对20种氨基酸的457种性质参数按疏水性质、电性特征、氢键贡献和立体特征进行分类后,并各自进行主成分分析(PCA),得到一种新的氨基酸结构描述符SVHEHS(score vector of hydrophilicity,electronic,hydrogen bondcontribution and steric...对20种氨基酸的457种性质参数按疏水性质、电性特征、氢键贡献和立体特征进行分类后,并各自进行主成分分析(PCA),得到一种新的氨基酸结构描述符SVHEHS(score vector of hydrophilicity,electronic,hydrogen bondcontribution and steric properties)。用该描述符分别对一系列血管紧张素转化酶抑制二肽以及苦味二肽进行序列表征,并用来与生物活性建立多元线性回归模型。血管紧张素转化酶抑制二肽、苦味二肽模型的相关系数、交叉验证相关系数、均方根误差分别为0.936、0.854、0.259和0.949、0.886、0.136,同时还对所得模型进行了外部验证。结果表明,该描述符建立的模型具有较好的拟合与预测能力,用于生物活性肽的定量构效关系研究是理想的。展开更多
从20种天然氨基酸的41个randic molecular profiles非零描述符、44个eigenvalue based indices非零描述符和47个walk and path counts非零描述符分别进行主成分分析,得出一种新的氨基酸描述符-SVREW。将其应用于血管紧张素转化酶(ACE)...从20种天然氨基酸的41个randic molecular profiles非零描述符、44个eigenvalue based indices非零描述符和47个walk and path counts非零描述符分别进行主成分分析,得出一种新的氨基酸描述符-SVREW。将其应用于血管紧张素转化酶(ACE)抑制二肽和ACE抑制三肽、苦味二肽和苦味四肽、后叶催产素类似物、HLA-A*0201限制性CTL表位肽的结构表征,应用多元线性回归(MLR)建立定量构效关系模型,同时采用内部与外部双重验证的方法验证模型的稳定性。所建ACE抑制二肽、ACE抑制三肽、苦味二肽、苦味四肽、后叶催产素类似物、HLA-A*0201限制性CTL表位肽的模型复相关系数(R2cum)分别为0.994,0.797,0.948,0.878,0.686,0.720;留一法交互校验复相关系数(R2cv)分别为0.955,0.859,0.879,0.958,0.796,0.843;外部样本校验相关系数(Q2ext)分别为0.990,0.954,0.890,0.950,0.748,0.773。经研究表明SVREW描述符用于肽分子结构表征所建模型的稳定性与预测能力均较好,有望成为多肽定量构效关系研究中一种有效的结构表征方法,可对新药物的发现和研究提供指导。展开更多
文摘对20种氨基酸的457种性质参数按疏水性质、电性特征、氢键贡献和立体特征进行分类后,并各自进行主成分分析(PCA),得到一种新的氨基酸结构描述符SVHEHS(score vector of hydrophilicity,electronic,hydrogen bondcontribution and steric properties)。用该描述符分别对一系列血管紧张素转化酶抑制二肽以及苦味二肽进行序列表征,并用来与生物活性建立多元线性回归模型。血管紧张素转化酶抑制二肽、苦味二肽模型的相关系数、交叉验证相关系数、均方根误差分别为0.936、0.854、0.259和0.949、0.886、0.136,同时还对所得模型进行了外部验证。结果表明,该描述符建立的模型具有较好的拟合与预测能力,用于生物活性肽的定量构效关系研究是理想的。
文摘从20种天然氨基酸的41个randic molecular profiles非零描述符、44个eigenvalue based indices非零描述符和47个walk and path counts非零描述符分别进行主成分分析,得出一种新的氨基酸描述符-SVREW。将其应用于血管紧张素转化酶(ACE)抑制二肽和ACE抑制三肽、苦味二肽和苦味四肽、后叶催产素类似物、HLA-A*0201限制性CTL表位肽的结构表征,应用多元线性回归(MLR)建立定量构效关系模型,同时采用内部与外部双重验证的方法验证模型的稳定性。所建ACE抑制二肽、ACE抑制三肽、苦味二肽、苦味四肽、后叶催产素类似物、HLA-A*0201限制性CTL表位肽的模型复相关系数(R2cum)分别为0.994,0.797,0.948,0.878,0.686,0.720;留一法交互校验复相关系数(R2cv)分别为0.955,0.859,0.879,0.958,0.796,0.843;外部样本校验相关系数(Q2ext)分别为0.990,0.954,0.890,0.950,0.748,0.773。经研究表明SVREW描述符用于肽分子结构表征所建模型的稳定性与预测能力均较好,有望成为多肽定量构效关系研究中一种有效的结构表征方法,可对新药物的发现和研究提供指导。
