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera L·DC)的叶片中克隆到二萜化合物合成的关键酶牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(Bb GGPS)基因。结果显示:Bb GGPS基因的c DNA全长1475 bp,包含开放阅读框(ORF)1002 bp,编码334个氨基酸;亚细胞结构定位于叶绿体,既非膜蛋白也非分泌性蛋白。疏水性分析显示,Bb GGPS是亲水性蛋白。同源性比对结果显示,Bb GGPS蛋白与其他植物中GGPS蛋白具有高度的相似性。系统发育分析表明,所有序列被聚为5大类,Bb GGPS与菊科植物刺菜蓟聚(Cynara cardunculus var)为一类,表明与其亲缘关系最近。 展开更多

关键词 艾纳香 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶 氨基酸序列 系统发育分析

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茶树牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因CsGGDPS的克隆及表达分析 被引量：11

4

作者 姚雪倩 岳川 +4 位作者 杨国一 陈丹 张冬桃 陈桂信 叶乃兴 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期86-96,共11页

以铁观音芽叶为材料,验证从茶树转录组数据库中筛选到的1条牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGDPS)的编码全长序列c DNA。该c DNA全长1 661 bp,含有1个1 137 bp完整的开放阅读框,命名为Cs GGDPS。该基因编码378个氨基酸,氨基酸序列具有类... 以铁观音芽叶为材料,验证从茶树转录组数据库中筛选到的1条牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGDPS)的编码全长序列c DNA。该c DNA全长1 661 bp,含有1个1 137 bp完整的开放阅读框,命名为Cs GGDPS。该基因编码378个氨基酸,氨基酸序列具有类异戊二烯合成酶家族的5个保守域和2个特征功能域;序列分析显示,该c DNA与其他植物GGDPS高度保守,与三七(Panax notoginseng)的亲缘关系最近。Cs GGDPS属于不稳定、亲水蛋白,可能定位到叶绿体中,不存在跨膜结构,无信号肽,发生磷酸化的位点可能有20个;二级结构主要由α-螺旋构成,三级结构与拟南芥GGPPS11匹配度最高。实时荧光定量PCR结果表明,在茶树发育过程和不同叶位Cs GGDPS的表达量随芽叶成熟度的增加呈上升趋势,随着做青过程的进行,Cs GGDPS的表达量逐渐升高;Cs GGDPS在父本黄旦、母本铁观音和子一代金观音中均有表达,但表达量存在差异。 展开更多

关键词 茶树 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶 茶叶香气 基因表达

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芥蓝牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因BoaGGPPS1的克隆及表达分析 被引量：3

5

作者 薛生玲 江敏 +5 位作者 常嘉琪 段妍雯 陈涛 郝宇 张芬 孙勃 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期259-265,共7页

本试验以芥蓝为试验材料,通过同源序列检索分析设计特异性引物,采用反转录PCR方法成功分离出芥蓝GGPPS1基因。BoaGGPPS1基因CDS全长为1 113 bp,编码370个氨基酸。生物信息学分析结果显示,BoaGGPPS1蛋白的等电点为6.07,相对分子量为39 7... 本试验以芥蓝为试验材料,通过同源序列检索分析设计特异性引物,采用反转录PCR方法成功分离出芥蓝GGPPS1基因。BoaGGPPS1基因CDS全长为1 113 bp,编码370个氨基酸。生物信息学分析结果显示,BoaGGPPS1蛋白的等电点为6.07,相对分子量为39 790,不含跨膜结构域和信号肽。序列分析结果显示,BoaGGPPS1与其他植物GGPPS高度保守,与结球甘蓝的一致性最高,达到98%。系统进化树分析结果表明,BoaGGPPS1与十字花科其他植物的亲缘关系较近,与结球甘蓝的亲缘关系最近。BoaGGPPS1基因在芥蓝不同器官中均有表达,其中叶片中的表达量最高,根系中的表达量最低。构建原核表达载体p EASY-Blunt E1-BoaGGPPS1,并对其进行诱导表达,结果发现该蛋白在大肠杆菌体内主要以包涵体的形式存在。 展开更多

