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生物信息学方法鉴定ER阴性乳腺癌关键基因及预测潜在治疗药物
1
作者
张渊源
龚柳云
韩苏夏
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期540-546,553,共8页
目的利用生物信息学方法探寻ER阴性乳腺癌关键基因及潜在治疗药物。方法利用GEO数据库下载乳腺癌基因表达谱(GSE22219)。应用R语言对GSE22219进行主成分分析(PCA)、差异表达基因(DEGs)和基因本体(GO)分析。使用STRING进行京都基因和基...
目的利用生物信息学方法探寻ER阴性乳腺癌关键基因及潜在治疗药物。方法利用GEO数据库下载乳腺癌基因表达谱(GSE22219)。应用R语言对GSE22219进行主成分分析(PCA)、差异表达基因(DEGs)和基因本体(GO)分析。使用STRING进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)路径分析和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析。用Cytoscape软件进行可视化编辑,MCODE插件进行子网络模块分析,筛选出ER阴性乳腺癌发生过程中的核心基因。利用Drugbank探寻小分子化合物作为潜在的治疗药物。结果筛选出69个差异基因和8个核心基因。其中最重要的KEGG途径是醛固酮调节的钠重吸收途径。GO分析表明,最显著的富集是有关前列腺形态发生过程。筛选出21个小分子化合物可作为治疗ER阴性乳腺癌的潜在药物。结论生物信息分析结合药物数据库可帮助寻找治疗疾病的潜在药物,有望成为未来药物研究的一种新方式。
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关键词
乳腺癌
基因芯片
差异表达
潜在治疗药物
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职称材料
题名
生物信息学方法鉴定ER阴性乳腺癌关键基因及预测潜在治疗药物
1
作者
张渊源
龚柳云
韩苏夏
机构
西安交通大学第一附属医院肿瘤放疗科
西安交通大学第一附属医院儿科
出处
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期540-546,553,共8页
文摘
目的利用生物信息学方法探寻ER阴性乳腺癌关键基因及潜在治疗药物。方法利用GEO数据库下载乳腺癌基因表达谱(GSE22219)。应用R语言对GSE22219进行主成分分析(PCA)、差异表达基因(DEGs)和基因本体(GO)分析。使用STRING进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)路径分析和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析。用Cytoscape软件进行可视化编辑,MCODE插件进行子网络模块分析,筛选出ER阴性乳腺癌发生过程中的核心基因。利用Drugbank探寻小分子化合物作为潜在的治疗药物。结果筛选出69个差异基因和8个核心基因。其中最重要的KEGG途径是醛固酮调节的钠重吸收途径。GO分析表明,最显著的富集是有关前列腺形态发生过程。筛选出21个小分子化合物可作为治疗ER阴性乳腺癌的潜在药物。结论生物信息分析结合药物数据库可帮助寻找治疗疾病的潜在药物,有望成为未来药物研究的一种新方式。
关键词
乳腺癌
基因芯片
差异表达
潜在治疗药物
Keywords
breast cancer
Gene Expression Omnibus(GEO)
differentially expressed gene
potential therapeutic agent
分类号
R73 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
生物信息学方法鉴定ER阴性乳腺癌关键基因及预测潜在治疗药物
张渊源
龚柳云
韩苏夏
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021
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