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贵州省37例基因筛查阴性耳聋患者全外显子测序结果分析
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作者 岳凤娟 韩巍 +1 位作者 张嫄 曹祖威 《中华耳科学杂志》 北大核心 2025年第1期65-68,共4页
目的了解全外显子测序在贵州省耳聋患者病因诊断中的应用价值。方法回顾性纳入2022年1月至2023年4月贵州省人民医院听力科收治的永久性听力障碍患者37例。分析所有接受全外显子测序患者的数据资料。结果未发现突变位点1例,至少1个位点突... 目的了解全外显子测序在贵州省耳聋患者病因诊断中的应用价值。方法回顾性纳入2022年1月至2023年4月贵州省人民医院听力科收治的永久性听力障碍患者37例。分析所有接受全外显子测序患者的数据资料。结果未发现突变位点1例,至少1个位点突变36例,检出率97.30%;隐性遗传的单杂合突变未能明确病因2例,复合杂合突变或纯合突变34例。根据美国医学遗传学和基因组学学会指南,55个突变位点中明确致病16个(29.09%),疑似致病15个(27.27%),致病性不明确24个(43.64%),突变位点未见文献报道28个(50.91%)。结论贵州省耳聋患者热点致聋位点与全国存在差异,全外显子测序在贵州省耳聋患者病因诊断中具在重要的作用。贵州省耳聋遗传基因复杂多样,存在大量未发现的耳聋突变位点,需进一步进行基础与临床研究,以明确其致病性。 展开更多
关键词 耳聋 基因筛查 全外显子
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采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响 被引量:16
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作者 肖英平 何祥祥 +3 位作者 戴宝玲 桂国弘 唐标 杨华 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第24期260-264,共5页
目的:比较涂抹法和冲洗法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响。方法:将4只冷鲜鸡对半分开,分别采用涂抹法和冲洗法采集其表面微生物,提取基因组DNA,对细菌16S rRNA基因V3~V4区进行聚合酶链式反应扩增,通过Illumina Hiseq测... 目的:比较涂抹法和冲洗法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响。方法:将4只冷鲜鸡对半分开,分别采用涂抹法和冲洗法采集其表面微生物,提取基因组DNA,对细菌16S rRNA基因V3~V4区进行聚合酶链式反应扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,使用QIIME等软件对测序序列进行分析统计。结果:两种方法采集的样品在细菌基因组DNA提取、菌群丰富度、多样性及菌群结构等方面均无显著差异(P>0.05)。高通量测序结果表明,冷鲜鸡表面细菌菌群主要分布于7个门,10个属。变形菌门为优势菌门,占70%以上;希瓦氏菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、嗜冷杆菌属和环丝菌属为优势菌属,分别占10%~20%。结论:两种采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序没有明显影响,但冲洗法比涂抹法简单易行,且不易发生二次污染,因此更具有实用性。本实验同时也为冷鲜鸡表面细菌的研究提供了数据资料。 展开更多
关键词 冷鲜鸡 菌群结构 涂抹法 冲洗法 高通量
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隐球菌脑膜炎患者脑脊液宏基因组二代测序结果分析 被引量:13
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作者 葛瑛 范思远 +8 位作者 陈健华 申奥 窦洪涛 肖盟 徐英春 宫燕萍 任海涛 吴红龙 关鸿志 《协和医学杂志》 CSCD 2019年第6期605-611,共7页
