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题名一种新的迭代渐进多序列比对算法
被引量：3
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作者
张敏
方伟武
张俊华
迟忠先
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机构
大连理工大学计算机系
中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所
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出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2005年第2期72-74,共3页
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基金
国家自然科学基金资助项目(编号:90103033)
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文摘
该文提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA。该算法先用渐进方法进行多序列比对,然后通过迭代策略,利用上一轮多序列比对结果修正指导树,产生新一轮比对。重复这一过程,直到指导树不再发生变化或满足事先设定的迭代次数为止。以比对数据库BAliBASE中多蛋白质家族1idy为例,对IPMSA算法和ClustalW算法进行的比较研究表明,该算法能更有效地比对分歧较大的序列,并改进其系统发育树。
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关键词
多序列比对
渐进比对算法
迭代策略
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Keywords
multiple sequence alignment ,progressive alignment algorithm,iterative strategy
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分类号
TP301.6
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名基于迭代渐进多序列比对算法研究
被引量：1
- 2
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作者
张敏
方伟武
张俊华
迟忠先
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机构
大连理工大学计算机系
中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所
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出处
《计算机工程》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005年第17期32-33,61,共3页
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基金
国家自然科学基金资助项目(90103033)
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文摘
提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA。采用公共多序列比对数据库BAliBASE中142组蛋白质序列作为比对测试数据,并与ClustalW进行比较。比对结果的统计分析表明,IPMSA算法的比对准确率高于ClustalW。
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关键词
迭代渐进多序列比对
渐进比对算法
迭代策略
准确率
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Keywords
lteratively progressive multiple sequence alignment（IPMSA）
Progressive alignment algorithm
lterativestrategy
Accuracy
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分类号
TP301
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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