棉花精氨酸脱羧酶基因GhADC1克隆与表达分析 被引量：8

1

作者 李亚栋 默辉娟 +2 位作者 王省芬 孙艳香 马峙英 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2013年第4期291-299,共9页

以抑制性消减杂交(SSH)文库序列为基础,采用生物信息学和RT-PCR方法从陆地棉中克隆出精氨酸脱羧酶基因,命名为GhADC1,GenBank登录号为KC851856。该基因全长2954 bp,其中5'非翻译区477 bp,具有多个参与胁迫响应的顺式作用元件和一个... 以抑制性消减杂交(SSH)文库序列为基础,采用生物信息学和RT-PCR方法从陆地棉中克隆出精氨酸脱羧酶基因,命名为GhADC1,GenBank登录号为KC851856。该基因全长2954 bp,其中5'非翻译区477 bp,具有多个参与胁迫响应的顺式作用元件和一个编码8个氨基酸的微型编码序列(uORF);主编码区(mORF)2181 bp,共编码726个氨基酸,其中N端具有叶绿体定位信号肽。推测的GhADC1蛋白具有PLP结合位点及Orn/Dap/Arg脱羧酶的信号位点,属于典型的III型PLP依赖型精氨酸脱羧酶家族成员。荧光定量RT-PCR结果表明,正常条件下,GhADC1在叶片中表达量高于茎和根部组织,且在抗黄萎病品种冀棉20中的表达水平高于耐病品种中521;黄萎病菌胁迫能够快速诱导抗病品种根部GhADC1表达,而在耐病品种中未见明显差异,推测在抗病品种中GhADC1可能参与根部对黄萎病菌胁迫的早期应答。 展开更多

关键词 棉花 精氨酸脱羧酶基因 多胺 黄萎病菌 基因表达

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棉花S-腺苷蛋氨酸脱羧酶基因(GhSAMDC2/3/4)的克隆及其诱导表达分析 被引量：8

2

作者 王凡龙 朱华国 +3 位作者 程文翰 刘永昌 成新琪 孙杰 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2015年第2期176-183,共8页

利用电子克隆结合RT-PCR技术克隆获得陆地棉(Gossypium hirsutum L.)S-腺苷蛋氨酸脱羧酶(S-adenosylmethionine decarboxylase,SAMDC)基因家族3个基因,分别命名为Gh SAMDC2、Gh SAMDC3和GhSAMDC4。序列分析显示,该基因c DNA包含的upstre... 利用电子克隆结合RT-PCR技术克隆获得陆地棉(Gossypium hirsutum L.)S-腺苷蛋氨酸脱羧酶(S-adenosylmethionine decarboxylase,SAMDC)基因家族3个基因,分别命名为Gh SAMDC2、Gh SAMDC3和GhSAMDC4。序列分析显示,该基因c DNA包含的upstream ORF(u ORF)和main ORF(m ORF)为植物SAMDC基因特征ORF,其中m ORF长度分别为1068 bp、1110 bp和1032 bp,分别编码355、369和343个氨基酸。聚类分析表明,Gh SAMDC2/3蛋白与可可树(Theobroma cacao)SAMDC聚为一类,且Gh SAMDC2与GhSAMDC3蛋白亲缘关系最近;Gh SAMDC4与拟南芥At SAMDC4聚为一类。实时荧光定量PCR分析表明,Gh SAMDC2在茎中表达相对较高,随着纤维发育其表达量不断增加,在纤维发育后期其表达量达到最高;Gh SAMDC2/3/4在不同的胁迫条件下表现出不同的表达模式,Gh SAMDC2受低温和干旱胁迫诱导最强烈,Gh SAMDC3响应盐胁迫显著,Gh SAMDC4受ABA诱导强烈。上述结果为进一步研究棉花SAMDC基因功能奠定了一定基础。 展开更多

