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片段长度差异等位基因特异性PCR—一种改良的SNP分型新方法 被引量:18
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作者 黄代新 杨庆恩 赵贵森 《法医学杂志》 CAS CSCD 2005年第1期11-14,共4页
目的建立一种基于等位基因特异性PCR原理的改良SNP分型新方法:片段长度差异等位基因特异性PCR,并考察特异性引物的3'端第3位、第4位碱基错配对特异性延伸的影响。方法以SNP位点rs759117和rs760887为例,设计两条长度不同、3'末... 目的建立一种基于等位基因特异性PCR原理的改良SNP分型新方法:片段长度差异等位基因特异性PCR,并考察特异性引物的3'端第3位、第4位碱基错配对特异性延伸的影响。方法以SNP位点rs759117和rs760887为例,设计两条长度不同、3'末端分别与SNP两个等位基因碱基配对的上游引物,同时在两个等位基因特异性引物3'端第3或第4位碱基引入错配以增加特异性,下游为公用引物。PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染显带后确定样本的基因型。结果不同SNP纯合子为长度不同的单一谱带,杂合子则为两条带,其结果与直接测序完全一致。两条特异性上游引物3'端第3或第4位碱基引入错配后非特异性延伸显著减少,且对PCR反应条件的严格性要求明显降低。结论片段长度差异等位基因特异性PCR是一种简单快速而有效的SNP分型新方法;两条特异性引物3'端第3。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 片段长度差异等位基因特异性pcr 碱基错配 法医物证检验学
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等位基因差异特异性PCR检测HBVDNA的前C区1896突变位点及其临床意义 被引量:5
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作者 李文清 陈玉丽 +1 位作者 王承党 林经安 《临床肝胆病杂志》 CAS 北大核心 2002年第1期23-24,共2页
为了探讨HBV前C区 1896突变位点检测的临床意义,采用3-末瑞等位基因差异特异性PCR方法对95例乙型肝炎病毒感染者的HBVDNA1 896位点进行基因型(野生株/突变株)的检测,结果显示:总突变率为64.2%,总... 为了探讨HBV前C区 1896突变位点检测的临床意义,采用3-末瑞等位基因差异特异性PCR方法对95例乙型肝炎病毒感染者的HBVDNA1 896位点进行基因型(野生株/突变株)的检测,结果显示:总突变率为64.2%,总野生率为55.8%,纯野生型和纯突变型的检出率分别为28.4%和27.4%;不同临床类型的乙肝病毒感染者均可出现突变,其野生型、突变型和混合感染型的检出率之间的比较无显著性差异(P>0.05),急性乙肝与慢性乙肝、携带者、肝硬化和肝癌的总突变率存在差异(P<0.05);血清不同HBe系统均可发生突变.抗- HBe阳性组的突变率显著高于HBeAg阳性和HBe系统阴性组(P<0.05),提示:机体感染了HBV后.变异主要是发生在慢性持续性感染过程中.突变株逐渐替代了野生株并成为优势株.使宿主得以持续感染HBV。 展开更多
关键词 等位基因差异异性pcr 1896突变位点 基因 HBVDNA 慢性持续感染
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一种大豆SNP分型新方法 被引量:8
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作者 袁翠平 李英慧 +3 位作者 刘章雄 关荣霞 常汝镇 邱丽娟 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期447-453,459,共8页
单核苷酸多态性(SNP)在大豆基因组中分布广泛,SNP分型是大豆SNP遗传作图,关联分析、分子标记辅助选择等研究的重要技术。本文以Rhg4基因开发的5个SNP为例,介绍了一种大豆SNP分型的新方法-片段长度差异等位基因特异性PCR(FLDAS-PCR)。采... 单核苷酸多态性(SNP)在大豆基因组中分布广泛,SNP分型是大豆SNP遗传作图,关联分析、分子标记辅助选择等研究的重要技术。本文以Rhg4基因开发的5个SNP为例,介绍了一种大豆SNP分型的新方法-片段长度差异等位基因特异性PCR(FLDAS-PCR)。采用AS-PCR原理,针对某个SNP位点设计2条相差4-5bp的特异引物和1个公用引物,PCR产物约100bp或150bp,2种等位基因型PCR产物相差4-5bp,在2个特异引物3′端第3和4碱基位置分别人为引入错配碱基来提高PCR特异性,通过6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳可将纯合和杂合基因型检测出来。探讨了特异引物浓度和退火温度对Rhg4-1592扩增效果的影响,研究表明,可通过调整特异引物浓度和退火温度优化扩增效果。FLDAS-PCR对18份种质分型结果与PCR产物克隆测序法一致,表明本研究建立的FLDAS-PCR法是一种简便、快捷、新型的大豆SNP分型方法。 展开更多
关键词 大豆 SNP 分型 片段长度差异等位基因特异性pcr
