亲电酮类HDAC抑制剂的3D-QSAR和分子对接研究 被引量：4

1

作者 赵彩红 相玉红 张卓勇 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期814-820,共7页

组蛋白去乙酰化酶抑制剂(histone deacetylase inhibitor,HDACi)是近年来治疗癌症的重要靶向药物,其中羟氨酸类,苯甲酰胺类多种药物已进入临床试验阶段,但对于亲电酮类HDACi还有待于进一步研究,本研究应用比较分子力场分析法(comparativ... 组蛋白去乙酰化酶抑制剂(histone deacetylase inhibitor,HDACi)是近年来治疗癌症的重要靶向药物,其中羟氨酸类,苯甲酰胺类多种药物已进入临床试验阶段,但对于亲电酮类HDACi还有待于进一步研究,本研究应用比较分子力场分析法(comparative molecular field analysis,CoMFA),比较分子相似性指数法(compara-tive similarity indices analysis,CoMSIA)对29个亲电酮类HDAC抑制剂分子进行了定量构效关系分析,CoMFA模型的q2=0.668,r2=0.999;CoMSIA模型的q2=0.686,r2=0.995,所建模型预测能力较好。分子对接(sur-flex-dock)研究也进一步揭示出抑制剂分子与蛋白酶的作用模式,结合其作用模式比较合理地探讨了这类抑制剂的活性原因,为设计新型高效的亲电酮类HDACi提供了理论依据。 展开更多

关键词 组蛋白去乙酰化酶抑制剂 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数法 分子对接

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五元杂环并嘧啶类胸苷酸合成酶抑制剂的构效关系和分子对接 被引量：5

2

作者 康从民 赵绪浩 +2 位作者 王新宇 程家高 吕英涛 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第2期431-438,共8页

用比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)研究了38个五元杂环并嘧啶衍生物类胸苷酸合成酶抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR),建立了相关预测模型.CoMFA和CoMSIA模型的交互验证相关系数q^2分别为0.662和0.672、非... 用比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)研究了38个五元杂环并嘧啶衍生物类胸苷酸合成酶抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR),建立了相关预测模型.CoMFA和CoMSIA模型的交互验证相关系数q^2分别为0.662和0.672、非交互验证相关系数R^2分别为0.921和0.884、外部交互验证相关系数Q_(ext^2)分别为0.85和0.81.分子对接得到的结合模式与三维定量构效关系得到的结果一致.结果表明这两种模型都具有良好的预测能力,可应用于指导化合物的设计和结构修饰,为进一步设计新型胸苷酸合成酶抑制剂提供了理论依据. 展开更多

关键词 五元芳杂环并嘧啶衍生物 三维定量构效关系 比较分子场分析法 比较分子相似性指数分析法 分子对接

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氰基吡咯烷类FAP抑制剂的分子对接及3D-QSAR研究 被引量：3

3

作者 汪斌 常自超 +3 位作者 舒茂 王远强 林勇 林治华 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期947-953,共7页

成纤维细胞激活蛋白(FAP)与肿瘤微血管的形成和肿瘤的生长密切相关,是药物设计的理想靶点。本文运用分子对接分析51个(4-喹啉)-甘氨酰-氰基吡咯烷衍生物与FAP受体的相互作用,研究结果表明吡咯烷衍生物与FAP受体ASP46、THR51、GLN721等... 成纤维细胞激活蛋白(FAP)与肿瘤微血管的形成和肿瘤的生长密切相关,是药物设计的理想靶点。本文运用分子对接分析51个(4-喹啉)-甘氨酰-氰基吡咯烷衍生物与FAP受体的相互作用,研究结果表明吡咯烷衍生物与FAP受体ASP46、THR51、GLN721等氨基酸残基形成氢键和立体作用。采用比较分子力场分析(Co MFA)和比较分子相似性指数分析(Co MSIA)组合场进行3D-QSAR研究。Co MFA和Co MSIA模型的q2及r2分别为0.821,0.967和0.710,0.951,3D-QSAR结果表明模型具有较强的预测能力。3D-QSAR等势图显示小分子的立体、静电、疏水、氢键等性质影响生物活性,与分子对接结果一致,为设计出更高活性吡咯烷类抑制剂提供借鉴。 展开更多

