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基于比较基因组学解析两歧双歧杆菌B1628遗传背景及潜在益生基因
被引量：
1
1
作者
田桂铭
周润芝
+3 位作者
吴琼
赵飞燕
李伟程
于洁
《食品与发酵工业》
北大核心
2025年第3期72-80,共9页
该研究团队前期从健康婴儿粪便分离得到有较好耐酸耐胆盐能力的两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)B1628,其灭活菌体可以缓解炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)小鼠结肠炎症性水肿,具有潜在应用价值。该研究基于生物信息...
该研究团队前期从健康婴儿粪便分离得到有较好耐酸耐胆盐能力的两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)B1628,其灭活菌体可以缓解炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)小鼠结肠炎症性水肿,具有潜在应用价值。该研究基于生物信息学分析探究B.bifidum B1628的遗传背景和潜在益生基因,为其开发应用提供理论指导。对B.bifidum B1628进行Illumina与Oxford Nanopore结合的全基因组测序,结合NCBI Refseq数据库中119株B.bifidum基因组进行比较基因组学分析。B.bifidum B1628基因组仅有1条2234414 bp的环状染色体且不含质粒,GC含量为62.4%,包含1769个蛋白质编码区。120株B.bifidum共包含6554个泛基因,呈开放型。基于987个核心基因构建系统发育树,120株B.bifidum聚为8个不同的分支,呈地区聚集性,B.bifidum B1628属于分支1,该分支菌株均分离自中国。功能分析发现B.bifidum B1628包含叶酸、色氨酸、乳酸合成基因,耐酸、耐胆盐、氧化应激等与环境压力相关基因以及CRISPR-Cas适应性免疫系统。该研究揭示了B.bifidum B1628全基因组特征,发现多个潜在益生基因,为该菌株开发利用及产业化提供数据参考。
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关键词
两歧双歧杆菌
比较
基因
组学
遗传背景
潜在益生基因
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职称材料
27株关中黑猪肠道食淀粉乳杆菌基因组分析
2
作者
萧犹睿
郝泽华
+4 位作者
刘好静
肖攀
王松锐
何伟先
杨明明
《饲料研究》
CAS
北大核心
2024年第20期62-68,共7页
研究从基因组水平解析27株关中黑猪肠道食淀粉乳杆菌的遗传背景和功能基因特征,采用Illumina测序技术完成27株食淀粉乳杆菌的全基因组测序、框架图组装,通过平均核苷酸一致性分析、系统进化分析、泛基因组分析等比较基因组学方法分析菌...
研究从基因组水平解析27株关中黑猪肠道食淀粉乳杆菌的遗传背景和功能基因特征,采用Illumina测序技术完成27株食淀粉乳杆菌的全基因组测序、框架图组装,通过平均核苷酸一致性分析、系统进化分析、泛基因组分析等比较基因组学方法分析菌株间的同源性和分子进化规律,使用eggNOG、CAZy、ResFinder、VFDB等数据库注释功能基因。结果显示,27株食淀粉乳杆菌平均基因组序列大小为1881796 bp,平均GC含量为38.10%,菌株间具有高度同源性和遗传多样性。功能基因注释显示,这些菌株不仅具备良好的生存能力和安全性,还具有环境应激、氧化应激、核黄素合成、胞外多糖分泌和群体感应等潜在益生基因。研究表明,分离自关中黑猪肠道的27株食淀粉乳杆菌适合作为候选益生菌株。
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关键词
食淀粉乳杆菌
全
基因
组测序
功能注释
潜在益生基因
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职称材料
4株怀乡鸡肠道卷曲乳杆菌益生特性分析
3
作者
廖搏浪
张艺添
+3 位作者
肖攀
郝泽华
连星
杨明明
《饲料研究》
2025年第14期95-101,共7页
试验旨在探究怀乡鸡肠道中分离的4株卷曲乳杆菌的益生特性。采用FITC荧光标记结合分光光度法测定菌株对Caco-2细胞的黏附率,依靠不同pH值的生理盐水及不同含量的胆盐MRS培养基评估菌株耐酸耐胆盐能力,利用人工胃液和人工肠液分析菌株的...
