基于混合分离分析策略发掘控制玉米分蘖性状位点

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作者 王久光 王瑷 +4 位作者 丁晓雨 刘朝显 刘志斋 王国强 蔡一林 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期42-48,共7页

分蘖性状不仅与玉米的进化密切相关，对玉米育种也具有重要意义。利用具有共同系谱来源的8个分蘖自交系与3个不分蘖自交系，提取 DNA 并分别等量混合，形成分蘖与不分蘖基因池；采用混合分离分析策略（bulked segregation analysis ，BS... 分蘖性状不仅与玉米的进化密切相关，对玉米育种也具有重要意义。利用具有共同系谱来源的8个分蘖自交系与3个不分蘖自交系，提取 DNA 并分别等量混合，形成分蘖与不分蘖基因池；采用混合分离分析策略（bulked segregation analysis ，BSA），利用覆盖玉米全基因组的1013个 SSR 标记对2个基因池进行多态性筛选，共获得了16个与玉米分蘖相关联的位点。这16个位点分布在玉米7条染色体上，其中包括2，4，5，6，7，8和9号染色体。参照IBM22008高密度整合遗传连锁图谱，这16个位点分别位于11个 Bin 区段中，基因功能注释显示这些片段中基因的数量在7～37个之间。这些研究结果为克隆控制玉米分蘖基因奠定了良好的基础。 展开更多

关键词 玉米 分蘖 混合分离分析 基因发掘

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混合分离分析法在水产动物基因定位中的应用 被引量：1

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作者 郭亚东 王文权 +3 位作者 孟乾 徐大凤 李雪燕 于雯雯 《水产养殖》 CAS 2023年第4期22-26,共5页

简述了混合分离分析(BSA)法在水产动物基因定位中的应用。包括基于传统分子标记的BSA、基于转录组测序的BSA和基于基因组测序的BSA。指出了该技术在应用中存在定位灵敏度和精确度较差的问题。提出,可增加具有极端表型的分离群体的大小,... 简述了混合分离分析(BSA)法在水产动物基因定位中的应用。包括基于传统分子标记的BSA、基于转录组测序的BSA和基于基因组测序的BSA。指出了该技术在应用中存在定位灵敏度和精确度较差的问题。提出,可增加具有极端表型的分离群体的大小,提高重组热点区域的定位分辨率;采用BSA方法进行初级作图,构建目标区间的遗传图谱和QTL图谱提高定位精度;将BSA与多组学相结合,实现精细定位和候选基因筛选;采用合适的算法或多种算法联合分析提高定位准确性。 展开更多

关键词 混合分离分析 水产动物 基因定位

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基于混合群体分离分析筛选中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性关联SNP位点及基因

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作者 张玉娟 孙亚雯 +4 位作者 孟晨 叶鸣昕 何东林 闫振天 陈斌 《昆虫学报》 北大核心 2025年第5期626-637,共12页

【目的】探究中华按蚊Anopheles sinensis无锡株溴氰菊酯的抗性关联单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和基因。【方法】对中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性品系(WX-LR)和敏感品系(WX-LS)杂交构建的F2群体进行0.04%溴... 【目的】探究中华按蚊Anopheles sinensis无锡株溴氰菊酯的抗性关联单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和基因。【方法】对中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性品系(WX-LR)和敏感品系(WX-LS)杂交构建的F2群体进行0.04%溴氰菊酯处理,测定击倒时间;采用混合群体分离分析(bulked segregant analysis, BSA)和全基因组测序相结合的方法,对获得的中华按蚊极端抗性个体和极端敏感个体混池进行全基因组重测序,筛选与溴氰菊酯抗性关联的SNP位点;采用SNP-index(SNP基因型频率)计算和候选区域定位以筛选与溴氰菊酯抗性关联的数量性状位点(quantitative trait loci, QTL),并对候选QTL基因进行GO功能注释和KEGG通路富集;筛选溴氰菊酯抗性关联的关键基因。【结果】与中华按蚊溴氰菊酯抗性关联的SNP位点主要集中在2号和3号染色体上。99%置信区间ΔSNP-index全部分布在2号染色体上,包括12个与溴氰菊酯类抗性关联的QTL和672个功能注释的基因。最终筛选到12个溴氰菊酯抗性关联的关键基因,包括6个Trypsin基因,4个锌指蛋白基因,OAT基因和CYP4J5基因,其涉及杀虫剂代谢解毒酶和有机阴离子转运等。【结论】基于BSA测序(BSA sequencing, BSA-seq)鉴定中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性直接关联的基因,为深入了解中华按蚊对溴氰菊酯类杀虫剂抗性的分子机制奠定了基础。 展开更多

