基于混合群体分离分析筛选中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性关联SNP位点及基因

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作者 张玉娟 孙亚雯 +4 位作者 孟晨 叶鸣昕 何东林 闫振天 陈斌 《昆虫学报》 北大核心 2025年第5期626-637,共12页

【目的】探究中华按蚊Anopheles sinensis无锡株溴氰菊酯的抗性关联单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和基因。【方法】对中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性品系(WX-LR)和敏感品系(WX-LS)杂交构建的F2群体进行0.04%溴... 【目的】探究中华按蚊Anopheles sinensis无锡株溴氰菊酯的抗性关联单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和基因。【方法】对中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性品系(WX-LR)和敏感品系(WX-LS)杂交构建的F2群体进行0.04%溴氰菊酯处理,测定击倒时间;采用混合群体分离分析(bulked segregant analysis, BSA)和全基因组测序相结合的方法,对获得的中华按蚊极端抗性个体和极端敏感个体混池进行全基因组重测序,筛选与溴氰菊酯抗性关联的SNP位点;采用SNP-index(SNP基因型频率)计算和候选区域定位以筛选与溴氰菊酯抗性关联的数量性状位点(quantitative trait loci, QTL),并对候选QTL基因进行GO功能注释和KEGG通路富集;筛选溴氰菊酯抗性关联的关键基因。【结果】与中华按蚊溴氰菊酯抗性关联的SNP位点主要集中在2号和3号染色体上。99%置信区间ΔSNP-index全部分布在2号染色体上,包括12个与溴氰菊酯类抗性关联的QTL和672个功能注释的基因。最终筛选到12个溴氰菊酯抗性关联的关键基因,包括6个Trypsin基因,4个锌指蛋白基因,OAT基因和CYP4J5基因,其涉及杀虫剂代谢解毒酶和有机阴离子转运等。【结论】基于BSA测序(BSA sequencing, BSA-seq)鉴定中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性直接关联的基因,为深入了解中华按蚊对溴氰菊酯类杀虫剂抗性的分子机制奠定了基础。 展开更多

关键词 中华按蚊 混合群体分离分析法 bsa-seq 抗药性 溴氰菊酯

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重组自交家系群体4对主基因加多基因混合遗传模型分离分析方法的建立 被引量：33

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作者 王金社 李海旺 +1 位作者 赵团结 盖钧镒 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期191-201,共11页

主基因加多基因混合遗传模型分离分析方法是基于数量性状表型数据的统计遗传分析方法,该方法适于育种工作者利用杂种分离世代的数据对育种性状的遗传组成做出初步判断,制订相应的育种策略,也可用以校验QTL定位所揭示的性状遗传组成。重... 主基因加多基因混合遗传模型分离分析方法是基于数量性状表型数据的统计遗传分析方法,该方法适于育种工作者利用杂种分离世代的数据对育种性状的遗传组成做出初步判断,制订相应的育种策略,也可用以校验QTL定位所揭示的性状遗传组成。重组自交家系群体(RIL)是一种永久性群体,可以进行有重复的比较试验,适合于环境影响较大的复杂性状的遗传研究。本研究以RIL群体为对象,将遗传模型拓展到4对主基因,建立相应的分离分析方法。新构建的模型共包括4对主基因和4对主基因加多基因两类共15个遗传模型,通过极大似然法和IECM算法估算各种模型的分布参数,由AIC值和一组适合性测验选取最佳遗传模型,再由最小二乘法估计模型的遗传参数。通过模拟实验对所建立的模型进行验证,模拟群体中一阶遗传参数的估计值与设定值之间有很好一致性。以大豆科丰1号×南农1138-2构成的RIL群体及其亲本棕榈酸含量的遗传(I-1模型,即4对加性-上位性主基因和加性-上位性多基因遗传模型)为例,说明该方法的应用效果。 展开更多