目的评价脑脊液宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在隐球菌脑膜炎诊断中的潜在应用价值。方法回顾性收集北京协和医院2014年1月至2016年12月采用脑脊液mNGS技术辅助确诊的6例隐球菌脑膜炎患者临床资料... 目的评价脑脊液宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在隐球菌脑膜炎诊断中的潜在应用价值。方法回顾性收集北京协和医院2014年1月至2016年12月采用脑脊液mNGS技术辅助确诊的6例隐球菌脑膜炎患者临床资料,包括脑脊液常规、生化、细胞学、培养、墨汁染色等实验室检测结果,应用BGISEQ-100测序平台进行脑脊液病原测序,综合分析患者的临床、实验室和辅助检查结果。结果6例患者中,男性4例,女性2例,年龄26~53岁,中位年龄51岁。6例患者均无免疫缺陷性疾病,有头痛、脑膜刺激症状及颅内压增高表现,5例患者出现发热,2例患者出现复视。脑脊液常规检查示白细胞和蛋白轻度升高,糖正常或轻度降低;5例患者脑脊液墨汁染色阳性,4例患者脑脊液隐球菌抗原检测阳性,2例患者脑脊液真菌培养阳性。脑脊液mNGS检测隐球菌核酸序数为108~25361,基因覆盖率0.19%~29.00%;5例提示新型隐球菌感染,其中3例经PCR检测证实为新型隐球菌感染;1例提示格特隐球菌感染,经生物质谱仪检测证实为格特隐球菌感染。结论脑脊液mNGS技术可准确判断隐球菌感染,并对鉴别格特隐球菌具有一定优势,有助于降低免疫功能正常人群隐球菌脑膜炎的漏诊率。 展开更多
关键词 宏基因组二代 隐球菌 脑膜炎 脑脊液 诊断
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1007例新生儿听力筛查及耳聋基因测序结果分析 被引量:8
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作者 黄卫彤 刘锦嵩 +4 位作者 王宗杰 廖旺 张峰 朱茂灵 鄢盛恺 《中华耳科学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第6期873-878,共6页
目的研究南宁市新生儿耳聋基因突变情况,评估新生儿听力筛查准确性,探讨突变位点与听力损失的关系。方法采用耳声发射和自动听性脑干诱发电位反应对出生于2016年1月-2018年12月的17000例新生儿进行听力初筛、复筛及确诊检查,针对GJB2、G... 目的研究南宁市新生儿耳聋基因突变情况,评估新生儿听力筛查准确性,探讨突变位点与听力损失的关系。方法采用耳声发射和自动听性脑干诱发电位反应对出生于2016年1月-2018年12月的17000例新生儿进行听力初筛、复筛及确诊检查,针对GJB2、GJB3、SLC26A4基因对1007例听力初筛未通过的新生儿进行靶向捕获高通量测序,结合生物信息学分析,明确突变位点致病性。结果1007例初筛未过的新生儿中,确诊听力损失78例,355例(35.25%,355/1007)检出突变耳聋基因,其中237例检出12种“致病的”或“可能致病的”突变位点,78例检出新错义突变位点(GJB2:c.217C>A、c.316T>G、c.676G>T;SLC26A4:c.739T>C),13例听力确诊正常者检出11种非编码区突变。GJB2、GJB3、SLC26A4基因的突变携带率分别为1.75%、0.66%、0.36%。GJB2:c.79G>A和GJB3:c.357C>T、c.341A>G、c.608T>C的等位基因频率符合哈迪-温伯格遗传平衡定律,GJB2:c.79G>A(Z=3.082;P<0.01)、c.109G>A(Z=10.670;P<O.O1)和GJB3:c.357C>T(Z=2.902;P<0.01)、c.341A>G(Z=2.798;P<0.001)与听力损失的关联具有统计学意义。结论本研究证实GJB2 c.109G>A是南宁市新生儿携带率最高的耳聋基因突变位点。结合听力和基因检测是临床早期干预非综合征型听力损失更有效的策略。 展开更多
关键词 遗传性听力损失 新生儿 耳聋基因 听力筛查 靶向捕获高通量
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优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中SSR位点鉴定、特征及分布规律 被引量:3
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作者 周志军 韩媛吕 +1 位作者 甄云霞 柴金艳 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期799-807,共9页
