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基于比较基因组学解析两歧双歧杆菌B1628遗传背景及潜在益生基因 被引量：1
1
作者 田桂铭 周润芝 +3 位作者 吴琼 赵飞燕 李伟程 于洁 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第3期72-80,共9页
该研究团队前期从健康婴儿粪便分离得到有较好耐酸耐胆盐能力的两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)B1628,其灭活菌体可以缓解炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)小鼠结肠炎症性水肿,具有潜在应用价值。该研究基于生物信息... 该研究团队前期从健康婴儿粪便分离得到有较好耐酸耐胆盐能力的两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)B1628,其灭活菌体可以缓解炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)小鼠结肠炎症性水肿,具有潜在应用价值。该研究基于生物信息学分析探究B.bifidum B1628的遗传背景和潜在益生基因,为其开发应用提供理论指导。对B.bifidum B1628进行Illumina与Oxford Nanopore结合的全基因组测序,结合NCBI Refseq数据库中119株B.bifidum基因组进行比较基因组学分析。B.bifidum B1628基因组仅有1条2234414 bp的环状染色体且不含质粒,GC含量为62.4%,包含1769个蛋白质编码区。120株B.bifidum共包含6554个泛基因,呈开放型。基于987个核心基因构建系统发育树,120株B.bifidum聚为8个不同的分支,呈地区聚集性,B.bifidum B1628属于分支1,该分支菌株均分离自中国。功能分析发现B.bifidum B1628包含叶酸、色氨酸、乳酸合成基因,耐酸、耐胆盐、氧化应激等与环境压力相关基因以及CRISPR-Cas适应性免疫系统。该研究揭示了B.bifidum B1628全基因组特征,发现多个潜在益生基因,为该菌株开发利用及产业化提供数据参考。 展开更多
关键词 两歧双歧杆菌 比较基因组学 遗传背景 潜在益生基因
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去甲基甲基萘醌菌LLJ775的全基因组测序和比较基因组学分析
2
作者 孙凯 尹福 +3 位作者 刘莉君 王双 张晓华 于敏 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期70-86,共17页
为了探究在冲绳海槽热液区中分离得到的一株新型去甲基甲基萘醌菌(Demequina sp.)LLJ775在海洋极端环境下的代谢机制与次级代谢产物合成能力,本研究对该菌株及同属参考菌株进行了比较基因组学分析。首先采用全基因组测序得到去甲基甲基... 为了探究在冲绳海槽热液区中分离得到的一株新型去甲基甲基萘醌菌(Demequina sp.)LLJ775在海洋极端环境下的代谢机制与次级代谢产物合成能力,本研究对该菌株及同属参考菌株进行了比较基因组学分析。首先采用全基因组测序得到去甲基甲基萘醌菌LLJ775基因组完成图,通过系统发育学分析确定其进化地位,以对基因组进行功能注释分析与比较基因组学分析,从而探究该菌株的代谢特征和遗传潜力。去甲基甲基萘醌菌LLJ775基因组大小为2822402 bp,GC含量69.3%,共编码2738个基因。通过16S rRNA基因及单拷贝核心基因的系统发育分析发现,该菌株与同属菌株相似度较低(最高为98.41%),初步判断为该属的新种。功能注释分析发现,其复制、重组和修复相关基因占比高于同属菌株;乙醛酸支路代谢通路、亚硝酸盐还原途径和ABC型铁转运蛋白等编码基因的存在增强了该菌株对热液极端环境的适应性。此外,该菌株中还注释到碳酸酐酶、β-葡萄糖苷酶、异淀粉酶和透明质酸合酶等碳水化合物活性酶,以及番茄红素合成相关基因簇和其他次级代谢产物合成基因,说明该菌株具有极高的潜在应用价值。本研究通过全基因组测序及比较基因组学分析,揭示了新型去甲基甲基萘醌菌LLJ775的代谢潜力,为深入了解其对热液环境的适应机制提供了参考,也为发掘其应用前景提供了理论依据。 展开更多
关键词 冲绳海槽 深海热液区 去甲基甲基萘醌菌LLJ775 全基因组测序 比较基因组学分析