关键词 芥蓝 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶 基因克隆 表达分析

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篦子三尖杉牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因的克隆与序列分析 被引量：1

6

作者 齐小琼 胡晨熙 李大卫 《江苏农业科学》 北大核心 2016年第4期79-82,共4页

三尖杉是我国特有植物,主要含有生物碱、黄酮及萜类等生物活性物质。以篦子三尖杉为试验材料,根据同源克隆的方法扩增三尖杉牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶(GGPPS)基因,并通过生物信息的方法对该基因进行鉴定和分析。结果表明,篦子三尖杉GG... 三尖杉是我国特有植物,主要含有生物碱、黄酮及萜类等生物活性物质。以篦子三尖杉为试验材料,根据同源克隆的方法扩增三尖杉牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶(GGPPS)基因,并通过生物信息的方法对该基因进行鉴定和分析。结果表明,篦子三尖杉GGPPS基因全长1 217 bp,含有1个完整的1 182 bp开放阅读框(ORF),编码393个氨基酸的蛋白序列,GGPPS蛋白相对分子量为43.042 ku,理论等电点(p I)为6.57,其二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成;蛋白质同源分析表明,三尖杉GGPPS含有多聚异戊二烯基合成酶家族中保守的5个特征性结构和2个富含天冬氨酸的区域;同源模建分析显示,三尖杉GGPPS具有GGPPS蛋白典型的三维结构,特别与薄荷GGPPS蛋白的三维结构及活性位点极其相似;系统进化分析表明,三尖杉GGPPS蛋白归属植物进化支,且与加拿大红豆杉、曼地亚红豆杉、海南粗榧的GGPPS蛋白归为同一分支。 展开更多

关键词 篦子三尖杉 萜类化合物 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶(GGPPS) 克隆 序列分析 同源模建 系统进化

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基于转录组信息的艾纳香牻牛儿基焦磷酸合成酶基因(BbGPPS)的克隆及序列分析 被引量：3

7

作者 官玲亮 夏奇峰 +4 位作者 石小兵 蓝惠萍 陈振夏 赵致 庞玉新 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2016年第5期901-909,共9页

采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of cDNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera L.DC)的叶片中克隆到单萜化合物合成的关键酶牻牛儿基焦磷酸合成酶(BbGPPS)基因。研究结果显示,BbGPPS基因的cDNA全长1 692 bp,包含开放阅读框(OR... 采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of cDNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera L.DC)的叶片中克隆到单萜化合物合成的关键酶牻牛儿基焦磷酸合成酶(BbGPPS)基因。研究结果显示,BbGPPS基因的cDNA全长1 692 bp,包含开放阅读框(ORF)1 083 bp,编码361个氨基酸;亚细胞结构定位于叶绿体,既非膜蛋白也非分泌性蛋白。疏水性分析显示,BbGPPS是亲水性蛋白。同源性比对结果显示,BbGPPS蛋白与其他植物中GPPS蛋白具有高度的相似性,且具有异戊烯基结构域。系统发育分析表明,所有序列被聚为5大类,BbGPPS与其他菊科植物聚类一类,与万寿菊(Tagetes erecta)TeGPPS亲缘关系最近,其次是甜菊(Stevia rebaudiana)SrGPPS。 展开更多

关键词 艾纳香 牻牛儿基焦磷酸合成酶 氨基酸序列 系统发育分析

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青钱柳法呢基焦磷酸合成酶基因的克隆及功能研究 被引量：3

8

作者 缪倩 曹小迎 +3 位作者 李长根 尹婷 李晓储 蒋继宏 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期323-329,共7页