优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa是一种在我国具有悠久人工饲养历史的鸣虫。简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)非常适用于种群遗传研究。本文运用MISA软件分别在优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中发现15 042和40 611个SSR位... 优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa是一种在我国具有悠久人工饲养历史的鸣虫。简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)非常适用于种群遗传研究。本文运用MISA软件分别在优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中发现15 042和40 611个SSR位点。转录组中,双碱基型最为丰富5 444个(36.19%),其次为单碱基型4 785个(31.81%)和三碱基型4 273个(28.41%),而四碱基型514(5.83%)和五碱基型26(0.33%)极少,没有发现六碱基型。基因组浅层测序结果中,以三碱基型(38.89%)和四碱基型(38.43%)最为丰富,单碱基型(10.34%)和双碱基型(11.72%)次之,五碱基型(0.54%)和六碱基型(0.08%)最少。基因组浅层测序结果中SSR位点的密度为876.20个/Mb,约为转录组143.06个/Mb的6倍。利用primer 32.2.3搜索发现优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中侧翼序列满足设计引物条件的完整型SSR位点数分别为9 969个(70.18%)和21 437个(67.75%)。本研究加深了对优雅蝈螽基因组的认识和了解,并为下一步大量开发和筛选高质量微卫星标记提供数据支持。 展开更多
关键词 优雅蝈螽 高通量 简单重复 转录组 基因组浅层
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杨梅全基因组测序结果初报 被引量:8
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作者 戚行江 任海英 +2 位作者 梁森苗 郑锡良 吴阳春 《浙江农业科学》 2015年第10期1564-1566,共3页
杨梅(Myrica rubra Sieb.et Zucc.)是我国南方著名的特产珍果,为促进杨梅分子育种及功能基因研究,对杨梅进行了全基因组测序。采用Illumina Hiseq 2500双端测序策略,构建了200 bp文库,进行双端125 bp(PE 125)测序,得到约13.70 Gb的原始... 杨梅(Myrica rubra Sieb.et Zucc.)是我国南方著名的特产珍果,为促进杨梅分子育种及功能基因研究,对杨梅进行了全基因组测序。采用Illumina Hiseq 2500双端测序策略,构建了200 bp文库,进行双端125 bp(PE 125)测序,得到约13.70 Gb的原始数据。数据评估得知杨梅基因组大小约为304.38 Mb,重复序列含量约为45.82%,杂合率约为0.58%,基因组的GC含量约37.99%。利用SOAPdenovo软件进行了拼接组装。这一结果有助于开展杨梅后续的分子育种及基因功能研究。 展开更多
关键词 杨梅 全基因组 基因组特征评估
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急性淋巴细胞白血病基因突变的DNA测序结果分析 被引量:3
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作者 郑如月 王树娟 +10 位作者 王冲 李涛 廖林晓 李梦琳 陈胜梅 郭荣 王伟琼 张雨 范熠 万鼎铭 刘延方 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1791-1795,共5页
目的:分析成人急性淋巴细胞白血病(ALL)患者的基因突变特征及其意义。方法:收集134例初治成人ALL患者的临床资料及16种基因突变的DNA测序结果,统计分析基因突变特征及其临床意义。结果:134例ALL患者中,31例(23.13%)检测到基因突变,其中... 目的:分析成人急性淋巴细胞白血病(ALL)患者的基因突变特征及其意义。方法:收集134例初治成人ALL患者的临床资料及16种基因突变的DNA测序结果,统计分析基因突变特征及其临床意义。结果:134例ALL患者中,31例(23.13%)检测到基因突变,其中114例B-ALL患者中检测到19例(16.67%),19例T-ALL患者中检测到11例(57.89%)及1例T/B双表型ALL,T-ALL基因突变发生率显著高于B-ALL(χ^2=13.574,P<0.01)。