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基于混合群体分离分析筛选中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性关联SNP位点及基因
1
作者 张玉娟 孙亚雯 +4 位作者 孟晨 叶鸣昕 何东林 闫振天 陈斌 《昆虫学报》 北大核心 2025年第5期626-637,共12页
【目的】探究中华按蚊Anopheles sinensis无锡株溴氰菊酯的抗性关联单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和基因。【方法】对中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性品系(WX-LR)和敏感品系(WX-LS)杂交构建的F2群体进行0.04%溴... 【目的】探究中华按蚊Anopheles sinensis无锡株溴氰菊酯的抗性关联单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和基因。【方法】对中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性品系(WX-LR)和敏感品系(WX-LS)杂交构建的F2群体进行0.04%溴氰菊酯处理,测定击倒时间;采用混合群体分离分析(bulked segregant analysis, BSA)和全基因组测序相结合的方法,对获得的中华按蚊极端抗性个体和极端敏感个体混池进行全基因组重测序,筛选与溴氰菊酯抗性关联的SNP位点;采用SNP-index(SNP基因型频率)计算和候选区域定位以筛选与溴氰菊酯抗性关联的数量性状位点(quantitative trait loci, QTL),并对候选QTL基因进行GO功能注释和KEGG通路富集;筛选溴氰菊酯抗性关联的关键基因。【结果】与中华按蚊溴氰菊酯抗性关联的SNP位点主要集中在2号和3号染色体上。99%置信区间ΔSNP-index全部分布在2号染色体上,包括12个与溴氰菊酯类抗性关联的QTL和672个功能注释的基因。最终筛选到12个溴氰菊酯抗性关联的关键基因,包括6个Trypsin基因,4个锌指蛋白基因,OAT基因和CYP4J5基因,其涉及杀虫剂代谢解毒酶和有机阴离子转运等。【结论】基于BSA测序(BSA sequencing, BSA-seq)鉴定中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性直接关联的基因,为深入了解中华按蚊对溴氰菊酯类杀虫剂抗性的分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 中华按蚊 混合群体分离分析法 BSA-seq 抗药性 溴氰菊酯
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一个新的小麦黄叶位点的分子定位
2
作者 闫贵云 左静静 +3 位作者 王敏 罗仕银 谭丹 乔麟轶 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第1期157-164,共8页
小麦叶片颜色与植株光合效率和籽粒产量密切相关。人工合成小麦Y223表现为生理性黄叶,与正常绿叶品种晋作82的杂种F_1植株叶色表现为中间型,在Y223旗叶抽出17 d后,杂种F_2群体中绿叶、中间和黄叶类型植株数目的分离比例符合1∶2∶1,表明... 小麦叶片颜色与植株光合效率和籽粒产量密切相关。人工合成小麦Y223表现为生理性黄叶,与正常绿叶品种晋作82的杂种F_1植株叶色表现为中间型,在Y223旗叶抽出17 d后,杂种F_2群体中绿叶、中间和黄叶类型植株数目的分离比例符合1∶2∶1,表明Y223的黄叶表现不完全显性。采用混合分离群体分析法,利用杂种F_2植株构建绿叶池和黄叶池,从分布于小麦21条染色体的569个SSR标记中筛选出12个在亲本间和绿叶/黄叶池间表现多态性的标记。利用9个位于2B染色体的多态性标记扩增F_2群体,最终用5个标记定位了黄叶位点,暂命名为YL-2B,其侧翼标记为Xbarc200和Xbarc55,与YL-2B的遗传距离分别为2.3 cM和3.8 cM。通过比较显隐性、黄叶表型和标记连锁程度,证明YL-2B与2B染色体上已报道黄叶位点均不相同,是1个新的黄叶位点。本研究初步明确了Y223黄叶位点的遗传规律和染色体位置,为下一步基因克隆以及叶片衰老机制解析奠定了基础。 展开更多
关键词 人工合成小麦 黄叶 混合分离群体分析 SSR标记 分子定位
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四倍体小麦成株抗白粉病基因定位
3
作者 闫贵云 古春霞 +4 位作者 王敏 谭丹 刘晓宇 卢成达 左静静 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期187-193,共7页