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基于糖苷水解酶家族基因的双歧杆菌比较基因组学分析及其在两歧双歧杆菌分离中的应用
3
作者 李岩 于航 +3 位作者 陈思远 姜楠 赵鹏昊 孟祥晨 《食品科学》 北大核心 2025年第5期114-123,共10页
本研究旨在比较分析双歧杆菌共有与特有的糖苷水解酶家族基因,在此基础上建立一种从婴儿粪便样本中快速分离目标双歧杆菌的方法。首先比较分析短双歧杆菌(Bifidobacterium breve)、长双歧杆菌长亚种(B. longum subsp. longum)、两歧双... 本研究旨在比较分析双歧杆菌共有与特有的糖苷水解酶家族基因,在此基础上建立一种从婴儿粪便样本中快速分离目标双歧杆菌的方法。首先比较分析短双歧杆菌(Bifidobacterium breve)、长双歧杆菌长亚种(B. longum subsp. longum)、两歧双歧杆菌(B. bifidum)和长双歧杆菌婴儿亚种(B. longum subsp. infantis)4种双歧杆菌的糖苷水解酶家族基因,发现这些菌株在糖苷水解酶家族基因上存在共有及特有模式,可作为双歧杆菌分离和鉴定的分子标记。基于菌落聚合酶链式反应和核酸电泳技术,成功开发出一种快速分离和初步鉴定上述双歧杆菌的方法,并将其应用于B. bifidum的分离,该方法不仅提高了分离效率,而且降低了成本。本研究结果有利于加深对双歧杆菌属细菌多样性的认识,可为未来益生菌的研发奠定基础。 展开更多
关键词 比较基因组学 糖苷水解酶 双歧杆菌属 分离鉴定
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猪肺炎支原体强弱毒株的生物学特性及比较基因组学分析 被引量：1
4
作者 李真亚 刘洁 +4 位作者 李允 王飞 孔嫄嫄 李泳 贾荣玲 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第2期851-859,共9页
旨在为更好地理解猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae,Mhp)强弱毒株在物质代谢、毒力变化的差异,本研究基于Mhp强毒株ES-2株及其传代致弱株ES-2L株,开展二者的生长特性、黏附细胞能力、代谢产生过氧化氢水平、生物被膜形成能力等生... 旨在为更好地理解猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae,Mhp)强弱毒株在物质代谢、毒力变化的差异,本研究基于Mhp强毒株ES-2株及其传代致弱株ES-2L株,开展二者的生长特性、黏附细胞能力、代谢产生过氧化氢水平、生物被膜形成能力等生物学特性及比较基因组学研究。在生长特性方面,ES-2L株的生长速度和滴度要高于ES-2株,其颜色改变单位(color change unit,CCU)为1.0×10^(10)CCU·mL^(-1),在培养基上具有更好的适应性。在与毒力变化相关的特性方面,ES-2和ES-2L株均可以形成生物被膜,但ES-2L株的生物被膜形成能力要弱于ES-2株。ES-2L株代谢甘油产生过氧化氢的水平要低于ES-2株,且其对支气管上皮细胞的黏附能力要弱于ES-2株。ES-2和ES-2L基因组共线性比对分析结果表明,二者的总体共线性良好,但ES-2L株存在几处基因的缺失、倒位现象,对ES-2L株中的缺失基因进行定位分析,共检测到9个大片段(>500 bp)的基因缺失,这9个片段共包含18个缺失基因。SNP(单核苷酸多态性)和Indel(插入与缺失突变)分析表明,共检测到348个SNVs(单核苷酸突变),这些SNVs主要分布于99个基因上,并且有22个dels(缺失突变)主要分布于19个基因上。基因岛分析结果表明,ES-2L株在395~425 kb有一个基因岛编码序列,ES-2株在354~364、920~945 kb有两个基因岛编码序列。这些缺失或发生SNP的基因、基因岛的变化可能与ES-2L毒力下降及生长特性改变有关。综上,本研究阐明了Mhp强弱毒株在物质代谢、毒力变化的差异,并采用比较基因组学的方法,分析了二者在基因水平的变化,为进一步理解Mhp致病机制和毒力因子挖掘提供一种视角。 展开更多
关键词 猪肺炎支原体 毒力 比较基因组学 生物被膜
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基于比较基因组学苹果蠹蛾入侵生物学特性分析
5