青钱柳是集药用、材用和观赏等多种价值于一身的珍贵树种。法呢基焦磷酸合成酶(FPS)催化=牛儿基焦磷酸(GPP)与异戊烯基焦磷酸(IPP)缩合成法呢基焦磷酸(FPP),FPP是植物次生代谢产物倍半萜,三萜,甾醇等的前体。本研究通过RACE方法首次从... 青钱柳是集药用、材用和观赏等多种价值于一身的珍贵树种。法呢基焦磷酸合成酶(FPS)催化=牛儿基焦磷酸(GPP)与异戊烯基焦磷酸(IPP)缩合成法呢基焦磷酸(FPP),FPP是植物次生代谢产物倍半萜,三萜,甾醇等的前体。本研究通过RACE方法首次从青钱柳中扩增了法呢基焦磷酸合成酶的全长cDNA序列,序列命名为CpF-PS(Genbank登录号为GU121224),序列长度为1 420 bp,包含1 029 bp的开放阅读框,编码342个氨基酸残基,预测蛋白分子量为39.60 kDa。通过BlASTP分析,推断的青钱柳FPS蛋白序列与木本棉(Gossypium arboreum)(CAA72793.1)、橡胶树(Hevea brasiliensis)(BAF98301)等的FPS蛋白相似度较高。蛋白质保守区、特征区以及进化树分析初步证实扩增到的全长cDNA序列为青钱柳的FPS基因。将该基因连入酵母表达载体并转入麦角甾醇缺陷型酵母菌株CC25(MATa/MATalpha,deltaERG20/+),发现该基因可弥补营养缺陷使得CC25菌株在高温中正常生长,证明所得到的青钱柳CpFPS基因编码的蛋白是有功能的蛋白。 展开更多

关键词 青钱柳 法呢基焦磷酸合成酶 RACE 功能研究

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植物法呢基焦磷酸合成酶的生物信息学分析 被引量：14

9

作者 李嵘 王喆之 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期126-134,共9页

采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的番茄(Lycopersicon esculentum)、橡胶(Hevea brasiliensis)、香蕉(Musa acuminata)、苹果(Malus×domestica)、向日葵(Helianthus annuus)、葡萄(Vitis vinifera)等的法呢基焦磷... 采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的番茄(Lycopersicon esculentum)、橡胶(Hevea brasiliensis)、香蕉(Musa acuminata)、苹果(Malus×domestica)、向日葵(Helianthus annuus)、葡萄(Vitis vinifera)等的法呢基焦磷酸合成酶的核苷酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、转运肽、跨膜拓朴结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级及三级结构、分子系统进化关系等进行预测和推断。结果表明:该酶基因的全长包括5’、3’非翻译区和一个开放阅读框;其编码的蛋白是一个无跨膜结构域、不具转运肽的亲水性蛋白,包括5个保守的结构motif,其中两个是富含天冬氨酸(Asp)的motif,α-螺旋和不规则盘绕是蛋白质二级结构最大量的结构元件,β-转角和延伸链散布于整个蛋白质中,蛋白质的功能域在空间布局上是由α-螺旋围绕形成的中间具一个“大空穴”的立体结构,“大空穴”的表面藏有五个功能保守motif,其中两个Asp-motif位于“空穴”的内壁。 展开更多

