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马来酰胺类糖原合成酶激酶-3β抑制剂的分子对接和三维定量构效关系(英文) 被引量:4
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作者 魏卓 张怀 +1 位作者 崔巍 计明娟 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第5期890-896,共7页
通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似... 通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)对48个化合物做三维定量构效关系的分析.两种方法得出的交互验证回归系数分别为0.669(CoMFA)和0.683(CoMSIA),证明该模型具有很好的统计相关性,同时也说明该模型具有较高的预测能力.根据该模型提供的信息,设计出9个预测活性较好的分子. 展开更多
关键词 糖原合成酶激酶3Β 三维定量构效关系 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数分析 分子对接
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亲电酮类HDAC抑制剂的3D-QSAR和分子对接研究 被引量:4
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作者 赵彩红 相玉红 张卓勇 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期814-820,共7页
组蛋白去乙酰化酶抑制剂(histone deacetylase inhibitor,HDACi)是近年来治疗癌症的重要靶向药物,其中羟氨酸类,苯甲酰胺类多种药物已进入临床试验阶段,但对于亲电酮类HDACi还有待于进一步研究,本研究应用比较分子力场分析法(comparativ... 组蛋白去乙酰化酶抑制剂(histone deacetylase inhibitor,HDACi)是近年来治疗癌症的重要靶向药物,其中羟氨酸类,苯甲酰胺类多种药物已进入临床试验阶段,但对于亲电酮类HDACi还有待于进一步研究,本研究应用比较分子力场分析法(comparative molecular field analysis,CoMFA),比较分子相似性指数法(compara-tive similarity indices analysis,CoMSIA)对29个亲电酮类HDAC抑制剂分子进行了定量构效关系分析,CoMFA模型的q2=0.668,r2=0.999;CoMSIA模型的q2=0.686,r2=0.995,所建模型预测能力较好。分子对接(sur-flex-dock)研究也进一步揭示出抑制剂分子与蛋白酶的作用模式,结合其作用模式比较合理地探讨了这类抑制剂的活性原因,为设计新型高效的亲电酮类HDACi提供了理论依据。 展开更多
关键词 组蛋白去乙酰化酶抑制剂 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数 分子对接
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卤代芳香族化合物在长江底泥中吸附行为的CoMFA研究 被引量:3
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作者 魏东斌 张爱茜 +2 位作者 徐满 韩朔睽 王连生 《南京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期686-690,共5页
将比较分子力场分析法 (CoMFA)移植到定量结构性质相关研究中 ,探讨了 2 8种卤代芳香族化合物在长江底泥中的吸附行为与其分子结构之间的关系 ,发现静电和空间立体效应是影响这批化合物底泥吸附的主要因素 。
关键词 比较分子力场分析法 卤代芳香族化合物 长江底泥 吸附行为 分子结构 水污染 定量构效关系
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定量构效关系在农药设计合成中的应用进展 被引量:8
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作者 李颖娇 叶非 《农药科学与管理》 CAS 2002年第6期20-23,共4页
本文介绍了定量结构-活性关系(QSAR)的基本原理,重点评述了其中比较分子力场分析法(CoMFA)的主要理论及用该法建立QSAR模型的步骤,以及QSAR在农药合成设计中的应用进展。
关键词 定量构效关系 农药 设计 应用 比较分子力场分析法
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基于5-芳基乙内酰脲类化合物的CoMFA和HQSAR研究 被引量:1
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作者 张兵 邹建卫 +3 位作者 郑柯文 刘海春 曾敏 俞庆森 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第10期1204-1210,共7页
用CoMFA和HQSAR两种QSAR方法研究了50个乙内酰脲类分子的定量构效关系.本研究从构象搜索所得的低能结构出发构建化合物分子的构象,建立CoMFA模型,并进行了全空间搜索.HQSAR本质上是一种二维的QSAR方法,与CoMFA方法相比,该方法在数据处... 用CoMFA和HQSAR两种QSAR方法研究了50个乙内酰脲类分子的定量构效关系.本研究从构象搜索所得的低能结构出发构建化合物分子的构象,建立CoMFA模型,并进行了全空间搜索.HQSAR本质上是一种二维的QSAR方法,与CoMFA方法相比,该方法在数据处理方面,比CoMFA方法快捷,并且可重复性好.两种方法均得到了较好分析结果,CoMFA的交叉验证相关系数q2值为0.815,HQSAR的q2值为0.893.这些方程有力地说明了该类分子在(R,R)-N-3,5-dinitrobenzoyl-1,2-diamine型手性固定相上拆分过程中的影响因素,对今后类似拆分的实验研究提供了理论支持. 展开更多
关键词 5-芳基乙内酰脲类化合物 COMFA HQSAR 定量构效关系 比较分子力场分析法 手性识别
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GPR35受体香豆素类激动剂三维定量构效关系研究 被引量:1
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作者 任聪 于大永 +4 位作者 魏来 张秀莉 冯宝民 史丽颖 曹洪玉 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1066-1072,共7页
本实验采用比较分子力场分析法(Co MFA)和比较分子相似性指数分析法(Co MSIA)建立GPR35受体香豆素类激动活性的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,以确定该类激动剂的分子结构与其生物活性之间的定量关系。在预测半数有效浓度(EC_(50))的Co... 本实验采用比较分子力场分析法(Co MFA)和比较分子相似性指数分析法(Co MSIA)建立GPR35受体香豆素类激动活性的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,以确定该类激动剂的分子结构与其生物活性之间的定量关系。在预测半数有效浓度(EC_(50))的Co MFA模型中,训练集抽一法(LOO)交叉验证系数q^2=0.559,非交叉验证系数r^2=0.887,标准偏差SE=0.382;在Co MSIA模型中,训练集抽一法交叉验证系数q^2=0.627,非交叉验证系数r^2=0.915,标准偏差SE=0.365。在预测半数抑制浓度(IC_(50))的Co MFA模型中,训练集抽一法交叉验证系数q^2=0.600,非交叉验证系数r^2=0.903,标准偏差SE=0.375;在Co MSIA模型中,训练集抽一法交叉验证系数q^2=0.566,非交叉验证系数r^2=0.914,标准偏差SE=0.378。EC_(50)和IC_(50)的两个3D-QSAR模型预测结果同实验数据基本一致,说明模型的预测能力较好。本实验根据模型预测结果,对配体分子的结构进行分析,为获得具有更高活性的配体分子提供理论依据。 展开更多
关键词 GPR35受体 香豆素类化合物 三维定量构效关系 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数分析
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