作者 陶少敏 何诗甜 +2 位作者 范月圆 尹传林 俞晓平 《中国生物防治学报》 北大核心 2025年第3期721-732,共12页
苹果蠹蛾是全球性的入侵果树害虫,目前已扩散到我国9个省市195个区县,严重威胁苹果、梨和其他果树产业安全。近年来,比较基因组学的兴起为研究入侵昆虫的基因组进化和适应机制提供了新的视角和方法。本文选取了包括苹果蠹蛾在内的7种全... 苹果蠹蛾是全球性的入侵果树害虫,目前已扩散到我国9个省市195个区县,严重威胁苹果、梨和其他果树产业安全。近年来,比较基因组学的兴起为研究入侵昆虫的基因组进化和适应机制提供了新的视角和方法。本文选取了包括苹果蠹蛾在内的7种全球性重要入侵昆虫和7种亲缘关系相近的非入侵性昆虫,鉴定获得2324个单拷贝直系同源基因,其中110个基因在入侵昆虫中进化速率显著高于非入侵昆虫,336个基因在入侵昆虫中均存在正选择位点,这些基因参与机体热量生成及代谢速率调节等生理活动。对入侵和非入侵昆虫进行直系同源基因和Treefam基因家族的扩增和收缩分析,结果显示分别有3个直系同源基因和18个Treefam基因家族在入侵性昆虫之间显著扩增,这些扩增的基因主要参与生物体的物质和能量代谢、环境适应等。此外,入侵性昆虫在基因组上P450基因家族数量显著高于非入侵性昆虫。本研究运用比较基因组学分析方法,揭示了苹果蠹蛾等入侵性昆虫中在基因组进化上的一些共性分子特征,为入侵害虫的入侵机制研究和科学防控提供重要的理论支撑。 展开更多
关键词 苹果蠹蛾 入侵昆虫 比较基因组学 入侵机制 分子进化
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1株棕熊源多重耐药大肠杆菌噬菌体生物学特性及比较基因组学研究 被引量：1
6
作者 郭志良 朱秋艳 +10 位作者 王雪 曾君 季芳 郑迎春 左君豪 张乐怡 郭常春 王学静 徐莉莉 赵瑞利 王承民 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4510-4521,共12页
【目的】探究1株多重耐药大肠杆菌裂解性噬菌体的生物学特性及基因组特征,为多重耐药菌株的科学防控提供参考。【方法】试验以棕熊源大肠杆菌M719-6WT为宿主菌,使用双层平板法从养殖场污水中分离纯化出噬菌体,通过透射电镜观察其形态,... 【目的】探究1株多重耐药大肠杆菌裂解性噬菌体的生物学特性及基因组特征,为多重耐药菌株的科学防控提供参考。【方法】试验以棕熊源大肠杆菌M719-6WT为宿主菌,使用双层平板法从养殖场污水中分离纯化出噬菌体,通过透射电镜观察其形态,利用空斑法测定噬菌体宿主谱,并探究其生物学特性。基于噬菌体全基因组测序数据进行噬菌体生物信息学分析,采用体外、体内抑菌试验评估噬菌体抑菌效果。【结果】通过双层平板法分离并纯化得到1株大肠杆菌噬菌体,命名为pEC-M719-6WT.2,其噬菌斑边缘清晰且透亮。结合透射电镜观察和全基因组分析结果显示,噬菌体pEC-M719-6WT.2属于Tevenvirinae亚科肌尾状噬菌体。宿主谱测定结果表明,噬菌体pEC-M719-6WT.2可裂解11株大肠杆菌。该噬菌体最佳感染复数(MOI)为0.1,最适温度为25℃,最适pH为7.0,潜伏期<10 min,裂解周期为70 min,裂解量约为190 PFU/cell。基因组分析结果显示,噬菌体pEC-M719-6WT.2基因组大小为170.441 kb,未发现携带已知的耐药、溶原和毒力相关基因。受体结合试验结果显示,噬菌体pEC-M719-6WT.2可以结合宿主菌表面的脂多糖受体。体外抑菌试验结果显示,当MOI为100时,噬菌体pEC-M719-6WT.2与8μg/mL四环素联合应用,抑菌时间可延长至24 h;体内保护试验结果表明,2.8×10^(5) CFU/mL M719-6WT感染大蜡螟幼虫后,注射2×10^(7) PFU/mL噬菌体pEC-M719-6WT.2可在24和48 h内将大蜡螟幼虫存活率分别提高至100%和70%。【结论】本研究分离获得1株多重耐药大肠杆菌噬菌体,其具有良好的环境稳定性和抑菌活性,生物信息学特征明确,体内外抑菌效果较好,与抗生素联合使用可产生协同作用,具有治疗临床耐药大肠杆菌感染的潜在应用价值。 展开更多
关键词 噬菌体 大肠杆菌 多重耐药 生物学特性 比较基因组学
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鹅源副鸡禽杆菌全基因组重测序及比较基因组学分析
7
作者 苏文楠 刘佳琪 +4 位作者 钟嘉诚 陈济铛 朱婉君 张溢珊 张济培 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期1208-1216,共9页