关键词 中华按蚊 混合群体分离分析法 BSA-seq 抗药性 溴氰菊酯

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大豆蛋白质有关性状遗传的分离分析 被引量：9

4

作者 刘顺湖 周瑞宝 盖钧镒 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第11期1958-1966,共9页

采用科丰1号×南农1138-2衍生的重组自交家系群体(RIKY)和(Essex×兴县灰布支)×兴县灰布支回交自交衍生群体(BIEX)为材料,应用SDS-PAGE电泳测定11S、7S、11S/7S比值及其10个亚基组的相对含量,用凯氏(Kjeltec)自动定氮仪测... 采用科丰1号×南农1138-2衍生的重组自交家系群体(RIKY)和(Essex×兴县灰布支)×兴县灰布支回交自交衍生群体(BIEX)为材料,应用SDS-PAGE电泳测定11S、7S、11S/7S比值及其10个亚基组的相对含量,用凯氏(Kjeltec)自动定氮仪测定蛋白质含量、自动索氏(Soxtec)抽提仪测定油脂含量。结果表明:(1)两群体蛋白质组分及其亚基组有关性状以及油脂与蛋油总量等均有不同程度超亲分离,双亲间存在不同程度的位点互补。(2)蛋白质含量遗传,两群体均为1对主基因+多基因模型,主基因和多基因遗传率分别为31.3%～40.9%和37.2%～53.7%。蛋油总量均为3对主基因+多基因模型,主、多基因遗传率分别为59.9%～66.6%和23.2%～27.9%。油脂含量为2～3对主基因+多基因模型,两类遗传率分别为48.6%～71.7%和4.2%～29.7%。(3)11S组分均为3对主基因+多基因模型,两类遗传率分别为14.3%～60.7%和17.0%～50.7%。7S组分均为3对主基因+多基因模型,两类遗传率分别为34.5%～44.1%和21.5%～45.1%。11S/7S比值遗传均为2对主基因+多基因模型,两类遗传率分别为56.6%～74.8%和10.1%～20.1%。(4)11S的4个亚基组依次分别为2～3对主基因+多基因、2对主基因+多基因、2对主基因+多基因、2～3对主基因+多基因模型。(5)7S的6个亚基组依次分别为1～2对主基因+多基因、2对主基因+多基因、2～3对主基因+多基因、3对主基因+多基因、1～2对主基因+多基因和2对主基因+多基因模型。所有16个性状都由主基因和多基因控制,其中有10个性状两群体具相同的主基因数,其他6个性状两群体间相差1对主基因,两群体间遗传模型大同小异。这些相关性状的育种既要利用主基因还必须利用微效多基因,要考虑兼用两者的育种方法。 展开更多

关键词 大豆 蛋白质含量 蛋油总量 11S 7S 11S/7S 亚基组 主基因+多基因混合遗传模型分离分析

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菜薹抽薹性状的ISSR和SRAP分析 被引量：4

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作者 冒维维 高红胜 +5 位作者 薄天岳 马金骏 徐东进 陈学好 贾志明 王永莉 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2009年第4期829-833,共5页

