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lncRNA FKBP15作为绝经后骨质疏松症肾虚血瘀证潜在生物标志物的可行性
1
作者 朱弈桦 孙海涛 +5 位作者 彭晨健 杨浩淼 储旭东 郭杨 马勇 王礼宁 《中国骨质疏松杂志》 北大核心 2025年第4期518-525,548,共9页
目的探讨人外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)中差异表达的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)作为绝经后骨质疏松症肾虚血瘀证(PMOP-SXXY)潜在生物标志物的可行性和临床应用价值。方法采用病例对照研究... 目的探讨人外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)中差异表达的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)作为绝经后骨质疏松症肾虚血瘀证(PMOP-SXXY)潜在生物标志物的可行性和临床应用价值。方法采用病例对照研究,初期纳入PMOP-SXXY和骨量正常女性患者共10例,采用密度梯度离心法获取PBMC,使用Trizol法进行RNA提取并进行文库构建,后利用RNA测序技术得到lncRNA和mRNA表达谱,筛选差异表达的lncRNAs(differential expressed lncRNA,DElncRNAs)和mRNAs(differential expressed mRNA,DEmRNAs)(筛选标准为表达倍数变化FC≥2,P<0.05);根据差异表达基因进行GO、KEGG富集分析,同时选择显著差异表达的10个lncRNAs与20个mRNAs进行lncRNA-mRNA相关性分析,筛选出潜在可作为生物诊断标志物的lncRNAs;采用ROC曲线分析,评估各潜在lncRNAs作为PMOP-SXXY诊断标志物的诊断价值;后再次纳入PMOP-SXXY和骨量正常女性患者共30例,行实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR),对筛选结果进行外部验证。结果①与骨量正常组相比,PMOP-SXXY组中共2599个DElncRNAs和751个DEmRNAs。②GO富集分析中发现差异基因功能主要富集在蛋白结合上以及膜、质膜、胞外基质等细胞组分上;KEGG分析则显示差异表达的主要富集在细胞外基质受体相互作用(ECM-receptor interaction)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)、焦点粘连(Focal adhesion)、癌症通路(Pathways in cancer)和蛋白质消化与吸收(Protein digestion and absorption)等信号通路中;lncRNA-mRNA相关性网络显示,lncRNA FKBP15具有最多的节点数,共15个,其次为lncRNA HMGCR、lncRNA SLC25A37和lncRNA IQGAP1等。③利用ROC曲线分析筛选出对PMOP-SXXY诊断具有较好预测价值的lncRNAs:lncRNA FKBP15:其AUC为1.000,95%CI:1.000~1.000;lncRNA SLC25A37:其AUC为0.900,95%CI:0.690~1.000;lncRNA HMGCR:其AUC为1.000,95%CI:1.000~1.000;lncRNA IQGAP1:其AUC为0.960,95%CI:0.843~1.000,其中lncRNA FKBP15和lncRNA HMGC的诊断价值最高。④qPCR结果显示,lncRNA FKBP15、lncRNA HMGCR、lncRNA SLC25A37和lncRNA IQGAP1与PMOP-SXXY的发生均有显著相关性(P<0.05),而lncRNA FKBP15在PMOP-SXXY组和正常组中具有更明显的差异性表达。结论lncRNA FKBP15在PMOP-SXXY患者外周血中高表达,与绝经后骨质疏松症的发生密切相关,可作为PMOP-SXXY的临床诊断的潜在生物标志物。 展开更多
关键词 绝经后骨质疏松症 肾虚血瘀证 lncRNA 潜在生物标志物 RNA测序
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诊断阿尔茨海默病潜在生物标志物的研究进展 被引量：13
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作者 王思翔 曾红梅 +2 位作者 李扬娜 卢晓庆 王超 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2019年第7期1173-1176,共4页
