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PCR产物直接测序检测乙型肝炎病毒耐药变异位点 被引量:9
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作者 孔令和 高素香 +3 位作者 柯云霞 杨剑 雷桂萍 史国香 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期277-279,共3页
目的研究采用PCR产物直接测序技术在乙型肝炎病毒(HBV)耐药变异位点检测的特异性和实用性。方法 166例经过核苷类似物治疗至少2年以上的慢性乙肝患者,提取血清HBVDNA,采用巢式PCR扩增,将所得的PCR产物进行琼脂糖电泳检测,阳性PCR产物直... 目的研究采用PCR产物直接测序技术在乙型肝炎病毒(HBV)耐药变异位点检测的特异性和实用性。方法 166例经过核苷类似物治疗至少2年以上的慢性乙肝患者,提取血清HBVDNA,采用巢式PCR扩增,将所得的PCR产物进行琼脂糖电泳检测,阳性PCR产物直接测序。对测序成功的样本进行耐药变异分析。结果 166例中有120例HBV DNA扩增电泳产物阳性,测序确定基因耐药变异位点有40例(24.1%,40/166);其具体分布为:L180M和M204V/I均变异17例(42.5%,17/40)、M204V/I变异lO例(25%,10/40)、N236T变异8例(20%,8/40)、L180M变异3例(7.5%,3/40)、A181V/T变异1例(2.5%,1/40)、A181V/T和N236T变异1例(2.5%,1/40)。120例患者测序确定基因耐药未测出变异位点有80例(66.66%,60/120)例。结论本院核苷类似物治疗2年以上患者,控制病毒疗效并不佳,有24%患者出现基因耐药。PCR产物直接测序法是目前检测HBV耐药变异的一种较好的方法,可用于专科医院临床检测。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 耐药突变 测序检测
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基于全基因组重测序的白化茶树mSNP标记开发及验证 被引量:2
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作者 刘浩然 张晨禹 +5 位作者 龚洋 叶圆圆 陈杰丹 陈亮 刘丁丁 马春雷 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期27-39,共13页
为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性,利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测。结果表明,基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类,且基本呈现出具... 为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性,利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测。结果表明,基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类,且基本呈现出具有亲缘关系或地理位置接近的资源聚在一起的趋势;对重测序数据进行功能注释后发现,在18份白化茶树资源中存在17 056个共有非同义突变基因,其中14个叶绿素合成相关基因中存在98个错义突变位点。随后,基于前期获得的基因组变异信息开发了一套包含59个mSNP、222个SNP位点的液相芯片,利用该液相芯片检测13份茶树资源的基因型信息。结果表明,同一品种两两之间的遗传相似度在92%~98%,不同品种间的遗传相似度则在84%以下,表明该芯片可对18份白化茶树资源进行准确鉴别,研究结果可为mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定、分子标记辅助育种等方面的应用奠定基础。 展开更多
关键词 茶树 mSNP分子标记 靶向基因型检测 遗传多样性 全基因组重
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基于农艺性状和SNP分子标记的湖南78份茶树种质资源遗传多样性研究 被引量:2
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作者 郭佳璐 璩馥榕 +5 位作者 蔡天晨 赵洋 杨培迪 刘勇 周跃斌 刘振 《茶叶科学》 北大核心 2025年第2期219-233,共15页
为明确湖南省茶树种质资源的遗传多样性,探明种质资源的遗传结构,并对其进行精准鉴定评价,本研究利用靶向测序基因型检测技术(GBTS)对湖南省内的78份茶树种质资源的76252个SNP位点进行了基因型检测和遗传多样性分析,并对这批资源的30项... 为明确湖南省茶树种质资源的遗传多样性,探明种质资源的遗传结构,并对其进行精准鉴定评价,本研究利用靶向测序基因型检测技术(GBTS)对湖南省内的78份茶树种质资源的76252个SNP位点进行了基因型检测和遗传多样性分析,并对这批资源的30项农艺性状和15项生化成分进行了精准鉴定。结果表明,78份湖南省茶树种质资源间存在比较丰富的遗传变异,表型性状的遗传多样性指数为0.07~2.08,变异系数为2.26%~47.50%,最小的是萼片数,最大的是叶齿深度;生化成分的遗传多样性指数为1.36~2.09,变异系数为5.90%~118.49%,最小的是水浸出物,最大的是没食子酸;欧氏距离为20时可将78份茶树种质资源分为5个类群,在第Ⅰ、Ⅲ类群中,叶长、叶片大小、叶基、酚氨比、没食子酸(GA)、茶碱(THEO)、没食子儿茶素(GC)、表没食子儿茶素(EGC)、表儿茶素(EC)、表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)、没食子儿茶素没食子酸酯(GCG)、表儿茶素没食子酸酯(ECG)均存在显著差异。基于78份资源的基因型检测结果构建系统进化树,可将78份资源分为3个类群。同时,本研究挖掘出表型性状特异、高氨基酸、高可可碱、高咖啡碱等功能成分特异茶树资源23份。相关研究结果可为湖南省茶树种质资源的保护和利用提供依据。 展开更多