为了分析鹅源副鸡禽杆菌(Apg)与鸡源菌株的基因组差异,对3株鹅源Apg和4株鸡源Apg进行全基因重测序及基因组分析。全基因重测序结果显示7株菌株基因组片段大小为2.567 832~2.607 127 Mb, GC含量介于40.80%~40.93%之间。SNPs同源性分析结... 为了分析鹅源副鸡禽杆菌(Apg)与鸡源菌株的基因组差异,对3株鹅源Apg和4株鸡源Apg进行全基因重测序及基因组分析。全基因重测序结果显示7株菌株基因组片段大小为2.567 832~2.607 127 Mb, GC含量介于40.80%~40.93%之间。SNPs同源性分析结果显示,3株鹅源菌株和鸡源C-AP3株聚集在p4chr1株的小分支上,另外3株鸡源菌株分布在其它国内菌株分支上。基因同源性分析结果显示鹅源菌株特有基因76个,鸡源菌株特有基因37个。对鹅适应性基因的筛查共聚类出79个基因,其中编码已知蛋白的基因有22个,其余编码假定蛋白;对鸡适应性基因的筛查聚类出39个基因,其中10个编码已知蛋白,29个编码假定基因。通过比较基因组学发现与Apg宿主适应性有关的基因为118个,为进一步阐释Apg跨物种感染的分子生物学机制奠定了基础。 展开更多
关键词 副鸡禽杆菌 比较基因组学 全基因重测序 跨物种传播
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假小链双歧杆菌比较基因组学分析
8
作者 路镜达 杨瑞 +5 位作者 钟罡 弓艳春 周钧鸿 张艺馨 徐维那 钟智 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第14期142-150,I0004,I0005,共11页
该研究对分离自中国、日本和美国的104株假小链双歧杆菌进行比较基因组学分析。结果表明,在基因组特征上,日本分离株的编码序列数量显著高于中国和美国分离株(P<0.01)。基于核心基因构建的系统发育树和平均核苷酸一致性聚类热图发现... 该研究对分离自中国、日本和美国的104株假小链双歧杆菌进行比较基因组学分析。结果表明,在基因组特征上,日本分离株的编码序列数量显著高于中国和美国分离株(P<0.01)。基于核心基因构建的系统发育树和平均核苷酸一致性聚类热图发现分离自相同国家的菌株更相似。功能基因注释结果进一步表明分离地会影响菌株的功能基因分布,碳水化合物活性酶注释结果显示15个碳水化合物活性酶存在地域性差异;经耐药基因和毒力因子数据库注释发现中国分离株携带的耐药基因和黏附型毒力因子的数量显著高于日本分离株;中国和日本分离株携带复制、重组和修复及噬菌体相关可移动遗传元件数量均与美国分离株存在差异。该研究发现分离地会影响假小链双歧杆菌的功能基因,不同分离地假小链双歧杆菌存在差异功能基因。研究结果可为解析假小链双歧杆菌的功能差异提供理论依据。 展开更多
关键词 假小链双歧杆菌 比较基因组学 碳水化合物活性酶 耐药基因 毒力因子
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鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片的研制及用于比较基因组学分析 被引量：21
9
作者 周冬生 韩延平 +17 位作者 戴二黑 宋亚军 包静月 裴德翠 李敏 崔百忠 张秀清 童宗中 王津 郭兆彪 祁芝珍 金丽霞 翟俊辉 杜宗敏 王效义 汪建 黄培堂 杨瑞馥 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期200-203,共4页
目的　研制鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片 ,并将其用于比较基因组分析。方法　挑选出 4 0 0 5条鼠疫耶尔森菌基因 ,PCR扩增各基因 ,以纯化的PCR产物点样制备芯片 ,采用双色荧光杂交策略 ,进行芯片比较基因组杂交。结果　设计了若干质控... 目的　研制鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片 ,并将其用于比较基因组分析。方法　挑选出 4 0 0 5条鼠疫耶尔森菌基因 ,PCR扩增各基因 ,以纯化的PCR产物点样制备芯片 ,采用双色荧光杂交策略 ,进行芯片比较基因组杂交。结果　设计了若干质控杂交组合 ,芯片杂交结果与全基因组测序结果完全一致。 展开更多
关键词 耶尔森氏菌 鼠疫 DNA芯片 比较基因组学