从第一次对阿尔茨海默病(AD)进行报道,经过几十年的研究,人们发现AD的发病机制与β-淀粉样蛋白(Aβ)沉积、tau蛋白神经纤维缠结、神经炎性机制学说、神经血管受损学说、氧化应激等密切相关。目前的国际阿尔茨海默病研究组也在最新的AD... 从第一次对阿尔茨海默病(AD)进行报道,经过几十年的研究,人们发现AD的发病机制与β-淀粉样蛋白(Aβ)沉积、tau蛋白神经纤维缠结、神经炎性机制学说、神经血管受损学说、氧化应激等密切相关。目前的国际阿尔茨海默病研究组也在最新的AD诊断指南中相继将核心生物标志物——脑脊液中Aβ42、tau蛋白变化用于AD疾病的分期分型,而本文就从AD的病理生理过程进行系统论述,探讨除核心生物标记物(淀粉样蛋白、tau蛋白沉积)外,还有哪些潜在生物标志物可能用于未来明确AD诊断。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 潜在生物标志物 研究进展
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污水地下渗滤系统微生物代谢组学分析 被引量：1
3
作者 杨蕾 李英华 +1 位作者 李海波 苏菲 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第11期4812-4822,共11页
应用超高效液相色谱-质谱技术(UPLC-MS),基于代谢组学方法,筛选不同进水有机负荷下地下渗滤系统潜在生物标志物.采用偏最小二乘法(PLS-DA)和主成分分析(PCA)模式识别方法对样品进行分型处理,根据模型的变量重要性因子(VIP值)筛选潜在生... 应用超高效液相色谱-质谱技术(UPLC-MS),基于代谢组学方法,筛选不同进水有机负荷下地下渗滤系统潜在生物标志物.采用偏最小二乘法(PLS-DA)和主成分分析(PCA)模式识别方法对样品进行分型处理,根据模型的变量重要性因子(VIP值)筛选潜在生物标志物,分析代谢产物蕴含的生物学信息,研究代谢通路,通过RDA分析探索代谢产物与环境因子之间的相关性.PLS-DA模型结果表明,当进水有机负荷为250mg/L、400mg/L、500mg/L时,同一高度层代谢产物间存在显著性差异,共筛选出VIP值大于1.5的230种差异代谢物,以有机酸为主;同时也存在一些醇类、酚类等微生物代谢中间产物.此外,微生物代谢产物与模拟土柱高度有显著对应性.在水力负荷为0.14m^3/(m^2·d),COD污染负荷为400mg/L条件下,3个高度层H2(500mm)、H4(1000mm)、H6(1500mm)筛选出53种VIP值大于1.5的差异代谢物,以酸类、酮类物质为主.RDA分析表明,随着有机负荷波动和剖面高度的变化,代谢产物受到氧化还原环境(ORP)与硝态氮(NO3-)的影响较大,呈负相关. 展开更多
关键词 地下渗滤系统 代谢组学 微生物 潜在生物标志物
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清肺饮治疗急性咽炎模型大鼠的药效及代谢组学研究 被引量：4
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作者 雷燕莉 唐焓嫣 +4 位作者 时政 刘日慧 邓梦雨 吴磊 刘涛 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期568-578,共11页
目的 研究清肺饮对急性咽炎大鼠的药效作用,阐明其作用机制。方法 在清肺饮治疗氨水诱导的急性咽炎大鼠药效试验基础上,通过UPLC-Q-TOF-MS代谢组学技术,结合多元数据统计筛选清肺饮治疗氨水诱导的急性咽炎大鼠的潜在生物标志物,进一步... 目的 研究清肺饮对急性咽炎大鼠的药效作用,阐明其作用机制。方法 在清肺饮治疗氨水诱导的急性咽炎大鼠药效试验基础上,通过UPLC-Q-TOF-MS代谢组学技术,结合多元数据统计筛选清肺饮治疗氨水诱导的急性咽炎大鼠的潜在生物标志物,进一步分析相关代谢通路。结果 血常规、血清炎性因子、病理切片结果均表明清肺饮对于氨水诱导的急性咽炎大鼠具有良好的治疗效果。血清代谢组学共筛选出10个清肺饮治疗急性咽炎的内源性生物标志物,可能通过牛磺酸和次牛磺酸代谢,初级胆汁酸生物合成,缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解和嘧啶代谢4条重要代谢通路发挥药效。结论 清肺饮具有治疗急性咽炎的作用,可能的机制为调控牛磺酸和次牛磺酸代谢,初级胆汁酸生物合成,缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解和嘧啶代谢4条重要代谢通路发挥药效,为临床进一步应用该药提供参考。 展开更多
关键词 急性咽炎 清肺饮 潜在生物标志物 代谢通路
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通塞脉微丸干预缺血性脑中风大鼠的脑组织代谢组学研究 被引量：14
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作者 涂佳玉 阿基业 +6 位作者 文红梅 王广基 曹蓓 刘林生 陆益红 王爱云 狄留庆 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期1467-1471,共5页