以早抽薹品种CT07和晚抽薹品种T0601为亲本构建F2分离群体,采用分离集团混合分析法(Bulkedsegregant analysis,BSA)筛选与菜薹抽薹基因连锁的分子标记。用45条ISSR(Inter-simple sequence repeat,简单重复序列间扩增)引物和20对SRAP(Seq... 以早抽薹品种CT07和晚抽薹品种T0601为亲本构建F2分离群体,采用分离集团混合分析法(Bulkedsegregant analysis,BSA)筛选与菜薹抽薹基因连锁的分子标记。用45条ISSR(Inter-simple sequence repeat,简单重复序列间扩增)引物和20对SRAP(Sequence related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)引物组合进行PCR扩增筛选,其中UBC834、UBC876、E13M4和E5M7对亲本和DNA池的扩增图谱表明,4个引物的差异条带均出现在早抽薹品种CT07和早现蕾(抽薹)池中。经F2代群体单株验证,4个标记均与早抽薹基因相连锁,且标记E13M4最近,距离为16.8 cM,这为菜薹抽薹基因的定位和分子标记辅助育种奠定了基础。 展开更多

关键词 菜薹 抽薹性状 ISSR SRAP 分离集团混合分析(BSA)

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一个新的小麦黄叶位点的分子定位

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作者 闫贵云 左静静 +3 位作者 王敏 罗仕银 谭丹 乔麟轶 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第1期157-164,共8页

小麦叶片颜色与植株光合效率和籽粒产量密切相关。人工合成小麦Y223表现为生理性黄叶,与正常绿叶品种晋作82的杂种F_1植株叶色表现为中间型,在Y223旗叶抽出17 d后,杂种F_2群体中绿叶、中间和黄叶类型植株数目的分离比例符合1∶2∶1,表明... 小麦叶片颜色与植株光合效率和籽粒产量密切相关。人工合成小麦Y223表现为生理性黄叶,与正常绿叶品种晋作82的杂种F_1植株叶色表现为中间型,在Y223旗叶抽出17 d后,杂种F_2群体中绿叶、中间和黄叶类型植株数目的分离比例符合1∶2∶1,表明Y223的黄叶表现不完全显性。采用混合分离群体分析法,利用杂种F_2植株构建绿叶池和黄叶池,从分布于小麦21条染色体的569个SSR标记中筛选出12个在亲本间和绿叶/黄叶池间表现多态性的标记。利用9个位于2B染色体的多态性标记扩增F_2群体,最终用5个标记定位了黄叶位点,暂命名为YL-2B,其侧翼标记为Xbarc200和Xbarc55,与YL-2B的遗传距离分别为2.3 cM和3.8 cM。通过比较显隐性、黄叶表型和标记连锁程度,证明YL-2B与2B染色体上已报道黄叶位点均不相同,是1个新的黄叶位点。本研究初步明确了Y223黄叶位点的遗传规律和染色体位置,为下一步基因克隆以及叶片衰老机制解析奠定了基础。 展开更多

关键词 人工合成小麦 黄叶 混合分离群体分析 SSR标记 分子定位

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四倍体小麦成株抗白粉病基因定位

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作者 闫贵云 古春霞 +4 位作者 王敏 谭丹 刘晓宇 卢成达 左静静 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期187-193,共7页