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布鲁氏菌比较基因组学研究进展 被引量：13
10
作者 钟志军 于爽 +10 位作者 徐杰 王玉飞 彭广能 陈燕芬 白耀霞 付思美 王同坤 汪舟佳 杜昕颖 黄克和 陈泽良 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期346-350,共5页
依据宿主偏好性的不同,布鲁氏菌分为6个经典种。根据生物学特性又将其分为19个亚型。包括：B.melitensis（羊种,主要感染绵羊和山羊种,
关键词 布鲁氏菌 比较基因组学 生物学特性 羊种
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小麦抗白粉病基因pm42的EST连锁图谱构建和比较基因组学分析 被引量：10
11
作者 刘子记 朱婕 +3 位作者 华为 杨作民 孙其信 刘志勇 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期1569-1576,共8页
目的基因精细遗传连锁图谱的构建是图位克隆的基础,小麦功能基因精细遗传连锁图谱的构建依赖于比较基因组学分析。水稻和短柄草(Brachypodium distachyon)基因组序列是小麦比较基因组学分析和功能基因精细遗传定位的重要工具。本研究利... 目的基因精细遗传连锁图谱的构建是图位克隆的基础,小麦功能基因精细遗传连锁图谱的构建依赖于比较基因组学分析。水稻和短柄草(Brachypodium distachyon)基因组序列是小麦比较基因组学分析和功能基因精细遗传定位的重要工具。本研究利用小麦、短柄草和水稻的基因组共线性关系对小麦抗白粉病基因pm42进行比较基因组学分析,明确了pm42基因所在2BS基因组区域与短柄草第1染色体和水稻第3染色体直系同源基因组区域的对应关系,开发出与抗白粉病基因pm42连锁的EST-SSCP(expressed sequence tag-single strand conformation polymorphism)标记CD452782和BF201235,以及EST-STS(expressed sequence tag-sequence tagged site)标记CJ674042、EB513371和CV771633,构建了pm42基因EST标记遗传连锁图谱,CJ674042、BF201235、CD452782和CV771633位于pm42近端粒侧,距离pm42的遗传距离分别为1.9、12.0、19.7和25.7cM;EB513371位于pm42近着丝粒侧,与pm42的遗传距离为14.6cM。整合原有的作图数据,构建了pm42基因的高密度比较基因组学遗传连锁图谱,pm42被定位于3.3cM的区间,该区间对应于短柄草66kb的基因组区域及水稻69kb的基因组区域。该结果为抗白粉病基因pm42高密度精细遗传连锁图谱构建、分子辅助选择和基因聚合奠定了基础。 展开更多
关键词 小麦抗白粉病基因 pm42 比较基因组学 二穗短柄草 共线性 EST-STS EST-SSCP
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基于直向同源序列的比较基因组学研究 被引量：12
12
作者 潘增祥 许丹 +3 位作者 张金璧 林飞 吴宝江 刘红林 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期457-463,共7页
直向同源序列在不同的物种中具有相近甚至相同的功能、相似的调控途径,扮演相似甚至相同的角色,而且,绝大多数核心生物功能就是由相当数量的直向同源基因所承担,它是基因组序列的功能注释与分析中最可靠的选择,其特殊的生物学特性决定:... 直向同源序列在不同的物种中具有相近甚至相同的功能、相似的调控途径,扮演相似甚至相同的角色,而且,绝大多数核心生物功能就是由相当数量的直向同源基因所承担,它是基因组序列的功能注释与分析中最可靠的选择,其特殊的生物学特性决定:利用直向同源序列开展比较基因组学研究,必将为探测不同生物在进化过程中重要功能基因的出现、表达和丢失提供线索。文章从直向同源基因的基本特性、直向同源序列与比较基因组学的关系、应用直向同源序列开展比较基因组学相关研究方法、现状等展开综述。 展开更多
关键词 直向同源 比较基因组学 生物学特性 数据库
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4种微孢子虫的分泌蛋白的比较基因组学分析 被引量：8
