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由质谱分析数据建立肝癌病人与健康人血清的分类模型
被引量：
1
1
作者
徐琨
朱尔一
+1 位作者
杨芃原
刘银坤
《质谱学报》
EI
CAS
CSCD
2008年第5期268-273,共6页
通过对质谱数据处理和分析,建立肝细胞癌(HCC)病人与健康人的分类模型,可以用来判别样本是否来源于肝癌病人。运用表面加强激光解析电离-飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)获取肝癌病人和健康人血清蛋白指纹图谱数据,并运用偏最小二乘(PLS)变...
通过对质谱数据处理和分析,建立肝细胞癌(HCC)病人与健康人的分类模型,可以用来判别样本是否来源于肝癌病人。运用表面加强激光解析电离-飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)获取肝癌病人和健康人血清蛋白指纹图谱数据,并运用偏最小二乘(PLS)变量筛选法建立分类模型,最终得到分类模型的交叉检验相关系数达0.96以上,判别准确率大大提高。同时对模型进行分析,找出对肝癌病人和健康人的差异有重要影响的因素或变量。这些变量为30个质荷比区间内特定蛋白的峰强度值,反映这些质荷比区间内蛋白量的增加或减少与肝癌的形成有密切关系,可作为重要的生物标志物进一步加以研究。并且采用所得模型的拟合值等一些信息做分类图,能较好地表达回归模型的分类效果。
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关键词
肝细胞癌
表面加强激光解析电离-飞行时间质谱
偏最小二乘变量筛选
分类
模
型
海量数据建模
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职称材料
蛋白质中三联氨基酸数与二级结构数的模型研究
被引量：
1
2
作者
朱尔一
《厦门大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第5期704-708,共5页
蛋白质的一级结构或序列与二级结构的关系在蛋白质结构研究中是很重要的,通过建立模型的方法来研究这种关系.在文献中已有的模型(蛋白质一级结构中的二联氨基酸与蛋白质二级结构的模型)的基础上,建立了蛋白质一级结构中的三联氨基酸个...
蛋白质的一级结构或序列与二级结构的关系在蛋白质结构研究中是很重要的,通过建立模型的方法来研究这种关系.在文献中已有的模型(蛋白质一级结构中的二联氨基酸与蛋白质二级结构的模型)的基础上,建立了蛋白质一级结构中的三联氨基酸个数与蛋白质二级结构个数模型.该模型能够较准确地反映蛋白质的一级结构或序列与蛋白质的二级结构的关系,比较适合应用于氨基酸序列长度变化较大的建模数据,同二联氨基酸与二级结构模型比较,由于三联氨基酸含有更多氨基酸之间的耦合信息,该模型的拟合精度更高.由于蛋白质一级结构中的三联氨基酸的种类数很大(为4200),用以建模的变量数就很大,同时从DSSP数据库得到的样本量也很大(为11600),用以建模的数据量很大.研究结果表明,PLS变量筛选法是一种建立大数据模型有效的方法,可有效地处理变量数为4200,样本数为11600这样大数据量的建模问题.
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关键词
蛋白质二级结构预测
偏最小二乘法变量筛选
海量数据建模
三联氨基酸
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职称材料
复杂系统结构及动力学现象的统计物理研究
被引量：
1
3
作者
汤雷翰
赵鸿
+2 位作者
刘宗华
周涛
汪秉宏
《上海理工大学学报》
CAS
北大核心
2011年第5期409-417,共9页
近年来生物学、信息学和社会科学海量数据的积累,推动了各类定量分析手段的发展.统计力学作为联系多体系统微观与宏观描述的数学理论,在复杂性科学的发展历程中正发挥着作用.本文结合复杂网络和非平衡态系统的若干研究成果,对统计物理...
近年来生物学、信息学和社会科学海量数据的积累,推动了各类定量分析手段的发展.统计力学作为联系多体系统微观与宏观描述的数学理论,在复杂性科学的发展历程中正发挥着作用.本文结合复杂网络和非平衡态系统的若干研究成果,对统计物理方法在复杂现象的描述、主要变量及其相互依赖关系的确定、模型的提出与分析、及普适性规律的发现等方面的进展作一简单介绍,并探讨统计物理学与相应学科深层次交叉所面临的机遇和挑战.