关键词 棉花 多胺 S-腺苷蛋氨酸脱羧酶基因 非生物胁迫

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苦豆子赖氨酸脱羧酶基因克隆与表达分析 被引量：6

3

作者 杨毅 陆姗姗 +1 位作者 刘萍 田蕾 《草业学报》 CSCD 北大核心 2016年第8期128-135,共8页

赖氨酸脱羧酶(lysine decarboxylase,LDC)基因是苦豆子中氧化苦参碱(oxymatrine,OMA)生物合成的第一个关键酶基因。根据近缘物种苦参的赖氨酸脱羧酶基因设计特异引物,同源克隆法克隆了苦豆子赖氨酸脱羧酶基因的蛋白质编码区序列,全长136... 赖氨酸脱羧酶(lysine decarboxylase,LDC)基因是苦豆子中氧化苦参碱(oxymatrine,OMA)生物合成的第一个关键酶基因。根据近缘物种苦参的赖氨酸脱羧酶基因设计特异引物,同源克隆法克隆了苦豆子赖氨酸脱羧酶基因的蛋白质编码区序列,全长1368bp,命名为Sa-LDC,GenBank登录号为KM249871。生物信息学分析表明SaLDC编码区序列无内含子,与苦参和狗苦参的LDC序列一致性均达到97%;属于Ⅲ型5-磷酸吡哆醛依赖酶[typeⅢpyridoxal 5-phosphate(PLP)-dependent enzymes,PLPDE-Ⅲ]超基因家族,功能活跃。Sa-LDC编码455个氨基酸残基,其编码的肽链相对分子质量49.14kD,理论等电点5.63,无信号肽和跨膜结构;在其氨基酸序列中具有产喹诺里西啶生物碱的特征性保守位点Phe^(340);系统进化树将苦豆子与其他产喹诺里西啶类生物碱的植物聚为一类。qPCR和HPLC检测显示,苦豆子赖氨酸脱羧酶基因的表达和氧化苦参碱的积累均受干旱胁迫的影响,且基因的表达量与氧化苦参碱的积累呈正相关关系。 展开更多

关键词 苦豆子 赖氨酸脱羧酶基因 基因克隆 基因表达 氧化苦参碱

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苦瓜果实S-腺苷蛋氨酸脱羧酶基因McSAMDC的克隆、表达及亚细胞定位 被引量：1

4

作者 高山 陈桂信 +3 位作者 许端祥 钟开勤 林义章 潘东明 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2013年第5期838-844,共7页

根据已构建苦瓜果实均一化文库中获得的1个与SAMDC基因相关的EST序列,采用3′RACE技术,克隆获得1个苦瓜SAMDC基因的cDNA全长序列,命名为McSAMDC(GenBank登录号为KC632099)。生物信息分析结果表明,该cDNA全长1 900 bp,5′UTR和3′UTR分别... 根据已构建苦瓜果实均一化文库中获得的1个与SAMDC基因相关的EST序列,采用3′RACE技术,克隆获得1个苦瓜SAMDC基因的cDNA全长序列,命名为McSAMDC(GenBank登录号为KC632099)。生物信息分析结果表明,该cDNA全长1 900 bp,5′UTR和3′UTR分别长501、325 bp。该cDNA序列存在3个开放读码框(微型tORF、上游读码框uORF和主读码框mORF),其中mORF长1 077 bp,编码358个氨基酸,预测分子量为39.31 ku,含有酶原剪切位点结构域和蛋白快速降解有关的PEST二个保守结构域。二级结构分析显示,McSAMDC含有无规卷曲(45.53%)、α-螺旋(29.33%)、伸展链(19.83%)、β-转角(5.31%)。序列分析结果表明,McSAMDC与拟南芥(CAA69073.1)、琴叶拟南芥(XP 002882231.1)和雪里红(AAS45435.1)的氨基酸序列相似性分别达到69%、68%和68%。亚细胞定位结果表明,McSAMDC定位在细胞质中。荧光定量结果表明,McSAMDC在果实膨大期表达量最高,并随之迅速下降,并从成熟初期至完全成熟期该基因表达量逐渐增大。 展开更多

关键词 苦瓜 S-腺苷蛋氨酸脱羧酶基因 亚细胞定位 实时荧光定量PCR

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聚合酶链反应检测乳酸菌酪氨酸脱羧酶基因 被引量：1

5

作者 李超 董明盛 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2004年第9期7-10,共4页

酪氨酸脱羧酶与乳酸菌发酵食品中酪胺的产生密切相关。根据从GenBank中检索到的酪氨酸脱羧酶基因序列设计一对特异性引物,采用PCR技术对乳酸菌的基因组DNA片段进行扩增,以此建立以酪氨酸脱羧酶基因为靶的产酪胺乳酸菌的分子生物学检测... 酪氨酸脱羧酶与乳酸菌发酵食品中酪胺的产生密切相关。根据从GenBank中检索到的酪氨酸脱羧酶基因序列设计一对特异性引物,采用PCR技术对乳酸菌的基因组DNA片段进行扩增,以此建立以酪氨酸脱羧酶基因为靶的产酪胺乳酸菌的分子生物学检测方法。结果表明,供试12株乳酸菌中有9株菌扩增出1133bpDNA片段。对其中3株菌的扩增产物进行DNA序列测定,测序结果采用国际互联网上NCBI的BLAST工具进行同源性检索分析,发现它与已知的Enterococcusfaecalis,Enterococcusfaecium,Carnobacteriumdivergens的酪氨酸脱羧酶基因序列均高度同源,其中PLP(5'-磷酸吡哆醛)的结合位点高度保守,证明该扩增产物是酪氨酸脱羧酶的基因片段。应用该法与常规平板检测法比较显示,二者检测结果基本一致,表明本研究建立的PCR方法可作为一种快速、高度特异的检测产酪胺乳酸菌菌株的新方法。 展开更多