关键词 植物萜类合成 法呢基焦磷酸合成酶 生物信息学

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橡胶树胶乳高表达的法尼基焦磷酸合成酶的功能 被引量：3

10

作者 邓小敏 杨署光 田维敏 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第1期43-51,共9页

【目的】天然橡胶生物合成途径是典型的植物类异戊二烯代谢途径,MVA代谢途径是天然橡胶与萜类化合物所需的五碳构成单元IPP和DMAPP生物合成的主要途径之一。由2分子IPP和1分子DMAPP聚合形成的法尼基焦磷酸是乳管细胞天然橡胶生物合成的... 【目的】天然橡胶生物合成途径是典型的植物类异戊二烯代谢途径,MVA代谢途径是天然橡胶与萜类化合物所需的五碳构成单元IPP和DMAPP生物合成的主要途径之一。由2分子IPP和1分子DMAPP聚合形成的法尼基焦磷酸是乳管细胞天然橡胶生物合成的起始前体,厘清该起始物的合成酶酶学性质不仅有助于阐明天然橡胶生物合成机制,同时也为天然橡胶遗传改良提供酶学理论基础。【方法】对橡胶树热研7-33-97基因组中同源的3个预测的法尼基焦磷酸合成酶(HbFPS1、HbFPS2、HbFPS3)进行序列特征分析,优选胶乳中高表达的2个法尼基焦磷酸合成酶基因构建原核表达载体,经蛋白纯化与MALDI TOF质谱确证,并同时进行体外酶活性检测,最终评价其对体外橡胶合成效率的影响。【结果】橡胶树基因组含有的3个预测的法尼基焦磷酸合成酶都含有特征性的2个保守结构域“DDIMD”和“DDYXD”及相似的三维空间结构,其中胶乳高表达的HbFPS1和HbFPS2基因编码的蛋白氨基酸序列相似性达到95%,说明HbFPS1和HbFPS22个冗余基因可能经历了基因组中同源基因的后期拷贝事件。同时HbFPS1和HbFPS2基因能够正确地在大肠杆菌中表达,HbFPS3却难以正确折叠而形成包涵体,体现了这2类蛋白质N末端氨基酸明显的亲疏水性差异对蛋白可溶表达的影响。HbFPS1和HbFPS2蛋白在体外除了能够利用GPP为底物合成FPP外,还能够直接转化IPP和DMAPP生成FPP。同时,分别添加HbFPS1和HbFPS2蛋白能够提高体外橡胶合成效率并且存在蛋白剂量相关性特征。与对照相比,在特定的反应体系中,当HbFPS1和HbFPS2蛋白添加量增加时体外橡胶合成效率随之不同程度地提高,且在100μg时促进作用最明显。【结论】橡胶树胶乳中高表达的2个冗余基因HbFPS1和HbFPS2与HbFPS3基因编码蛋白的序列差异可能影响酶的活性。HbFPS1和HbFPS2蛋白确证是胶乳中能够促进天然橡胶合成的功能酶,而且能够直接聚合IPP和DMAPP生成天然橡胶合成起始物FPP。本研究建立了基于天然橡胶粒子的体外蛋白功能研究平台,并证明HbFPS1和HbFPS2酶在一定的含量下能够显著地提升橡胶合成效率。通过调控HbFPS1和HbFPS2酶活性将有助于橡胶树优质高产品种的改良与选育。 展开更多

关键词 橡胶树 法尼基焦磷酸合成酶 天然橡胶生物合成 胶乳

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不同来源异戊烯基焦磷酸异构酶(IDI)和脱氧木酮糖磷酸合成酶(DXS)对重组大肠杆菌番茄红素产量的影响 被引量：2

11

作者 杨帆 苏卜利 +2 位作者 姚青 李华平 朱红惠 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第18期131-136,共6页

为获得更多异戊烯基焦磷酸异构酶(isopentenyl diphosphate isomerase,IDI)和脱氧木酮糖磷酸合成酶(1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase,DXS)相关功能基因资源,本研究选取来源于大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus s... 为获得更多异戊烯基焦磷酸异构酶(isopentenyl diphosphate isomerase,IDI)和脱氧木酮糖磷酸合成酶(1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase,DXS)相关功能基因资源,本研究选取来源于大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、粘细菌(Myxococcus stipitatus)、戈壁奇球菌(Deinococcus gobiensis)的4种IDI和DXS,分别克隆到表达载体,将其与含有合成番茄红素基因的p Trc99a EBI质粒共同在大肠杆菌中进行异源表达。结果表明,来源于粘细菌的IDI和DXS可以获得最高的番茄红素产量,分别达到了10.86、7.94 mg/g DCW。协同表达经过密码子优化的IDI、DXS,番茄红素产量达到了15.26 mg/g DCW。本研究通过比较不同来源的IDI和DXS,获得了新的基因资源。 展开更多

关键词 番茄红素 异戊烯基焦磷酸异构酶(IDI) 脱氧木酮糖磷酸合成酶(DXS) 大肠杆菌 代谢工程

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水稻黄绿叶突变体ygl20的鉴定与候选基因发掘

12

作者 王晓菲 李凤菲 +4 位作者 邸新晏 杨国金 陈梅 张长伟 凌英华 《西南大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第7期47-58,共12页