关键词 重组自交家系群体(RIL) 主基因加多基因混合遗传 分离分析

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回交自交系(BIL)群体4对主基因加多基因混合遗传模型分离分析方法的建立 被引量：11

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作者 王金社 赵团结 盖钧镒 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期198-206,共9页

主基因加多基因混合遗传模型是用于分析数量性状表型数据的统计分析方法,该方法便于育种工作者利用杂种分离世代的数据对育种性状的遗传组成初步判断,制定相应的育种策略,也可用于校验QTL定位所揭示的数量性状的性状遗传组成。回交自交... 主基因加多基因混合遗传模型是用于分析数量性状表型数据的统计分析方法,该方法便于育种工作者利用杂种分离世代的数据对育种性状的遗传组成初步判断,制定相应的育种策略,也可用于校验QTL定位所揭示的数量性状的性状遗传组成。回交自交系(BIL)群体是永久性群体,可以进行有重复的比较试验,适用于受环境影响较大的复杂性状的遗传研究。本研究以BIL群体为对象构建了4对主基因、主基因加多基因分离分析方法的遗传模型,包括2类11个遗传模型。利用基于IECM(iterative expectation conditional maximization)算法的极大似然分析方法估算各个混合遗传模型中的分布参数,用AIC值和一组适合性测验结果选取最优模型,并从入选模型的分布参数通过最小二乘法估计遗传参数。由1个模拟的随机区组试验对模型进行验证,模拟群体中遗传参数的估计值与设定值之间具有很好的一致性。利用本文建立的模型重新分析大豆回交自交系群体(Essex×ZDD2315)及其亲本对胞囊线虫(Hetero-dera glycines Ichinohe)1号生理小种的抗性数据后发现4对主基因模型优于原报道的3对主基因模型,说明本方法的有效性和正确性。 展开更多

关键词 回交自交家系群体(BIL) 主基因加多基因混合遗传 分离分析

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回交自交系群体数量性状遗传体系的分离分析方法 被引量：12

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作者 何小红 盖钧镒 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期210-216,共7页

将植物数量性状的主基因-多基因遗传体系检测的分离分析方法拓展到回交自交系群体。建立了包括无遗传控制、只有多基因控制、1—3对主基因控制和1—3对主基因＋多基因控制遗传模型下的混合分布函数，并由ML和ECM算法估计分布参数。以最... 将植物数量性状的主基因-多基因遗传体系检测的分离分析方法拓展到回交自交系群体。建立了包括无遗传控制、只有多基因控制、1—3对主基因控制和1—3对主基因＋多基因控制遗传模型下的混合分布函数，并由ML和ECM算法估计分布参数。以最大熵（最小AIC）准则和适合性测验选择最优最适遗传模型，进而利用所估计的分布参数估算遗传参数。在方法推演基础上通过1个模拟数据例题说明其应用。 展开更多

关键词 数量性状 回交自交系(BIL)群体 主基因+多基因混合遗传 分离分析

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群体分离分析法在食用菌遗传研究中的应用进展 被引量：2

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作者 桂颖 王成晨 +1 位作者 边银丙 肖扬 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期179-187,共9页

群体分离分析法(bulked segregant analysis,BSA)是一种利用分离群体快速鉴定基因组特定区域遗传标记的方法。随着高通量测序技术的快速发展,再加上BSA简便、高效、低成本等优势,目前BSA已广泛应用于植物基因定位,但其在食用菌中的应用... 群体分离分析法(bulked segregant analysis,BSA)是一种利用分离群体快速鉴定基因组特定区域遗传标记的方法。随着高通量测序技术的快速发展,再加上BSA简便、高效、低成本等优势,目前BSA已广泛应用于植物基因定位,但其在食用菌中的应用还处于起步阶段。综述了BSA及其在食用菌遗传研究中的应用现状,并展望其在食用菌遗传研究中的应用前景,为今后利用BSA开展食用菌遗传研究提供参考。 展开更多