四倍体小麦是普通小麦的祖先种,也是重要的粮食作物。发掘四倍体小麦抗病种质并鉴定其携带的抗病基因,旨在为小麦新品种选育提供新抗源。TDI-1是栽培二粒小麦,在多年的田间种植过程中表现出对白粉病免疫的表型。为了确定TDI-1携带的抗... 四倍体小麦是普通小麦的祖先种,也是重要的粮食作物。发掘四倍体小麦抗病种质并鉴定其携带的抗病基因,旨在为小麦新品种选育提供新抗源。TDI-1是栽培二粒小麦,在多年的田间种植过程中表现出对白粉病免疫的表型。为了确定TDI-1携带的抗病基因,为小麦白粉病抗性遗传提供理论依据,首先将其与表现为感白粉病表型的硬粒小麦TDU-1进行杂交并构建了遗传群体,然后对亲本及其杂交F_(1)、F_(2)、F_(2:3)群体进行了白粉菌小种E09接种试验和抗病性分析,最后利用混合分离群体分析法(BSA)对抗白粉病基因进行了定位。结果表明,TDI-1在苗期对E09表现为感病,在成株期对E09表现为抗病;TDI-1和TDU-1的F_(1)植株在成株期对E09表现为抗病;F_(2)群体中,表现为抗病的单株数和感病的单株数的比例符合3∶1(χ^(2)_(3∶1)=0.11,P=0.74);F_(2∶3)家系中,纯合抗病、抗病性分离、纯合感病的家系数目之比符合1∶2∶1(χ^(2)_(1∶2∶1)=0.47,P=0.79),表明TDI-1成株期白粉病抗性由1个显性基因控制,暂将其命名为PmTDI-1。对TDI-1和TDU-1及其杂交后代F_(2)群体进行分子标记筛选,发现4个位于2A染色体短臂上的分子标记Xwmc407、NRM-2AS29、NRM-2AS45和NRM-2AS84与PmTDI-1紧密连锁,其中,NRM-2AS45和NRM-2AS84位于两侧,遗传距离分别为1.8,4.6 cM。由此,将成株期抗白粉病基因PmTDI-1初步定位于2A染色体短臂上。研究结果显示,从四倍体小麦TDI-1中鉴定到1个新的显性成株抗白粉病基因PmTDI-1。 展开更多
关键词 四倍体小麦 白粉病 抗病基因 混合分离群体分析法 基因定位
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一个萝卜绿皮新基因GST1的遗传定位
4
作者 刘钊 乔宁 +4 位作者 雷阳 张旭 李祯珍 王生武 乔麟轶 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2066-2073,共8页
为深入理解萝卜皮色形成机制,开发萝卜皮色标记进行辅助育种,本研究利用绿皮萝卜G-2和白皮萝卜W-1构建了遗传群体,明确了绿皮表型的遗传规律;结合混合分离群体分析和RNA-Seq技术(BSA-seq)确定了绿皮调控位点所在染色体,接着开发分子标... 为深入理解萝卜皮色形成机制,开发萝卜皮色标记进行辅助育种,本研究利用绿皮萝卜G-2和白皮萝卜W-1构建了遗传群体,明确了绿皮表型的遗传规律;结合混合分离群体分析和RNA-Seq技术(BSA-seq)确定了绿皮调控位点所在染色体,接着开发分子标记定位了绿皮基因。结果显示,G-2和W-1的F_(1)代植株肉质根表现为介于亲本之间的中间色(浅绿色),其F_(2)代群体单株分离出绿色、中间色和白色肉质根,大致符合1∶2∶1的分离比例(χ^(2)=3.21,P>0.05),表明绿皮表型在遗传后代中呈不完全显性,并由1个主效基因控制,暂将其命名为Green-Skinned Taproot 1(GST1)。BSA-Seq结果显示,有1827个萝卜单核苷酸多态性(SNP)位点在G-2×W-1 F_(2)代群体绿皮池和白皮池间具有多态性,其中31.86%位于R01染色体,并且主要分布在短臂端部0~5 Mb的物理区间内。在此区段附近开发分子标记,最终将GST1定位到标记sxau30和sxau34之间,遗传距离分别为6.4和8.3 cM,对应萝卜品种Radicula参考基因组R01:2.93~8.99 Mb的物理区间。此区间共有210个高置信注释基因可在肉质根表皮中表达,其中有44个在绿皮池和白皮池之间表达差异显著,对可能参与叶绿素合成或代谢途径的4个候选基因进行了实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,其表达水平与BSA-Seq结果一致。本研究结果为萝卜绿皮成色机制解析奠定了理论基础,也为皮色分子育种提供了新标记。 展开更多
关键词 萝卜 绿皮 混合分离群体分析 RNA-Seq测序 基因定位
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甘薯根腐病相关AFLP标记筛选 被引量：5
5
作者 苏文瑾 王连军 +3 位作者 雷剑 赵天瑶 帅秋菊 杨新笋 《湖北农业科学》 北大核心 2011年第24期5254-5255,5265,共3页
