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阳春砂仁GC-MS特征指纹图谱“数字化”信息的构建与应用 被引量:9
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作者 魏刚 尹雪 何建雄 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1256-1260,共5页
目的:建立阳春砂仁挥发油特征指纹图谱"数字化"信息模式,为阳春砂仁的内在质量评价和鉴定提供一种数字化标准。方法:采用GC-MS分析20批次阳春砂仁的主要成分,同时对1985年以来国内主要研究单位对16批次阳春砂仁的文献报道进... 目的:建立阳春砂仁挥发油特征指纹图谱"数字化"信息模式,为阳春砂仁的内在质量评价和鉴定提供一种数字化标准。方法:采用GC-MS分析20批次阳春砂仁的主要成分,同时对1985年以来国内主要研究单位对16批次阳春砂仁的文献报道进行数据挖掘。结果:20批次阳春砂仁均含有α-蒎烯、茨烯、β-蒎烯、β-月桂烯、柠檬烯、芳樟醇、樟脑、异龙脑、龙脑、乙酸龙脑酯等10个主要特征成分,合计相对含量达(86.35±5.69)%,具有一定代表性;近20年来国内10余个主要研究单位报道的阳春砂仁大都含有以上10个特征成分,且相对含量也近似。以此10个特征指标成分计,本试验分析样品的均值与文献报道样品的均值相似度为0.990(夹角余弦法),由此合并数据处理以建立具有广泛代表性的阳春砂仁GC-MS特征指纹图谱"数字化"信息。"数字化"信息在药材质量评价中的应用表明,约85%以上阳春产砂仁的质量比较均匀稳定,与16个文献报道阳春砂仁相似度比对的结果显示与原文作者的结论基本一致;在药材品种鉴定中的应用表明,文献报道的10个非阳春砂仁中仅绿壳砂与阳春砂仁非常相似,而缩砂、长太砂、华山姜、山姜、长序砂仁等与阳春砂仁通过数字化模式可以明显区分开来。结论:阳春砂仁GC-MS特征指纹图谱数字化信息模式使在不同时间段(1985-2007)、不同仪器、色谱柱、色谱条件下的分析结果可以相互比对,适用于药材的质量评价与鉴定。 展开更多
关键词 阳春砂仁 特征指纹图 数字化 文献数据挖掘 相似度 GC-MS
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石菖蒲挥发油GC-MS特征指纹图谱在复方制剂中的应用模式研究 被引量:3
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作者 魏刚 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1411-1413,共3页
目的:探讨石菖蒲挥发油GC-MS特征指纹图谱在复方制剂中应用的可行性,试图利用“特征指纹图谱的数据信息”对复方制剂中石菖蒲的质量优劣作出判断。方法:采用GC-MS对5种含石菖蒲的中药复方制剂进行检测,比对复方中检出的特征指标成分群... 目的:探讨石菖蒲挥发油GC-MS特征指纹图谱在复方制剂中应用的可行性,试图利用“特征指纹图谱的数据信息”对复方制剂中石菖蒲的质量优劣作出判断。方法:采用GC-MS对5种含石菖蒲的中药复方制剂进行检测,比对复方中检出的特征指标成分群与“标准样本”中“特征指标成分群的含量平均值”之间的相似度。结果:4种复方制剂与标准样本有较好的相似度,达到99.2%以上,1种制剂的石菖蒲原药材不合格。结论:石菖蒲挥发油GC-MS特征指纹图谱可以用于成品制剂的质量检测;中药GC-MS“特征指纹图谱数据信息”的模式构建有利于指纹图谱在复方中的推广应用。 展开更多
关键词 石菖蒲 标准样本 特征指纹图谱数据信息 相似度 应用模式 GC-MS
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梨品种SSR特征指纹图谱与分子身份证构建 被引量:16
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作者 薛华柏 赵瑞娟 +5 位作者 王磊 杨健 王龙 王苏珂 苏艳丽 李秀根 《中国南方果树》 北大核心 2018年第S1期42-49,97,共9页