关键词 聚合酶链反应 乳酸菌酪 氨酸脱羧酶基因 分子生物学 检测方法 食品 PCR方法

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基于盐胁迫的苦豆子种子生理特性和赖氨酸脱羧酶基因表达分析 被引量：5

6

作者 周玉梅 洪园淑 +2 位作者 李文娟 刘萍 田蕾 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第12期2755-2759,共5页

【目的】本文研究了盐胁迫下苦豆子萌发种子的生理特性和赖氨酸脱羧酶基因SaLDC表达量的变化。【方法】用NaCl溶液胁迫苦豆子种子,统计盐胁迫后种子的各项活力指标,测定子叶的PMP、MDA和Pro含量以及SOD、POD、CAT抗氧化酶活性。qPCR测定... 【目的】本文研究了盐胁迫下苦豆子萌发种子的生理特性和赖氨酸脱羧酶基因SaLDC表达量的变化。【方法】用NaCl溶液胁迫苦豆子种子,统计盐胁迫后种子的各项活力指标,测定子叶的PMP、MDA和Pro含量以及SOD、POD、CAT抗氧化酶活性。qPCR测定SaLDC表达量,HPLC测定Cad含量。【结果】随着NaCl溶液浓度的增加,种子的各项活力指标降低,相对盐害率上升。苦豆子能耐受NaCl溶液胁迫,保持种子正常萌发率达到50%的阈值为200 mmol·L-1。轻度盐胁迫(NaCl溶液≤100 mmol·L-1)时,POD酶起主要保护作用,在重度盐胁迫(NaCl溶液>200 mmol·L-1)下,CAT酶起主要保护作用;SaLDC在子叶中表达量最高,下胚轴中表达量最低,盐胁迫促使该基因表达上调;子叶中未检测到Cad,但在下胚轴和胚根中随NaCl溶液浓度的增加Cad含量降低。【结论】盐胁迫影响苦豆子种子的萌发和相关耐盐生理特性,SaLDC对盐胁迫的应答存在组织特异性。 展开更多

关键词 苦豆子 盐胁迫 赖氨酸脱羧酶基因(SaLDC) 尸胺 耐盐生理

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棉花色氨酸脱羧酶GhTDC基因促进烟草BY2细胞的伸长 被引量：1

7

作者 谢全亮 李榕 +2 位作者 贺怡 梁卓 李鸿彬 《石河子大学学报（自然科学版）》 CAS 2015年第6期661-666,共6页

色氨酸脱羧酶(Tryptophan decarboxylase,TDC)在生长素(Indoleacetic acid,IAA)合成和植物器官发育等过程中发挥重要作用,其参与纤维发育的研究现有报道。本研究将陆地棉Gh TDC基因转化烟草BY2悬浮细胞,分析TDC在细胞伸长发育过程中的... 色氨酸脱羧酶(Tryptophan decarboxylase,TDC)在生长素(Indoleacetic acid,IAA)合成和植物器官发育等过程中发挥重要作用,其参与纤维发育的研究现有报道。本研究将陆地棉Gh TDC基因转化烟草BY2悬浮细胞,分析TDC在细胞伸长发育过程中的功能。本研究采用RT-PCR方法从陆地棉胚珠和纤维组织中克隆得到Gh TDC基因,该基因的c DNA全长包含完整开放读码框为1491 bp,编码497个氨基酸的多肽,理论分子质量为54.67 ku。生物信息学分析结果表明,Gh TDC蛋白是一个亲水性蛋白,其含有磷酸吡哆醛结合位点和催化结构域。进化树分析结果表明,棉花Gh TDC与黑升麻Ar TDC的亲缘关系上较近。构建原核表达载体p ET32a-Gh TDC并转化大肠杆菌BL21(DE3)诱导表达,获得分子质量约为54 ku的重组蛋白,重组蛋白具有较高的酶催化活力。q RT-PCR结果分析结果表明,Gh TDC基因在纤维突起时期的开花前3 d和纤维快速伸长发育时期的开花后5-15 d表达丰度较高。将Gh TDC转基因转化烟草BY2悬浮细胞,烟草悬浮细胞的伸长发育获得了显著促进。本研究结果为研究Gh TDC基因在细胞伸长发育过程中的重要调控作用提供了参考。 展开更多

