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泡桐丛枝植原体Sec分泌蛋白转运系统3个亚基基因的克隆及蛋白特性分析 被引量:8
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作者 岳红妮 吴宽 +2 位作者 吴云锋 张珏 孙润红 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期25-31,共7页
采用PCR方法扩增Sec分泌蛋白转运系统3个亚基基因,并进行了生物信息学分析。通过SWISS-MODEL同源建模与3D-PSSM折叠子识别法构建蛋白质的三维结构,并通过PROCHECK程序验证构建的三维结构的可靠性。首次从泡桐丛枝(PaWB)植原体基因组中... 采用PCR方法扩增Sec分泌蛋白转运系统3个亚基基因,并进行了生物信息学分析。通过SWISS-MODEL同源建模与3D-PSSM折叠子识别法构建蛋白质的三维结构,并通过PROCHECK程序验证构建的三维结构的可靠性。首次从泡桐丛枝(PaWB)植原体基因组中分离出Sec分泌蛋白转运系统3个亚基基因,各基因全长依次为2 508、1 242 bp和411 bp,分别编码835、204个及136个氨基酸的蛋白。SecA、SecY和SecE均为脂溶性稳定蛋白,SecA无明显跨膜区,SecY和SecE分别含有10个和3个明显的疏水跨膜区。二级结构主要为螺旋,其次为折叠和无规则卷曲,没有转角。构建的三维结构符合立体化学原则。泡桐丛枝(PaWB)植原体中存在的Sec分泌蛋白转运系统作为最主要的运输途径,可能直接转运菌体蛋白如毒素等直接到寄主细胞质中或介体昆虫细胞中,引起寄主病症。研究植原体的Sec蛋白转运系统对于了解植原体的致病机理及预防这类病害的发生提供了理论依据。 展开更多
关键词 泡桐丛枝植原体 Sec分泌蛋白转运系统 SECA SecY和SecE亚基 生物信息学
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泡桐丛枝植原体河北平山和江西吉安株系胸苷酸激酶基因多态性分析 被引量:4
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作者 宋传生 胡佳续 +3 位作者 林彩丽 任争光 耿显胜 田国忠 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第8期108-118,共11页
设计引物并PCR扩增河北平山株系PaWBPs和江西吉安株系PaWBJan的tmk基因,直接和克隆测定tmk序列,利用DNAMAN,MEGA等软件进行序列多样性、序列变异、蛋白功能域、系统进化等比较分析。结果表明:从PaWBPs和PaWBJan中克隆测序的93条和41条tm... 设计引物并PCR扩增河北平山株系PaWBPs和江西吉安株系PaWBJan的tmk基因,直接和克隆测定tmk序列,利用DNAMAN,MEGA等软件进行序列多样性、序列变异、蛋白功能域、系统进化等比较分析。结果表明:从PaWBPs和PaWBJan中克隆测序的93条和41条tmk-a中,分别有52和24种不同的序列,tmk-a ORF可被划分为2类,tmk-a-1为639 bp,tmk-a-2为627 bp,PaWBPs株系tmk-a-1与tmk-a-2序列条数的比值约为2.5,而PaWBJan株系为3.3;PaWBPs有5个相同的tmk-a-1序列与PaWBJan的一个tmk-a-1序列及枣疯植原体tmk-Y序列完全一致。因多位点突变,PaWBPs含假基因比例达48.1%,PaWBJan的为41.7%;tmk-b基因为单一序列,两株系的tmkb核酸序列相似性为99.8%,编码蛋白仅有一个氨基酸差异。TMK-a和TMK-b中都具有胸苷酸激酶的3个保守功能域。系统进化分析显示,泡桐丛枝植原体的2个株系的所有tmk-a序列都与枣疯植原体tmk-X和tmk-Y等聚为一个进化枝Ⅰ中;而tmk-b与小麦蓝矮tmk-2等聚为另一进化枝Ⅲ,基于tmk-b序列和基于16S rDNA序列构建的系统进化树一致,tmk-b有助于植原体16Sr组水平的分类,而tmk-a可用于植原体株系变异和遗传多样性分析。 展开更多
关键词 泡桐丛枝植原体 胸苷酸激酶基因 假基因 功能域 变异 系统进化
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泡桐丛枝植原体抗原膜蛋白基因序列分析与蛋白结构预测 被引量:5
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作者 岳红妮 吴云锋 史英姿 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第2期147-151,共5页