共检测到12种基因突变,突变率从高到低依次为IL7R、NOTCH1、FLT3、TP53、FBXW7、PAX5、IKZF1、CREBBP、JAK3、JAK1、PHF6、PTEN。108例非移植可随访患者中,基因突变组(23例,21.30%)与无突变组(85例,78.70%)的1年总生存率(49.7%vs 67.4%)与中位无复发生存时间(214 d vs 260 d)差异均无统计学意义。NOTCH1基因突变组(4例,3.77%)与无突变组(102例,96.23%)的1年生存率差异有统计学意义(50.0%vs 65.8%,χ^2=9.840,P<0.01)。结论:成人ALL患者可能存在多种基因突变,其中IL7R、NOTCH1基因突变最常见,NOYCH1基因突变可能提示预后不良,基因突变检测有助于理解ALL发病机制及评估成人ALL患者的预后。 展开更多
关键词 急性淋巴细胞白血病 DNA 基因突变 预后
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一株神舟十号飞船分离少动鞘氨醇单胞菌基因组测序结果及分析 被引量:3
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作者 徐绸 谢琼 +1 位作者 辛冰牧 刘长庭 《载人航天》 CSCD 2016年第5期651-654,共4页
在神舟十号飞船中检测出一株下行菌,16 S r DNA鉴定后命名为少动鞘氨醇单胞菌LCTSP1。通过对该菌基因组进行二代测序及基因注释,发现该菌包含3884个蛋白编码基因、3个rRNA编码基因和47个tRNA编码基因。通过对该菌基因组进行COG、GO分析... 在神舟十号飞船中检测出一株下行菌,16 S r DNA鉴定后命名为少动鞘氨醇单胞菌LCTSP1。通过对该菌基因组进行二代测序及基因注释,发现该菌包含3884个蛋白编码基因、3个rRNA编码基因和47个tRNA编码基因。通过对该菌基因组进行COG、GO分析及注释,完善了该菌的遗传信息,并建立了该菌的系统发育树。分析发现该菌包含腐蚀相关基因并可适应恶劣的生存环境。通过基因注释发现该菌包含574个毒力相关基因以及57个耐药相关基因,提示该菌存在潜在的致病性。 展开更多
关键词 少动鞘氨醇单胞菌 基因 腐蚀性 致病性
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邻苯二甲酸二乙酯诱导的大鼠尿道下裂与Mafb的表达相关:基于转录组测序结果 被引量:1
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作者 向涵 王绍 +7 位作者 周玥 刘星 沈炼桔 龙春兰 张德迎 何大维 林涛 魏光辉 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期456-463,共8页
目的通过转录组测序筛选大鼠尿道发育过程中相关差异基因,并进行验证;探究邻苯二甲酸二乙酯(DEHP)诱导SD大鼠尿道下裂的发生机制。方法 40只成年SD孕鼠随机分成4组(n=10),前两组予以空白对照处理,分别于妊娠期16 d(GD16组)和GD19 d(GD19... 目的通过转录组测序筛选大鼠尿道发育过程中相关差异基因,并进行验证;探究邻苯二甲酸二乙酯(DEHP)诱导SD大鼠尿道下裂的发生机制。方法 40只成年SD孕鼠随机分成4组(n=10),前两组予以空白对照处理,分别于妊娠期16 d(GD16组)和GD19 d(GD19组)剖宫产取出雄性胎鼠,将收集好的胎鼠阴茎组织进行转录组测序,lllumina HiSeq 2000筛选出差异表达基因(DEGs),然后对DEGs进行差异基因功能(GO)和pathway显著富集性分析;选取其中的DEG(Mafb)进行免疫荧光验证。后两组分别予以玉米油(对照组)和DEHP [750 mg/(kg·d)](DEHP暴露组)于GD12 d至GD19 d每日灌胃处理,GD19 d剖宫产取出雄性胎鼠,并判断有无尿道下裂的发生。扫描电镜和HE染色观察阴茎组织形态学改变,免疫荧光和Western blot检验阴茎组织中Mafb、β-catenin的表达水平。结果 GD19组胎鼠阴茎组织与GD16组胎鼠阴茎组织转录组测序结果示1360个DEGs(其中上调797个,下调563个),差异基因主要富集于细胞粘着斑信号通路、轴突导向信号通路、细胞外基质受体作用信号通路等,选取DEG(Mafb)进行免疫荧光验证,发现Mafb的表达随发育显著增加,与测序结果相符。而DEHP暴露组胎鼠阴茎组织与对照组胎鼠阴茎组织相比,Mafb、β-catenin表达水平显著下调(P<0.01)。结论随着大鼠阴茎组织的正常发育,Mafb的表达逐渐增加;而DEHP暴露组较对照组Mafb、β-catenin表达显著下调,提示β-catenin信号通路影响Mafb表达可能与DEHP诱导大鼠尿道下裂发生相关。 展开更多