关键词 群体分离分析法(bsa) 基因定位 食用菌遗传

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菜薹抽薹性状的ISSR和SRAP分析 被引量：4

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作者 冒维维 高红胜 +5 位作者 薄天岳 马金骏 徐东进 陈学好 贾志明 王永莉 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2009年第4期829-833,共5页

以早抽薹品种CT07和晚抽薹品种T0601为亲本构建F2分离群体,采用分离集团混合分析法(Bulkedsegregant analysis,BSA)筛选与菜薹抽薹基因连锁的分子标记。用45条ISSR(Inter-simple sequence repeat,简单重复序列间扩增)引物和20对SRAP(Seq... 以早抽薹品种CT07和晚抽薹品种T0601为亲本构建F2分离群体,采用分离集团混合分析法(Bulkedsegregant analysis,BSA)筛选与菜薹抽薹基因连锁的分子标记。用45条ISSR(Inter-simple sequence repeat,简单重复序列间扩增)引物和20对SRAP(Sequence related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)引物组合进行PCR扩增筛选,其中UBC834、UBC876、E13M4和E5M7对亲本和DNA池的扩增图谱表明,4个引物的差异条带均出现在早抽薹品种CT07和早现蕾(抽薹)池中。经F2代群体单株验证,4个标记均与早抽薹基因相连锁,且标记E13M4最近,距离为16.8 cM,这为菜薹抽薹基因的定位和分子标记辅助育种奠定了基础。 展开更多

关键词 菜薹 抽薹性状 ISSR SRAP 分离集团混合分析(bsa)

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用RAPD分析辣椒细胞质雄性不育基因 被引量：16

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作者 王得元 王鸣 郑学勤 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期99-101,87,共4页

根据近等基因系分析原理 ,以辣椒细胞质雄性不育系 93 A及其保持系 93 B为材料 ,对辣椒细胞质雄性不育基因及其保持基因开展了RAPD标记研究 ,结果表明 :OPK 1 7550 、OPK 1 7150 0 标记可能与细胞质雄性不育基因相连锁 ,OPH 1 1 2 0 0 0... 根据近等基因系分析原理 ,以辣椒细胞质雄性不育系 93 A及其保持系 93 B为材料 ,对辣椒细胞质雄性不育基因及其保持基因开展了RAPD标记研究 ,结果表明 :OPK 1 7550 、OPK 1 7150 0 标记可能与细胞质雄性不育基因相连锁 ,OPH 1 1 2 0 0 0 标记可能与保持系中的保持基因相连锁。对侯选标记OPK 1 7550 进行了克隆和部分序列分析 ,为利用混合群体分离法 (BSA)对分离群体中的不同单株进行SCAR分析的标记验证工作奠定了基础。 展开更多

关键词 雄性不育基因 RAPD分析 辣椒 细胞质雄性不育系 RAPD标记 近等基因系 分析原理 序列分析 验证工作 SCAR 分离群体 混合群体 保持系 分离法 连锁 单株

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源宝占抗稻瘟病遗传分析及基因定位 被引量：2

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作者 宋江平 陈雨 +5 位作者 汪文娟 潘大建 曲延英 陈全家 朱小源 李晨 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1-5,20,共6页

稻瘟病是水稻三大病害之一,严重威胁着粮食安全。解决这一问题最安全、有效的措施是选育、推广抗病品种。源宝占是一份新育水稻材料,经鉴定,源宝占对来自广东各稻作区的25个菌株中23个表现为抗性,抗频达92%,为广谱抗性材料。以源宝占与... 稻瘟病是水稻三大病害之一,严重威胁着粮食安全。解决这一问题最安全、有效的措施是选育、推广抗病品种。源宝占是一份新育水稻材料,经鉴定,源宝占对来自广东各稻作区的25个菌株中23个表现为抗性,抗频达92%,为广谱抗性材料。以源宝占与粤香占进行杂交,构建F1、F2群体,选用GD00-193a菌株对亲本及世代群体进行接种鉴定,结果表明F2代单株抗感分离比符合3∶1,这说明源宝占对菌株GD00-193a的抗性是由一对显性基因或一个主效QTL控制。利用群体分离分析法(BSA)结合隐性群体分析法(RCA)将此基因定位于标记RM136与RM549之间。 展开更多

