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题名生物序列模体的混合Gibbs抽样识别算法
被引量：2
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作者
刘立芳
霍红卫
王宝树
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机构
西安电子科技大学计算机学院
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出处
《电子学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2008年第4期750-755,共6页
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基金
国家自然科学基金(No.60705004)
陕西省自然科学基金(No.2005F33)
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文摘
针对生物序列模体的识别问题,提出了一个新的混合Gibbs抽样识别算法.算法基于混合模体模型学习,采用贪心策略,通过似然度最大化,逐次将新的模体加入到混合模型中.算法中设计了位点抽样和模体抽样两种抽样方法,这两种抽样方法交替进行.为了加速搜索过程,对输入数据集采用了基于kd-trees的分层划分策略.实验结果表明,该算法对序列家族大量模体特征的识别具有显著优势,并且可建立更具统计特征的模体模型,从而提高序列分类的准确性.
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关键词
生物信息学
模体识别
GIBBS抽样
混合模体模型
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Keywords
bioinformatics
motif discovery
Gibbs sampling
mixture motifs model
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分类号
Q811.4
[生物学—生物工程]
TP301.6
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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