关键词 尿道下裂 邻苯二甲酸二乙酯 转录组 MAFB
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原发性皮肤淀粉样变一家系全基因组测序结果及初步分析 被引量:1
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作者 张玉玲 吕萍 +6 位作者 吴芳芳 杨超 陈军臣 薛汝增 郭君怡 陈俊溢 杨斌 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2019年第8期1308-1312,共5页
目的 利用全基因组测序技术寻找家族性原发性皮肤淀粉样变(FPCA)候选致病基因。方法 采用二代测序技术对一FPCA家系进行全基因组测序;筛选可能的致病性候选基因/位点,并进行Sanger测序验证。结果 在筛选出的26个候选基因中,低密度脂蛋... 目的 利用全基因组测序技术寻找家族性原发性皮肤淀粉样变(FPCA)候选致病基因。方法 采用二代测序技术对一FPCA家系进行全基因组测序;筛选可能的致病性候选基因/位点,并进行Sanger测序验证。结果 在筛选出的26个候选基因中,低密度脂蛋白受体相关蛋白(LRP6)基因在淀粉样前体蛋白的代谢过程、β淀粉样蛋白的产生中起重要作用;丝聚蛋白2(FLG2)基因与皮肤角化和屏障相关。另外,该家系患者抑瘤素M受体(OSMR)基因第1 538位鸟嘌呤G被腺嘌呤A取代(c.1 538G>A),导致第513号氨基酸序列由甘氨酸Gly转变为天冬氨酸Asp(p.Gly513Asp),而家族中健康成员均未检测出此突变。结论 ①LRP6、FLG2基因可能与原发性皮肤淀粉样变(PCA)相关,但需要进一步大样本量验证和相关的功能学研究。②OSMR基因p.Gly513Asp突变可能参与PCA发病。 展开更多
关键词 原发性皮肤淀粉样变 全基因组 OSMR基因 LRP6基因 FLG2基因
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感染性疾病的微生物宏基因组测序结果判读的比较
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作者 李曼诗 黄巍峰 陆一涵 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期624-629,共6页
目的分析感染性疾病的微生物宏基因组测序结果,比较两个数据库注释结果的一致性。方法收集感染性疾病患者的不同类型临床标本,进行宏基因组二代测序,分别采用NCBI NR数据库和MetaPhlAn2数据库注释测序结果,并进行一致性检验。结果2019年... 目的分析感染性疾病的微生物宏基因组测序结果,比较两个数据库注释结果的一致性。方法收集感染性疾病患者的不同类型临床标本,进行宏基因组二代测序,分别采用NCBI NR数据库和MetaPhlAn2数据库注释测序结果,并进行一致性检验。结果2019年6月—2020年10月,在上海市4家医院内收集疑似感染性疾病患者174份标本的宏基因组测序数据进行分析。NCBI数据库阳性检出率为67.2%,MetaPhlAn2数据库阳性检出率为93.1%。不同类型标本的微生物检出率存在差异,外周血和脑脊液的检出率相对较低,其他标本的检出率较高。基于原始注释结果,按照检出微生物种类(细菌、病毒、真菌、未检出),两个数据库的注释结果一致性仅为36.8%,Kappa值为0.1779(Z=5.2781,P<0.0001)。分别调整两个数据库的判读标准之后,一致性提升为73.0%,Kappa值为0.5712(Z=11.7362,P<0.0001);其中,脑脊液标本中微生物种类的检出一致性最高,为74.0%,Kappa值为0.5120(Z=5.1392,P<0.0001)。结论两个数据库均能注释识别存在的主要病原体。针对无菌部位标本的宏基因组测序结果注释,MetaPhlAn2数据库与传统的NCBI数据库一致性较好,可以作为后者的补充。 展开更多
关键词 宏基因组(mNGS) 感染性疾病 NCBI NR数据库 MetaPhlAn2数据库
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270例母血清学筛查高风险孕妇胎儿染色体拷贝数变异测序结果分析
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作者 宋胜楠 卢守莲 +1 位作者 唐艳 王珏 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期381-385,共5页
