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题名水貂冠状病毒中国分离株全基因序列测定及分析
被引量：7
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作者
王楷宬
庄青叶
邱源
侯广宇
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机构
中国动物卫生与流行病学中心
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出处
《中国动物检疫》
CAS
2017年第12期88-91,共4页
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基金
国家重点研发计划项目(2017YFC1200500)
中国动物卫生与流行病学中心创新基金(2015IF-0004FF)
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文摘
为分析水貂冠状病毒中国分离株的遗传特征,采用高通量测序方法测定从山东省青岛市某养殖场分离的水貂冠状病毒基因组,首次报道了水貂冠状病毒中国分离株的全基因序列,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示:该病毒全基因组大小为28924 bp,具有与其他冠状病毒相似的基因组结构和基因顺序;5′端具有帽子结构,3′端具有poly(A)尾。该分离株与19株代表性毒株的全基因组和N基因进化和同源性分析都证实,该分离株与美国分离株的同源性较高,与其余2株水貂冠状病毒和2株雪貂冠状病毒同属于冠状病毒的一个新种。
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关键词
水貂冠状病毒
中国分离株
基因组分析
高通量测序
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Keywords
Mink coronavirus
Chinese isolates
genome analysis
high-throughput sequencing
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分类号
S851.3
[农业科学—预防兽医学]
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题名貂源冠状病毒与2019新型冠状病毒的遗传进化关系
被引量：1
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作者
杨艳玲
程世鹏
任林柱
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机构
中国农业科学院特产研究所
吉林大学动物科学学院
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出处
《中国动物检疫》
CAS
2020年第4期21-26,共6页
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基金
“十三五”国家重大科研专项(2016YFD0500900)
中国农业科学院创新工程基金项目(20140204066NY)
国家自然科学基金面上项目(31772747).
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文摘
为进一步明确貂源冠状病毒与新型人冠状病毒HCoV-19的遗传进化关系,比较了NCBI上公布的3株水貂冠状病毒、5株雪貂冠状病毒以及人冠状病毒HCoV-19和SARS-Cov的全基因组、ORF1a、ORF1ab和病毒表面蛋白Spike的序列同源性,分析了其遗传进化关系,以及组成病毒的结构蛋白和非结构蛋白的种类、基因位置及氨基酸数量。结果显示:貂源冠状病毒与新型冠状病毒HCoV-19全基因组、ORF1a、ORF1ab、Spike蛋白的相似性分别为68%、46.96%、52.44%、47.36%;貂源冠状病毒与HCoV-19不属于同一分支,且亲缘关系较远;同时,貂源冠状病毒与HCoV-19全基因组在蛋白组成、氨基酸数量、基因位置上均存在显著差异。结果表明,貂源冠状病毒与新型冠状病毒HCoV-19不是同一种冠状病毒,此次在人群中流行的新型冠状病毒HCoV-19由貂源冠状病毒重组而成的可能性很小,因此可初步排除HCoV-19来源于水貂和雪貂的可能性。
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关键词
水貂冠状病毒
新型冠状病毒(HCoV-19)
基因组
遗传进化关系
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Keywords
mink coronavirus
2019 novel coronavirus(HCoV-19)
genome
genetic evolutionary relationship
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分类号
S852.65
[农业科学—基础兽医学]
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