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青海省同德牦牛群体的父系遗传多样性及遗传背景探析
被引量：
3
1
作者
李广祯
马志杰
+5 位作者
陈生梅
林元
李瑞哲
刘书杰
杨国太
周桑加
《中国牛业科学》
2021年第6期41-46,共6页
[目的]为从分子水平上揭示青海省同德牦牛的父系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景。[方法]本研究对32头同德公牦牛使用5个Y-SNPs标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10)和1个Y-STR标记(INRA189)进行PCR扩增、测序和分型,使用BioE...
[目的]为从分子水平上揭示青海省同德牦牛的父系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景。[方法]本研究对32头同德公牦牛使用5个Y-SNPs标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10)和1个Y-STR标记(INRA189)进行PCR扩增、测序和分型,使用BioEdit、Arlequin和Network等生物信息学软件综合分析同德牦牛的父系遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[结果]32头同德牦牛5个Y-SNPs标记即SRY4(969 bp)、USP9Y(470 bp)、UTY19(290 bp)、AMELY3(971 bp)和OFD1Y10(763 bp)的PCR扩增产物测序长度与先前研究结果一致,INRA189标记分型分析共检测到155 bp、157 bp和159 bp 3个等位基因;在同德牦牛群体AMELY3标记中检测到一个新的Y-SNP位点(即g.719 C>T);基于5个Y-SNPs标记11个Y-SNPs位点和INRA189标记3个等位基因的联合分型,共确定了6种Y染色体单倍型(即Y1H1、Y1H2、Y1H3、Y1H4、Y1H5和Y2H6),Y染色体单倍型多样度(Hd)为0.714±0.060,表明同德牦牛具有丰富的父系遗传多样性;系统发育分析显示同德牦牛由2个父系支系组成(即Y1和Y2),提示其拥有2个父系起源。[结论]同德牦牛拥有特殊的父系遗传信息,具有丰富的父系遗传多样性,由2个父系支系组成,拥有2个父系起源。
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关键词
牦牛
Y-SNP
Y-STR
父系遗传多样性
群体
遗传
结构
起源
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职称材料
柴达木牛父系遗传多样性、群体结构及与中国北方部分黄牛品种的遗传关系
2
作者
魏旭东
徐东辉
+5 位作者
曹萍
陈生梅
马晓慧
晁生玉
雷初朝
马志杰
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
2024年第6期942-953,共12页
本研究对包括25头柴达木牛在内的9个黄牛品种共计110头牛的Y染色体基因组单拷贝基因区进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)扫描,分析其父系遗传多样性和群体结构差异、分化状况及聚类关系。结果表明:9个品种共定义...
本研究对包括25头柴达木牛在内的9个黄牛品种共计110头牛的Y染色体基因组单拷贝基因区进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)扫描,分析其父系遗传多样性和群体结构差异、分化状况及聚类关系。结果表明:9个品种共定义了14种Y染色体基因组单倍型,其中在柴达木牛中确定了4种Y染色体基因组单倍型(H7、H12、H13和H14)。遗传多样性分析表明,柴达木牛父系遗传多样性较为丰富(单倍型多样度为0.690±0.080),但与蒙古牛、延边牛、西藏牛和哈萨克牛相比较低。系统发育分析显示,柴达木牛父系遗传由普通牛Y1、Y2a和Y2b(亚)单倍型组组成,且以Y2b亚单倍型组为主,说明柴达木牛拥有普通牛父系起源。遗传分化结果表明,柴达木牛与蒙古牛、西藏牛之间的分化程度很低,与延边牛之间达到中等分化,与哈萨克牛、西门塔尔牛、安格斯牛之间的分化程度高。聚类分析显示,柴达木牛与蒙古牛聚类关系最近,与西藏牛、延边牛聚类关系较近,而与哈萨克牛、西门塔尔牛、安格斯牛聚类关系较远。本研究结果为深入了解柴达木牛的父系遗传多样性、群体遗传结构及与其他黄牛品种间的遗传关系等提供了参考,丰富了柴达木牛基因组数据库(集),为后续开展柴达木牛遗传资源的合理保护和分子育种实践奠定了基础。
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关键词
柴达木牛
Y染色体基因组
父系遗传多样性
分化
系统发育
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职称材料
题名
青海省同德牦牛群体的父系遗传多样性及遗传背景探析
被引量：
3
1
作者
李广祯
马志杰
陈生梅
林元
李瑞哲
刘书杰
杨国太
周桑加
机构