叶色突变影响植物的光合作用,最终会影响水稻的产量和品质。用甲基磺酸乙酯(EMS)处理野生型西农1B(WT),获得一个稳定遗传、全生育期均为黄绿叶的突变体yellow-green leaf20(ygl20)。与野生型WT相比,ygl20株高、二次枝梗数、每穗实粒数... 叶色突变影响植物的光合作用,最终会影响水稻的产量和品质。用甲基磺酸乙酯(EMS)处理野生型西农1B(WT),获得一个稳定遗传、全生育期均为黄绿叶的突变体yellow-green leaf20(ygl20)。与野生型WT相比,ygl20株高、二次枝梗数、每穗实粒数、结实率与千粒质量均明显下降(p<0.05或0.01),叶片中叶绿素a(Chla)、叶绿素b(Chlb)、总叶绿素(ChlT)和类胡萝卜素(Car)含量也显著降低(p<0.01),光合速率(P_(n))、气孔导度(G_(s))和蒸腾速率(T_(r))均极显著低于野生型WT(p<0.01),胞间CO_(2)浓度(C_(i))则显著增加(p<0.05)。透射电镜检测结果显示:ygl20叶绿体中嗜锇小体增多,基粒堆积密度低,基质片层松散。遗传分析表明:ygl20的黄绿叶受1对隐性核基因控制。利用图位克隆方法对YGL20基因定位克隆,发现YGL20的G/T单碱基替换导致了ygl20黄绿叶的突变表型,其编码产物为牻牛儿基牻牛儿基还原酶(Geranylgeranyl Reductase,GGR)。qRT-PCR分析表明:YGL20可能参与了叶绿素合成/代谢相关的调控网络。 展开更多

关键词 水稻 黄绿叶突变体ygl20 图位克隆 牻牛儿基牻牛儿基还原酶(GGR)

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小麦牻牛儿牻牛儿基脱氢酶基因的克隆及电子定位与表达分析 被引量：1

13

作者 胡英考 朱敬 +1 位作者 李雅轩 蔡民华 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期783-788,共6页

为更好地了解小麦维生素E的生物合成并将其应用于营养品质改良,以电子和实验克隆相结合的方法克隆分离了小麦牻牛儿牻牛儿基脱氢酶(GGH)基因的cDNA序列,序列号为DQ139268。序列分析结果表明,该cDNA序列含有一个完整的开放读码框,编码46... 为更好地了解小麦维生素E的生物合成并将其应用于营养品质改良,以电子和实验克隆相结合的方法克隆分离了小麦牻牛儿牻牛儿基脱氢酶(GGH)基因的cDNA序列,序列号为DQ139268。序列分析结果表明,该cDNA序列含有一个完整的开放读码框,编码462个氨基酸,含有保守的ChlP结构域,氮端有信号肽序列,定位于叶绿体中。氨基酸序列比对和系统发育分析结果显示,不同物种之间GGH基因编码的氨基酸序列同源性都较高。用生物信息学工具将该基因定位于小麦第六部分同源群的长臂上。RT-PCR和电子组织表达分析结果显示该基因在光合器官中表达量丰富,这可能与其亚细胞定位有关。 展开更多

关键词 小麦 牻牛儿牻牛儿基脱氢酶 基因克隆 电子表达分析

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体外沉默二牛龙牛儿基转移酶Ⅰ对舌癌细胞迁移和侵袭的影响 被引量：1

14

作者 陈正岗 王树人 +8 位作者 李敬华 韩金宏 王奇民 童磊 刘文君 杨芳 郭庆圆 郭大伟 王莹 《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期576-582,共7页