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长牡蛎(Crassostrea gigas)17个EST-SNP标记的开发 被引量:7
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作者 王绍宗 李莉 +1 位作者 亓海刚 张国范 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期274-281,共8页
利用长牡蛎已有的EST序列数据库,筛选得到候选SNP位点共计1140个。根据候选SNP位点共设计引物82组,通过片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)的分型方法,在一野生群体中进行检测... 利用长牡蛎已有的EST序列数据库,筛选得到候选SNP位点共计1140个。根据候选SNP位点共设计引物82组,通过片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)的分型方法,在一野生群体中进行检测和验证,结果共有17个SNP候选位点显示多态性。研究结果表明,通过基于EST数据库的SNP开发,可以有效弥补某些海洋生物因基因组学滞后影响SNP标记开发的现状。 展开更多
关键词 长牡蛎 单核苷酸多态性 表达序列标签 片段长度差异等位基因特异性pcr
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药物代谢酶CYP3A在中国肾移植人群的遗传多态性 被引量:8
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作者 储小曼 闵佩清 +2 位作者 张静 孔诚 蔡卫民 《医学研究生学报》 CAS 2005年第2期107-111,共5页
目的:建立药物代谢酶CYP3A4、CYP3A5的多个等位基因分型方法,为进一步从基因水平研究CYP3A与机 体对药物反应的个体差异本质及其与药物代谢的相关性提供分子生物学实验方法;探讨药物代谢酶CYP3A在中 国肾移植人群的遗传多态性。 方... 目的:建立药物代谢酶CYP3A4、CYP3A5的多个等位基因分型方法,为进一步从基因水平研究CYP3A与机 体对药物反应的个体差异本质及其与药物代谢的相关性提供分子生物学实验方法;探讨药物代谢酶CYP3A在中 国肾移植人群的遗传多态性。 方法:用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性(PCR RFLP)法及特异性等位基因 扩增(PCR ASA)法分别建立了CYP3A的CYP3A4亚型三个新突变点(CYP3A4 4、 5、 6)及CYP3A5亚型的 CYP3A5 3基因分型方法,并对中国肾移植人群进行基因分型。 结果:CYP3A4 4、 5、 6、CYP3A5 3在中 国肾移植人群的基因频率分别为0.75%、0.76%、0.75%和27.83%;个体突变率分别为2/133、3/197、3/200和 55/115。 结论:研究结果提示,中国肾移植人群中CYP3A4 4、 5、 6、CYP3A5 3的存在可能使其表达的药 物代谢酶活性改变,从而影响药物在体内的代谢过程。 展开更多
关键词 CYP3A 基因多态性 药物代谢 异性等位基因扩增法 聚合酶链反应-限制性片段长度多态性
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中国葡萄酒产区酒酒球菌种质资源遗传多样性分析 被引量:2
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作者 金刚 王华 +1 位作者 张昂 李华 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第17期134-139,共6页
为了解我国葡萄酒产区酒酒球菌种质资源遗传多样性,对22株筛选自我国不同葡萄酒产区的乳酸细菌进行了种特异性聚合酶链式反应(species-specific polymerase chain reaction,PCR)分析、16S r RNA序列分析和扩增片段长度多态性分析(amplif... 为了解我国葡萄酒产区酒酒球菌种质资源遗传多样性,对22株筛选自我国不同葡萄酒产区的乳酸细菌进行了种特异性聚合酶链式反应(species-specific polymerase chain reaction,PCR)分析、16S r RNA序列分析和扩增片段长度多态性分析(amplified fragment length polymorphism,AFLP)基因分型。种特异性PCR和16S r RNA序列分析表明22株分离株为酒酒球菌(Oenococcus oeni)。建立了O.oeni基于HindⅢ和MseⅠ为内切酶的AFLP分析体系,对16对引物组合进行了筛选,结果表明HT-MA、HT-MT、HT-MC、HG-MA、HG-MT、HC-MT为O.oeni AFLP分析的最佳引物组合,且实验重复性在98%以上。对O.oeni的AFLP分析结果显示:22株O.oeni分为3个簇群,且簇群间遗传相似性系数较小。所以,以HindⅢ和MseⅠ为内切酶的AFLP技术是研究O.oeni基因分型的有效方法,我国葡萄酒产区的O.oeni具有丰富的遗传多样性,O.oeni菌株间的遗传相似性系数不仅仅与其生态地理分布有关,可能还与其所处的微生态和其他因素有关。 展开更多
关键词 酒酒球菌 异性pcr 16S rRNA序列分析 扩增片段长度多态性分析技术
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