青海省高原家畜遗传资源保护与创新利用重点实验室
青海省同德县农牧和水利局
出处
《中国牛业科学》
2021年第6期41-46,共6页
基金
中国科学院“西部之光”人才培养引进计划(“西部青年学者”)项目(3-1)
国家自然科学基金项目(31960656)。
文摘
[目的]为从分子水平上揭示青海省同德牦牛的父系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景。[方法]本研究对32头同德公牦牛使用5个Y-SNPs标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10)和1个Y-STR标记(INRA189)进行PCR扩增、测序和分型,使用BioEdit、Arlequin和Network等生物信息学软件综合分析同德牦牛的父系遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[结果]32头同德牦牛5个Y-SNPs标记即SRY4(969 bp)、USP9Y(470 bp)、UTY19(290 bp)、AMELY3(971 bp)和OFD1Y10(763 bp)的PCR扩增产物测序长度与先前研究结果一致,INRA189标记分型分析共检测到155 bp、157 bp和159 bp 3个等位基因;在同德牦牛群体AMELY3标记中检测到一个新的Y-SNP位点(即g.719 C>T);基于5个Y-SNPs标记11个Y-SNPs位点和INRA189标记3个等位基因的联合分型,共确定了6种Y染色体单倍型(即Y1H1、Y1H2、Y1H3、Y1H4、Y1H5和Y2H6),Y染色体单倍型多样度(Hd)为0.714±0.060,表明同德牦牛具有丰富的父系遗传多样性;系统发育分析显示同德牦牛由2个父系支系组成(即Y1和Y2),提示其拥有2个父系起源。[结论]同德牦牛拥有特殊的父系遗传信息,具有丰富的父系遗传多样性,由2个父系支系组成,拥有2个父系起源。
关键词
牦牛
Y-SNP
Y-STR
父系遗传多样性
群体
遗传
结构
起源
Keywords
yak
Y SNP
Y STR
paternal genetic diversity
population genetic structure
origin
分类号
S823 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
柴达木牛父系遗传多样性、群体结构及与中国北方部分黄牛品种的遗传关系
2
作者
魏旭东
徐东辉
曹萍
陈生梅
马晓慧
晁生玉
雷初朝
马志杰
机构
青海大学畜牧兽医科学院
出处
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
2024年第6期942-953,共12页
基金
青海省自然科学基金项目(2021-ZJ-914)。
文摘
本研究对包括25头柴达木牛在内的9个黄牛品种共计110头牛的Y染色体基因组单拷贝基因区进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)扫描,分析其父系遗传多样性和群体结构差异、分化状况及聚类关系。结果表明:9个品种共定义了14种Y染色体基因组单倍型,其中在柴达木牛中确定了4种Y染色体基因组单倍型(H7、H12、H13和H14)。遗传多样性分析表明,柴达木牛父系遗传多样性较为丰富(单倍型多样度为0.690±0.080),但与蒙古牛、延边牛、西藏牛和哈萨克牛相比较低。系统发育分析显示,柴达木牛父系遗传由普通牛Y1、Y2a和Y2b(亚)单倍型组组成,且以Y2b亚单倍型组为主,说明柴达木牛拥有普通牛父系起源。遗传分化结果表明,柴达木牛与蒙古牛、西藏牛之间的分化程度很低,与延边牛之间达到中等分化,与哈萨克牛、西门塔尔牛、安格斯牛之间的分化程度高。聚类分析显示,柴达木牛与蒙古牛聚类关系最近,与西藏牛、延边牛聚类关系较近,而与哈萨克牛、西门塔尔牛、安格斯牛聚类关系较远。本研究结果为深入了解柴达木牛的父系遗传多样性、群体遗传结构及与其他黄牛品种间的遗传关系等提供了参考,丰富了柴达木牛基因组数据库(集),为后续开展柴达木牛遗传资源的合理保护和分子育种实践奠定了基础。
关键词
柴达木牛
Y染色体基因组
父系遗传多样性
分化
系统发育
Keywords
Qaidam cattle
Y chromosome genome
paternal genomic diversity
differentiation
phylogenesis
分类号
S823.81 [农业科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
青海省同德牦牛群体的父系遗传多样性及遗传背景探析
李广祯
马志杰
陈生梅
林元
李瑞哲
刘书杰
杨国太
周桑加
《中国牛业科学》
2021
3
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职称材料
2
柴达木牛父系遗传多样性、群体结构及与中国北方部分黄牛品种的遗传关系
魏旭东
徐东辉
曹萍
陈生梅
马晓慧
晁生玉
雷初朝
马志杰
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
2024
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