目的应用RNA干扰技术,体外沉默二牛龙牛儿基转移酶Ⅰ(GGTase-Ⅰ),研究其在舌癌迁移、侵袭中的作用。方法登录Genebank确定人GGTase-Ⅰ基因序列,针对GGTase-Ⅰ的基因序列设计并构建3条si RNA,分别将RNA干扰组(GGTase-Ⅰsi RNA1、GGTase-... 目的应用RNA干扰技术,体外沉默二牛龙牛儿基转移酶Ⅰ(GGTase-Ⅰ),研究其在舌癌迁移、侵袭中的作用。方法登录Genebank确定人GGTase-Ⅰ基因序列,针对GGTase-Ⅰ的基因序列设计并构建3条si RNA,分别将RNA干扰组(GGTase-Ⅰsi RNA1、GGTase-Ⅰsi RNA2、GGTase-Ⅰsi RNA3)、阴性对照组(NC-si RNA)和空白对照组转染至舌癌细胞Cal-27,实时定量聚合酶链反应(q RT-PCR)和蛋白质印迹法(Western blot)检测各组细胞转染后GGTase-Ⅰ、Rho A基因的m RNA、蛋白表达;选取沉默效率最高的一组si RNA作为实验组,蛋白质印迹法检测各组细胞基质金属蛋白酶(MMP)-2、MMP-9的表达,GST-pull down实验检测GTP-Rho A蛋白的表达,划痕实验检测细胞迁移能力变化,Transwell小室检测细胞侵袭能力变化。结果干扰后细胞的GGTase-Ⅰm RNA、蛋白表达明显下降(P<0.05),Rho A m RNA和蛋白表达无明显改变,MMP-2、MMP-9、GTP-Rho A的表达下降,迁移、侵袭能力明显下降(P<0.05)。结论抑制GGTase-Ⅰ表达,可降低舌癌细胞的迁移、侵袭能力,对GGTase-Ⅰ的深入研究可能为舌癌的治疗提供新的有效分子靶点。 展开更多

关键词 二牛龙牛儿基转移酶I RHOA 舌癌 迁移 侵袭 基质金属蛋白酶-2 基质金属蛋白酶-9

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基于转录组测序的兔儿伞羽扇豆醇合成途径及关键酶基因研究 被引量：1

15

作者 张京晶 许景垚 +4 位作者 单婷玉 赵历强 钟欣欣 张帅帅 吴家文 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期32-40,共9页

为解析兔儿伞羽扇豆醇生物合成途径,探究其关键酶基因,研究运用DNBSEQ测序平台对兔儿伞的叶、茎、根及根茎进行转录组测序,从头组装后获得了191541条Unigenes。KEGG代谢通路分析表明有961条Unigenes涉及兔儿伞羽扇豆醇生物合成途径,其中... 为解析兔儿伞羽扇豆醇生物合成途径,探究其关键酶基因,研究运用DNBSEQ测序平台对兔儿伞的叶、茎、根及根茎进行转录组测序,从头组装后获得了191541条Unigenes。KEGG代谢通路分析表明有961条Unigenes涉及兔儿伞羽扇豆醇生物合成途径,其中,395条Unigenes编码羽扇豆醇生物合成途径的17个关键酶。根与其他各组织比较,24条共有差异表达基因涉及羽扇豆醇生物合成途径,编码了法尼基焦磷酸合酶(farnesyl diphosphate synthase,FPPS)、角鲨烯合成酶(squalene synthase,SS)、角鲨烯环氧酶(squalene epoxidase,SE)等关键酶。对关键酶FPPS、SS和SE进行结构分析,发现它们均具有保守的催化结构域和底物结合结构域。研究丰富了兔儿伞植物的功能基因数据库,为进一步研究羽扇豆醇生物合成途径及其关键酶基因的功能和调控机制奠定了基础。 展开更多

关键词 兔儿伞 转录组测序 羽扇豆醇 法尼基焦磷酸合酶 角鲨烯合成酶 角鲨烯环氧酶

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日本百脉根■牛儿基■牛儿基氢化酶的电子克隆及进化分析

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作者 李晓晓 李蕊 +2 位作者 李雅轩 蔡民华 胡英考 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2006年第23期6145-6147,6150,共4页

