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MPI+TBB混合并行编程模型在分子动力学中的应用
被引量：
2
1
作者
白明泽
赵文辉
+2 位作者
豆育升
孙世新
温迪
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2012年第5期1772-1774,1794,共4页
为了提高分子动力学模拟在对称多处理(SMP)集群上的计算速度,在分子动力学并行方法中引入MPI+TBB的混合并行编程模型。基于该模型,在分子动力学软件LAMMPS中设计并实现混合并行算法,在节点间采用MPI及空间分解技术实施进程级并行,节点...
为了提高分子动力学模拟在对称多处理(SMP)集群上的计算速度,在分子动力学并行方法中引入MPI+TBB的混合并行编程模型。基于该模型,在分子动力学软件LAMMPS中设计并实现混合并行算法,在节点间采用MPI及空间分解技术实施进程级并行,节点内采用TBB及临界区技术实施线程级并行。在SMP集群中的测试表明,该方法在体系较大以及节点数较多时可以明显减少通信时间,使加速比在纯MPI模型上提高45%。结果表明,MPI+TBB混合并行编程模型可促进分子动力学并行模拟且效率明显提升。
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关键词
分子动力学
混合并行编程模型
SMP集群
MPI
线程构建块
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职称材料
题名
MPI+TBB混合并行编程模型在分子动力学中的应用
被引量：
2
1
作者
白明泽
赵文辉
豆育升
孙世新
温迪
机构
电子科技大学计算机科学与工程学院
重庆邮电大学高性能计算与应用研究所
Department of Physical Sciences
出处
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2012年第5期1772-1774,1794,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(21073242)
文摘
为了提高分子动力学模拟在对称多处理(SMP)集群上的计算速度,在分子动力学并行方法中引入MPI+TBB的混合并行编程模型。基于该模型,在分子动力学软件LAMMPS中设计并实现混合并行算法,在节点间采用MPI及空间分解技术实施进程级并行,节点内采用TBB及临界区技术实施线程级并行。在SMP集群中的测试表明,该方法在体系较大以及节点数较多时可以明显减少通信时间,使加速比在纯MPI模型上提高45%。结果表明,MPI+TBB混合并行编程模型可促进分子动力学并行模拟且效率明显提升。
关键词
分子动力学
混合并行编程模型
SMP集群
MPI
线程构建块
Keywords
molecular dynamics（MD）
hybrid parallel programming model
symmetrical multi-processing（SMP） cluster
message passing interface（MPI）
threading building blocks（TBB）
分类号
TP399 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
MPI+TBB混合并行编程模型在分子动力学中的应用
白明泽
赵文辉
豆育升
孙世新
温迪
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2012
2
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