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题名多核集群系统下的混合并行遗传算法研究
被引量：6
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作者
王竹荣
巨涛
马凡
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机构
西安理工大学计算机科学与工程学院
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出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2011年第7期194-199,共6页
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基金
国家自然科学基金(60873035)
陕西省教育厅自然科学专项研究基金(2010JK713)资助
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文摘
为应对传统遗传算法在处理大规模组合优化问题面临的进化速度缓慢,难以达到实时要求的严峻挑战,提出了一种在多核PC集群系统上实现"粗粒度-主从式"混合并行遗传算法的模型:通过把"粗粒度-主从式"并行遗传算法映射到多核PC集群上,结合消息传递和共享存储两种并行编程模型,在节点间使用消息传递模型(MPI),对应的遗传算法为粗粒度并行遗传算法,在节点内使用共享存储模型(OpenMP),对应的遗传算法为主从式并行遗传算法,用MPI和OpenMP混合编程的方式以进程和线程两级并行在多核集群上实现具体的混合并行遗传算法。理论分析和实验结果表明,提出的实现模型有较好的性能,可大大改进传统遗传算法的缺陷。为利用并行遗传算法在普通多核PC集群上处理大规模组合优化问题提出了一种有效、可行的解决方案。
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关键词
混合并行遗传算法
多核集群系统
OPENMP
MPI
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Keywords
Hybrid PGA
Multi-core cluster system
OpenMP
MPI
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分类号
TP18
[自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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题名基于申威众核处理器的混合并行遗传算法
被引量：3
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作者
赵瑞祥
郑凯
刘垚
王肃
刘艳
沈焕学
周谦豪
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机构
华东师范大学计算机科学与软件工程学院
数学工程与先进计算国家重点实验室
华东师范大学经济与管理学部
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出处
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2017年第9期2518-2523,共6页
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基金
数学工程与先进计算国家重点实验室开放基金资助项目(2016A05)~~
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文摘
传统遗传算法求解计算密集型任务时,适应度函数的执行时间增加相当快,致使当种群规模或者进化代数增大时,算法的收敛速度非常缓慢。基于此,设计了"粗粒度-主从式"混合式并行遗传算法(HBPGA),并在目前TOP500上排名第一的超级计算机神威"太湖之光"平台上实现。该算法模型采用两级并行架构,结合了MPI和Athread两种编程模型,与传统在单核或者一级并行构架的多核集群上实现的遗传算法相比,在申威众核处理器上实现了二级并行,并得到了更好的性能和更高的加速比。实验中,当从核数为16×64时,最大加速比达到544,从核加速比超过31。
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关键词
混合并行遗传算法
神威"太湖之光"
众核
MPI
Athread
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Keywords
hybrid parallel genetic algorithm Sunway ＂TaihuLight＂ many-core MPI Athread
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分类号
TP332
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名应用于蛋白质折叠模拟的三种新蒙特卡罗方法的比较
被引量：1
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作者
方茜
朱正佑
王翼飞
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机构
上海大学理学院
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出处
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
2004年第5期526-531,536,共7页
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文摘
新蒙特卡罗方法是一类随机算法的统称.这类算法已被应用于蛋白质折叠的模拟计算,并取得了较好的结果.该文将并行回火与遗传算法的混合算法、群体模拟退火方法以及群体模拟退火方法与遗传算法的混合算法这3种改进的蒙特卡罗方法应用到蛋白质折叠模拟计算,并就二维网格模型比较了这3种方法搜索最小能量构象的能力以及计算了得到最小能量构象所花费的时间.计算机模拟计算的结果表明,3种方法对于短序列蛋白质折叠结构的预测都较为有效,而群体模拟退火方法与遗传算法的混合算法则比其它两种算法所花费的计算时间要少,也就更为有效.
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关键词
并行回火与遗传算法的混合算法
群体模拟退火方法
群体模拟退火方法与遗传算法的混合算法
二维网格
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Keywords
mixture of parallel tempering and genetic algorithm
population-oriented simulated annealing
mixture of population-oriented simulated annealing and genetic algorithm
two dimensional lattice model
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分类号
O224
[理学—运筹学与控制论]
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