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平衡态与非平衡态分子溶剂化自由能的计算效率比较
1
作者
李鹏飞
王美婷
梅晔
《华东师范大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第1期83-92,共10页
着眼于13个中性氨基酸侧链类似物在水中的溶剂化自由能的计算,来比较两种计算自由能的平衡态动力学模拟和非平衡态动力学模拟方法在高性能计算机上的表现.研究发现,利用非平衡态动力学模拟来计算自由能除了在准确度上和平衡态动力学模...
着眼于13个中性氨基酸侧链类似物在水中的溶剂化自由能的计算,来比较两种计算自由能的平衡态动力学模拟和非平衡态动力学模拟方法在高性能计算机上的表现.研究发现,利用非平衡态动力学模拟来计算自由能除了在准确度上和平衡态动力学模拟的计算一致之外,在计算效率和实际所需时间上,非平衡方法计算效率更高,实际所需时间更少.
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关键词
溶剂化自由能
氨基酸侧链类似物
平衡态动力学模拟
非平衡态动力学模拟
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职称材料
题名
平衡态与非平衡态分子溶剂化自由能的计算效率比较
1
作者
李鹏飞
王美婷
梅晔
机构
华东师范大学精密光谱科学与技术国家重点实验室
出处
《华东师范大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第1期83-92,共10页
基金
国家自然科学基金(21773066)
文摘
着眼于13个中性氨基酸侧链类似物在水中的溶剂化自由能的计算,来比较两种计算自由能的平衡态动力学模拟和非平衡态动力学模拟方法在高性能计算机上的表现.研究发现,利用非平衡态动力学模拟来计算自由能除了在准确度上和平衡态动力学模拟的计算一致之外,在计算效率和实际所需时间上,非平衡方法计算效率更高,实际所需时间更少.
关键词
溶剂化自由能
氨基酸侧链类似物
平衡态动力学模拟
非平衡态动力学模拟
Keywords
solvation free energies
side chain analogs of amino acids
equilibrium molecular dynamic simulations
nonequilibrium molecular dynamic simulations
分类号
O469 [理学—凝聚态物理]
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作者
出处
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1
平衡态与非平衡态分子溶剂化自由能的计算效率比较
李鹏飞
王美婷
梅晔
《华东师范大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019
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