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关键词
复杂系统
统计物理
多层次结构与动力学
海量
数据
分析与
建
模
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职称材料
题名
由质谱分析数据建立肝癌病人与健康人血清的分类模型
被引量：
1
1
作者
徐琨
朱尔一
杨芃原
刘银坤
机构
厦门大学化学化工学院现代分析科学教育部重点实验室
复旦大学化学系
复旦大学生物医学研究院
复旦大学附属中山医院肝癌研究所
出处
《质谱学报》
EI
CAS
CSCD
2008年第5期268-273,共6页
基金
福建省自然科学基金(批准号:2007J0290)资助
文摘
通过对质谱数据处理和分析,建立肝细胞癌(HCC)病人与健康人的分类模型,可以用来判别样本是否来源于肝癌病人。运用表面加强激光解析电离-飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)获取肝癌病人和健康人血清蛋白指纹图谱数据,并运用偏最小二乘(PLS)变量筛选法建立分类模型,最终得到分类模型的交叉检验相关系数达0.96以上,判别准确率大大提高。同时对模型进行分析,找出对肝癌病人和健康人的差异有重要影响的因素或变量。这些变量为30个质荷比区间内特定蛋白的峰强度值,反映这些质荷比区间内蛋白量的增加或减少与肝癌的形成有密切关系,可作为重要的生物标志物进一步加以研究。并且采用所得模型的拟合值等一些信息做分类图,能较好地表达回归模型的分类效果。
关键词
肝细胞癌
表面加强激光解析电离-飞行时间质谱
偏最小二乘变量筛选
分类
模
型
海量数据建模
Keywords
HCC
SELDI-TOF-MS
PLS variable selection
classification model
huge datamodeling
分类号
O657.63 [理学—分析化学]
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职称材料
题名
蛋白质中三联氨基酸数与二级结构数的模型研究
被引量：
1
2
作者
朱尔一
机构
厦门大学化学化工学院
出处
《厦门大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第5期704-708,共5页
基金
福建省自然科学基金(X0750052)
近海海洋环境科学国家重点实验室(厦门大学)开放项目资助
文摘
蛋白质的一级结构或序列与二级结构的关系在蛋白质结构研究中是很重要的,通过建立模型的方法来研究这种关系.在文献中已有的模型(蛋白质一级结构中的二联氨基酸与蛋白质二级结构的模型)的基础上,建立了蛋白质一级结构中的三联氨基酸个数与蛋白质二级结构个数模型.该模型能够较准确地反映蛋白质的一级结构或序列与蛋白质的二级结构的关系,比较适合应用于氨基酸序列长度变化较大的建模数据,同二联氨基酸与二级结构模型比较,由于三联氨基酸含有更多氨基酸之间的耦合信息,该模型的拟合精度更高.由于蛋白质一级结构中的三联氨基酸的种类数很大(为4200),用以建模的变量数就很大,同时从DSSP数据库得到的样本量也很大(为11600),用以建模的数据量很大.研究结果表明,PLS变量筛选法是一种建立大数据模型有效的方法,可有效地处理变量数为4200,样本数为11600这样大数据量的建模问题.
关键词
蛋白质二级结构预测
偏最小二乘法变量筛选
海量数据建模
三联氨基酸
Keywords
protein secondary structure prediction
PLS variable selection
huge data modeling
tria-coupled amino acid
分类号
O604 [理学—化学]
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职称材料
题名
复杂系统结构及动力学现象的统计物理研究
被引量：
1
3
作者
汤雷翰
赵鸿
刘宗华
周涛
汪秉宏
机构
北京计算科学研究中心
香港浸会大学物理系
厦门大学物理系
华东师范大学物理系
电子科技大学互联网科学中心
中国科学技术大学近代物理系
上海理工大学复杂系统科学中心
出处
《上海理工大学学报》
CAS
北大核心
2011年第5期409-417,共9页
文摘
近年来生物学、信息学和社会科学海量数据的积累,推动了各类定量分析手段的发展.统计力学作为联系多体系统微观与宏观描述的数学理论,在复杂性科学的发展历程中正发挥着作用.本文结合复杂网络和非平衡态系统的若干研究成果,对统计物理方法在复杂现象的描述、主要变量及其相互依赖关系的确定、模型的提出与分析、及普适性规律的发现等方面的进展作一简单介绍,并探讨统计物理学与相应学科深层次交叉所面临的机遇和挑战.
关键词
复杂系统
统计物理
多层次结构与动力学
海量
数据
分析与
建
模
Keywords
complex system
statistical physics
multi-scale structure and dynamics
large-scale data analysis and modeling
分类号
N94 [自然科学总论—系统科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
由质谱分析数据建立肝癌病人与健康人血清的分类模型
徐琨
朱尔一
杨芃原
刘银坤
《质谱学报》
EI
CAS
CSCD
2008
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
蛋白质中三联氨基酸数与二级结构数的模型研究
朱尔一
《厦门大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2009
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
复杂系统结构及动力学现象的统计物理研究
汤雷翰
赵鸿
刘宗华
周涛
汪秉宏
《上海理工大学学报》
CAS
北大核心
2011
1
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职称材料
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