关键词 茶树 种质资源 精准鉴定 靶向基因型检测 遗传多样性
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家驴40K液相芯片开发及其初步应用 被引量:1
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作者 李聪 刘书琴 +5 位作者 高峰 苏江天 王朝飞 拓少华 孙玉江 党瑞华 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期5538-5548,共11页
为加快我国家驴的分子选育进展,本研究收集国内外27个驴品种,共251头成年驴的全基因组重测序数据,结合国内外家驴重要性状遗传变异研究结果,设计了一款基于靶向测序基因型检测技术的家驴40K液相芯片。结果表明,家驴40K液相芯片中的变异... 为加快我国家驴的分子选育进展,本研究收集国内外27个驴品种,共251头成年驴的全基因组重测序数据,结合国内外家驴重要性状遗传变异研究结果,设计了一款基于靶向测序基因型检测技术的家驴40K液相芯片。结果表明,家驴40K液相芯片中的变异位点(45893个SNPs和1个InDel)在家驴基因组范围内的平均间距为61.8 kb。利用该芯片对210头成年德州驴母驴进行基因分型测试,所有测试样本的位点检出率为98.4%~99.2%,位点平均测序深度为133×,共有42575个位点的次等位基因频率大于0.35。使用芯片对20张驴皮样本进行了品种鉴定,初步验证了芯片的可用性。综上,本研究开发的家驴40K液相芯片作为首款大规模家驴基因型检测工具,具有位点密度高、多态性好、检出率高、应用性强等优势,可用于家驴早期的分子标记辅助选择、品种鉴定等方面,进一步提高家驴的育种效率。 展开更多
关键词 家驴 靶向基因型检测 液相芯片 育种
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急性淋巴细胞白血病的免疫分型和基因的研究 被引量:19
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作者 赵雪飞 王洪岩 +5 位作者 赵旭 程焕臣 李蔚 刘生伟 邱林 马军 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期947-952,共6页
目的:回顾性分析30例急性淋巴细胞白血病(ALL)患者的免疫分型,融合基因及基因突变的分子生物学检测结果,并探讨其与临床治疗效果及预后的关系。方法:选取哈尔滨市第一医院血液肿瘤研究中心2015年8月到2016年6月经过骨髓细胞形态学、免... 目的:回顾性分析30例急性淋巴细胞白血病(ALL)患者的免疫分型,融合基因及基因突变的分子生物学检测结果,并探讨其与临床治疗效果及预后的关系。方法:选取哈尔滨市第一医院血液肿瘤研究中心2015年8月到2016年6月经过骨髓细胞形态学、免疫表型、细胞遗传学、分子生物学等检查确诊的ALL患者30例,按照FAB标准分类,27例为B系ALL,3例为T系ALL。分析ALL患者白血病细胞膜表面及胞浆内分化抗原,并且对所有患者都进行43种融合基因定性筛查(BCR-ABL,AML1-ETO,PML-RARα等)和ALL基因突变(IKZF1,TP53,PAX5,JAK1,JAK2,CRLF2,PHF6,NOTCH1,FBXW7,PTEN)的二代测序(NGS)检测。结果:30例ALL患者中男性14例,女性16例,年龄2-74岁,中位年龄11.5岁。30例ALL中B-ALL发病率(90.00%)明显高于T-ALL(10.00%)。27例B-ALL患者主要表达CD19、CD22、CD10和CD34等。CD19和CD22是B-ALL最具有诊断价值的抗原;3例T-ALL主要表达cCD3、CD7、CD10和cTDT等,CD7和cCD3是T-ALL最具有诊断价值的抗原。30例ALL患者的43种融合基因定性筛查发现,BCR-ABL、TEL-AML1、E2A-PBX1、MLL-AF6、MLL-AF4和SIL-TAL融合基因阳性各1例,ALL相关基因突变的NGS检测结果表明,3例B-ALL患者发生TP53突变,1例B-ALL患者发生TET2 I1762V突变;3例患者(2例T-ALL,1例B-ALL)发现NOTCH1基因突变。1个疗程后成人B-ALL的治疗效果(28.57%)明显差于儿童B-ALL(95.00%),截止至2017年7月10日儿童B-ALL的生存率明显优于成人B-ALL,其差异都具有显著性意义。结论:白血病免疫分型技术及分子生物学检测技术在白血病的诊断、治疗方案的选择及疗效评价方面具有重要指导作用,是骨髓细胞形态学诊断的补充。 展开更多
关键词 急性淋巴细胞白血病 白血病免疫分型 融合基因定性筛查 基因突变的二代测序检测
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一例鸽圆环病毒和鸽疱疹病毒混合感染的诊治 被引量:7
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作者 兰世捷 陈亮 +5 位作者 苗艳 冯万宇 吴宪 李丹 沈思思 黄宝银 《现代畜牧科技》 2021年第1期11-13,共3页
为了确诊黑龙江省某赛鸽场的2~4月龄幼鸽发病死亡的原因,本实验根据临床症状和病理解剖情况,采集相应病料,利用PCR技术进行了鸽圆环病毒(PiCV)、鸽腺病毒(FAdV)和鸽疱疹病毒(PiHV)检测。PiCV扩增到了629bp目的条带,PiHV扩增到了242bp目... 为了确诊黑龙江省某赛鸽场的2~4月龄幼鸽发病死亡的原因,本实验根据临床症状和病理解剖情况,采集相应病料,利用PCR技术进行了鸽圆环病毒(PiCV)、鸽腺病毒(FAdV)和鸽疱疹病毒(PiHV)检测。PiCV扩增到了629bp目的条带,PiHV扩增到了242bp目的条带,FAdV无条带。结果表明:该赛鸽棚PiCV和PiHV均为阳性,FAdV为阴性。综合多项检测结果最终诊断该鸽场病死鸽的死亡原因为鸽圆环病毒和疱疹病毒混合感染。 展开更多
关键词 圆环病毒 疱疹病毒 PCR检测 诊治
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