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应用液体芯片-飞行时间质谱技术筛选血清中肺癌标志蛋白
被引量：
2
1
作者
杨拴盈
田应选
+5 位作者
南岩东
卜丽娜
霍树芬
林秀丽
杜洁
尚文丽
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第1期17-22,共6页
目的应用液体芯片-飞行时间质谱系统分析肺癌与对照组血清差异表达蛋白,筛选肺癌标志蛋白。方法将105例肺癌患者和90例对照者[44名正常人,46例良性肺疾病(BLDs)]的血清随机分成训练组(肺癌和对照各60例)和验证组[肺癌45例(早期13例,晚...
目的应用液体芯片-飞行时间质谱系统分析肺癌与对照组血清差异表达蛋白,筛选肺癌标志蛋白。方法将105例肺癌患者和90例对照者[44名正常人,46例良性肺疾病(BLDs)]的血清随机分成训练组(肺癌和对照各60例)和验证组[肺癌45例(早期13例,晚期32例),对照30例(正常及BLDs各15例)]。应用ClinProt及相关分析工具软件ClinProTools结合遗传算法(GA)等生物统计学和生物信息学方法分析上述195份血清。进行归一化平滑处理总离子流图(TIC),消除化学及电物理噪声;分析组间差异蛋白并计算差异大小,后按差异大小由大到小排列;应用GA对各差异蛋白的敏感性及特异性进行初步评价,建立判别模型并验证。结果比较肺癌及对照血清蛋白表达谱时共发现98个差异蛋白峰。质荷比(m/z)分别为1 865.81 u和4 054 u的蛋白在两组间差异最大,且这两种蛋白在肺癌组各样品谱图中的丰度大于正常对照组;以蛋白1 865.81 u为X轴,4 054 u为Y轴建立坐标系(坐标值代表相应蛋白丰度),观察样品分布,可见两组样品混杂差区域较小,说明这两种蛋白的区分肺癌和对照(正常人和BLDs)的能力良好。应用GA,以训练组数据建立判别模型时,系统筛选出一个由m/z分别为3 192.082、862.554、643.495、336.64、3 954.88、9 288.98 u及4 209.64 u的7个特征峰组成的诊断模型。以验证组数据进行交叉验证时,该模型对肺癌及对照的识别率分别为82.22%(37/45)和80.00%(24/30),对早期肺癌的识别率为76.92%(10/13)。鉴定所得到的m/z分别为1 778、1 8654、209 u蛋白峰,得出前两个蛋白峰均为C3f,而4 209 u则为真核细胞肽链释放因子。结论肺癌患者与正常人及BLDs患者血清蛋白质表达谱之间存在差异;使用ClinProTools结合GA等生物信息学方法有望筛选出肺癌诊断标志蛋白。
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关键词
液体芯片质谱技术
肺癌
诊断
血清蛋白组学
ClinProt系统
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职称材料
液体芯片-飞行时间质谱对结膜松弛症患者泪液蛋白质的分析
被引量：
3
2
作者
项敏泓
张兴儒
+1 位作者
李青松
孙威
《眼科研究》
CSCD
北大核心
2010年第9期864-868,共5页
目的应用液体芯片-飞行时间质谱系统分析结膜松弛症患者的泪液蛋白质表达谱,寻找潜在具有结膜松弛症诊断意义的生物学标志物。方法收集10例结膜松弛症患者和9例正常对照的泪液,利用毛细管法每眼收集15μL泪液。经ClinProt磁珠纯化、基...
