新根瘤菌属(Neorhizobium)隶属于根瘤菌科(Rhizobiaceae),目前有效发布了8个种。为了探究该属下不同模式菌株的全基因组分子机理和遗传特征,本文采用Prodigal等软件对这8个模式菌株的全基因组序列进行基因预测、功能注释和系统发育分析...新根瘤菌属(Neorhizobium)隶属于根瘤菌科(Rhizobiaceae),目前有效发布了8个种。为了探究该属下不同模式菌株的全基因组分子机理和遗传特征,本文采用Prodigal等软件对这8个模式菌株的全基因组序列进行基因预测、功能注释和系统发育分析,并在此基础上进行了基因组比较分析。基因组预测结果显示,这8个模式菌株的CDS(Coding Sequences)数量为4471~6669个,GC含量在60.0%至61.6%之间,rRNA数量为3至9个,tRNA数量为43至51个。通过比较基因组分析发现,所有菌株共享的直系同源基因簇有2563个,独立拥有的基因簇数量少。通过平均核苷酸一致性(ANI)、数字DNA-DNA杂交(dDDH)和系统发育树的分析,发现菌株CCBAU 05176^(T)和菌株T17_20^(T)具有最高的同源性,而菌株T786^(T)和NTR19^(T)的遗传距离最远。COG(Cluster of Orthologous Groups of Proteins)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分类的比较分析显示,注释的基因功能整体差异较小,但在SL-1T中,异种生物的生物降解和代谢的注释比例和数量明显高于其他模式菌株。本研究为新根瘤菌属的系统分类以及在生态系统中的应用奠定了理论基础。展开更多
2020年2月26日,中国农业科学院蔬菜花卉研究所程锋科研团队与福建农林大学许卫锋团队在Nature Communications发表了题为“The genome evolution and low-phosphorus adaptation in white lupin”的研究论文。该研究成功组装了磷高效利...2020年2月26日,中国农业科学院蔬菜花卉研究所程锋科研团队与福建农林大学许卫锋团队在Nature Communications发表了题为“The genome evolution and low-phosphorus adaptation in white lupin”的研究论文。该研究成功组装了磷高效利用模式作物白羽扇豆(Lupinus albus)的染色体水平高质量基因组,揭示了白羽扇豆低磷适应的特征与其基因扩张与亚基因组优势关联,对磷高效利用作物的筛选与培育具有重要的参考价值。在该研究中,程锋团队完成了白羽扇豆基因组进化以及比较基因组分析;发现了白羽扇豆经历了与十字花科芸薹属蔬菜作物类似的全基因组古三倍化事件,并推导了其二倍体祖先;揭示了白羽扇豆中的亚基因组优势现象,并以“two-step”多倍化演化理论阐释其形成过程;进一步揭示了其低磷适应特性与相关调控通路基因的大规模扩张等密切相关。展开更多
文摘新根瘤菌属(Neorhizobium)隶属于根瘤菌科(Rhizobiaceae),目前有效发布了8个种。为了探究该属下不同模式菌株的全基因组分子机理和遗传特征,本文采用Prodigal等软件对这8个模式菌株的全基因组序列进行基因预测、功能注释和系统发育分析,并在此基础上进行了基因组比较分析。基因组预测结果显示,这8个模式菌株的CDS(Coding Sequences)数量为4471~6669个,GC含量在60.0%至61.6%之间,rRNA数量为3至9个,tRNA数量为43至51个。通过比较基因组分析发现,所有菌株共享的直系同源基因簇有2563个,独立拥有的基因簇数量少。通过平均核苷酸一致性(ANI)、数字DNA-DNA杂交(dDDH)和系统发育树的分析,发现菌株CCBAU 05176^(T)和菌株T17_20^(T)具有最高的同源性,而菌株T786^(T)和NTR19^(T)的遗传距离最远。COG(Cluster of Orthologous Groups of Proteins)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分类的比较分析显示,注释的基因功能整体差异较小,但在SL-1T中,异种生物的生物降解和代谢的注释比例和数量明显高于其他模式菌株。本研究为新根瘤菌属的系统分类以及在生态系统中的应用奠定了理论基础。
文摘2020年2月26日,中国农业科学院蔬菜花卉研究所程锋科研团队与福建农林大学许卫锋团队在Nature Communications发表了题为“The genome evolution and low-phosphorus adaptation in white lupin”的研究论文。该研究成功组装了磷高效利用模式作物白羽扇豆(Lupinus albus)的染色体水平高质量基因组,揭示了白羽扇豆低磷适应的特征与其基因扩张与亚基因组优势关联,对磷高效利用作物的筛选与培育具有重要的参考价值。在该研究中,程锋团队完成了白羽扇豆基因组进化以及比较基因组分析;发现了白羽扇豆经历了与十字花科芸薹属蔬菜作物类似的全基因组古三倍化事件,并推导了其二倍体祖先;揭示了白羽扇豆中的亚基因组优势现象,并以“two-step”多倍化演化理论阐释其形成过程;进一步揭示了其低磷适应特性与相关调控通路基因的大规模扩张等密切相关。