关键词 成纤维细胞激活蛋白 分子对接 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析

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香水百合香气成分的气相色谱保留指数三维定量构效关系研究 被引量：2

4

作者 焦龙 王媛 +3 位作者 邰文亮 刘焕焕 薛志伟 王彦昭 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期600-605,共6页

采用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法,研究了香水百合中38种香气成分分子结构与气相色谱保留指数值之间的定量构效关系。用外部测试集验证法和留一交叉验证法对模型的稳健性和预测能力进行了检验,并通过CoM... 采用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法,研究了香水百合中38种香气成分分子结构与气相色谱保留指数值之间的定量构效关系。用外部测试集验证法和留一交叉验证法对模型的稳健性和预测能力进行了检验,并通过CoMSIA模型和CoMFA模型的分子场三维等势图研究了这些化合物分子中不同化学结构对保留指数值的影响。检验结果表明,所建立的CoMSIA模型和CoMFA模型都具有较好的稳健性和预测能力,且能够合理解释结构对保留指数值的影响,可应用于对香水百合香气成分的色谱保留指数值的预测。与CoMFA模型相比,CoMSIA模型的预测准确度更高,在香水百合香气成分的色谱定量构效关系研究中,显然有更好的应用前景。 展开更多

关键词 气相色谱保留指数 比较分子场分析 比较分子相似性指数分析 香气成分 香水百合

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马来酰胺类糖原合成酶激酶-3β抑制剂的分子对接和三维定量构效关系(英文) 被引量：4

5

作者 魏卓 张怀 +1 位作者 崔巍 计明娟 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第5期890-896,共7页

通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似... 通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)对48个化合物做三维定量构效关系的分析.两种方法得出的交互验证回归系数分别为0.669(CoMFA)和0.683(CoMSIA),证明该模型具有很好的统计相关性,同时也说明该模型具有较高的预测能力.根据该模型提供的信息,设计出9个预测活性较好的分子. 展开更多

关键词 糖原合成酶激酶3Β 三维定量构效关系 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数分析法 分子对接

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含磷嘧啶类CDK9抑制剂的分子对接、3D-QSAR和分子动力学模拟 被引量：3

6

作者 唐光辉 张娅 +3 位作者 张玉萍 周朋朋 林治华 王远强 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2061-2069,共9页

选取64个具有潜力的含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶(CDK9)小分子抑制剂,采用分子对接方法研究了该类小分子与CDK9的结合作用,结果表明,分子构象、氢键形成、疏水性和氨基酸残基Cys106在此类抑制剂与CDK9的结合过程中具有重要作用.在... 选取64个具有潜力的含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶(CDK9)小分子抑制剂,采用分子对接方法研究了该类小分子与CDK9的结合作用,结果表明,分子构象、氢键形成、疏水性和氨基酸残基Cys106在此类抑制剂与CDK9的结合过程中具有重要作用.在配体叠合的基础上,运用比较分子力场分析(Co MFA)、比较分子相似性指数分析(Co MSIA)和Topomer Co MFA(T-COMFA)研究了分子结构与抑制活性的关系,发现由训练集立体场、静电场和疏水场组合的Co MSIA模型为最优模型,其内部交叉验证相关系数(Q2=0.557)、非交叉验证相关系数(R2=0.959)和外部预测相关系数(r2=0.863)具有统计学意义,该模型的三维等值线图直观显示了化合物的活性与其三维结构的关系.根据这些结果设计了10个具有新结构的含磷嘧啶类化合物,分子对接和分子动力学模拟结果表明,新化合物和CDK9的结合模式与原化合物64相同,自由能分析从理论上证明了新化合物64d的CDK9抑制活性优于化合物64,并且显示含磷基团与残基Asp109的静电场能在化合物与CDK9作用过程中有重要作用. 展开更多

关键词 含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶抑制剂 分子对接 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析 Topomer COMFA 分子动力学