Paulownia witches’-broom disease which was caused by the paulownia witches’-broom phytoplasma(PaWB) is one of the severest diseases in paulownia production.Antigenic membrane protein(Amp) gene was cloned from Paulow... Paulownia witches’-broom disease which was caused by the paulownia witches’-broom phytoplasma(PaWB) is one of the severest diseases in paulownia production.Antigenic membrane protein(Amp) gene was cloned from Paulownia plants infected with Paulownia witches’-broom phytoplasma in Shaanxi Province.The gene was 696 bp in length,encoding a predicted protein of 231 amino acids.Homology analysis of sequence from PaWB and other 8 phytoplasmas of GenBank available showed that amp gene of PaWB was 100% identical to PaWB-Japan,and closely related to those of onion yellow(AY) and aster yellow(OY) in the same 16Sr Ⅰgroup with nucleotide acids sequences homology rate of 97%;However it had a lower nucleotide acids sequences homology rate of 37% with western X disease in 16Sr Ⅲ group.Prediction of protein structure showed that molecular weight of Amp was 24.7 ku and isoelectric point was 9.935.The Amp protein possessed acentral hydrophilic region and two hydrophobic transmembrane regions.There were several potential cleavage sites of signal peptide,the strongest cleavage site was at the end of Amp and there was no potential cleavage sites in the middle Amp.The information suggested that the protein should be of good antigenicity. 展开更多
关键词 泡桐丛枝植原体 抗原膜蛋白基因 同源性 蛋白结构
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我国木本植物致病性土壤杆菌的分子检测和比较鉴定 被引量:5
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作者 田国忠 李永 +2 位作者 朱水芳 贾瑞祥 王慧敏 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第2期63-72,共10页
根据根癌土壤杆菌Ti质粒的保守序列设计了2对引物,对我国不同木本植物上分离鉴定的10株致病性根癌土壤杆菌进行PCR,致瘤性根癌土壤杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)扩增出427bp和338bp的特异性DNA片段,而发根土壤杆菌(A.rhizogenes)仅扩... 根据根癌土壤杆菌Ti质粒的保守序列设计了2对引物,对我国不同木本植物上分离鉴定的10株致病性根癌土壤杆菌进行PCR,致瘤性根癌土壤杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)扩增出427bp和338bp的特异性DNA片段,而发根土壤杆菌(A.rhizogenes)仅扩增出338bp片段,放线土壤杆菌(A.radiobacter)、丁香假单胞菌(Pseudomonassyringae)和泡桐丛枝病植原体(phytoplasma)皆未有特异扩增带。用CYTCYT’引物对也可鉴定TDNA遗传转化瘤组织,而VirD2AVirD2E可用于工程土壤杆菌株侵染能力鉴定。从北京通州杨树苗圃和河北廊坊桃园的病树冠瘿组织和土壤中经选择培养基分离菌株,然后PCR筛选出6个致病性根癌土壤杆菌菌株,而未能从施用过抗根癌生防制剂的北京玉渊潭公园樱花根癌病园中分离和鉴定出典型的致病根癌土壤杆菌株。将杨树根癌土壤杆菌菌株(CFCC1001)异戊烯基转移酶基因(ipt)片段克隆和序列测定结果显示与A.tumefaciensTi15955菌株的ipt基因序列同源性为83.64%。用此片段制备的iptcRNA基因探针进行斑点杂交和Northernblot,结果显示此探针与杨树根癌土壤杆菌以及玫瑰、樱花、海棠、桃树等木本植物上分离鉴定的致病土壤杆菌菌株所扩增出的427bp片段都有明显杂交信号,但与引起泡桐丛枝病植原体染色质和染色质外DNA均未有明显杂交信号。 展开更多
关键词 土壤杆菌 多聚酶链式反应 ipt和VirD2基因 核酸杂交 泡桐丛枝植原体
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