关键词 稻瘟病 生理小种 基因定位 群体分离分析法(bsa) 隐性群体分析法(RCA)

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一个新的小麦黄叶位点的分子定位

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作者 闫贵云 左静静 +3 位作者 王敏 罗仕银 谭丹 乔麟轶 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第1期157-164,共8页

小麦叶片颜色与植株光合效率和籽粒产量密切相关。人工合成小麦Y223表现为生理性黄叶,与正常绿叶品种晋作82的杂种F_1植株叶色表现为中间型,在Y223旗叶抽出17 d后,杂种F_2群体中绿叶、中间和黄叶类型植株数目的分离比例符合1∶2∶1,表明... 小麦叶片颜色与植株光合效率和籽粒产量密切相关。人工合成小麦Y223表现为生理性黄叶,与正常绿叶品种晋作82的杂种F_1植株叶色表现为中间型,在Y223旗叶抽出17 d后,杂种F_2群体中绿叶、中间和黄叶类型植株数目的分离比例符合1∶2∶1,表明Y223的黄叶表现不完全显性。采用混合分离群体分析法,利用杂种F_2植株构建绿叶池和黄叶池,从分布于小麦21条染色体的569个SSR标记中筛选出12个在亲本间和绿叶/黄叶池间表现多态性的标记。利用9个位于2B染色体的多态性标记扩增F_2群体,最终用5个标记定位了黄叶位点,暂命名为YL-2B,其侧翼标记为Xbarc200和Xbarc55,与YL-2B的遗传距离分别为2.3 cM和3.8 cM。通过比较显隐性、黄叶表型和标记连锁程度,证明YL-2B与2B染色体上已报道黄叶位点均不相同,是1个新的黄叶位点。本研究初步明确了Y223黄叶位点的遗传规律和染色体位置,为下一步基因克隆以及叶片衰老机制解析奠定了基础。 展开更多

关键词 人工合成小麦 黄叶 混合分离群体分析 SSR标记 分子定位

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四倍体小麦成株抗白粉病基因定位

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作者 闫贵云 古春霞 +4 位作者 王敏 谭丹 刘晓宇 卢成达 左静静 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期187-193,共7页

四倍体小麦是普通小麦的祖先种,也是重要的粮食作物。发掘四倍体小麦抗病种质并鉴定其携带的抗病基因,旨在为小麦新品种选育提供新抗源。TDI-1是栽培二粒小麦,在多年的田间种植过程中表现出对白粉病免疫的表型。为了确定TDI-1携带的抗... 四倍体小麦是普通小麦的祖先种,也是重要的粮食作物。发掘四倍体小麦抗病种质并鉴定其携带的抗病基因,旨在为小麦新品种选育提供新抗源。TDI-1是栽培二粒小麦,在多年的田间种植过程中表现出对白粉病免疫的表型。为了确定TDI-1携带的抗病基因,为小麦白粉病抗性遗传提供理论依据,首先将其与表现为感白粉病表型的硬粒小麦TDU-1进行杂交并构建了遗传群体,然后对亲本及其杂交F_(1)、F_(2)、F_(2:3)群体进行了白粉菌小种E09接种试验和抗病性分析,最后利用混合分离群体分析法(BSA)对抗白粉病基因进行了定位。结果表明,TDI-1在苗期对E09表现为感病,在成株期对E09表现为抗病;TDI-1和TDU-1的F_(1)植株在成株期对E09表现为抗病;F_(2)群体中,表现为抗病的单株数和感病的单株数的比例符合3∶1(χ^(2)_(3∶1)=0.11,P=0.74);F_(2∶3)家系中,纯合抗病、抗病性分离、纯合感病的家系数目之比符合1∶2∶1(χ^(2)_(1∶2∶1)=0.47,P=0.79),表明TDI-1成株期白粉病抗性由1个显性基因控制,暂将其命名为PmTDI-1。对TDI-1和TDU-1及其杂交后代F_(2)群体进行分子标记筛选,发现4个位于2A染色体短臂上的分子标记Xwmc407、NRM-2AS29、NRM-2AS45和NRM-2AS84与PmTDI-1紧密连锁,其中,NRM-2AS45和NRM-2AS84位于两侧,遗传距离分别为1.8,4.6 cM。由此,将成株期抗白粉病基因PmTDI-1初步定位于2A染色体短臂上。研究结果显示,从四倍体小麦TDI-1中鉴定到1个新的显性成株抗白粉病基因PmTDI-1。 展开更多