四倍体小麦是普通小麦的祖先种,也是重要的粮食作物。发掘四倍体小麦抗病种质并鉴定其携带的抗病基因,旨在为小麦新品种选育提供新抗源。TDI-1是栽培二粒小麦,在多年的田间种植过程中表现出对白粉病免疫的表型。为了确定TDI-1携带的抗... 四倍体小麦是普通小麦的祖先种,也是重要的粮食作物。发掘四倍体小麦抗病种质并鉴定其携带的抗病基因,旨在为小麦新品种选育提供新抗源。TDI-1是栽培二粒小麦,在多年的田间种植过程中表现出对白粉病免疫的表型。为了确定TDI-1携带的抗病基因,为小麦白粉病抗性遗传提供理论依据,首先将其与表现为感白粉病表型的硬粒小麦TDU-1进行杂交并构建了遗传群体,然后对亲本及其杂交F_(1)、F_(2)、F_(2:3)群体进行了白粉菌小种E09接种试验和抗病性分析,最后利用混合分离群体分析法(BSA)对抗白粉病基因进行了定位。结果表明,TDI-1在苗期对E09表现为感病,在成株期对E09表现为抗病;TDI-1和TDU-1的F_(1)植株在成株期对E09表现为抗病;F_(2)群体中,表现为抗病的单株数和感病的单株数的比例符合3∶1(χ^(2)_(3∶1)=0.11,P=0.74);F_(2∶3)家系中,纯合抗病、抗病性分离、纯合感病的家系数目之比符合1∶2∶1(χ^(2)_(1∶2∶1)=0.47,P=0.79),表明TDI-1成株期白粉病抗性由1个显性基因控制,暂将其命名为PmTDI-1。对TDI-1和TDU-1及其杂交后代F_(2)群体进行分子标记筛选,发现4个位于2A染色体短臂上的分子标记Xwmc407、NRM-2AS29、NRM-2AS45和NRM-2AS84与PmTDI-1紧密连锁,其中,NRM-2AS45和NRM-2AS84位于两侧,遗传距离分别为1.8,4.6 cM。由此,将成株期抗白粉病基因PmTDI-1初步定位于2A染色体短臂上。研究结果显示,从四倍体小麦TDI-1中鉴定到1个新的显性成株抗白粉病基因PmTDI-1。 展开更多

关键词 四倍体小麦 白粉病 抗病基因 混合分离群体分析法 基因定位

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一个萝卜绿皮新基因GST1的遗传定位

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作者 刘钊 乔宁 +4 位作者 雷阳 张旭 李祯珍 王生武 乔麟轶 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2066-2073,共8页

为深入理解萝卜皮色形成机制,开发萝卜皮色标记进行辅助育种,本研究利用绿皮萝卜G-2和白皮萝卜W-1构建了遗传群体,明确了绿皮表型的遗传规律;结合混合分离群体分析和RNA-Seq技术(BSA-seq)确定了绿皮调控位点所在染色体,接着开发分子标... 为深入理解萝卜皮色形成机制,开发萝卜皮色标记进行辅助育种,本研究利用绿皮萝卜G-2和白皮萝卜W-1构建了遗传群体,明确了绿皮表型的遗传规律;结合混合分离群体分析和RNA-Seq技术(BSA-seq)确定了绿皮调控位点所在染色体,接着开发分子标记定位了绿皮基因。结果显示,G-2和W-1的F_(1)代植株肉质根表现为介于亲本之间的中间色(浅绿色),其F_(2)代群体单株分离出绿色、中间色和白色肉质根,大致符合1∶2∶1的分离比例(χ^(2)=3.21,P>0.05),表明绿皮表型在遗传后代中呈不完全显性,并由1个主效基因控制,暂将其命名为Green-Skinned Taproot 1(GST1)。BSA-Seq结果显示,有1827个萝卜单核苷酸多态性(SNP)位点在G-2×W-1 F_(2)代群体绿皮池和白皮池间具有多态性,其中31.86%位于R01染色体,并且主要分布在短臂端部0~5 Mb的物理区间内。在此区段附近开发分子标记,最终将GST1定位到标记sxau30和sxau34之间,遗传距离分别为6.4和8.3 cM,对应萝卜品种Radicula参考基因组R01:2.93~8.99 Mb的物理区间。此区间共有210个高置信注释基因可在肉质根表皮中表达,其中有44个在绿皮池和白皮池之间表达差异显著,对可能参与叶绿素合成或代谢途径的4个候选基因进行了实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,其表达水平与BSA-Seq结果一致。本研究结果为萝卜绿皮成色机制解析奠定了理论基础,也为皮色分子育种提供了新标记。 展开更多

关键词 萝卜 绿皮 混合分离群体分析 RNA-Seq测序 基因定位

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玉米S组CMS育性恢复基因的分子标记定位 被引量：30

9

作者 郑用琏 李建生 +1 位作者 刘纪麟 石永刚 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第1期1-6,共6页