13
作者 李田 齐晓冉 +5 位作者 陶美林 刘显林 康定荣 秦国伟 潘国庆 周泽扬 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期527-536,共10页
微孢子虫营专性细胞内寄生,其分泌蛋白是一类重要的侵染互作因子。利用分泌蛋白预测程序EuSecPred 2.0对家蚕微孢子虫、中蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫和毕氏肠道微孢子虫的分泌蛋白进行全基因组预测,分别获得了315、90、30和45个分泌蛋... 微孢子虫营专性细胞内寄生,其分泌蛋白是一类重要的侵染互作因子。利用分泌蛋白预测程序EuSecPred 2.0对家蚕微孢子虫、中蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫和毕氏肠道微孢子虫的分泌蛋白进行全基因组预测,分别获得了315、90、30和45个分泌蛋白。不同微孢子虫分泌蛋白的序列平均长度和氨基酸组成特征相似,信号肽和非信号肽区均以疏水性氨基酸为主;但统计所获蛋白质功能注释的分布却是大部分分泌蛋白为各种微孢子虫的特异蛋白,仅有少部分分泌蛋白为3种以上微孢子虫所共有,如几丁质脱乙酰基酶(CDA)、热激蛋白70(HSP70)、孢壁蛋白(SWP)和Ricin B-凝集素等。4种微孢子虫分泌蛋白信号肽区的基序分别为[LI]xx[IV]xAS、L[FY]x、[LI]LL[LI][GSA]L[VI][IS][CAG]和L[LF]LFLAISAGA[SA],非信号肽区域的基序分别为[LM][RK]N、L[RK][ND]、[KR][KR][KR]LP和[PG]D[LM]。研究结果有助于揭示微孢子虫的适应性进化机制,同时也为微孢子虫的侵染和与宿主互作机制的研究提供了靶标。 展开更多
关键词 微孢子虫 分泌蛋白 比较基因组学 信号肽 基序
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布鲁氏菌疫苗株S2全基因组测序及牛羊布鲁氏菌比较基因组学研究 被引量：8
14
作者 红梅 冯陈晨 +2 位作者 岳建伟 呼和巴特尔 王文龙 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1133-1136,共4页
目的为了了解布鲁氏菌S2疫苗株全基因组结构及分子生物学功能。方法对布鲁氏菌疫苗株S2进行全基因组测序,并与GenBank公布的6株牛羊布鲁氏菌进行比较基因组学研究。结果与结论通过全基因组测序发现S2基因组大小为3 331 982bp,预测基因有... 目的为了了解布鲁氏菌S2疫苗株全基因组结构及分子生物学功能。方法对布鲁氏菌疫苗株S2进行全基因组测序,并与GenBank公布的6株牛羊布鲁氏菌进行比较基因组学研究。结果与结论通过全基因组测序发现S2基因组大小为3 331 982bp,预测基因有3 243个,GC含量为57.23%。S2预测基因中大多数基因功能主要与糖代谢﹑氨基酸代谢﹑氨基酸转运和膜转运有关。通过比较基因组学研究发现S2有20个特有基因。另外S2与GenBank公布的S2序列进行比对发现有19个差异基因。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 布鲁氏菌疫S2疫苗株 全基因组测序 比较基因组学研究
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基于比较基因组学的Clostridium kluyveri己酸代谢途径关键酶生物信息学分析 被引量：4
15
作者 徐友强 孙宝国 +8 位作者 蒋玥凤 鹿发展 张成楠 邹伟 王文华 杨然 滕超 范光森 李秀婷 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第4期122-129,共8页
对3株白酒来源重要的己酸生产菌株Clostridium kluyveri(NBRC 12016、JZZ和DSM 555)全基因组信息进行比较基因组学分析,聚焦于己酸代谢途径核心催化酶,发现NBRC 12016的己酸代谢途径未得到有效注释,JZZ的己酸代谢途径核心催化酶酰基辅酶... 对3株白酒来源重要的己酸生产菌株Clostridium kluyveri(NBRC 12016、JZZ和DSM 555)全基因组信息进行比较基因组学分析,聚焦于己酸代谢途径核心催化酶,发现NBRC 12016的己酸代谢途径未得到有效注释,JZZ的己酸代谢途径核心催化酶酰基辅酶A脱氢酶存在注释错误。进一步对C. kluyveri模式菌株DSM 555己酸代谢途径的关键酶硫解酶ThlA进行生物信息学分析,发现DSM 555携带3拷贝的ThlA,且具有序列多态性,可能与催化脂肪酸代谢链延长的底物特异性相关。结构分析和分子对接表明,硫解酶Thl A1的底物催化属于氧化还原开关调控机制,并预测了酶的关键催化位点和具体的催化过程。上述分析结果有助于为后续进一步改进菌株的己酸生产性能和更好地应用于白酒酿造提供依据。 展开更多