关键词 四倍体小麦 白粉病 抗病基因 混合分离群体分析法 基因定位

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一个萝卜绿皮新基因GST1的遗传定位

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作者 刘钊 乔宁 +4 位作者 雷阳 张旭 李祯珍 王生武 乔麟轶 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2066-2073,共8页

为深入理解萝卜皮色形成机制,开发萝卜皮色标记进行辅助育种,本研究利用绿皮萝卜G-2和白皮萝卜W-1构建了遗传群体,明确了绿皮表型的遗传规律;结合混合分离群体分析和RNA-Seq技术(BSA-seq)确定了绿皮调控位点所在染色体,接着开发分子标... 为深入理解萝卜皮色形成机制,开发萝卜皮色标记进行辅助育种,本研究利用绿皮萝卜G-2和白皮萝卜W-1构建了遗传群体,明确了绿皮表型的遗传规律;结合混合分离群体分析和RNA-Seq技术(BSA-seq)确定了绿皮调控位点所在染色体,接着开发分子标记定位了绿皮基因。结果显示,G-2和W-1的F_(1)代植株肉质根表现为介于亲本之间的中间色(浅绿色),其F_(2)代群体单株分离出绿色、中间色和白色肉质根,大致符合1∶2∶1的分离比例(χ^(2)=3.21,P>0.05),表明绿皮表型在遗传后代中呈不完全显性,并由1个主效基因控制,暂将其命名为Green-Skinned Taproot 1(GST1)。BSA-Seq结果显示,有1827个萝卜单核苷酸多态性(SNP)位点在G-2×W-1 F_(2)代群体绿皮池和白皮池间具有多态性,其中31.86%位于R01染色体,并且主要分布在短臂端部0~5 Mb的物理区间内。在此区段附近开发分子标记,最终将GST1定位到标记sxau30和sxau34之间,遗传距离分别为6.4和8.3 cM,对应萝卜品种Radicula参考基因组R01:2.93~8.99 Mb的物理区间。此区间共有210个高置信注释基因可在肉质根表皮中表达,其中有44个在绿皮池和白皮池之间表达差异显著,对可能参与叶绿素合成或代谢途径的4个候选基因进行了实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,其表达水平与BSA-Seq结果一致。本研究结果为萝卜绿皮成色机制解析奠定了理论基础,也为皮色分子育种提供了新标记。 展开更多

关键词 萝卜 绿皮 混合分离群体分析 RNA-Seq测序 基因定位

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利用分子标记定位普通菜豆抗炭疽病基因 被引量：7

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作者 陈明丽 王兰芬 +2 位作者 王晓鸣 张晓艳 王述民 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期2130-2135,共6页