以[Mo17(rf_3rf_3)CMS-唐徐×HZ_1(Rf_3Rf_3)N]×Mo17(rf_3rf_3)N回交群体作为基因定位群体。采用RFLP和RAPD分子标记技术,定位了Rf_3/rf_3基因。RFLP分析表明,Rf_3/rf_3基因位于第二染色体长臂上的UMC36A和UMC49分子标记之间,... 以[Mo17(rf_3rf_3)CMS-唐徐×HZ_1(Rf_3Rf_3)N]×Mo17(rf_3rf_3)N回交群体作为基因定位群体。采用RFLP和RAPD分子标记技术,定位了Rf_3/rf_3基因。RFLP分析表明,Rf_3/rf_3基因位于第二染色体长臂上的UMC36A和UMC49分子标记之间,其遗传距离分别为12.7cM和4.8cM。采用BSA法,筛选了340个10mer随机引物,找到与Rf_3基因紧密连锁的分子标记RAPD Eo8-1.2,将Rf_3/rf_3基因的标记距离缩小到2.7cM,为Rf_3/rf_3基因辅助选择提供了有价值的分子标记。 展开更多

关键词 玉米 分子标记 混合分离分析

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甘薯根腐病相关AFLP标记筛选 被引量：5

10

作者 苏文瑾 王连军 +3 位作者 雷剑 赵天瑶 帅秋菊 杨新笋 《湖北农业科学》 北大核心 2011年第24期5254-5255,5265,共3页

甘薯根腐病是由甘薯根腐病病原菌[Fusarium solani(Mart.)Sacc.f.sp.batatas McClure,简称FSB]引起的一种真菌性毁灭性病害,传播途径广,蔓延速度快,近年有向长江流域以南地区传播的趋势,对甘薯生产造成极大危害。在已有的徐薯18与胜利百... 甘薯根腐病是由甘薯根腐病病原菌[Fusarium solani(Mart.)Sacc.f.sp.batatas McClure,简称FSB]引起的一种真菌性毁灭性病害,传播途径广,蔓延速度快,近年有向长江流域以南地区传播的趋势,对甘薯生产造成极大危害。在已有的徐薯18与胜利百号F1分离群体抗性鉴定的基础上,采用分离群体混合分析法(Bulked segregant analysis,BSA)与AFLP技术相结合,通过筛选80对引物,定位与甘薯根腐病相关的分子标记,在感病群体中定位到一个显性标记,即标记Eco(45)-Mse(45)被发现与感病基因连锁。所获试验结果对甘薯抗病遗传改良具有指导意义。 展开更多

关键词 甘薯根腐病 AFLP标记 分离群体混合分析法

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棉花籽指数量性状位点(QTL)的初步定位 被引量：3

11

作者 李蓓 姚金波 +4 位作者 李燕 朱守鸿 房圣涛 陈伟 张永山 《中国棉花》 2022年第3期5-8,共4页

为挖掘棉花籽指相关的分子标记,以棉花籽指差异较大的陶小铃和大桃棉为亲本,构建F2群体,对F_(2)群体的籽指进行调查,选取具有极端籽指的植株构建混合群体分离分析(bulked segregant analysis,BSA)混池进行测序。对测序结果进行分析,发现... 为挖掘棉花籽指相关的分子标记,以棉花籽指差异较大的陶小铃和大桃棉为亲本,构建F2群体,对F_(2)群体的籽指进行调查,选取具有极端籽指的植株构建混合群体分离分析(bulked segregant analysis,BSA)混池进行测序。对测序结果进行分析,发现3个与棉花籽指相关的区域,分别位于A07染色体42.6~91.6 Mbp,A13染色体2.2~5.3 Mbp,D10染色体7.1~8.3 Mbp。3个区域的Δ(SNP-index)峰值区段共包含142个候选基因。这些结果为棉花籽指相关基因的精细定位和克隆奠定了基础。 展开更多

关键词 棉花 籽指 数量性状位点(QTL) 定位 混合群体分离分析(BSA) BSA-seq

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