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基于泛基因组学和消减蛋白质组学技术筛选金黄色葡萄球菌新型抗菌靶点及其药物的分子对接分析
1
作者
谭锦莉
黄丹
+2 位作者
廖婧阳
朱刘冲
刘文彬
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期970-977,共8页
目的:应用泛基因组学和消减蛋白质组学技术从金黄色葡萄球菌基因组中筛选新抗菌靶点,为抗金黄色葡萄球菌药物的研发奠定基础。方法:在美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库中以金黄色葡萄球菌为关键词检索全基因组测序数据,收集50个测...
目的:应用泛基因组学和消减蛋白质组学技术从金黄色葡萄球菌基因组中筛选新抗菌靶点,为抗金黄色葡萄球菌药物的研发奠定基础。方法:在美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库中以金黄色葡萄球菌为关键词检索全基因组测序数据,收集50个测序级别为Complete的菌株基因组数据。采用BPGA工具对基因组数据进行泛基因组分析获得金黄色葡萄球菌核心基因,采用消减蛋白质组学技术从中筛选获得潜在抗菌靶点,以潜在抗菌靶点为受体,采用LibDock软件从美国食品药品监督管理局(FDA)批准的药物库中筛选潜在的抗金黄色葡萄球菌药物,并采用分子对接技术分析药物和靶点的结合能力。结果:50个金黄色葡萄球菌基因组中共有14379个基因家族,其中1620个为核心基因。消减蛋白质组学分析,酪氨酸自激酶1335为潜在的抗金黄色葡萄球菌靶点。采用LibDock软件筛选出巴龙霉素、替诺福韦二吡呋酯和阿德福韦等9个化合物可能针对该靶点蛋白发挥抗金黄色葡萄球菌作用,分子对接结果显示靶点与化合物结合力良好。结论:酪氨酸自激酶可能是一种抗金黄色葡萄球菌潜在的靶点。
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关键词
金黄色葡萄菌
泛基因
组
分子对接
消减蛋白质组
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职称材料
基于泛基因组学和消减蛋白质组学挖掘新型抗诺卡氏菌药物靶点
2
作者
黎尔彤
苏雅琳
+1 位作者
刘文彬
金小宝
《中山大学学报（医学科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期974-982,共9页
【目的】诺卡氏菌是一种病原体,可引起人体的机会性感染,呈全球性分布。近年来发现诺卡氏菌对常用药物已产生耐药性,因此,挖掘新抗诺卡氏菌药物靶点、开发新药物具有迫切需求。【方法】取GenBank数据库中31株诺卡氏菌的全基因组序列,利...
【目的】诺卡氏菌是一种病原体,可引起人体的机会性感染,呈全球性分布。近年来发现诺卡氏菌对常用药物已产生耐药性,因此,挖掘新抗诺卡氏菌药物靶点、开发新药物具有迫切需求。【方法】取GenBank数据库中31株诺卡氏菌的全基因组序列,利用BPGA进行泛基因组学分析,利用消减蛋白组学筛选药物靶点。在此基础上,同源建模预测靶点蛋白的3D结构,采用DrugBank对靶点蛋白进行潜在药物的预测,并使用分子对接技术验证药物与靶点的结合活性。【结果】31株诺卡氏菌的泛基因组中有1421个核心蛋白,消减蛋白组学分析获得15个候选药物靶点蛋白。其中,OG1493蛋白的理化性质(氨基酸数目、分子量、等电点、总平均亲水性、脂肪指数和不稳定性指数Ⅱ等)最符合作为靶点蛋白的理化性质。运用DrugBank数据库筛选出Adenosine-5'-Rp-Alpha-Thio-Triphos⁃phate、alpha,beta-Methyleneadenosine 5'-triphosphate、Phosphoaminophosphonic Acid-Adenylate Ester、Radicicol、2-Hydroxyestradiol、p-Coumaric acid、Ethylmercurithiosalicylic acid等7个化合物可能会针对该靶点蛋白发挥抗诺卡氏菌作用,分子对接结果显示靶点与化合物结合力良好。经实验验证发现根赤壳霉素可能是针对该靶点的抗诺卡氏菌药物。【结论】泛基因组学和消减蛋白质组学可应用于挖掘新型抗诺卡氏菌药物靶点。
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关键词
诺卡氏菌
泛基因
组
学
消减蛋白质组
学
核心基因
药物靶点
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职称材料
题名
基于泛基因组学和消减蛋白质组学技术筛选金黄色葡萄球菌新型抗菌靶点及其药物的分子对接分析
1
作者
谭锦莉
黄丹
廖婧阳
朱刘冲
刘文彬
机构
广东药科大学基础医学院病原生物学教研室
广东省生物活性药物研究重点实验室
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期970-977,共8页