目的:探讨基于高通量测序的基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)技术在血清学筛查高风险人群产前诊断中的应用价值。方法:选取2018年1月至2021年10月介入性产前诊断病例中血清学筛查高风险孕妇共270例,分为单纯血清学筛查高风险组(A组186例)... 目的:探讨基于高通量测序的基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)技术在血清学筛查高风险人群产前诊断中的应用价值。方法:选取2018年1月至2021年10月介入性产前诊断病例中血清学筛查高风险孕妇共270例,分为单纯血清学筛查高风险组(A组186例)和血清学筛查高风险合并其他产前诊断指征组(B组84例),分析胎儿染色体拷贝数变异(CNVs)在血清学筛查高风险人群中的检出情况。结果:270例CNV-seq检测均成功,257例同时进行了染色体核型分析,255例培养成功。CNV-seq共检出胎儿CNVs 47例(17.4%),其中致病性基因组拷贝数变异(pCNVs)19例(7.0%)、临床意义不明的CNV(VUS)13例(4.8%)、可能良性及良性15例(5.6%)。结合染色体核型分析结果,均提示致病性异常的有11例;CNV-seq额外检出32例CNV,其中pCNVs7例、VUS 11例,良性和可能良性14例。CNV-seq漏检2例染色体平衡易位、3例染色体多态性。A组与B组相比,pCNVs检出率分别为1.6%(3/186)、19.0%(16/84),差异有统计学意义;VUS检出率分别为4.3%、6.0%,差异无统计学意义。结论:对于血清学筛查高风险人群,通过介入性产前诊断,同时进行胎儿染色体核型分析与CNV-seq检测,可以提高染色体异常的检出率。 展开更多
关键词 母血清学产前筛查 基因组拷贝数变异 染色体核型分析 产前诊断
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多发性骨髓瘤疾病发展阶段与骨髓全外显子组测序结果关系的初步研究 被引量:2
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作者 李清照 赵浒 +5 位作者 陈海梅 黄皇 彭娟 胡国瑜 沈婵娟 袁朝晖 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1750-1756,共7页
目的:初步探讨新发多发性骨髓瘤(MM)患者骨髓全外测序基因结果以分析MM患者基因克隆演变过程。方法:获取15例新发MM骨髓标本,提取基因组DNA,利用二代测序技术行全外显子组测序,利用自身口腔细胞作为胚系对照,结合临床信息,分析从高危无... 目的:初步探讨新发多发性骨髓瘤(MM)患者骨髓全外测序基因结果以分析MM患者基因克隆演变过程。方法:获取15例新发MM骨髓标本,提取基因组DNA,利用二代测序技术行全外显子组测序,利用自身口腔细胞作为胚系对照,结合临床信息,分析从高危无症状骨髓瘤到有症状骨髓瘤的基因突变情况,筛选出可能与硼替佐米疗效及副反应相关的基因。结果:除2例患者治疗时间短未观察到周围神经病变外,余患者都在接受含硼替佐米化疗治疗过程中出现了不同程度的周围神经病变,绝大部分患者在接受该硼替佐米相关化疗方案后病情得到缓解。所有患者的遗传性突变数量水平相当,但体细胞突变与疾病演变存在相关性。结论:不同阶段的骨髓瘤患者存在不同的基因“突变谱”,与疾病各阶段的进展存在关联。 展开更多
关键词 多发性骨髓瘤 全外显子 硼替佐米
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猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5扩增产物与其克隆后测序结果的比较
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作者 董友富 蒋广志 +5 位作者 唐伟明 王小泉 徐世富 高亚飞 孙裴 张振东 《中国动物检疫》 CAS 2022年第10期100-104,共5页