根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以拟南芥牛儿基牛儿基氢化酶(GGH)基因cDNA序列为信息探针,搜索GenBank中的HTGs数据库,找到一个与之高度匹配的日本百脉根基因组DNA序列LJT46M09,用GENSCAN软件分析该序列得到... 根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以拟南芥牛儿基牛儿基氢化酶(GGH)基因cDNA序列为信息探针,搜索GenBank中的HTGs数据库,找到一个与之高度匹配的日本百脉根基因组DNA序列LJT46M09,用GENSCAN软件分析该序列得到一个包含2个外显子和1个内含子的基因。以此基因序列BLAST检索GenBank中的est-others数据库获得了同源的EST片段。进行EST拼接后得到该基因的cDNA序列,GenBank登录号为DQ013361,由1 389 bp核苷酸组成,具有完整的开放阅读框架(ORF),推测编码蛋白为462个氨基酸。推导的氨基酸序列与大豆、截形苜蓿、烟草、拟南芥、小麦、水稻的牛儿基牛儿基氢化酶基因氨基酸序列的一致率分别为91%、89%、84%、81%7、3%、74%。该基因与叶绿素等的生物合成有关。 展开更多

关键词 日本百脉根 牻牛儿基牻牛儿基氢化酶(GGH) 电子克隆 EST

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洋常春藤法呢基焦磷酸合酶基因的克隆与序列分析 被引量：5

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作者 阮琴妹 曹雄军 +1 位作者 孙化鹏 钟晓红 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期136-141,共6页

以洋常春藤叶片为材料,采用同源RT–PCR方法,克隆获得了洋常春藤法呢基焦磷酸合成酶基因,其c DNA序列大小为1 050 bp,开放阅读框为1 026 bp,推测编码342个氨基酸残基,该序列的核苷酸、氨基酸与五加科植物有同源性;用在线数据软件进行分... 以洋常春藤叶片为材料,采用同源RT–PCR方法,克隆获得了洋常春藤法呢基焦磷酸合成酶基因,其c DNA序列大小为1 050 bp,开放阅读框为1 026 bp,推测编码342个氨基酸残基,该序列的核苷酸、氨基酸与五加科植物有同源性;用在线数据软件进行分析,推测该蛋白可能存在于细胞质之中,定位在细胞膜外,FPS蛋白的相对分子质量为39 735.7;该蛋白含有2个天冬氨酸保守结构域,其二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主;双子叶植物系统进化树分析结果表明,洋常春藤的FPS与刺五加、人参、三七、西洋参、辽东楤木的FPS亲缘关系最近,这一结果符合传统的分类法规则。 展开更多

关键词 洋常春藤 法呢基焦磷酸合成酶 同源性 五加科植物

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暴马桑黄赤霉素合成基因GGPS的克隆及诱导表达 被引量：2

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作者 刘增才 唐玉倩 +1 位作者 佟鑫宇 邹莉 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期160-168,共9页

【目的】对参与暴马桑黄赤霉素合成途径关键酶-牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶(geranylgeranyl pyrophosphate synthase,GGPS)基因进行克隆及诱导表达研究,以期深入了解暴马桑黄的生长发育机制,为获得优质高产的暴马桑黄菌株提供理论依据... 【目的】对参与暴马桑黄赤霉素合成途径关键酶-牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶(geranylgeranyl pyrophosphate synthase,GGPS)基因进行克隆及诱导表达研究,以期深入了解暴马桑黄的生长发育机制,为获得优质高产的暴马桑黄菌株提供理论依据。【方法】采用PCR扩增技术获得暴马桑黄GGPS基因cDNA全长及启动子序列,利用生物信息学软件对序列进行分析;qRT-PCR技术分析不同浓度茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)对暴马桑黄GGPS基因转录水平的影响,并用分光光度计测定不同浓度MeJA诱导下赤霉素含量的变化;电子天平称量暴马桑黄菌丝体生物量;SDS-PAGE检测暴马桑黄GGPS基因原核表达情况。【结果】将克隆得到的暴马桑黄GGPS启动子和基因分别命名为SbGGPS启动子和SbGGPS基因。SbGGPS启动子分析结果显示,除了含有CAAT-box、TATA-box典型的启动子作用元件之外,还含有MeJA响应元件。基因分析发现,SbGGPS基因cDNA序列全长945 bp,共编码314个氨基酸,蛋白相对分子量35.89 kDa,不存在信号肽和跨膜结构。荧光定量分析、赤霉素含量测定及生物量检测结果表明,SbGGPS基因转录水平、赤霉素含量及生物量均随着MeJA浓度增加呈现显著下降的趋势,三者变化趋势基本一致,并且两两之间均呈显著正相关。SDS-PAGE结果显示,SbGGPS基因能够在原核系统中成功表达出蛋白。【结论】通过对SbGGPS基因的克隆及诱导表达分析发现,该基因在暴马桑黄赤霉素生物合成及生长发育过程中具有重要作用。 展开更多