为了定位中国普通菜豆的抗炭疽病基因,选取抗炭疽病地方品种红芸豆(国家库编号F2322)与高感菜豆品种京豆(国家库编号F0777)配制杂交组合,构建F2抗感分离群体和F2:3家系,用菜豆炭疽菌81号生理小种鉴定抗病性并分析遗传性。结果表明,红芸... 为了定位中国普通菜豆的抗炭疽病基因,选取抗炭疽病地方品种红芸豆(国家库编号F2322)与高感菜豆品种京豆(国家库编号F0777)配制杂交组合,构建F2抗感分离群体和F2:3家系,用菜豆炭疽菌81号生理小种鉴定抗病性并分析遗传性。结果表明,红芸豆对菜豆炭疽菌81号小种的抗性是由一显性单基因控制的,暂将该基因命名为Co-F2322。用分离群体分组分析法(BSA)和SSR、CAPs分子标记技术,将该基因定位在B1连锁群上,利用软件Mapmaker 3.0和Mapchart 3.0计算标记与目的基因间的遗传距离,检测到3个SSR标记BMc32、C871、Pvm98和2个CAPs标记g1224、g683与抗炭疽病基因连锁,遗传距离分别为26.06、3.58、13.56、3.81和12.75cM。 展开更多

关键词 普通菜豆 炭疽病 分离群体分组分析法(bsa) 抗炭疽病基因 分子标记

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甘薯根腐病相关AFLP标记筛选 被引量：5

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作者 苏文瑾 王连军 +3 位作者 雷剑 赵天瑶 帅秋菊 杨新笋 《湖北农业科学》 北大核心 2011年第24期5254-5255,5265,共3页

甘薯根腐病是由甘薯根腐病病原菌[Fusarium solani(Mart.)Sacc.f.sp.batatas McClure,简称FSB]引起的一种真菌性毁灭性病害,传播途径广,蔓延速度快,近年有向长江流域以南地区传播的趋势,对甘薯生产造成极大危害。在已有的徐薯18与胜利百... 甘薯根腐病是由甘薯根腐病病原菌[Fusarium solani(Mart.)Sacc.f.sp.batatas McClure,简称FSB]引起的一种真菌性毁灭性病害,传播途径广,蔓延速度快,近年有向长江流域以南地区传播的趋势,对甘薯生产造成极大危害。在已有的徐薯18与胜利百号F1分离群体抗性鉴定的基础上,采用分离群体混合分析法(Bulked segregant analysis,BSA)与AFLP技术相结合,通过筛选80对引物,定位与甘薯根腐病相关的分子标记,在感病群体中定位到一个显性标记,即标记Eco(45)-Mse(45)被发现与感病基因连锁。所获试验结果对甘薯抗病遗传改良具有指导意义。 展开更多

关键词 甘薯根腐病 AFLP标记 分离群体混合分析法

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棉花籽指数量性状位点(QTL)的初步定位 被引量：3

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作者 李蓓 姚金波 +4 位作者 李燕 朱守鸿 房圣涛 陈伟 张永山 《中国棉花》 2022年第3期5-8,共4页

为挖掘棉花籽指相关的分子标记,以棉花籽指差异较大的陶小铃和大桃棉为亲本,构建F2群体,对F_(2)群体的籽指进行调查,选取具有极端籽指的植株构建混合群体分离分析(bulked segregant analysis,BSA)混池进行测序。对测序结果进行分析,发现... 为挖掘棉花籽指相关的分子标记,以棉花籽指差异较大的陶小铃和大桃棉为亲本,构建F2群体,对F_(2)群体的籽指进行调查,选取具有极端籽指的植株构建混合群体分离分析(bulked segregant analysis,BSA)混池进行测序。对测序结果进行分析,发现3个与棉花籽指相关的区域,分别位于A07染色体42.6~91.6 Mbp,A13染色体2.2~5.3 Mbp,D10染色体7.1~8.3 Mbp。3个区域的Δ(SNP-index)峰值区段共包含142个候选基因。这些结果为棉花籽指相关基因的精细定位和克隆奠定了基础。 展开更多

关键词 棉花 籽指 数量性状位点(QTL) 定位 混合群体分离分析(bsa) bsa-seq

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