关键词 白酒 CLOSTRIDIUM kluyveri 己酸 代谢途径 硫解酶 比较基因组学
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胡椒瘟病生防菌Bacillus subtilis VD18R19全基因组测序及比较基因组学分析 被引量：5
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作者 高圣风 刘爱勤 +4 位作者 桑利伟 孙世伟 苟亚峰 王政 孟倩倩 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第10期2021-2027,共7页
Bacillus subtilis VD18R19具有促进胡椒生长和防治胡椒瘟病的效果,全基因组测序是其分子机理研究和开发利用的重要基础。本研究采用第二代Illumina平台与第三代PacBio平台相结合的测序技术,对生防菌VD18R19进行全基因组测序,并进行比... Bacillus subtilis VD18R19具有促进胡椒生长和防治胡椒瘟病的效果,全基因组测序是其分子机理研究和开发利用的重要基础。本研究采用第二代Illumina平台与第三代PacBio平台相结合的测序技术,对生防菌VD18R19进行全基因组测序,并进行比较基因组学分析。结果发现,VD18R19全基因组大小为4123380bp,GC含量为43.80%,编码基因4 245个;含有tRNA 85个、rRNA 30个、sRNA 33个;含有串联重复序列60个,其中小卫星DNA 43个、微卫星DNA 1个;共线性分析、core-pan基因分析及基因家族分析结果均显示VD18R19与模式菌株B. subtilis 168具有高度的同源性;antiSMASH软件预测及同源序列比对结果显示,VD18R19菌株中含有6个抑菌次生代谢产物合成基因簇,编码surfactin、plipastatin、bacillibactin、bacilysin、bacillaene、subtilosinA等抑菌物质,其合成途径涵盖了核糖体途径、非核糖体途径和聚酮合酶途径。本研究为深入研究生防菌VD18R19的分子机理奠定生物信息学基础,有利于生防菌株及其抑菌次生代谢产物的开发和利用。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 全基因组测序 比较基因组学 抑菌物质 基因簇
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布鲁氏菌减毒活疫苗株的比较基因组学研究 被引量：4
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作者 钟志军 徐杰 +11 位作者 于爽 王玉飞 周冬生 乔凤 曲勍 汪舟佳 杜昕颖 陈燕芬 黄克和 马晓平 陈泽良 彭广能 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期555-560,共6页
目的探究布鲁氏菌减毒活疫苗株与亲本株的分子遗传差异。方法通过布鲁氏菌全基因组DNA芯片对4株减毒活疫苗株进行比较基因组学研究。结果通过比较基因组学研究,发现疫苗菌株中存在大片段基因缺失,同时发现一些基因以多拷贝形式存在。4... 目的探究布鲁氏菌减毒活疫苗株与亲本株的分子遗传差异。方法通过布鲁氏菌全基因组DNA芯片对4株减毒活疫苗株进行比较基因组学研究。结果通过比较基因组学研究,发现疫苗菌株中存在大片段基因缺失,同时发现一些基因以多拷贝形式存在。4株减毒活疫苗株分别缺失不同数目的功能基因,主要为胞内活动有关基因和功能未知基因(分别为31和45个)。较深入地认识了布鲁氏菌减毒活疫苗株基因构成上的差异。结论与亲本株相比,4株减毒活疫苗株缺失大量基因,构成了不同疫苗株差异的遗传基础。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 减毒活疫苗 比较基因组学