甘薯根腐病是由甘薯根腐病病原菌[Fusarium solani(Mart.)Sacc.f.sp.batatas McClure,简称FSB]引起的一种真菌性毁灭性病害,传播途径广,蔓延速度快,近年有向长江流域以南地区传播的趋势,对甘薯生产造成极大危害。在已有的徐薯18与胜利百... 甘薯根腐病是由甘薯根腐病病原菌[Fusarium solani(Mart.)Sacc.f.sp.batatas McClure,简称FSB]引起的一种真菌性毁灭性病害,传播途径广,蔓延速度快,近年有向长江流域以南地区传播的趋势,对甘薯生产造成极大危害。在已有的徐薯18与胜利百号F1分离群体抗性鉴定的基础上,采用分离群体混合分析法(Bulked segregant analysis,BSA)与AFLP技术相结合,通过筛选80对引物,定位与甘薯根腐病相关的分子标记,在感病群体中定位到一个显性标记,即标记Eco(45)-Mse(45)被发现与感病基因连锁。所获试验结果对甘薯抗病遗传改良具有指导意义。 展开更多
关键词 甘薯根腐病 AFLP标记 分离群体混合分析法
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与大豆田间老化抗性连锁的分子标记的发掘及辅助选择应用研究(英文)
6
作者 叶昌荣 Prapa Sripichitt +3 位作者 Vipa Hongtrakul Sunanta Juntakool Arom Sripichitt Shu Fukai 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期820-827,共8页
大豆种子成熟至收获期间如遇高温高湿天气,种子活力及活性会急剧下降,这就是所谓的田间老化(field weathering)。田间老化是热带、亚热带地区大豆生产的主要限制因素之一。本研究旨在寻找与田间老化性状相连锁的DNA标记并将其应用于辅... 大豆种子成熟至收获期间如遇高温高湿天气,种子活力及活性会急剧下降,这就是所谓的田间老化(field weathering)。田间老化是热带、亚热带地区大豆生产的主要限制因素之一。本研究旨在寻找与田间老化性状相连锁的DNA标记并将其应用于辅助选择育种。为此,利用修改的培养箱老化法和人工控制老化法对大豆品种Chiangmai 60(敏感),GC10981(抵抗)及其F2群体(139个体)进行了鉴定。在两种处理条件下,F2代群体的种子发芽率及活性均为正态分布,说明大豆种子田间老化抗性受多个基因控制。根据F2代个体的种子发芽率及活性,6个高抗个体及7个高感个体的DNA分别被混合为抗性池和感性池,并利用AFLP标记进行了混合群体分析(BulkSegregant Analysis)。从扩增的2162个标记中,发现了5个可能于大豆种子田间抗性相连锁的片段。通过DNA克隆和测序,设计了5对引物用于从大豆总DNA中扩增相应的片段。其中3对引物扩增的片段差异太小或未能扩增正确大小的片段,没能用于F2群体。引物Eaag/Mcac-233和Eact/Mctt-157能扩增出差异明显的多态性,通过对F2代群体的分析,这2个标记属同一连锁群,遗传距离为25.8c M。QTL分析结果显示有一个QTL位于这两个标记之间,距Eaag/Mcac-233约14c M,可以解释29.7%的变异。用这两对引物对整个F2群体进行筛选,20个个体属于抗性群体,结合抗性鉴定的结果,7个个体被用于与Chiangmai60进行回交。18个BC1F1个体(41·9%)的抗性高于其亲本的平均值。说明这些标记进行可以被用于大豆田间老化抗性的辅助筛选研究。 展开更多
关键词 大豆 田间老化抗性 混合群体分析 数量性状位点 标记辅助选择
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棉花籽指数量性状位点(QTL)的初步定位 被引量：3
7
作者 李蓓 姚金波 +4 位作者 李燕 朱守鸿 房圣涛 陈伟 张永山 《中国棉花》 2022年第3期5-8,共4页
为挖掘棉花籽指相关的分子标记,以棉花籽指差异较大的陶小铃和大桃棉为亲本,构建F2群体,对F_(2)群体的籽指进行调查,选取具有极端籽指的植株构建混合群体分离分析(bulked segregant analysis,BSA)混池进行测序。对测序结果进行分析,发现... 为挖掘棉花籽指相关的分子标记,以棉花籽指差异较大的陶小铃和大桃棉为亲本,构建F2群体,对F_(2)群体的籽指进行调查,选取具有极端籽指的植株构建混合群体分离分析(bulked segregant analysis,BSA)混池进行测序。对测序结果进行分析,发现3个与棉花籽指相关的区域,分别位于A07染色体42.6~91.6 Mbp,A13染色体2.2~5.3 Mbp,D10染色体7.1~8.3 Mbp。3个区域的Δ(SNP-index)峰值区段共包含142个候选基因。这些结果为棉花籽指相关基因的精细定位和克隆奠定了基础。 展开更多
关键词 棉花 籽指 数量性状位点(QTL) 定位 混合群体分离分析(BSA) BSA-seq
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