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利用CoMFA和CoMSIA对氟乐灵抗体识别特异性进行3D-QSAR分析

7

作者 李嘉宜 姚茜 +6 位作者 黄惠威 施迪燊 刘凤银 黄新安 袁学文 杨剑萍 穆洪涛 《化学世界》 CAS 2024年第4期226-232,共7页

为了探究氟乐灵多克隆抗体PcAb-2C识别特异性与药物分子三维结构的定量关系,利用PcAb-2C的交叉反应数据,选取比较分子力场分析法(CoMFA),比较分子相似指数法(CoMSIA)进行三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,并建立相应的模型。结果表明:CoMF... 为了探究氟乐灵多克隆抗体PcAb-2C识别特异性与药物分子三维结构的定量关系,利用PcAb-2C的交叉反应数据,选取比较分子力场分析法(CoMFA),比较分子相似指数法(CoMSIA)进行三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,并建立相应的模型。结果表明:CoMFA模型的交叉验证系数(r_(cv)^(2))为0.497,非交叉验证系数(r_(ncv)^(2))为0.999;CoMSIA模型的交叉验证系数(r_(cv)^(2))为0.498,非交叉验证系数(r_(ncv)^(2))为0.979。CoMFA模型中立体场和静电场的贡献值分别为63.10%和36.90%,CoMSIA模型中疏水场、静电场和立体场的贡献值分别为54.90%、38.40%和6.70%。各力场的贡献比例表明基团的疏水作用对化合物影响较大,推测出抗原疏水性的增强特别是N,N-二丙基部位的疏水性增强,有利于诱导出亲和力更强的抗体,为设计氟乐灵半抗原提供了信息。 展开更多

关键词 氟乐灵 多克隆抗体 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数分析

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6-异位-5,8-O-二甲基乙酰紫草素衍生物的2D/3D-QSAR研究 被引量：5

8

作者 李国栋 彭发 +2 位作者 陈兰美 陈锦灿 郑康成 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期113-121,共9页

本文综合运用密度泛函理论(DFT)、分子力学(MM2)和统计学等方法对22个具有抗人体乳腺癌(MDA-MB-231)活性的6-异位-5,8-O-二甲基乙酰紫草素类衍生物进行二维(2D)定量构效关系(QSAR)研究,同时运用比较分子相似性指数分析(Co MSIA)方法进... 本文综合运用密度泛函理论(DFT)、分子力学(MM2)和统计学等方法对22个具有抗人体乳腺癌(MDA-MB-231)活性的6-异位-5,8-O-二甲基乙酰紫草素类衍生物进行二维(2D)定量构效关系(QSAR)研究,同时运用比较分子相似性指数分析(Co MSIA)方法进行三维(3D)QSAR研究。所建最优2D-QSAR方程的留一法交叉验证系数(q2)和拟合相关系数(R2)分别为0.833和0.900;Co MSIA(SEHA)模型的q2和非交叉验证系数(r2)分别为0.624和0.999,预测相关系数R2pred为0.838,表明所建立的2D/3D-QSAR模型都具有良好的统计学意义及合理、可信的预报能力,可以预测未知化合物的活性。研究结果为理解该类化合物的作用机理和设计合成更高活性的新化合物提供理论参考。 展开更多

关键词 紫草素衍生物 5 8-O-二甲基-1 4-萘醌 抗肿瘤活性 定量构效关系 比较分子相似性指数分析法

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新磺酰脲类化合物除草活性的3D-QSAR分析 被引量：13

9

作者 王宝雷 马宁 +3 位作者 王建国 马翼 李正名 李永红 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第6期577-581,共5页

用比较分子力场分析(CoMFA)方法和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法对所合成的新磺酰脲类化合物的除草活性进行了较为系统的3D-QSAR分析.两种方法所建立的模型对化合物的除草活性预测能力均较好,所得三维等值线图为合成高活性的化合... 用比较分子力场分析(CoMFA)方法和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法对所合成的新磺酰脲类化合物的除草活性进行了较为系统的3D-QSAR分析.两种方法所建立的模型对化合物的除草活性预测能力均较好,所得三维等值线图为合成高活性的化合物能提供指导作用. 展开更多