为了明确PCR产物直接测序与克隆后测序结果的差异,验证PCR产物直接测序的“准确性”,将从两个规模化猪场采集的组织样品(A、B)PRRSV ORF5 PCR阳性扩增产物胶回收后连接至pMD19-T载体,分别取15个阳性亚克隆单菌落,同原始PCR产物进行测序... 为了明确PCR产物直接测序与克隆后测序结果的差异,验证PCR产物直接测序的“准确性”,将从两个规模化猪场采集的组织样品(A、B)PRRSV ORF5 PCR阳性扩增产物胶回收后连接至pMD19-T载体,分别取15个阳性亚克隆单菌落,同原始PCR产物进行测序,对两个样品各获得的16条序列进行比对分析。结果显示:A、B两组样品16条序列间的核苷酸同源性分别为84.2%~100%、87.4%~100%,PCR产物与其15个亚克隆测序获得序列的核苷酸同源性分别为87.7%~97.3%、87.9%~100%。遗传演化分析方面:样品A序列与其亚克隆序列被划分在谱系1、5、8,占比分别为6.25%、87.50%、6.25%,与其12个亚克隆序列同属于谱系5;样品B与其亚克隆序列被划分在谱系5、8,占比分别为68.75%、31.25%,与其10个亚克隆序列同属于谱系5。结果表明,同一样品中PRRSV ORF5序列具有多样性,不同样品的PRRSV ORF5序列丰富度不同。结果提示,在生产实际中,通过PCR对PRRSV ORF5产物进行直接测序,对于了解场内流行毒株具有一定的指示意义。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 遗传变异 演化 多样性
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应用二代基因测序结果进行产前遗传学咨询的伦理学探讨 被引量:3
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作者 韩瑾 崔颖秋 +5 位作者 许澍铮 陆军燕 马玉红 杨济敏 彭拥花 刘玉娟 《中国医学伦理学》 2019年第10期1302-1306,1328,共6页
基于新一代测序结果的遗传学咨询的难度大大增加,遗传咨询医生必须重新界定咨询原则和咨询方式。基于二代测序结果的、符合医患双方共同利益的产前诊断指引,认为如产前诊断专业咨询人员面对高通量测序结果时,仍应该专注于目标疾病的诊断... 基于新一代测序结果的遗传学咨询的难度大大增加,遗传咨询医生必须重新界定咨询原则和咨询方式。基于二代测序结果的、符合医患双方共同利益的产前诊断指引,认为如产前诊断专业咨询人员面对高通量测序结果时,仍应该专注于目标疾病的诊断,但更加强调多学科参与从而给患者提供更加详实的咨询建议。针对不明意义突变基因数据的咨询必须谨慎,避免过度解读,应适当应用伦理学中的知情权/不知情权原则以最大限度减少患者焦虑。对于试图由基因诊断来预测胎儿出生后状态,遗传咨询医生应非常明确告知患者,胎儿某些表型尤其是微小异常表现和一些迟发性异常的表型,与产前检测基因关联度有限,任何情况下都不可以用不完善的相关基因资料和表征遗传学资料来预测胎儿产后发育状况。 展开更多
关键词 新一代 产前诊断 遗传学咨询 医学伦理
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三种DNA提取方法对半滑舌鳎肠道菌群高通量测序结果的影响 被引量:1
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作者 葛仑华 江博赟 +3 位作者 孙敬锋 吕爱军 胡秀彩 陈丽梅 《天津农学院学报》 CAS 2022年第3期29-35,共7页
本研究旨在分析不同DNA提取方法对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)肠道菌群结构分析结果的影响,并了解健康半滑舌鳎肠道菌群结构特征。通过溶菌酶结合超声波裂解法(CLU)、Zirmil-beating细胞破碎方法(ZBC)和QIA商业试剂盒三种方法提... 本研究旨在分析不同DNA提取方法对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)肠道菌群结构分析结果的影响,并了解健康半滑舌鳎肠道菌群结构特征。通过溶菌酶结合超声波裂解法(CLU)、Zirmil-beating细胞破碎方法(ZBC)和QIA商业试剂盒三种方法提取半滑舌鳎肠道菌群基因组DNA,采用Illumina MiSeq高通量测序分析三种方法提取的样品DNA,比较其菌群结构特征和多样性。结果显示,三种方法提取的样品经检测共得到7516个OTU,而且鉴定的优势菌门一致,主要包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋菌门(Spirochaetae)、拟杆菌门(Bacteroidetes)。通过Alpha多样性指数分析,CLU、ZBC、QIA方法对应的Chao1指数分别为5668、5868、4090;Simpson指数分别为0.021、0.022、0.018,QIA方法的Chao1和Simpson指数均低于其他两种方法。基于UniFrac距离矩阵进行Beta多样性分析显示CLU和QIA方法提取的样品之间的微生物群落结构和物种丰富度更相似。本研究表明不同方法提取的DNA经高通量测序分析鉴定到的主要优势菌群类别一致,但对一些丰度较低的菌群类别鉴定时存在偏差。 展开更多