基金
广东省卫健委医学科学技术研究基金项目(A2022069)
广东省中医药局科研项目(20222A010010)
广东省广州市科技局科技计划项目(202201010357)。
文摘
目的:应用泛基因组学和消减蛋白质组学技术从金黄色葡萄球菌基因组中筛选新抗菌靶点,为抗金黄色葡萄球菌药物的研发奠定基础。方法:在美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库中以金黄色葡萄球菌为关键词检索全基因组测序数据,收集50个测序级别为Complete的菌株基因组数据。采用BPGA工具对基因组数据进行泛基因组分析获得金黄色葡萄球菌核心基因,采用消减蛋白质组学技术从中筛选获得潜在抗菌靶点,以潜在抗菌靶点为受体,采用LibDock软件从美国食品药品监督管理局(FDA)批准的药物库中筛选潜在的抗金黄色葡萄球菌药物,并采用分子对接技术分析药物和靶点的结合能力。结果:50个金黄色葡萄球菌基因组中共有14379个基因家族,其中1620个为核心基因。消减蛋白质组学分析,酪氨酸自激酶1335为潜在的抗金黄色葡萄球菌靶点。采用LibDock软件筛选出巴龙霉素、替诺福韦二吡呋酯和阿德福韦等9个化合物可能针对该靶点蛋白发挥抗金黄色葡萄球菌作用,分子对接结果显示靶点与化合物结合力良好。结论:酪氨酸自激酶可能是一种抗金黄色葡萄球菌潜在的靶点。
关键词
金黄色葡萄菌
泛基因
组
分子对接
消减蛋白质组
Keywords
Staphylococcus aureus
Pan-genome
Molecular docking
Subtractive proteome
分类号
R378.1 [医药卫生—病原生物学]
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
基于泛基因组学和消减蛋白质组学挖掘新型抗诺卡氏菌药物靶点
2
作者
黎尔彤
苏雅琳
刘文彬
金小宝
机构
广东药科大学基础医学院/广东省生物活性药物研究重点实验室
出处
《中山大学学报（医学科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期974-982,共9页
基金
广东省公益研究与能力建设项目(2017A020211008)
广东省普通高校基础研究与应用基础项目(2018KZDXM041)。
文摘
【目的】诺卡氏菌是一种病原体,可引起人体的机会性感染,呈全球性分布。近年来发现诺卡氏菌对常用药物已产生耐药性,因此,挖掘新抗诺卡氏菌药物靶点、开发新药物具有迫切需求。【方法】取GenBank数据库中31株诺卡氏菌的全基因组序列,利用BPGA进行泛基因组学分析,利用消减蛋白组学筛选药物靶点。在此基础上,同源建模预测靶点蛋白的3D结构,采用DrugBank对靶点蛋白进行潜在药物的预测,并使用分子对接技术验证药物与靶点的结合活性。【结果】31株诺卡氏菌的泛基因组中有1421个核心蛋白,消减蛋白组学分析获得15个候选药物靶点蛋白。其中,OG1493蛋白的理化性质(氨基酸数目、分子量、等电点、总平均亲水性、脂肪指数和不稳定性指数Ⅱ等)最符合作为靶点蛋白的理化性质。运用DrugBank数据库筛选出Adenosine-5'-Rp-Alpha-Thio-Triphos⁃phate、alpha,beta-Methyleneadenosine 5'-triphosphate、Phosphoaminophosphonic Acid-Adenylate Ester、Radicicol、2-Hydroxyestradiol、p-Coumaric acid、Ethylmercurithiosalicylic acid等7个化合物可能会针对该靶点蛋白发挥抗诺卡氏菌作用,分子对接结果显示靶点与化合物结合力良好。经实验验证发现根赤壳霉素可能是针对该靶点的抗诺卡氏菌药物。【结论】泛基因组学和消减蛋白质组学可应用于挖掘新型抗诺卡氏菌药物靶点。
关键词
诺卡氏菌
泛基因
组
学
消减蛋白质组
学
核心基因
药物靶点
Keywords
Nocardia
pan-genomics
subtractive proteomics
core gene
drug target
分类号
R3 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于泛基因组学和消减蛋白质组学技术筛选金黄色葡萄球菌新型抗菌靶点及其药物的分子对接分析
谭锦莉
黄丹
廖婧阳
朱刘冲
刘文彬
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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职称材料
2
基于泛基因组学和消减蛋白质组学挖掘新型抗诺卡氏菌药物靶点
黎尔彤
苏雅琳
刘文彬
金小宝
《中山大学学报（医学科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
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