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基于成像流式细胞术评估斧翅沙芥种质资源基因组大小及居群间差异
1
作者
李晨
王海平
+8 位作者
宋江萍
阳文龙
贾会霞
张凤兰
张静
陈宜男
李苗苗
张彤
张晓辉
《中国蔬菜》
2025年第11期32-38,共7页
斧翅沙芥(Pugionium dolabratum)是十字花科珍稀濒危种质资源,具有抗旱、抗盐碱等多种逆境抗性,兼具重要的生态价值和农业价值。成像流式细胞术能够区分细胞核和非细胞核杂质等干扰信号,具有更高的准确性。为探究斧翅沙芥基因组大小以...
斧翅沙芥(Pugionium dolabratum)是十字花科珍稀濒危种质资源,具有抗旱、抗盐碱等多种逆境抗性,兼具重要的生态价值和农业价值。成像流式细胞术能够区分细胞核和非细胞核杂质等干扰信号,具有更高的准确性。为探究斧翅沙芥基因组大小以及不同居群间基因组的变异程度,本研究利用多维全景成像流式细胞仪对5个斧翅沙芥居群进行流式细胞分析。结果显示,5个斧翅沙芥居群基因组大小为416~494 Mb,居群间变异幅度达18.8%,说明不同居群间出现明显的遗传差异;采用高通量测序对其中4个居群进行K-mer分析,预测基因组大小为442~484 Mb。两种方法的结果接近(杂合度<2%时,吻合度93%~97%),表明成像流式细胞术结果可靠;当基因组杂合度>2%时,两种方法的误差达16%,表明在高杂合度的植物中,利用成像流式细胞术评估基因组大小十分必要。研究结果为斧翅沙芥基因组测序组装、种质资源保护提供了技术支撑与数据依据。
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关键词
斧翅沙芥
成像流式细胞术
基因组大小
K-mer分析
濒危种质资源
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题名
基于成像流式细胞术评估斧翅沙芥种质资源基因组大小及居群间差异
1
作者
李晨
王海平
宋江萍
阳文龙
贾会霞
张凤兰
张静
陈宜男
李苗苗
张彤
张晓辉
机构
山西农业大学园艺学院
出处
《中国蔬菜》
2025年第11期32-38,共7页
基金
国家重点研发计划项目(2021YFD1200201)。
文摘
斧翅沙芥(Pugionium dolabratum)是十字花科珍稀濒危种质资源,具有抗旱、抗盐碱等多种逆境抗性,兼具重要的生态价值和农业价值。成像流式细胞术能够区分细胞核和非细胞核杂质等干扰信号,具有更高的准确性。为探究斧翅沙芥基因组大小以及不同居群间基因组的变异程度,本研究利用多维全景成像流式细胞仪对5个斧翅沙芥居群进行流式细胞分析。结果显示,5个斧翅沙芥居群基因组大小为416~494 Mb,居群间变异幅度达18.8%,说明不同居群间出现明显的遗传差异;采用高通量测序对其中4个居群进行K-mer分析,预测基因组大小为442~484 Mb。两种方法的结果接近(杂合度<2%时,吻合度93%~97%),表明成像流式细胞术结果可靠;当基因组杂合度>2%时,两种方法的误差达16%,表明在高杂合度的植物中,利用成像流式细胞术评估基因组大小十分必要。研究结果为斧翅沙芥基因组测序组装、种质资源保护提供了技术支撑与数据依据。
关键词
斧翅沙芥
成像流式细胞术
基因组大小
K-mer分析
濒危种质资源
Keywords
Pugionium dolabratum
imaging flow cytometry
genome size
K-mer analysis
endangered germplasm
分类号
Q943 [生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
基于成像流式细胞术评估斧翅沙芥种质资源基因组大小及居群间差异
李晨
王海平
宋江萍
阳文龙
贾会霞
张凤兰
张静
陈宜男
李苗苗
张彤
张晓辉
《中国蔬菜》
2025
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