关键词 暴马桑黄 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶 基因克隆 赤霉素 茉莉酸甲酯 诱导表达

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马尾松GGPPS基因克隆及序列分析 被引量：7

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作者 陈博雯 覃子海 +3 位作者 王鹏良 贾婕 陈虎 刘海龙 《西部林业科学》 CAS 2016年第2期1-6,共6页

牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS)是萜烯类物质合成的关键酶之一,本研究通过同源序列检索分析设计引物,从马尾松幼苗针叶组织中克隆到其GGPPS基因,命名为Pma GGPPS,该基因c DNA长1 143bp,开放阅读区编码380个氨基酸。Pma GGPPS编码... 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS)是萜烯类物质合成的关键酶之一,本研究通过同源序列检索分析设计引物,从马尾松幼苗针叶组织中克隆到其GGPPS基因,命名为Pma GGPPS,该基因c DNA长1 143bp,开放阅读区编码380个氨基酸。Pma GGPPS编码的蛋白质序列分析显示具有Trans IPPS结构域及FARM、SARM两个富含天冬氨酸区域,序列特点与GGPPS蛋白的酶学功能相符。同源性分析结果显示Pma GGPPS核酸序列与其他两种松属植物GGPPS基因同源性达到99%以上,Pma GGPPS编码蛋白与挪威云杉等植物中GGPPS蛋白同源性也在69%以上。对Pma GGPPS编码蛋白进行理化性质及结构的生物信息学分析,结果显示该蛋白为一种无信号肽、无跨膜区的碱性蛋白质,二级结构由16段α-螺旋组成,三级结构同源建模显示与欧薄荷的异聚牻牛儿基焦磷酸合酶大亚基同源性最高。系统进化树分析显示该蛋白与红豆杉、银杏亲缘关系较近。本研究中克隆得到Pma GGPPS基因为深入研究其在松脂合成的影响奠定了基础,同时根据GGPPS基因设计荧光定量引物并优化反应条件,为下一步研究基因表达水平与产脂力关系提供了理论依据和技术参考。 展开更多

关键词 马尾松 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS) 基因克隆 荧光定量PCR

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烟草NtGGPPS 3基因的亚细胞定位和组织表达分析 被引量：5

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作者 孙建生 夏玉珍 +6 位作者 李正风 蔡联合 陈千思 王燃 魏春阳 杨军 李锋 《贵州农业科学》 CAS 2015年第8期38-41,共4页

为研究烟草牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因NtGGPPS 3在烟草萜类物质合成中的功能,构建NtGGPPS 3与GFP融合蛋白的植物表达载体,并通过基因枪法瞬时转化烟草悬浮细胞BY2,研究该基因的亚细胞定位情况,并对该基因在烟草不同生育期不同器... 为研究烟草牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因NtGGPPS 3在烟草萜类物质合成中的功能,构建NtGGPPS 3与GFP融合蛋白的植物表达载体,并通过基因枪法瞬时转化烟草悬浮细胞BY2,研究该基因的亚细胞定位情况,并对该基因在烟草不同生育期不同器官中的表达量进行分析。结果表明:NtGGPPS 3定位在烟草的叶绿体和质膜上;NtGGPPS 3基因在普通烟草主要生育期各组织中均表达,在叶片中表达量较高,在打顶期的茎中表达量明显上升。表明,该基因可能参与叶绿素、类胡萝卜素和质体醌等与光合作用相关萜类化合物的合成,也可能参与激素和防御相关的萜类物质合成。 展开更多

关键词 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因 亚细胞定位 组织表达 萜类化合物

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