试验旨在探究怀乡鸡肠道中分离的4株卷曲乳杆菌的益生特性。采用FITC荧光标记结合分光光度法测定菌株对Caco-2细胞的黏附率,依靠不同pH值的生理盐水及不同含量的胆盐MRS培养基评估菌株耐酸耐胆盐能力,利用人工胃液和人工肠液分析菌株的消化液耐受性,采用分光光度法测定菌株自聚集能力,二甲苯分离法评估菌株疏水性,基于ResFinder和毒力因子数据库(VFDB)数据库注释菌株功能基因。结果显示,所有菌株对Caco-2细胞的黏附率均高于25%,在pH值3.0和0.1%胆盐的环境下均具有良好耐受性,在人工肠液中存活率较高。菌株自聚集能力强,疏水性均高于55%,这可能与菌株表面S层结构相关。基因功能注释结果显示,菌株携带多种益生相关功能基因,具备较强的环境适应性和安全性。研究表明,4株卷曲乳杆菌均具有良好的胃肠道适应性与定植能力,可作为家禽益生菌的候选菌株。
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关键词
怀乡鸡
卷曲乳杆菌
耐受性
益生
特性
功能注释
潜在益生基因
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职称材料
题名
基于比较基因组学解析两歧双歧杆菌B1628遗传背景及潜在益生基因
被引量：
1
1
作者
田桂铭
周润芝
吴琼
赵飞燕
李伟程
于洁
机构
内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室
出处
《食品与发酵工业》
北大核心
2025年第3期72-80,共9页
基金
国家重点研发计划项目(2023YFF1104500)
内蒙古自治区高等学校青年科技英才支持计划项目(NJYT22036)。
文摘
该研究团队前期从健康婴儿粪便分离得到有较好耐酸耐胆盐能力的两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)B1628,其灭活菌体可以缓解炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)小鼠结肠炎症性水肿,具有潜在应用价值。该研究基于生物信息学分析探究B.bifidum B1628的遗传背景和潜在益生基因,为其开发应用提供理论指导。对B.bifidum B1628进行Illumina与Oxford Nanopore结合的全基因组测序,结合NCBI Refseq数据库中119株B.bifidum基因组进行比较基因组学分析。B.bifidum B1628基因组仅有1条2234414 bp的环状染色体且不含质粒,GC含量为62.4%,包含1769个蛋白质编码区。120株B.bifidum共包含6554个泛基因,呈开放型。基于987个核心基因构建系统发育树,120株B.bifidum聚为8个不同的分支,呈地区聚集性,B.bifidum B1628属于分支1,该分支菌株均分离自中国。功能分析发现B.bifidum B1628包含叶酸、色氨酸、乳酸合成基因,耐酸、耐胆盐、氧化应激等与环境压力相关基因以及CRISPR-Cas适应性免疫系统。该研究揭示了B.bifidum B1628全基因组特征,发现多个潜在益生基因,为该菌株开发利用及产业化提供数据参考。
关键词
两歧双歧杆菌
比较
基因
组学
遗传背景
潜在益生基因
Keywords
Bifidobacterium bifidum
comparative genomics
genetic background
potential probiotic genes
分类号
TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]
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职称材料
题名
27株关中黑猪肠道食淀粉乳杆菌基因组分析
2
作者
萧犹睿
郝泽华
刘好静
肖攀
王松锐
何伟先
杨明明
机构
西北农林科技大学动物科技学院
四川省齐全饲料有限责任公司
出处
《饲料研究》
CAS
北大核心
2024年第20期62-68,共7页
基金
四川省科技计划项目“生猪健康养殖新技术及推广应用(示范基地)(项目编号:2021ZHFP0036)”。
文摘
研究从基因组水平解析27株关中黑猪肠道食淀粉乳杆菌的遗传背景和功能基因特征,采用Illumina测序技术完成27株食淀粉乳杆菌的全基因组测序、框架图组装,通过平均核苷酸一致性分析、系统进化分析、泛基因组分析等比较基因组学方法分析菌株间的同源性和分子进化规律,使用eggNOG、CAZy、ResFinder、VFDB等数据库注释功能基因。结果显示,27株食淀粉乳杆菌平均基因组序列大小为1881796 bp,平均GC含量为38.10%,菌株间具有高度同源性和遗传多样性。功能基因注释显示,这些菌株不仅具备良好的生存能力和安全性,还具有环境应激、氧化应激、核黄素合成、胞外多糖分泌和群体感应等潜在益生基因。研究表明,分离自关中黑猪肠道的27株食淀粉乳杆菌适合作为候选益生菌株。
关键词
食淀粉乳杆菌
全
基因
组测序
功能注释
潜在益生基因
Keywords
Lactobacillus amylovorus
whole-genome sequencing
functional annotation
potential probiotic genes
分类号
S816.7 [农业科学—饲料科学]
在线阅读
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职称材料
题名
4株怀乡鸡肠道卷曲乳杆菌益生特性分析
3
作者
廖搏浪
张艺添
肖攀
郝泽华
连星
杨明明
机构
西北农林科技大学动物科技学院
出处
《饲料研究》
2025年第14期95-101,共7页
基金
陕西省西安市科技计划项目(项目编号:24NYGG0020)。
文摘
试验旨在探究怀乡鸡肠道中分离的4株卷曲乳杆菌的益生特性。采用FITC荧光标记结合分光光度法测定菌株对Caco-2细胞的黏附率,依靠不同pH值的生理盐水及不同含量的胆盐MRS培养基评估菌株耐酸耐胆盐能力,利用人工胃液和人工肠液分析菌株的消化液耐受性,采用分光光度法测定菌株自聚集能力,二甲苯分离法评估菌株疏水性,基于ResFinder和毒力因子数据库(VFDB)数据库注释菌株功能基因。结果显示,所有菌株对Caco-2细胞的黏附率均高于25%,在pH值3.0和0.1%胆盐的环境下均具有良好耐受性,在人工肠液中存活率较高。菌株自聚集能力强,疏水性均高于55%,这可能与菌株表面S层结构相关。基因功能注释结果显示,菌株携带多种益生相关功能基因,具备较强的环境适应性和安全性。研究表明,4株卷曲乳杆菌均具有良好的胃肠道适应性与定植能力,可作为家禽益生菌的候选菌株。
关键词
怀乡鸡
卷曲乳杆菌
耐受性
益生
特性
功能注释
潜在益生基因
Keywords
Huaixiang chickens
Lactobacillus crispatus
tolerance
probiotic properties
functional annotation
potential probiotic genes
分类号
S831 [农业科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于比较基因组学解析两歧双歧杆菌B1628遗传背景及潜在益生基因
田桂铭
周润芝
吴琼
赵飞燕
李伟程
于洁
《食品与发酵工业》
北大核心
2025
1
在线阅读
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职称材料
2
27株关中黑猪肠道食淀粉乳杆菌基因组分析
萧犹睿
郝泽华
刘好静
肖攀
王松锐
何伟先
杨明明
《饲料研究》
CAS
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
4株怀乡鸡肠道卷曲乳杆菌益生特性分析
廖搏浪
张艺添
肖攀
郝泽华
连星
杨明明
《饲料研究》
2025
在线阅读
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职称材料
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