关键词 磺酰脲 三维定量构效关系(3D-QSAR) 比较分子力场分析(CoMFA) 比较分子相似性指数分析(CoMSIA)

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一类细胞凋亡诱导剂的结构特征研究

10

作者 张静晓 李燕 +2 位作者 付新梅 潘艳秋 杨凌 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第1期7-14,共8页

许多抗癌药物通过引起癌细胞的凋亡来达到治疗目的,因此开发能诱导癌细胞凋亡的药物一直是癌症研究的热点.以153个结构各异的具有caspase-3激活作用的细胞凋亡诱导剂为研究对象,通过三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,得到了一个基于位阻... 许多抗癌药物通过引起癌细胞的凋亡来达到治疗目的,因此开发能诱导癌细胞凋亡的药物一直是癌症研究的热点.以153个结构各异的具有caspase-3激活作用的细胞凋亡诱导剂为研究对象,通过三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,得到了一个基于位阻场、静电场、疏水场、氢键供体场和受体场参数的最优比较分子相似性指数法(CoMSIA)模型.该模型(Q2=0.51、R2ncv=0.89和R2pred=0.82)具有良好的内部一致性和预测能力,通过对模型的等值线图分析发现:(1)R2取代基提高诱导剂活性的因素包括位阻大、负电性大、有亲水性和具有氢键供体作用;(2)位阻适中和/或具有氢键供体作用的R4取代基,以及位阻小和/或亲水的R1取代基对提高分子的活性是有利的;(3)N-甲基-N-苯基-1-萘胺类细胞凋亡诱导剂具有正电性的A环3号位或C环7号位取代基,以及具有负电性的B环1号位取代基有利于提高诱导剂的生物活性.对该模型的分析更有利于认识细胞凋亡诱导剂的分子特征,并为设计和开发新型细胞凋亡诱导剂提供理论指导. 展开更多

关键词 细胞凋亡诱导剂 caspase激活作用 三维定量构效关系(3D-QSAR) 比较分子力场法(CoMFA) 比较分子相似性指数法(CoMSIA)

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苯并噁嗪酮衍生物的3D-QSAR分析 被引量：4

11

作者 蒋玉仁 秦伟 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1859-1863,共5页

苯并噁嗪酮衍生物是近年来发现的一类抗血小板聚集化合物,在前人研究的基础上利用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)对23个苯并噁嗪酮衍生物进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究.其中CoMFA模型交叉验证系数Q2=0.7... 苯并噁嗪酮衍生物是近年来发现的一类抗血小板聚集化合物,在前人研究的基础上利用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)对23个苯并噁嗪酮衍生物进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究.其中CoMFA模型交叉验证系数Q2=0.703,回归系数R2=0.994,计算值与实验值的平均方差SEE=0.053,统计方差比F=184.773;CoMSIA模型Q2=0.847,R2=0.992,SEE=0.058,F=171.670.两种方法得到的模型都具有较好的预测能力.结果表明,标题化合物中8-位取代基R1静电效应起主要作用;2-位取代基R2立体效应占主导作用,但官能团大小要适中.根据研究结果设计了六种活性较高的化合物. 展开更多

关键词 苯并噁嗪酮衍生物 三维定量构效关系 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析

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芳基磺酰胺类丙酮酸激酶M2激动剂的基于多复合物的药效团模型和定量构效关系 被引量：1

12

作者 陈正军 蒋庆琳 +2 位作者 何谷 韩波 郭丽 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1793-1803,共11页