关键词 棉花 纤维发育 色氨酸脱羧酶基因 细胞伸长

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酒酒球菌中生物胺相关基因的检测 被引量：3

8

作者 赵艳卓 刘树文 《中国酿造》 CAS 北大核心 2011年第12期40-42,共3页

酒酒球菌在葡萄酒苹果酸-乳酸发酵过程中可通过脱羧基作用将氨基酸转化为生物胺。该研究采用PCR技术对27株酒酒球菌中与生物胺产生相关的基因-组氨酸脱羧酶基因、鸟氨酸脱羧酶基因、酪氨酸脱羧酶基因进行了检测,研究了这些菌株产生生物... 酒酒球菌在葡萄酒苹果酸-乳酸发酵过程中可通过脱羧基作用将氨基酸转化为生物胺。该研究采用PCR技术对27株酒酒球菌中与生物胺产生相关的基因-组氨酸脱羧酶基因、鸟氨酸脱羧酶基因、酪氨酸脱羧酶基因进行了检测,研究了这些菌株产生生物胺的特性。结果显示,所有菌株均不含有组氨酸脱羧酶基因、鸟氨酸脱羧酶基因、酪氨酸脱羧酶基因,不具有产生组胺、腐胺和酪胺的能力,因而具有较高的生物胺代谢安全性。 展开更多

关键词 酒酒球菌 组氨酸脱羧酶基因 酪氨酸脱羧酶基因 鸟氨酸脱羧酶 聚合酶链反应

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甘蓝型油菜BnADC基因的克隆及原核表达 被引量：1

9

作者 洪林 闫晓红 +5 位作者 袁亚宾 刘王辉 胡长清 李晨 陈春丽 魏文辉 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期8-15,共8页

利用同源克隆和RACE(Rapid amplification of cDNA ends)技术从甘蓝型油菜中克隆到精氨酸脱羧酶(Arginine decarboxylase,ADC)基因cDNA全长序列,命名为BnADC。BnADC全长为2 649bp,包含344bp的5'非翻译区(5'Untranslated region,... 利用同源克隆和RACE(Rapid amplification of cDNA ends)技术从甘蓝型油菜中克隆到精氨酸脱羧酶(Arginine decarboxylase,ADC)基因cDNA全长序列,命名为BnADC。BnADC全长为2 649bp,包含344bp的5'非翻译区(5'Untranslated region,5'-UTR)、226bp的3'非翻译区(3'Untranslated region,3'-UTR)和2 079bp的完整开放阅读框(open reading frame,ORF),编码75.1kD的蛋白质。5'-UTR中含有12bp的uORF(Upstream open readingframe),编码MIRE 4个氨基酸。氨基酸同源性比对表明,BnADC蛋白与其他植物ADC蛋白具有很高的相似性,与芥菜的同源性高达93%;系统进化树分析表明,BnADC与芥菜、拟南芥的ADC亲缘关系较近。在获得全长cDNA的基础上,构建融合表达载体pET30a(+)-BnADC,转化大肠杆菌(Escherichia coli)表达菌株BL21(DE3),SDS-PAGE检测到一个约81.1kD的融合蛋白被E.coil表达,且融合蛋白主要存在于菌体沉淀中。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 精氨酸脱羧酶基因 同源克隆 RACE 原核表达

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甘蓝型油菜ADC基因片段的克隆及序列分析 被引量：1

10

作者 洪林 闫晓红 +2 位作者 李晨 刘正富 魏文辉 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期135-140,共6页