为了加强对梨种质资源和育成品种的管理,便于对相关材料进行区分鉴定、资源交换以及新品种特异性、一致性和稳定性(DUS)测试,利用筛选的25对SSR核心引物对分别属于沙梨、白梨、新疆梨、西洋梨和秋子梨的共124个梨品种进行扩增,构建梨品... 为了加强对梨种质资源和育成品种的管理,便于对相关材料进行区分鉴定、资源交换以及新品种特异性、一致性和稳定性(DUS)测试,利用筛选的25对SSR核心引物对分别属于沙梨、白梨、新疆梨、西洋梨和秋子梨的共124个梨品种进行扩增,构建梨品种SSR特征指纹数据表,再将各品种在数据表中各SSR位点的基因型数据进行排序和赋值,串联赋值字符生成124个梨品种的SSR分子身份证号码。结果表明,25对引物表现了较强的品种区分能力,仅用其中9对引物(Pb2L5N03978、Pb4L11N0673、Pb2L2N01186、Pb2L11N19979、Pb2LUN24633、Pb2L2N00685、Pb3L8N5448、Pb3L5N1095、Pb3LUN6569)即可区分115份梨品种;但25对引物未能将'张掖长把'和'兰州长把','巍山红雪梨1号'和'巍山红雪梨2号','火把梨''晚熟火把梨'和'祥云火把梨','弥渡小红梨'和'祥云小红梨'等4组共9个品种区分开。利用优选排序的上述9对引物位点及Pb2LUN23926引物位点的基因型数据构建了供试124个梨品种的SSR特征指纹数据表,生成了SSR分子身份证号码。本研究提供了一个在梨品种SSR特征指纹数据表的基础上,对基因型数据进行编号生成梨品种SSR分子身份证号码的新方法。 展开更多
关键词 SSR 指纹图 分子身份证 特征指纹数据
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中药指纹图谱数据库的研究 被引量:10
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作者 刘训红 虞舜 +1 位作者 蔡宝昌 钱锦栋 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2005年第10期1117-1119,共3页
目的:研制中药指纹图谱数据库(DTCMF)。方法:DTCMF采用VisualFoxPro(VFP)6.0编程语言编制程序。数据库包括色谱、光谱、电泳和DNA指纹谱以及X射线衍射、热分析谱等。结果:DTCMF可独立正常运行在目前常见的所有操作系统中,数据信息量大,... 目的:研制中药指纹图谱数据库(DTCMF)。方法:DTCMF采用VisualFoxPro(VFP)6.0编程语言编制程序。数据库包括色谱、光谱、电泳和DNA指纹谱以及X射线衍射、热分析谱等。结果:DTCMF可独立正常运行在目前常见的所有操作系统中,数据信息量大,检索系统完善,维护与更新便捷。结论:DTCMF具有通用性、实用性及易用性,为中药品质评价提供帮助与参考。 展开更多
关键词 数据 指纹图 相关信息 中药
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黄芩HPLC数字化指纹图谱研究 被引量:3
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作者 孙国祥 时存义 +1 位作者 宋文璟 毕开顺 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1408-1412,共5页
目的:建立黄芩HPLC数字化指纹图谱。方法:采用反相高效液相色谱法,Century SIL C18BDS柱(200 mm×4.6mm,5μm),流动相为1%醋酸水-2%醋酸乙腈低压梯度洗脱,检测波长280 nm,柱温(30±0.15)°C,进样量5μL。以"中药色谱... 目的:建立黄芩HPLC数字化指纹图谱。方法:采用反相高效液相色谱法,Century SIL C18BDS柱(200 mm×4.6mm,5μm),流动相为1%醋酸水-2%醋酸乙腈低压梯度洗脱,检测波长280 nm,柱温(30±0.15)°C,进样量5μL。以"中药色谱指纹图谱超信息特征数字化评价系统"软件进行评价。结果:以黄芩苷峰为参照物峰,确定30个共有峰,建立了黄芩HPLC数字化指纹图谱。应用色谱指纹图谱指数F等参数对不同产地黄芩HPLC指纹图谱的超信息特征进行了数字化评价。结论:所建立HPLC数字化指纹图谱具有较好的精密度和重现性,适用于黄芩药材的质量控制。 展开更多
关键词 黄芩 HPLC 数字化指纹图 信息特征 定量相似度
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中国林蛙卵油HPLC数字化指纹图谱研究 被引量:2
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作者 姜玢 孙国祥 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1183-1188,共6页