目的应用液体芯片-飞行时间质谱系统分析结膜松弛症患者的泪液蛋白质表达谱,寻找潜在具有结膜松弛症诊断意义的生物学标志物。方法收集10例结膜松弛症患者和9例正常对照的泪液,利用毛细管法每眼收集15μL泪液。经ClinProt磁珠纯化、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析及ClinProTools生物信息学软件研究其泪液蛋白表达谱,比较2组人群泪液蛋白质谱表达的差异。结果 2组共检测发现了77个蛋白质峰,其中13个蛋白质峰差异有统计学意义(P<0.05)。其中质荷比(m/z)为1 632.48和3 401.87者为差异蛋白质,能较好地鉴别结膜松弛症组和正常对照组。结论液体芯片-飞行时间质谱系统可高效、精确地筛查泪液蛋白质。结膜松弛症组与正常对照组泪液蛋白存在差异,值得进一步研究,可能对发现结膜松弛症的发病机制和寻求有效的防治手段有指导作用。
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关键词
结膜松弛症
泪液蛋白质
液体
芯片
-飞行时间
质谱
技术
差异蛋白质
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职称材料
题名
应用液体芯片-飞行时间质谱技术筛选血清中肺癌标志蛋白
被引量：
2
1
作者
杨拴盈
田应选
南岩东
卜丽娜
霍树芬
林秀丽
杜洁
尚文丽
机构
西安交通大学医学院第二附属医院呼吸科
出处
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第1期17-22,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.30570795)
教育部新世纪优秀人才支持计划项目(NECT-06-0845)~~
文摘
目的应用液体芯片-飞行时间质谱系统分析肺癌与对照组血清差异表达蛋白,筛选肺癌标志蛋白。方法将105例肺癌患者和90例对照者[44名正常人,46例良性肺疾病(BLDs)]的血清随机分成训练组(肺癌和对照各60例)和验证组[肺癌45例(早期13例,晚期32例),对照30例(正常及BLDs各15例)]。应用ClinProt及相关分析工具软件ClinProTools结合遗传算法(GA)等生物统计学和生物信息学方法分析上述195份血清。进行归一化平滑处理总离子流图(TIC),消除化学及电物理噪声;分析组间差异蛋白并计算差异大小,后按差异大小由大到小排列;应用GA对各差异蛋白的敏感性及特异性进行初步评价,建立判别模型并验证。结果比较肺癌及对照血清蛋白表达谱时共发现98个差异蛋白峰。质荷比(m/z)分别为1 865.81 u和4 054 u的蛋白在两组间差异最大,且这两种蛋白在肺癌组各样品谱图中的丰度大于正常对照组;以蛋白1 865.81 u为X轴,4 054 u为Y轴建立坐标系(坐标值代表相应蛋白丰度),观察样品分布,可见两组样品混杂差区域较小,说明这两种蛋白的区分肺癌和对照(正常人和BLDs)的能力良好。应用GA,以训练组数据建立判别模型时,系统筛选出一个由m/z分别为3 192.082、862.554、643.495、336.64、3 954.88、9 288.98 u及4 209.64 u的7个特征峰组成的诊断模型。以验证组数据进行交叉验证时,该模型对肺癌及对照的识别率分别为82.22%(37/45)和80.00%(24/30),对早期肺癌的识别率为76.92%(10/13)。鉴定所得到的m/z分别为1 778、1 8654、209 u蛋白峰,得出前两个蛋白峰均为C3f,而4 209 u则为真核细胞肽链释放因子。结论肺癌患者与正常人及BLDs患者血清蛋白质表达谱之间存在差异;使用ClinProTools结合GA等生物信息学方法有望筛选出肺癌诊断标志蛋白。
关键词
液体芯片质谱技术
肺癌
诊断
血清蛋白组学
ClinProt系统
Keywords
liquid chip and MALDI-TOF-MS
lung cancer
diagnosis
serum proteomics
ClinProt system
分类号
R734.2 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
液体芯片-飞行时间质谱对结膜松弛症患者泪液蛋白质的分析
被引量：
3
2
作者
项敏泓
张兴儒
李青松
孙威
机构
上海中医药大学附属普陀医院眼科
上海长征医院眼科
出处
《眼科研究》
CSCD
北大核心
2010年第9期864-868,共5页
基金
上海市卫生局中医药科研项目(2008Q006)
文摘
目的应用液体芯片-飞行时间质谱系统分析结膜松弛症患者的泪液蛋白质表达谱,寻找潜在具有结膜松弛症诊断意义的生物学标志物。方法收集10例结膜松弛症患者和9例正常对照的泪液,利用毛细管法每眼收集15μL泪液。经ClinProt磁珠纯化、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析及ClinProTools生物信息学软件研究其泪液蛋白表达谱,比较2组人群泪液蛋白质谱表达的差异。结果 2组共检测发现了77个蛋白质峰,其中13个蛋白质峰差异有统计学意义(P<0.05)。其中质荷比(m/z)为1 632.48和3 401.87者为差异蛋白质,能较好地鉴别结膜松弛症组和正常对照组。结论液体芯片-飞行时间质谱系统可高效、精确地筛查泪液蛋白质。结膜松弛症组与正常对照组泪液蛋白存在差异,值得进一步研究,可能对发现结膜松弛症的发病机制和寻求有效的防治手段有指导作用。
关键词
结膜松弛症
泪液蛋白质
液体
芯片
-飞行时间
质谱
技术
差异蛋白质
Keywords
conjunctivochalasis
protein profile
liquid chip time-of-flight mass spectrometry
differential protein
分类号
R777.3 [医药卫生—眼科]
Q81 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
应用液体芯片-飞行时间质谱技术筛选血清中肺癌标志蛋白
杨拴盈
田应选
南岩东
卜丽娜
霍树芬
林秀丽
杜洁
尚文丽
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2011
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
液体芯片-飞行时间质谱对结膜松弛症患者泪液蛋白质的分析
项敏泓
张兴儒
李青松
孙威
《眼科研究》
CSCD
北大核心
2010
3
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职称材料
已选择
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引证文献
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