丙酮酸激酶M2(PKM2)是肿瘤治疗中最具发展潜力的靶点之一.本文以一系列丙酮酸激酶M2-激动剂复合物的晶体结构为基础,采用基于多复合物的药效团(MCBP)方法产生了PKM2的药效团模型.并使用该药效团模型产生了62个芳基磺酰胺类PKM2激动剂的... 丙酮酸激酶M2(PKM2)是肿瘤治疗中最具发展潜力的靶点之一.本文以一系列丙酮酸激酶M2-激动剂复合物的晶体结构为基础,采用基于多复合物的药效团(MCBP)方法产生了PKM2的药效团模型.并使用该药效团模型产生了62个芳基磺酰胺类PKM2激动剂的活性构象和分子叠合,通过三维定量构效关系(3D-QSAR)方法研究了该类PKM2激动剂与PKM2蛋白的相互作用,并建立了相关预测模型.比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)模型的交互验证相关系数q2分别为0.545和0.653,非交互验证相关系数r2分别为0.966和0.987.本研究为进一步结构优化、设计和合成新型的PKM2激动剂提供了理论依据. 展开更多

关键词 芳基磺酰胺衍生物 丙酮酸激酶 药效团 比较分子场分析 比较分子相似性指数分析

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5-HT_6受体拮抗剂三维定量构效关系研究

13

作者 刘晶 李燕 +3 位作者 杨银凤 张述伟 杨凌 闫玉莲 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第3期327-332,共6页

为指导合成高效的5-HT6受体拮抗剂,采用比较分子场分析(CoMFA)和比较相似性指数分析(CoMSIA)对143个5-HT6受体拮抗剂数据进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,分别得到了具有良好可靠性和预测能力的CoMFA(Q2=0.513,R2ncv=0.864,R2pre=0... 为指导合成高效的5-HT6受体拮抗剂,采用比较分子场分析(CoMFA)和比较相似性指数分析(CoMSIA)对143个5-HT6受体拮抗剂数据进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,分别得到了具有良好可靠性和预测能力的CoMFA(Q2=0.513,R2ncv=0.864,R2pre=0.731)和CoMSIA模型(Q2=0.515,R2ncv=0.844,R2pre=0.777).由模型的等势线图分析,可得如下结论:大体积及/或电负性较大的R2取代基、疏水性R3和疏水性苯环R1位取代基、可作氢键受体的R2取代基、可作氢键供体的R3取代基有助于增大活性.这些结论能够更好地帮助理解5-HT6受体拮抗剂的抑制机理,并为今后的药物设计与合成提供新思路. 展开更多

关键词 三维定量构效关系 5-HT6 拮抗剂 比较分子场分析 比较分子相似性指数分析

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新型噻唑-2-乙胺类HAT抑制剂的QSAR研究

14

作者 段家喜 赵赛 +1 位作者 易忠胜 聂瑾芳 《桂林理工大学学报》 CAS 北大核心 2018年第3期529-536,共8页

采用VSMVI变量筛选方法从大量描述符中筛选最优子集,再由MLR回归方法建立了83个噻唑-2-乙胺类化合物与非洲人类锥虫病(HAT)抑制活性之间的二维定量结构-活性相关(2D-QSAR)模型,最优模型的拟合相关系数(r^2=0. 889 2)和交叉验证相关系数(... 采用VSMVI变量筛选方法从大量描述符中筛选最优子集,再由MLR回归方法建立了83个噻唑-2-乙胺类化合物与非洲人类锥虫病(HAT)抑制活性之间的二维定量结构-活性相关(2D-QSAR)模型,最优模型的拟合相关系数(r^2=0. 889 2)和交叉验证相关系数(q^2=0. 857 4)表明模型具有良好的稳健性、拟合能力和预测能力。模型的描述符在一定程度上反映了分子的二维结构和疏水性对抑制活性具有重要影响。同时采用基于CoMFA和CoMSIA方法的三维定量结构-活性相关(3D-QSAR)建立了相关性显著、预测能力强的定量模型(CoMFA:r^2=0. 924,q^2=0. 516; CoMSIA:r^2=0. 944,q^2=0. 531),其中CoMSIA的疏水场贡献率最高,说明了分子的疏水作用对抑制活性的重要影响。 展开更多

关键词 噻唑-2-乙胺类化合物 非洲人类锥虫病(HAT) 二维定量结构-活性相关(2D-QSAR) 基于变量相互作用的变量筛选方法(VSMVI) 比较分子场分析方法(CoMFA) 比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)

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