目的建立中国林蛙卵油(Forest Frogs Oviduct)HPLC数字化指纹图谱。方法采用反相HPLC法以CenturySIL C18BDS柱(250 mm×4.6 mm,5μm);流动相为乙腈-水-磷酸(80∶20∶0.15),检测波长210 nm,柱温(35.0±0.15)℃,进样量20μL。用&q... 目的建立中国林蛙卵油(Forest Frogs Oviduct)HPLC数字化指纹图谱。方法采用反相HPLC法以CenturySIL C18BDS柱(250 mm×4.6 mm,5μm);流动相为乙腈-水-磷酸(80∶20∶0.15),检测波长210 nm,柱温(35.0±0.15)℃,进样量20μL。用"中药色谱指纹图谱超信息特征数字化评价系统3.0"软件进行数字化评价。结果以亚油酸(Linoleate)为参照物峰,确定21个指纹峰,获得了可以判别其质量的重要数字化信息,并以系统指纹定量法鉴别出S7、S10质量极好,其余批次的质量等级为很好。结论所建立的中国林蛙卵油HPLC数字化指纹图谱方法稳定、可靠,可用于中国林蛙卵油的质量控制。 展开更多
关键词 中国林蛙卵油 HPLC数字化指纹图 信息特征 系统指纹定量法 统一化色指纹图
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航空高光谱CASI-SASI数据蚀变矿物信息提取与应用——以甘肃省敦煌市小金窝子地区为例 被引量:10
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作者 孙雨 刘家军 +8 位作者 赵英俊 翟德高 柳振江 张方方 秦凯 田丰 康向阳 裴承凯 刘鹏飞 《地质与勘探》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期653-664,共12页
航空高光谱遥感数据具有“空谱合一”的优势,深入挖掘并应用高光谱数据中蕴含的蚀变矿物地质信息具有重要意义。本文应用航空高光谱CASI-SASI数据,建立了基于“整体谱形-特征参量协同”的蚀变矿物信息提取流程,并在甘肃省敦煌市小金窝... 航空高光谱遥感数据具有“空谱合一”的优势,深入挖掘并应用高光谱数据中蕴含的蚀变矿物地质信息具有重要意义。本文应用航空高光谱CASI-SASI数据,建立了基于“整体谱形-特征参量协同”的蚀变矿物信息提取流程,并在甘肃省敦煌市小金窝子地区开展了蚀变矿物信息提取、地质涵义分析和野外查证。基于高光谱CASI-SASI数据成功提取了褐铁矿、绿泥石、绿帘石、短波云母、中短波云母、中长波云母、长波云母共7种蚀变矿物。高光谱CASI-SASI数据提取的大面积区域性分布的蚀变矿物多为区域热液作用产物,小范围定向分布的蚀变矿物与断裂、岩脉等成矿热液活动关系密切,局部产出且具定向性的中短波云母与断裂构造及酸性脉体关系密切,基于野外地质调查和ASD光谱实测的蚀变矿物野外查证工作证实蚀变矿物提取结果可信。褐铁矿+中短波云母的蚀变矿物组合具有金矿化指示意义,为基础地质调查和矿产资源勘查提供了重要的遥感信息。 展开更多
关键词 高光CASI-SASI数据 蚀变信息提取 整体形-特征参量协同 金矿 小金窝子地区 甘肃
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三七总皂苷HPLC数字化指纹图谱研究 被引量:5
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作者 刘晓丽 周清 +1 位作者 姜玢 孙国祥 《中华中医药学刊》 CAS 2012年第10期2327-2331,共5页
目的:建立三七总皂苷HPLC数字化指纹图谱。方法:采用反相高效液相色谱法。大连江申Century-SIL C18BDS(250mm×4.6mm,5μm),流动相为水—乙腈梯度洗脱,流速0.9mL/min。紫外检测波长203nm,柱温(40.0±0.5)℃,进样量5μL。以"... 目的:建立三七总皂苷HPLC数字化指纹图谱。方法:采用反相高效液相色谱法。大连江申Century-SIL C18BDS(250mm×4.6mm,5μm),流动相为水—乙腈梯度洗脱,流速0.9mL/min。紫外检测波长203nm,柱温(40.0±0.5)℃,进样量5μL。以"中药指纹图谱超信息特征数字化评价系统"软件进行评价。结果:以人参皂苷Rb1峰为参照物峰,确定22个共有峰,建立了三七总皂苷HPLC数字化指纹图谱。应用色谱指纹图谱指数F等参数对不同批次三七总皂苷HPLC指纹图谱的超信息特征进行了数字化评价,同时应用双定性双定量相似度法和系统指纹定量法评价三七总皂苷质量。结论:所建立HPLC数字化指纹图谱具有较好的精密度和重现性,适用于三七总皂苷的质量控制。 展开更多