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林木比较基因组学研究进展 被引量：4
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作者 王源秀 徐立安 +1 位作者 黄敏仁 许远 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1199-1206,共8页
比较基因组学是基因组学研究的重要内容。比较基因组学研究结果表明,有可能将近缘种统一起来建立超越物种界限的大遗传系统,这对于林木而言具有更重要的意义。有关林木比较基因组学研究主要集中在杨柳科、松科、蔷薇科、壳斗科和金缕梅... 比较基因组学是基因组学研究的重要内容。比较基因组学研究结果表明,有可能将近缘种统一起来建立超越物种界限的大遗传系统,这对于林木而言具有更重要的意义。有关林木比较基因组学研究主要集中在杨柳科、松科、蔷薇科、壳斗科和金缕梅科的一些树种中。研究发现林木近缘种基因组中存在广泛的共线性或同线性及微共线性,在进化过程中呈现高度保守性;通过双向比对发现:杨树和拟南芥基因组中有13 019对同源基因的序列一致性平均达93%,其中11 654对同源基因的序列一致性超过基因长度的90%。文章概述了林木比较基因组学研究的进展状况,探讨了该领域的发展趋势,以期为我国林木基因组学研究提供有益的参考。 展开更多
关键词 林木 比较基因组学 共线性或同线性 微共线性
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布鲁氏菌A19疫苗株全基因组测序及比较基因组学分析 被引量：7
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作者 王姝懿 赵学亮 +2 位作者 孙柯 呼和巴特尔 王文龙 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1002-1008,共7页
目的探索布鲁氏杆菌A19疫苗株全基因组的结构、分子生物学的功能,并对其生物信息学进行研究。方法采用Illumina Hiseq 4000和PacBio对A19进行全基因组测序,并与GenBank上的8株菌进行比较基因组学解析。A19基因组3286167 bp,预测3371个基... 目的探索布鲁氏杆菌A19疫苗株全基因组的结构、分子生物学的功能,并对其生物信息学进行研究。方法采用Illumina Hiseq 4000和PacBio对A19进行全基因组测序,并与GenBank上的8株菌进行比较基因组学解析。A19基因组3286167 bp,预测3371个基因,GC含量57.25%。通过注释COG库,对应基因有2560个,将其归入22类COG中;根据比对KEGG库,得到2544个基因,共参与33类代谢通路。结果综合两个数据库结果发现,大多数A19预测基因中的基因功能主要与膜运输、氨基酸转运及碳水化合物代谢有关。结论通过分析发现,A19和猪羊牛种布鲁氏菌之间存在一定差异,并找出牛种毒力基因。本实验通过测序A19全基因组,为布鲁菌疫苗的研究提供思路。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 布鲁菌疫苗株A19 全基因组测序 比较基因组学研究
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茄科植物比较基因组学研究进展 被引量：5
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作者 方荣 陈学军 +1 位作者 缪南生 涂伟凤 《江西农业学报》 CAS 2007年第2期35-38,45,共5页
综述了茄科4种主要蔬菜作物番茄、马铃薯、辣椒和茄子比较基因组学的研究进展,包括其基因组大小、结构、基因重排及演化,R基因在茄科植物中的分布与共线性,花青素基因、果实相关性状QTLs的同源性比较等,并对比较基因组学的发展前景进行... 综述了茄科4种主要蔬菜作物番茄、马铃薯、辣椒和茄子比较基因组学的研究进展,包括其基因组大小、结构、基因重排及演化,R基因在茄科植物中的分布与共线性,花青素基因、果实相关性状QTLs的同源性比较等,并对比较基因组学的发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 比较基因组学 茄科 遗传图谱 R基因 QTLS
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