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不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析
被引量：
1
1
作者
顾万君
周童
+2 位作者
马建民
孙啸
陆祖宏
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004年第1期72-77,共6页
在传统的Chou Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息 ,计算了 2 0 0个蛋白 ( 4 9种全α结构蛋白 ,69种全β结构蛋白 ,38种α + β结构蛋白 ,44种α/β结构蛋白 )中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构 (...
在传统的Chou Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息 ,计算了 2 0 0个蛋白 ( 4 9种全α结构蛋白 ,69种全β结构蛋白 ,38种α + β结构蛋白 ,44种α/β结构蛋白 )中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构 (α :螺旋 ,β :折叠 ,C :卷曲 )的偏向性参数 .通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析 ,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息 .
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关键词
同义密码子使用
氨基酸二级结构偏向性
蛋白质
二级
结构
预测
蛋白质折叠类型
蛋白设计
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职称材料
不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用
被引量：
9
2
作者
顾万君
马建民
+2 位作者
周童
孙啸
陆祖宏
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2002年第3期362-366,共5页
对 1 95个编码不同折叠类型蛋白 (5 0种全α结构蛋白 ,6 6种全 β结构蛋白 ,3 7种α +β结构蛋白 ,42种α/β结构蛋白 )基因的密码子使用偏性的方差分析研究表明 ,不同折叠类型蛋白的密码子使用偏性有着显著的区别 .特定折叠类型的蛋白...
对 1 95个编码不同折叠类型蛋白 (5 0种全α结构蛋白 ,6 6种全 β结构蛋白 ,3 7种α +β结构蛋白 ,42种α/β结构蛋白 )基因的密码子使用偏性的方差分析研究表明 ,不同折叠类型蛋白的密码子使用偏性有着显著的区别 .特定折叠类型的蛋白有着特定的编码基因的密码子使用模式 .这一结果表明 ,在蛋白质折叠类型和蛋白质二级结构的预测过程中 ,编码基因的密码子使用偏性可以作为蛋白质一级结构以外的一项重要的预测标准 .
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关键词
编码基因
密码子
蛋白质
折叠类型
二级
结构
预测
方差分析
使用偏
性
氨基酸
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职称材料
白纹佛蝗线粒体全基因组序列(英文)
被引量：
7
3
作者
师红雯
丁方美
黄原
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第7期604-611,共8页
通过长PCR扩增线粒体全基因组进行保守引物步移法结合克隆测序技术,对白纹佛蝗mtDNA全序列进行了测定和分析.结果表明：白纹佛蝗线粒体基因组全长15 657 bp,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因以及1个非编码的控制区域,...
通过长PCR扩增线粒体全基因组进行保守引物步移法结合克隆测序技术,对白纹佛蝗mtDNA全序列进行了测定和分析.结果表明：白纹佛蝗线粒体基因组全长15 657 bp,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因以及1个非编码的控制区域,它们的长度分别是11 202 bp,1 486 bp,2 156 bp和728 bp.37个基因的位置与飞蝗的一致,有9对基因间存在41 bp重叠,重叠碱基数在1 ～8 bp之间;基因间隔序列共计21处126 bp,间隔长度从1 ～20 bp不等,最大的基因间隔是20 bp,是在tRNALys和ATP8基因之间.还对lrRNA和srRNA二级结构进行了预测,同时也对tRNA反密码子臂的碱基对类型以及不同链上蛋白编码基因的A/T,C/G组成偏向性进行了详细的讨论.
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关键词
线粒体基因组
rRNA
二级
结构
TRNA基因
链
偏向
性
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职称材料
题名
不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析
被引量：
1
1
作者
顾万君
周童
马建民
孙啸
陆祖宏
机构
东南大学吴健雄实验室
出处
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004年第1期72-77,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目 ( 60 12 110 1)
文摘
在传统的Chou Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息 ,计算了 2 0 0个蛋白 ( 4 9种全α结构蛋白 ,69种全β结构蛋白 ,38种α + β结构蛋白 ,44种α/β结构蛋白 )中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构 (α :螺旋 ,β :折叠 ,C :卷曲 )的偏向性参数 .通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析 ,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息 .
关键词
同义密码子使用
氨基酸二级结构偏向性
蛋白质
二级
结构
预测
蛋白质折叠类型
蛋白设计
Keywords
synonymous codon usage
secondary structural propensity of amino acid
protein secondary structure prediction
protein folding type
protein design
分类号
Q52 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用
被引量：
9
2
作者
顾万君
马建民
周童
孙啸
陆祖宏
机构
东南大学吴健雄实验室
出处
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2002年第3期362-366,共5页
基金
国家重大基础研究项目 (G19980 5 12 0 0 )
国家自然科学基金资助项目 ( 6 95 2 5 10 2 )
文摘
对 1 95个编码不同折叠类型蛋白 (5 0种全α结构蛋白 ,6 6种全 β结构蛋白 ,3 7种α +β结构蛋白 ,42种α/β结构蛋白 )基因的密码子使用偏性的方差分析研究表明 ,不同折叠类型蛋白的密码子使用偏性有着显著的区别 .特定折叠类型的蛋白有着特定的编码基因的密码子使用模式 .这一结果表明 ,在蛋白质折叠类型和蛋白质二级结构的预测过程中 ,编码基因的密码子使用偏性可以作为蛋白质一级结构以外的一项重要的预测标准 .
关键词
编码基因
密码子
蛋白质
折叠类型
二级
结构
预测
方差分析
使用偏
性
氨基酸
Keywords
codon usage bias
protein folding type
protein secondary structure prediction
variance analysis
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
白纹佛蝗线粒体全基因组序列(英文)
被引量：
7
3
作者
师红雯
丁方美
黄原
机构
陕西师范大学生命科学学院
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第7期604-611,共8页
基金
国家自然科学基金(No30470238)资助~~
文摘
通过长PCR扩增线粒体全基因组进行保守引物步移法结合克隆测序技术,对白纹佛蝗mtDNA全序列进行了测定和分析.结果表明：白纹佛蝗线粒体基因组全长15 657 bp,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因以及1个非编码的控制区域,它们的长度分别是11 202 bp,1 486 bp,2 156 bp和728 bp.37个基因的位置与飞蝗的一致,有9对基因间存在41 bp重叠,重叠碱基数在1 ～8 bp之间;基因间隔序列共计21处126 bp,间隔长度从1 ～20 bp不等,最大的基因间隔是20 bp,是在tRNALys和ATP8基因之间.还对lrRNA和srRNA二级结构进行了预测,同时也对tRNA反密码子臂的碱基对类型以及不同链上蛋白编码基因的A/T,C/G组成偏向性进行了详细的讨论.
关键词
线粒体基因组
rRNA
二级
结构
TRNA基因
链
偏向
性
Keywords
mitochondrial genome
rRNA secondary structure
tRNA genes
strand bias
分类号
Q96 [生物学—昆虫学]
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析
顾万君
周童
马建民
孙啸
陆祖宏
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004
1
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职称材料
2
不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用
顾万君
马建民
周童
孙啸
陆祖宏
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2002
9
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
白纹佛蝗线粒体全基因组序列(英文)
师红雯
丁方美
黄原
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008
7
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职称材料
已选择
0
条
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