关键词 三七总皂苷 HPLC 数字化指纹图 信息特征 定量相似度 双定性双定量相似度法 系统指纹定量法
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一种基于互信息的模糊粗糙分类特征基因快速选取方法 被引量:6
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作者 徐菲菲 魏莱 +1 位作者 杜海洲 王文欢 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2013年第7期216-221,235,共7页
依据基因表达谱建立有效肿瘤分类模型的关键在于准确找出决定样本类别的一组特征基因。粗糙集理论已成功应用于肿瘤分类特征基因选取中。然而,粗糙集方法处理连续值的基因表达谱数据集所必需的离散化过程会使得部分信息丢失,对所选取的... 依据基因表达谱建立有效肿瘤分类模型的关键在于准确找出决定样本类别的一组特征基因。粗糙集理论已成功应用于肿瘤分类特征基因选取中。然而,粗糙集方法处理连续值的基因表达谱数据集所必需的离散化过程会使得部分信息丢失,对所选取的特征基因的分类精度造成一定影响。因此,曾提出基于互信息的模糊粗糙集基因表达谱数据集特征基因的选取算法。然而,该算法计算代价较高,当所选取的基因数较多时难以实现。为此,对该算法进行了改进,从最大相关性和最重要性(最小冗余)两方面对互信息进行了近似替代计算,大大降低了算法的复杂度,提高了算法的效率。以急性白血病亚型(leukemia)、直肠癌(colon)和乳腺癌(Breast)分类特征基因选取为例进行实验,然后分别采用1NN和SVM分类器进行特征基因分类精度检验,结果证实了新方法的可行性和有效性。 展开更多
关键词 特征选取 模糊粗糙集 信息 基因表达数据
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基于多源遥感时空谱特征融合的滑坡灾害检测方法 被引量:13
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作者 陈善静 向朝参 +4 位作者 康青 吴韬 刘凯 冯亮 邓涛 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2020年第9期1877-1887,共11页
针对多源遥感图像中滑坡时空谱特征融合利用模式单一、检测识别性能差等问题,提出了一种基于多源遥感时空谱特征融合的滑坡灾害检测方法,以滑坡发生地区灾前灾后多源遥感图像为基础,通过对多波段遥感图像进行光谱空间和尺度空间配准,构... 针对多源遥感图像中滑坡时空谱特征融合利用模式单一、检测识别性能差等问题,提出了一种基于多源遥感时空谱特征融合的滑坡灾害检测方法,以滑坡发生地区灾前灾后多源遥感图像为基础,通过对多波段遥感图像进行光谱空间和尺度空间配准,构建融合时序变化特征、光谱特征和空间形状特征遥感影像数据集,将多维多谱变化信息转化为光谱表征模型.利用支持向量机模型对滑坡目标和背景地物进行识别,在此基础上根据滑坡基础形状模型的轴向长宽比、面积参数和不变矩等典型形状特征指标对滑坡区域进行目标精确分类与识别.实际实验表明,该方法能够达到95%的识别率,优于多种常见滑坡遥感检测方法. 展开更多
关键词 滑坡检测 多源感知数据 时空特征融合 滑坡灾害信息提取 支持向量机
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基于模糊粗糙集的肿瘤分类特征基因选取 被引量:11
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作者 徐菲菲 苗夺谦 魏莱 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2009年第3期196-200,共5页
依据基因表达谱有效建立肿瘤分类模型的关键在于,准确找出决定样本类别的一组特征基因。粗糙集理论作为一种新的软计算方法能够保持在原数据集的分类能力不变的基础上,对属性极大约简,从大量基因中找到对分类有效的基因。由于基因表达... 依据基因表达谱有效建立肿瘤分类模型的关键在于,准确找出决定样本类别的一组特征基因。粗糙集理论作为一种新的软计算方法能够保持在原数据集的分类能力不变的基础上,对属性极大约简,从大量基因中找到对分类有效的基因。由于基因表达谱数据集的连续性,为了避免运用粗糙集方法所必需的离散化过程带来的信息丢失,尝试将模糊粗糙集应用于特征基因的选取,提出了基于互信息的模糊粗糙集属性约简算法,运用于基因表达谱数据集的基因选取。然后分别采用KNN和C5.0分类器进行特征基因分类性能进行检验。以急性白血病亚型(leukemia Microarray)和直肠癌(colon Microarray)分类特征基因选取为例进行实验,结果表明了上述方法的可行性和有效性。 展开更多
