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一种高效的多细胞分子动力学算法
1
作者
金明灿
胡长军
+2 位作者
李建江
李越
韩载浩
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2013年第4期843-846,共4页
多细胞分子动力学算法是分子动力学模拟中普遍使用的并行算法.因为利用不同作用路径的多细胞分子动力学算法的消息传递次数彼此不同,利用作用路径能够优化消息传递次数.优化消息传递次数是一种设计高效并行算法的方法.因此,本文研究十...
多细胞分子动力学算法是分子动力学模拟中普遍使用的并行算法.因为利用不同作用路径的多细胞分子动力学算法的消息传递次数彼此不同,利用作用路径能够优化消息传递次数.优化消息传递次数是一种设计高效并行算法的方法.因此,本文研究十六个不同的作用路径,推导出十六个表示消息传递次数的数学模型,并在高性能通信和负载平衡方面决定十六个模型中最好的.实验结果表明模型的平均正确率是99.1391%,它的一个时间步骤的并行效率比HS算法平均提高了5.16%,处理器数的增加和截断半径的优化提高其并行效率.
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关键词
并行计算
多细胞分子动力学算法
作用路径
消息传递次数
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职称材料
题名
一种高效的多细胞分子动力学算法
1
作者
金明灿
胡长军
李建江
李越
韩载浩
机构
北京科技大学计算机与通信工程学院
计算机体系结构国家重点实验室中国科学院计算技术研究所
平壤机械大学信息工程学院
朝鲜理科大学化学学院
出处
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2013年第4期843-846,共4页
基金
中国科学院计算机系统结构重点实验室开放课题(CARCH201108)资助
北京市教委重点学科项目(XK100080537)资助
文摘
多细胞分子动力学算法是分子动力学模拟中普遍使用的并行算法.因为利用不同作用路径的多细胞分子动力学算法的消息传递次数彼此不同,利用作用路径能够优化消息传递次数.优化消息传递次数是一种设计高效并行算法的方法.因此,本文研究十六个不同的作用路径,推导出十六个表示消息传递次数的数学模型,并在高性能通信和负载平衡方面决定十六个模型中最好的.实验结果表明模型的平均正确率是99.1391%,它的一个时间步骤的并行效率比HS算法平均提高了5.16%,处理器数的增加和截断半径的优化提高其并行效率.
关键词
并行计算
多细胞分子动力学算法
作用路径
消息传递次数
Keywords
parallel computing
multi-cell MD method
interaction path
number of message passing calls
分类号
TP311 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一种高效的多细胞分子动力学算法
金明灿
胡长军
李建江
李越
韩载浩
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2013
0
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