关键词 高通量 DNA提取方法 半滑舌鳎 肠道菌群 组成结构
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英国发布新型冠状病毒完整基因组测序结果
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《中国家禽》 北大核心 2012年第22期69-69,共1页
前段时间一种与非典病毒相近的新型冠状病毒的出现曾引起各方高度关注,英国卫生部门目前发布了这种病毒的完整基因组测序结果,希望有助于对其研究和防治。新型冠状病毒之所以引起高度关注,是因为曾造成极大恐慌的非典(SARS)病毒与... 前段时间一种与非典病毒相近的新型冠状病毒的出现曾引起各方高度关注,英国卫生部门目前发布了这种病毒的完整基因组测序结果,希望有助于对其研究和防治。新型冠状病毒之所以引起高度关注,是因为曾造成极大恐慌的非典(SARS)病毒与它同属冠状病毒。但基因分析显示,与新型冠状病毒最接近的是2008年在荷兰发现的一种蝙蝠冠状病毒,而不是SAILS病毒。 展开更多
关键词 冠状病毒 基因组 英国 非典病毒 卫生部门 基因分析 蝙蝠
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一项国际科学家合作开展的基因组测序结果显示,红毛猩猩与人类的基因97%相同
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《生物学教学》 北大核心 2011年第7期73-73,共1页
据2011年1月28日《参考消息》援引西班牙《世界报》2011年1月26日报道,由来自7个国家的30多个实验室共同开展的一项猩猩基因组排序结果显示,红毛猩猩与人类的基因相似度达97%,表明与黑猩猩相比,红毛猩猩是人类的远亲。黑猩猩基因... 据2011年1月28日《参考消息》援引西班牙《世界报》2011年1月26日报道,由来自7个国家的30多个实验室共同开展的一项猩猩基因组排序结果显示,红毛猩猩与人类的基因相似度达97%,表明与黑猩猩相比,红毛猩猩是人类的远亲。黑猩猩基因组与人类的相似度为99%。 展开更多
关键词 基因组 黑猩猩 人类 显示 科学家 合作 国际 相似度
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基因测序结果揭示辣椒“辣”的原因
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《蔬菜》 2014年第3期75-75,共1页
辣椒是全世界种植最广泛的作物。近期其基因组序列由一个庞大的国际联合研究团队测出,其中包括美国加州大学戴维斯分校和韩国首尔国立大学。
关键词 基因 辣椒 原因 美国加州大学 基因组 国立大学 戴维斯 作物
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基于高通量测序技术对口腔扁平苔藓患者相关癌变差异LncRNAs的筛选与分析 被引量:1
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作者 董文亮 黄一丹 +2 位作者 郭文卓 杨慧霞 张敬 《实用口腔医学杂志》 北大核心 2025年第1期80-87,共8页
目的:筛选并分析口腔扁平苔藓(OLP)黏膜组织的长链非编码RNAs(LncRNAs)的癌变相关差异性表达谱,并对其功能进行初步分析,探索其在OLP发生发展过程中可能的作用。方法:收集OLP(糜烂型)病损黏膜组织和正常黏膜组织各5例,应用高通量测序技... 目的:筛选并分析口腔扁平苔藓(OLP)黏膜组织的长链非编码RNAs(LncRNAs)的癌变相关差异性表达谱,并对其功能进行初步分析,探索其在OLP发生发展过程中可能的作用。方法:收集OLP(糜烂型)病损黏膜组织和正常黏膜组织各5例,应用高通量测序技术构建OLP中基因差异表达谱,生物信息学分析得到与口腔扁平苔藓癌变关系密切的LncRNAs。结果:筛选获得400个与OLP相关的LncRNAs,其中250个表达上调,150个表达下调,得到5个与口腔扁平苔藓癌变相关的差异表达LncRNAs:54055、100128560、399717、378825、100130231。结论:筛选得到的OLP病损黏膜中差异表达LncRNAs400个,发现其中5个LncRNAs可能与OLP发病、癌变倾向相关。 展开更多
关键词 长链非编码RNAs 口腔扁平苔藓 高通量 生物信息学分析 癌变
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