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深度测序技术在畜禽疫病诊断中的应用 被引量:1
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作者 张立 《畜牧兽医杂志》 2024年第1期118-121,共4页
下一代测序(NGS),也被称为深度、高通量或大规模并行测序,可一次同时测定几十万到几百万条核酸分子序列。在畜禽疫病中应用于复杂诊断和密集监测、病因学、基因组学、进化和流行病学,以及宿主-病原体相互作用和感染生物学等方面。本综... 下一代测序(NGS),也被称为深度、高通量或大规模并行测序,可一次同时测定几十万到几百万条核酸分子序列。在畜禽疫病中应用于复杂诊断和密集监测、病因学、基因组学、进化和流行病学,以及宿主-病原体相互作用和感染生物学等方面。本综述首先简要介绍了深度测序技术,并通过实例对深度测序在畜禽疫病诊断中的应用进展进行阐述,为今后的相关研究提供些许参考。 展开更多
关键词 深度测序技术 畜禽疫病 诊断 应用
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基于小RNA深度测序技术鉴定侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类 被引量:8
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作者 王佳 白莹雪 +4 位作者 祝宁 齐长红 任俊达 韩成贵 尚巧霞 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期225-232,241,共9页
随着草莓保护地栽培面积的增加和无性繁殖种苗的繁殖与调运,草莓病毒病的发生与流行日益严重。为明确侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类,应用小RNA深度测序技术进行检测,并利用RT-PCR技术对结果进行验证及序列分析。结果表明,从来自我... 随着草莓保护地栽培面积的增加和无性繁殖种苗的繁殖与调运,草莓病毒病的发生与流行日益严重。为明确侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类,应用小RNA深度测序技术进行检测,并利用RT-PCR技术对结果进行验证及序列分析。结果表明,从来自我国7省市的41株具有典型病毒病症状的草莓种苗样品中检测到草莓斑驳病毒strawberry mottle virus(SMoV)、草莓镶脉病毒strawberry vein banding virus(SVBV)和草莓轻型黄边病毒strawberry mild yellow edge virus(SMYEV)3种。SMoV、SVBV和SMYEV的检出率分别为34.1%、24.4%和2.4%。选取不同产地草莓种苗上检出的不同病毒进行部分序列测定和分析,获得了3个SMoV分离物(四川分离物schhy13、辽宁分离物lnhy23和河北分离物hbhy28)的部分RNA13′端非编码区606 bp核苷酸序列,其一致性为98.12%~99.34%。测定并获得了5个SVBV分离物(辽宁分离物lnhy15、lnhy17、lnhy24、河北分离物hbhy28和陕西分离物shaxhy35)的ORF6的部分基因及其5′端非编码区的核苷酸序列,其中部分ORF6基因序列的一致性为97.98%~99.8%。仅1个辽宁样品中检测到SMYEV,获得了辽宁分离物lnhy26,其CP基因序列与中国甘肃分离物sy02的一致性为99.02%。病毒侵染草莓植株产生的典型症状有叶片畸形、变色和植株矮化。存在2种病毒和3种病毒复合侵染的情况,占所有阳性样品的41.2%。辽宁和河北的‘红颜’种苗中检出SMoV和SVBV或SMoV、SVBV和SMYEV的复合侵染情况;四川和陕西的‘红颜’种苗仅检出SMoV或SVBV,而其他省市和品种均未检出病毒。研究结果可以为草莓病毒的检测以及草莓病毒病的科学防治提供依据。 展开更多
关键词 草莓病毒病 小RNA深度测序技术 RT-PCR 病毒检
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以生长发育迟缓为表现的1例O’Donnell-Luria-Rodan综合征临床与遗传学特征分析
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作者 袁晶晶 王玉君 +3 位作者 黎露莎 谢艳红 莫朝晖 金萍 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期649-654,共6页
O’Donnell-Luria-Rodan(ODLURO)综合征是KMT2E(lysine methyltransferase 2E)基因突变引起的常染色体显性遗传病。中南大学湘雅三医院收治1例表现为生长发育迟缓、智力低下、特殊面容的12岁9个月男性患儿,采集患者外周血,提取DNA进行... O’Donnell-Luria-Rodan(ODLURO)综合征是KMT2E(lysine methyltransferase 2E)基因突变引起的常染色体显性遗传病。中南大学湘雅三医院收治1例表现为生长发育迟缓、智力低下、特殊面容的12岁9个月男性患儿,采集患者外周血,提取DNA进行基因检测,发现患儿染色体核型为46XY,全外显子组测序及低深度全基因组测序技术(low-coverage massively parallel copy number variation sequencing,CNV-seq)分析显示患儿在染色体7q 22.3区域存在506 kb的杂合性缺失,缺失区域包含KMT2E在内的6个基因,诊断为ODLURO综合征。其父母、弟弟临床表型及基因检测均无异常,提示该缺失为新发突变。此病例的临床和遗传特征有助于提高临床医师对ODLURO综合征的认识。 展开更多
关键词 O’Donnell-Luria-Rodan综合征 生长发育迟缓 深度全基因组技术
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唐氏综合征胎儿21号染色体上新微小RNA基因的鉴定和功能分析 被引量:1
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作者 李武县 徐勇 +4 位作者 刘雪燕 秦晓林 梁勤东 戴勇 涂植光 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1141-1146,I0013,共7页
目的:利用Solexa高通量深度测序技术鉴定21号染色体上新的微小RNA(miRNA)基因,为阐明21号染色体功能、探索唐氏综合征(DS)患者新的治疗靶点提供依据。方法:收集5例经染色体核型分析诊断为DS胎儿的脐带血和3例正常胎儿脐带血,分析染色体... 目的:利用Solexa高通量深度测序技术鉴定21号染色体上新的微小RNA(miRNA)基因,为阐明21号染色体功能、探索唐氏综合征(DS)患者新的治疗靶点提供依据。方法:收集5例经染色体核型分析诊断为DS胎儿的脐带血和3例正常胎儿脐带血,分析染色体核型;提取胎儿脐带血单个核细胞总RNA,构建小RNA文库,采用Solexa高通量深度测序、计算机分析、Stem-loop RT-PCR法鉴定miRNA基因并分析其生物学功能。结果:血染色体核型分析,5例DS胎儿脐带血显示DS标准核型,3例正常胎儿脐带血显示正常核型;在DS胎儿脐带血中共发现21个新miRNA,其中仅1个候选miRNA来源于21号染色体,位于21号染色体的"DS关键区域",命名为"miR-nov21",后者在DS胎儿脐带血单个核细胞中表达水平高于正常胎儿。生物学功能分析,miR-nov21可调节211个靶基因共215个位点,与基因的表达、细胞分化的调节、胚胎形态的发生和心脏的发育有关。结论:21号染色体"DS关键区域"存在1个新的miRNA基因———miR-nov21。 展开更多
关键词 微小RNA 唐氏综合征 高通量深度测序技术 脐带血
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