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题名深黑颜实蝇线粒体全基因组测定分析与系统发育
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作者
黄振
郭琼霞
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机构
福州长乐机场海关
福州海关技术中心
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出处
《福建林业科技》
2024年第4期8-16,42,共10页
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基金
福建省自然科学基金项目(2011J01066、2012JO1061)
福州海关科研项目(fk2022-09)。
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文摘
基于Illumina HiSeq平台测序技术,对深黑颜实蝇(Bactrocera(Zeugodacus)atrifacies)进行线粒体基因组双端测序、基因拼接、注释和基因结构分析,测定深黑颜实蝇线粒体全基因组及结构特征,使用最大似然法(ML)构建系统发育树,分析其亲缘关系和系统发育。测定结果表明,深黑颜实蝇线粒体基因组序列总长度15866 bp(GenBank上的登录号为:MW892727),具37个基因(包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因)和1个非编码控制基因。13个蛋白质编码基因22种氨基酸的密码子中,UUA(TTA(leucine))的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高,N(RSCU)为378(3.75);tRNA基因二级结构中,除苯丙氨酸(F)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环外,其余20个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构图;线粒体tRNA基因中,共存在17处碱基对错配,错配的碱基对均为G-U;系统发育分析表明深黑颜实蝇与黑纹实蝇(B.(Z.)caudata)聚成一支,亲缘关系较近,属于镞果实蝇亚属。研究结果与传统形态学分类一致,为进一步的物种诊断、系统发育、进化生物学和防治研究提供参考。
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关键词
深黑颜实蝇
线粒体全基因组
序列分析
相对密码子使用频率
tRNA基因二级结构
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Keywords
Bactrocera(Zeugodacus)atrifacies
mitochondrial genome
sequence analysis
relative codon usage frequency
secondary structure of tRNA gene
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分类号
S763.41
[农业科学—森林保护学]
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