目的研究缺血性中风模型大鼠脑组织代谢的变化特点和通塞脉微丸对异常代谢的调节作用,寻找通塞脉微丸治疗缺血性脑中风可能的代谢生物标志物,以探索通塞脉微丸治疗缺血性脑中风的作用机制。方法采用电凝法制造大鼠缺血性中风模型,将大... 目的研究缺血性中风模型大鼠脑组织代谢的变化特点和通塞脉微丸对异常代谢的调节作用,寻找通塞脉微丸治疗缺血性脑中风可能的代谢生物标志物,以探索通塞脉微丸治疗缺血性脑中风的作用机制。方法采用电凝法制造大鼠缺血性中风模型,将大鼠分为模型组、假手术组、通塞脉组和阳性药组,运用气相色谱-质谱(GC-MS)技术,对各组脑组织中内源性代谢物进行测定,采用偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)对多变量数据进行分析,t检验方法进行显著性统计分析。结果模式识别中模型组大鼠能较好地与其他3组分开。与假手术组大鼠相比,模型组大鼠脑组织中的丙氨酸、丝氨酸、甲硫氨酸、柠檬酸、组氨酸、花生四烯酸(AA)和二十二碳六烯酸(DHA)的含量升高,而核糖、6-磷酸葡萄糖和肌苷的含量下降,提示脑组织中这10种内源性物质为脑缺血的潜在生物标志物。这些内源性物质在通塞脉组大鼠体内得到了不同程度的恢复,而花生四烯酸和二十二碳六烯酸在通塞脉组与模型组大鼠体内的含量有明显差异,说明通塞脉微丸对花生四烯酸和二十二碳六烯酸这两种潜在生物标志物有明显的调节作用。结论通塞脉微丸可以使造模后大鼠的体内代谢物含量有不同程度的恢复,提示其治疗作用可能与相关代谢通路的调节有关。 展开更多
关键词 代谢组学 缺血性脑中风 通塞脉微丸 潜在生物标志物 大鼠脑组织 GC-MS
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基于气相色谱-质谱联用技术的血清氨基酸代谢谱在尿石症中的应用 被引量：2
6
作者 高瑶 龚思思 +5 位作者 张天闻 唐敏洁 张蓓英 陈敏 欧启水 毛厚平 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期587-594,共8页
建立了基于气相色谱-质谱联用技术(GC-MS)的血清氨基酸检测平台,研究病例组(n=80,年龄(46.82±13.39)岁)和对照组(n=37,年龄(43.46±12.79)岁)的血清氨基酸代谢谱差异,运用多元统计分析模型,结合两样本t检验、逻辑回归分析、受... 建立了基于气相色谱-质谱联用技术(GC-MS)的血清氨基酸检测平台,研究病例组(n=80,年龄(46.82±13.39)岁)和对照组(n=37,年龄(43.46±12.79)岁)的血清氨基酸代谢谱差异,运用多元统计分析模型,结合两样本t检验、逻辑回归分析、受试者工作特征(ROC)曲线筛选与尿石症相关差异氨基酸。该方法中目标氨基酸的线性相关系数(R2)均大于0.9985,检出限(LOD)在0.1~4.0μmol/L之间。研究结果显示,通过血清氨基酸代谢谱能够很好地区分病例组和对照组,根据变量重要性投影(VIP)>1和p<0.05筛选出的5种差异氨基酸可作为尿石症的潜在生物标志物,其联合指标的诊断灵敏度达97.3%;其中,丝氨酸ROC曲线下面积(AUC)达0.819,具有较好的临床价值,有望辅助临床进行尿石症的早期筛查诊断。 展开更多
关键词 气相色谱-质谱 氨基酸代谢谱 潜在生物标志物 尿石症
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应用代谢轮廓区分不同致病性副溶血性弧菌 被引量：1
7
作者 赵强 孙晓红 +2 位作者 卢瑛 潘迎捷 赵勇 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1686-1691,共6页
基于tdh,trh和tlh 3个基因区分了不同的致病性副溶血性弧菌.采用液相色谱(LC)和气相色谱-质谱联用(GC-MS)技术获得不同的致病性副溶血性弧菌的代谢轮廓,并将其用于区分不同的致病性副溶血性弧菌;同时以肠杆菌基因间重复共有序列聚合酶... 基于tdh,trh和tlh 3个基因区分了不同的致病性副溶血性弧菌.采用液相色谱(LC)和气相色谱-质谱联用(GC-MS)技术获得不同的致病性副溶血性弧菌的代谢轮廓,并将其用于区分不同的致病性副溶血性弧菌;同时以肠杆菌基因间重复共有序列聚合酶链反应技术(ERIC-PCR)及DNA重复序列PCR技术(REP-PCR)为对照,采用NTsys2.10e软件计算所得结果的相似系数,并对气相色谱-质谱联用结果进行解析.结果表明,根据所得代谢轮廓可以很好地区分不同的致病性副溶血性弧菌;对气相色谱-质谱联用分析结果解析发现了不同致病性菌株的潜在生物标志物:tdh+,trh-,tlh+菌株3种,tdh-,trh+,tlh+菌株2种,tdh-,trh-,tlh+菌株3种. 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 致病性 代谢轮廓 区分 潜在生物标志物
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