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水稻温敏型叶色突变体tsa58的变异检测及转录组分析
1
作者
陈能刚
鄢小青
+3 位作者
李欢
杨占烈
吴荣菊
陈锋
《种子》
北大核心
2023年第5期1-8,共8页
利用60 Co辐射诱变贵州地方粳稻种质资源“桥港珍珠米”,筛选获得一个温敏型叶色突变体tsa58(temperature-sensitive albino 58),该突变体在20℃和30℃条件下培养,幼苗存在显著的叶色差异。在20℃条件下,tsa58叶片呈现完全白化;在30℃...
利用60 Co辐射诱变贵州地方粳稻种质资源“桥港珍珠米”,筛选获得一个温敏型叶色突变体tsa58(temperature-sensitive albino 58),该突变体在20℃和30℃条件下培养,幼苗存在显著的叶色差异。在20℃条件下,tsa58叶片呈现完全白化;在30℃条件下,tsa58叶色与野生型无明显差异。在20℃条件下,与野生型相比,tsa58叶片的总叶绿素、叶绿素a、叶绿素b和类胡萝卜素含量降低幅度最大,均达到极显著差异水平;在30℃条件下,与野生型相比,tsa58叶片的总叶绿素、叶绿素a、叶绿素b和类胡萝卜素含量均与野生型无显著差异。为了明确该突变表型的候选基因,采用二代高通量测序技术对突变体tsa58和野生型进行全基因组变异分析。研究发现,在定位区间内的20878044~21473236间发生了INV(倒置)结构变异,其位点21473236位于Os02g0565400的外显子上。转录组分析结果表明,该基因在野生型中存在TSS、TTS、AE等3种剪接类型,并存在5个不同的剪接位点,而突变体tsa58未检测到可变剪接。由于该INV变异导致该基因的可变剪接类型发生变化,因此推测tsa58为Os02g0565400(WSL4)的新等位突变体。转录组差异基因分析表明,突变体tsa58与野生型的差异基因在核糖体最多,为27个,其中由叶绿体基因组编码的基因rps7、rpl32、rpl20和rps16均显著下调,而由细胞核基因组编码的基因中除OsRPL44显著下调外,其余基因均显著上调。
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关键词
水稻
温敏型叶色突变体
变异检测
转录组分析
辐射诱变
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职称材料
题名
水稻温敏型叶色突变体tsa58的变异检测及转录组分析
1
作者
陈能刚
鄢小青
李欢
杨占烈
吴荣菊
陈锋
机构
贵州省农业科学院农作物品种资源研究所
出处
《种子》
北大核心
2023年第5期1-8,共8页
基金
贵州省自然科学基金项目“水稻粒宽新基因GS 114的基因克隆与功能研究”(黔科合基础-ZK[2022]一般243)
贵州省科技支撑计划项目“农作物和食用菌种质资源精准鉴定评价(表型和基因型精准鉴定)”(黔科合支撑[2022]重点025号)
+1 种基金
贵州省科技支撑计划项目“农作物种质资源精准鉴定评价(优异基因挖掘与利用)”(黔科合支撑[2022]重点026号)
贵州省科技计划项目“贵州省育种科研基础平台创新能力建设”(黔科合服企[2022]014)。
文摘
利用60 Co辐射诱变贵州地方粳稻种质资源“桥港珍珠米”,筛选获得一个温敏型叶色突变体tsa58(temperature-sensitive albino 58),该突变体在20℃和30℃条件下培养,幼苗存在显著的叶色差异。在20℃条件下,tsa58叶片呈现完全白化;在30℃条件下,tsa58叶色与野生型无明显差异。在20℃条件下,与野生型相比,tsa58叶片的总叶绿素、叶绿素a、叶绿素b和类胡萝卜素含量降低幅度最大,均达到极显著差异水平;在30℃条件下,与野生型相比,tsa58叶片的总叶绿素、叶绿素a、叶绿素b和类胡萝卜素含量均与野生型无显著差异。为了明确该突变表型的候选基因,采用二代高通量测序技术对突变体tsa58和野生型进行全基因组变异分析。研究发现,在定位区间内的20878044~21473236间发生了INV(倒置)结构变异,其位点21473236位于Os02g0565400的外显子上。转录组分析结果表明,该基因在野生型中存在TSS、TTS、AE等3种剪接类型,并存在5个不同的剪接位点,而突变体tsa58未检测到可变剪接。由于该INV变异导致该基因的可变剪接类型发生变化,因此推测tsa58为Os02g0565400(WSL4)的新等位突变体。转录组差异基因分析表明,突变体tsa58与野生型的差异基因在核糖体最多,为27个,其中由叶绿体基因组编码的基因rps7、rpl32、rpl20和rps16均显著下调,而由细胞核基因组编码的基因中除OsRPL44显著下调外,其余基因均显著上调。
关键词
水稻
温敏型叶色突变体
变异检测
转录组分析
辐射诱变
Keywords
rice
thermo-sensitive leaf color mutant
variation detection
transcriptome analysis
radiation
分类号
S511 [农业科学—作物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
水稻温敏型叶色突变体tsa58的变异检测及转录组分析
陈能刚
鄢小青
李欢
杨占烈
吴荣菊
陈锋
《种子》
北大核心
2023
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