关键词 基因表达数据 特征选取 粗糙集 模糊粗糙集 信息
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云南省优质稻标准样品数据采集方法及应用研究 被引量:2
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作者 管俊娇 李小林 +5 位作者 奎丽梅 谷安宇 邓伟 涂建 管敏 张建华 《广东农业科学》 CAS 2023年第3期11-21,共11页
【目的】探索采集优质稻标准样品数据的方法,构建云南省优质稻品种的标准样品数据库,为优质稻品种真实性鉴定及提纯复壮提供技术支撑。【方法】以云恢290、滇屯502的原种及生产用种为研究材料,采用品种农艺性状调查、SSR分子标记构建指... 【目的】探索采集优质稻标准样品数据的方法,构建云南省优质稻品种的标准样品数据库,为优质稻品种真实性鉴定及提纯复壮提供技术支撑。【方法】以云恢290、滇屯502的原种及生产用种为研究材料,采用品种农艺性状调查、SSR分子标记构建指纹图谱、稻米品质检测等技术全面系统地描述优质稻品种的特征特性。【结果】利用12对分布在水稻12条染色体上的核心标记采集原种及生产用种的指纹图谱,结果云恢290和滇屯502的生产用种和原种的扩增产物均无差异,可用于云恢290和滇屯502的指纹图谱描述。采用12个核心标记对原种及生产用种随机抽取48个单株进行基因型一致性鉴定,云恢290原种、生产用种在12个标记中扩增产物大小一致,无异型株;滇屯502原种扩增产物整齐一致,无异型株,其生产用种有2个标记出现异带,有2个异型株。采用DUS测试方法采集17个DUS测试性状、4张植株部位图片,根据国家优质稻标准采集11个品质性状。【结论】以品种指纹图谱、DUS测试性状、植株部位图片、品质性状及商品信息5个要素作为数据库基础数据,借助计算机编程软件构建优质稻标准样品数据库。优质稻标准样品数据库的建立可以从基因水平、品种特征特性及外观对品种进行系统描述。 展开更多
关键词 优质水稻 指纹图 表型性状 商品信息 数据
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白三叶转录组SSR位点特征分析及引物开发 被引量:6
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作者 张婷婷 张鹤山 +3 位作者 宋康杰 赵泽宇 许本波 刘洋 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期2266-2275,共10页
本研究旨在了解白三叶(Trifoliumrepens)SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证... 本研究旨在了解白三叶(Trifoliumrepens)SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证,选择多态性高的引物指纹图谱构建。结果表明,白三叶转录组中含有SSR位点的序列有24960个,出现频率为13.25%,平均约5.29 kb出现1个SSR位点;白三叶转录组SSR重复碱基类型有6种,其中三碱基重复占比最高(33.70%),其次为双碱基(28.26%)和单碱基重复(25.02%),其他碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.01%。A/T(24.85%)、AG/CT(16.48%)和AAG/CTT(8.89%)分别为单碱基到三碱基的优势重复单元;单碱基至六碱基各基元重复次数集中在4~21次,占总数量的98.11%;序列长度变化在12~35 bp,占总数的96.43%;根据SSR位点序列设计出18594对引物,占总SSR的74.50%;60对随机引物中能扩增出条带的有52对,多态性引物17对,分别占86.7%和32.7%;以多态性较高的5对引物构建的白三叶指纹图谱,能够有效地将20个不同白三叶品种区分开。本研究中白三叶转录组SSR位点分布频率高,类型丰富,具有较高的多态性,在白三叶遗传多样性分析、分子标记辅助育种和指纹图谱构建中具有较大的应用潜力。 展开更多
关键词 多态性引物 指纹图 碱基重复特征 SSR序列特征 转录组数据 分子鉴定 SSR引物设计
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