【目的】克隆甘蓝型油菜精氨酸脱羧酶(ADC)基因的cDNA片段,为进一步获得ADC基因全长及研究其的生物学功能奠定基础。【方法】以甘蓝型油菜(Brassica napus L.)品种中双6号的花蕾为材料,设计简并引物,采用同源克隆法扩增ADC基因的cDNA片... 【目的】克隆甘蓝型油菜精氨酸脱羧酶(ADC)基因的cDNA片段,为进一步获得ADC基因全长及研究其的生物学功能奠定基础。【方法】以甘蓝型油菜(Brassica napus L.)品种中双6号的花蕾为材料,设计简并引物,采用同源克隆法扩增ADC基因的cDNA片段。【结果】成功扩增获得8个不同的ADC基因拷贝,按长度将其分为1011、999、981bp3类,8个拷贝核苷酸序列之间的同源性为81%～99%,其推导氨基酸序列之间的同源性为86%～99%。1011bp片段包含3种不同的序列S1～S3,序列间存在9个单核苷酸多态性(SNP)位点。999bp序列包含S4和S5,具有3个SNP位点,两个区段出现连续碱基缺失。981bp序列包含S6～S8,发现14个SNP位点,且第67位核苷酸出现无义突变,4个区段发生碱基缺失。序列S4～S8共同缺失第632～634、642～650位的核苷酸小片段。氨基酸同源比对和系统进化分析结果表明,8个不同ADC基因拷贝与芥菜(Brassica juncea L.)、拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)、盐芥(Thellungiella halophila L.)等物种的ADC基因同源性高,亲缘关系近。【结论】所获得的8个基因拷贝即为来自于甘蓝型油菜ADC基因的片段。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 精氨酸脱羧酶(ADC)基因 同源克隆 序列分析

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产酪胺粪肠球菌和屎肠球菌PCR检测方法的建立 被引量：1

11

作者 舒蕊华 卢士玲 徐幸莲 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第18期176-179,共4页

目的:建立快速简便地检测产酪胺粪肠球菌(Enterococcus faecalis)和屎肠球菌(Enterococcus faecium)的PCR方法。方法:将粪肠球菌和屎肠球菌的酪氨酸脱羧酶基因与GenBank数据库中已公布的细菌的酪氨酸脱羧酶基因进行比对,根据它们的非保... 目的:建立快速简便地检测产酪胺粪肠球菌(Enterococcus faecalis)和屎肠球菌(Enterococcus faecium)的PCR方法。方法:将粪肠球菌和屎肠球菌的酪氨酸脱羧酶基因与GenBank数据库中已公布的细菌的酪氨酸脱羧酶基因进行比对,根据它们的非保守序列,分别设计粪肠球菌和屎肠球菌的特异性引物,建立检测产酪胺粪肠球菌和屎肠球菌的PCR方法。结果:根据非保守序列,分别设计粪肠球菌和屎肠球菌的特异性引物,用27株细菌对这两对引物分别进行反复验证,结果显示,所设计的两对引物都只对其目的菌株产生特异性扩增,对其他菌株没有扩增,方法的检测限可达到1.0×102CFU/mL。结论:本方法具有良好的特异性、稳定性和灵敏性,可用作食品中产酪胺粪肠球菌和屎肠球菌的检测。 展开更多

关键词 粪肠球菌 屎肠球菌 酪氨酸脱羧酶基因 聚合酶链式反应

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苦豆子SaLDC密码子偏好性分析、优化及原核表达 被引量：7

12

作者 洪园淑 周玉梅 +1 位作者 李文娟 刘萍 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期429-435,共7页

目的研究苦豆子SaLDC密码子偏好性、优化及原核表达。方法运用EMBOSS在线程序中的CHIPS、CUSP和CodonW软件分析SaLDC密码子的偏好性,根据大肠杆菌密码子的偏好性对SaLDC密码子进行优化,并将优化后的基因命名为optSaLDC;构建重组表达载体... 目的研究苦豆子SaLDC密码子偏好性、优化及原核表达。方法运用EMBOSS在线程序中的CHIPS、CUSP和CodonW软件分析SaLDC密码子的偏好性,根据大肠杆菌密码子的偏好性对SaLDC密码子进行优化,并将优化后的基因命名为optSaLDC;构建重组表达载体pET⁃28a(+)⁃optSaLDC,转化大肠杆菌BL21(DE3);IPTG诱导SaLDC蛋白表达,并对表达蛋白进行质谱分析。结果SaLDC有28个密码子的RSCU值>1.00,偏好使用以A/T结尾的密码子;SaLDC的密码子使用偏好性与拟南芥最接近,与大肠杆菌差别最大。优化后的optSaLDC在大肠杆菌中最佳表达条件为IPTG浓度1.0 mmol/L,诱导温度15℃,诱导时间16 h。LC⁃MS/MS鉴定诱导得到的SaLDC蛋白分子质量为48990.51 Da。结论诱导获得的optSaLDC纯化蛋白可用于后续体外SaLDC酶活性分析,为深入研究该基因的功能提供依据。 展开更多

关键词 苦豆子 赖氨酸脱羧酶基因(SaLDC) 密码子偏好性 密码子优化 原核表达

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